Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000491463
• Subject: XM_006507445.3
• Aligned Length: 2669
• Identities: 2079
• Gaps: 295

Alignment

Query    1  ATGGCTTCTGATGCTAGTCATGCGCTGGAAGCTGCCCTGGAGCAAATGGACGGGATCATTGCAGGCACTAAAAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  AGGTGCAGATCTTAGTGATGGTACTTGTGAGCCTGGACTGGCTTCCCCGGCCTCCTACATGAACCCCTTCCCGG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TGCTCCATCTCATCGAGGACTTGA-GGCTGGCCTTGGAGATGCTGGAGCTTCCTCAGGAGAGAGCAGCCCTCCT  221
                                   | ||.|||    |||.||  ||..|.||.|        .||||...|||.|
Sbjct    1  -----------------------ATGGATGG----GGACAT--TGATGTTTAC--------AAGCATTTCTCGT  37

Query  222  GAGCCAGATCCCTGGCCCAACAGCTGCCTACATAAAGGAATGGTTTGAAGAGAGCTTGTCCCAGGTAAACCACC  295
            | ||                                         |||||||     ||||||||||||.||||
Sbjct   38  G-GC-----------------------------------------TGAAGAG-----GTCCCAGGTAAATCACC  64

Query  296  ACAGTGCTGCTAGTAATGAAACCTACCAGGAACGCTTGGCACGTCTAGAAGGGGATAAGGAGTCCCTCATATTG  369
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||.|||||.||||||||||||.|.
Sbjct   65  ACGGTGCTGCTAGTAATGAAACCTACCAGGAACGCCTGGCACGGCTAGAAGGAGATAAAGAGTCCCTCATACTA  138

Query  370  CAGGTGAGTGTCATCACAGACCAAGTAGAAGCCCAGGGAGAAAAGATTCGAGACCTGGAAGTGTGTCTGGAAGG  443
            ||||||||.|||.|||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||
Sbjct  139  CAGGTGAGCGTCCTCACAGATCAAGTGGAAGCCCAAGGAGAGAAGATTCGGGACCTTGAAGTGTGTCTGGAAGG  212

Query  444  ACACCAGGTGAAACTCAATGCTGCTGAAGAGATGCTTCAACAGGAGCTGCTAAGCCGCACATCTCTTGAGACCC  517
            .|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct  213  CCACCAGGTGAAGCTCAATGCTGCAGAAGAGATGCTTCAGCAGGAGCTGCTAAGTCGCACATCTCTGGAGACCC  286

Query  518  AGAAGCTCGATCTGATGACTGAAGTGTCTGAGCTGAAGCTCAAGCTGGTTGGCATGGAGAAGGAGCAGAGAGAG  591
            |||||.|.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||||.|||.
Sbjct  287  AGAAGTTGGATCTGATGACTGAGGTGTCTGAGCTGAAGCTCAAGCTGGTTGGTATGGAAAAAGAACAGAAAGAA  360

Query  592  CAGGAGGAGAAGCAGAGAAAAGCAGAGGAGTTACTGCAAGAGCTCAGGCACCTCAAAATCAAAGTGGAAGAGTT  665
            ||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||.|||||.|||.|
Sbjct  361  CAAGAAGAAAAACAGAGAAAAGCAGAGGAGTTACTGCAAGAGCTTAAGCACCTCAAAATCAAGGTGGAGGAGCT  434

Query  666  GGAAAATGAAAGGAATCAGTATGAATGGAAGCTAAAGGCCACTAAGGCTGAAGTCGCCCAGCTGCAAGAACAGG  739
            |||.||.||..||||.||||||||.|||.||||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  435  GGAGAACGAGCGGAACCAGTATGAGTGGGAGCTGAAGGCCACCAAGGCTGAGGTAGCCCAGCTGCAAGAACAGG  508

Query  740  TGGCCCTGAAAGATGCAGAAATTGAGCGTCTGCACAGCCAGCTCTCCCGGACAGCAGCTCTCCACAGTGAGAGT  813
            |||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||..||||||||||||||.||   .
Sbjct  509  TGGCCCTAAAAGATGCAGAAATTGAGCGTCTCCACAGCCAGCTCTCCCGGAGTGCAGCTCTCCACAGCGA---C  579

Query  814  CACACAGAGAGAGACCAAGAAATTCAACGTCTGAAAATGGGGATGGAAACTTTGCTGCTTGCCAATGAAGATAA  887
            ||..|||||.||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||..|||||.||||||||||.|||||
Sbjct  580  CATGCAGAGCGAGATCAAGAAATCCACCGTCTGAAAATGGGGATGGAAACACTGCTGGTTGCCAATGAGGATAA  653

Query  888  GGACCGTCGGATAGAGGAGCTTACGGGGCTGTTAAACCAGTACCGGAAGGTAAAGGAGATTGTGATGGTCACTC  961
            |||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||.||||||..|.||||||||||||||||||||..||||
Sbjct  654  GGACCGTCGGATAGAGGAGCTGACAGGGCTGTTGAACAAGTACCTAAGGGTAAAGGAGATTGTGATGGCAACTC  727

Query  962  AAGGGCCTTCGGAGAGAACTCTCTCAATCAATGAAGAAGAACCGGAGGGAGGTTTCAGCAAGTGGAACGCTACA  1035
            |.||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||...||||||.|.|||.|.||.|||||..|.|||
Sbjct  728  AGGGGCCTTCAGAAAGAACCCTCTCCATCAATGAAGATGAAATAGAGGGAAGCTTCCGAAAATGGAATACCACA  801

Query 1036  AATAAGGACCCTGAAGAATTATTTAAACAAGAGATGCCTCCAAGATGTAGCTCTCCTACAGTGGGGCCACCTCC  1109
            |||||...|||.||.|||.|....||.||||||||..|.|||.||||.||||||||.||....||.||||||||
Sbjct  802  AATAAAAGCCCAGAGGAAGTCCCGAAGCAAGAGATATCACCACGATGCAGCTCTCCCACCCCAGGACCACCTCC  875

Query 1110  ATTGCCACAGAAATCACTGGAAACCAGGGCTCAGAAAAAGCTCTCTTGTAGTCTAGAAGACTTGAGAAGTGAAT  1183
            .||||||||||||||||||||.|.||||||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  876  TTTGCCACAGAAATCACTGGAGAGCAGGGCTCAGAAGAAACTCTCCTGCAGTCTAGAAGACTTGAGACGTGAAT  949

Query 1184  CTGTGGATAAGTGTATGGATGGGAACCAGCCCTTCCCGGTGTTAGAACCCAAGGACAGCCCTTTCTTGGCGGAG  1257
            |||.||||||||||.|.|||||||||||||..|.|||.|||..|||.||||||||||||.|||||.|.||||||
Sbjct  950  CTGGGGATAAGTGTGTCGATGGGAACCAGCTGTCCCCAGTGGGAGAGCCCAAGGACAGCTCTTTCCTAGCGGAG  1023

Query 1258  CACAAATATCCCACTTTACCTGGGAAGCTTTCAGGAGCCACGCCCAATGGAGAGGCTGCCAAATCTCCTCCCAC  1331
            ||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||| 
Sbjct 1024  CAGAAATACCCCACATTACCTGGGAAGCTTTCAGGAGCCACACCCAATGGAGAAGCTGCCAAATCTCCTCCCA-  1096

Query 1332  CATCTG-------CCAGCCTGACGCCACGGGGAGCAGCCTGCTGAGGCTGA-----------------------  1375
               |||       ||||||||||.|..|.||||||||||.||..|.|||||                       
Sbjct 1097  ---CTGCCTCCCTCCAGCCTGACTCTTCAGGGAGCAGCCAGCCAAAGCTGAATCGCGGCTGGAGTGTCAGTGCT  1167

Query 1376  ----------GAGACACAGAAAGTGGCTGGGATGACACTGCTGTGGTCAATGACCTCTCATCCACATCATCGGG  1439
                      |||||||||||.|.||||||||.||.|..|               |||||||..|.||.||.||
Sbjct 1168  CCCGTATTAGGAGACACAGAAGGAGGCTGGGAAGATATAG---------------TCTCATCTGCTTCGTCTGG  1226

Query 1440  CACTGAATCAGGTCCTCAGTCTCCTCTGACACCAGATGGTAAACGGAATCCCAAAGGCATTAAGAAGTTCTGGG  1513
            .|||||.|||.|.|||||||||||..|||||||||||||.|||||||..|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227  GACTGAGTCAAGCCCTCAGTCTCCCGTGACACCAGATGGCAAACGGAGCCCCAAAGGCATTAAGAAGTTCTGGG  1300

Query 1514  GAAAAATCCGAAGAACTCAGTCAGGAAATTTCTACACTGACACGCTGGGGATGGCAGAGTTTCGACGAGGTGGG  1587
            ||||.|||||||||||||||||.|||||.|||.|.|||||..|.|.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301  GAAAGATCCGAAGAACTCAGTCTGGAAACTTCAATACTGATGCACCGGGGATGGCAGAGTTTCGACGAGGTGGG  1374

Query 1588  CTCCGGGCAACCGCAGGGCCAAGACTCTCTAGGACCAGGGACTCCAAGGGACAGAAAAGTGACGCCAATGCCCC  1661
            |||||.|||||.||.||.|||||.||.|||||||||||||||.||||||||||||||.||||.|||||||||||
Sbjct 1375  CTCCGAGCAACTGCGGGACCAAGGCTTTCTAGGACCAGGGACACCAAGGGACAGAAATGTGATGCCAATGCCCC  1448

Query 1662  CTTTGCCCAGTGGAGCACAGAGCGTGTGTGTGCATGGCTGGAGGACTTTGGCCTGGCTCAGTATGTGATCTTTG  1735
            |||||||||||||||||||||.||.||.|||.|||||.|||||||.||.|||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1449  CTTTGCCCAGTGGAGCACAGAACGCGTATGTACATGGATGGAGGATTTCGGCCTGGGTCAGTATGTGATCTTTG  1522

Query 1736  CCAGGCAGTGGGTATCTTCTGGCCACACCTTATTGACAGCCACCCCTCAGGACATGGAAAAGGAGCTAGGAATT  1809
            ||||.||||||||..|.|||||.||.||..||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1523  CCAGACAGTGGGTGACATCTGGACATACACTACTGACAGCTACCCCTCAGGACATGGAAAAGGAGCTAGGGATT  1596

Query 1810  AAGCACCCACTCCACAGGAAGAAGCTTGTTTTAGCAGTGAAAGCCATCAACACCAAACAGGAGGAGAAGTCTGC  1883
            ||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||.||||.||.||.||.|.||||||
Sbjct 1597  AAACACCCCCTCCACAGGAAGAAGCTGGTTTTAGCAGTGAAAGCTATCAACGCCAAGCAAGAAGAAACGTCTGC  1670

Query 1884  ACTGCTAGACCACATTTGGGTGACAAGGTGGCTTGATGATATTGGCTTACCCCAGTACAAAGACCAGTTTCATG  1957
            .|||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1671  GCTGCTGGACCACATTTGGGTGACACGGTGGCTTGATGATATTGGCTTACCCCAATACAAAGACCAGTTTCATG  1744

Query 1958  AATCTAGAGTTGACGGACGAATGCTGCAATACCTAACTGTGAACGATTTACTCTTCTTAAAAGTCACCAGCCAA  2031
            ||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745  AATCAAGAGTTGATGGGCGAATGCTGCAATACCTAACTGTGAATGATCTACTCTTCTTAAAAGTCACCAGCCAA  1818

Query 2032  CTACATCATCTCAGCATCAAATGTGCCATTCACGTGCTGCATGTCAACAAGTTCAACCCCCACTGCCTGCACCG  2105
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 1819  CTACATCATCTCAGCATCAAATGTGCTATTCACGTGCTACATGTCAACAAGTTCAACCCCAACTGCCTGCACAG  1892

Query 2106  GCGGCCAGCTGATGAGAGTAACCTTTCTCCTTCAGAAGTTGTACAGTGGTCCAACCACAGGGTGATGGAGTGGT  2179
            |.||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||.
Sbjct 1893  GAGGCCTGCTGATGAGAGTAACCTTTCCCCTTCCGAAGTTGTGCAGTGGTCCAACCACAGGGTAATGGAGTGGC  1966

Query 2180  TACGATCTGTGGACCTGGCAGAGTATGCACCCAATCTTCGAGGGAGTGGAGTCCATGGAGGCCTCATTATCCTG  2253
            |.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1967  TGCGATCCGTGGACCTGGCAGAGTATGCACCCAACCTTCGAGGGAGTGGCGTCCATGGCGGCCTCATTATCCTG  2040

Query 2254  GAGCCACGCTTCACTGGGGACACCCTGGCTATGCTTCTCAACATCCCCCCACAAAAGACGCTCCTCAGGCGCCA  2327
            |||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2041  GAGCCTCGCTTTACTGGGGACACCCTGGCTATGCTTCTTAACATCCCCCCACAGAAGACGCTCCTCAGGCGCCA  2114

Query 2328  CCTGACCACCAAGTTCAATGCCTTGATTGGTCCGGAGGCTGAACAGGAAAAGCGAGAGAAAATGGCCTCACCAG  2401
            .|||||||||||||||||.|||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 2115  TCTGACCACCAAGTTCAACGCCCTGATTGGTCCTGAGGCTGAACAGGAAAAGCGAGACAAAATGGCCTCACCCG  2188

Query 2402  CTTACACACCACTGACCACCACAGCCAAAGTCCGGCCAAGGAAACTAGGATTTTCACACTTCGGAAACATAAGA  2475
            |.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||.|||
Sbjct 2189  CCTACACACCTCTGACCACCACCGCCAAAGTTCGGCCTAGGAAACTTGGATTTTCACATTTTGGAAACATGAGA  2262

Query 2476  AAAAAGAAGTTCGATGAATCGACGGACTACATTTGCCCAATGGAGCCCAGTGACGGTGTCAGTGATAGTCACAG  2549
            |||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||..|.||.|.|||||||||.||.|||||
Sbjct 2263  AAAAAGAAGTTTGATGAATCTACAGATTACATTTGCCCCATGGAGCCTGGAGATGCTGTCAGTGACAGCCACAG  2336

Query 2550  GGTCTACAGTGGCTACCGGGGCCTCAGCCCCCTTGATGCCCCTGAACTGGATGGGCTGGACCAGGTGGGACAGA  2623
            |||||||.|.|.|||||||||||||||.||||||||...||.||||||.|||||..||||||||||||||||||
Sbjct 2337  GGTCTACGGAGTCTACCGGGGCCTCAGTCCCCTTGACAACCATGAACTAGATGGTTTGGACCAGGTGGGACAGA  2410

Query 2624  TCAGC  2628
            |.|||
Sbjct 2411  TAAGC  2415