Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02208
• Subject: NR_163909.1
• Aligned Length: 2692
• Identities: 1889
• Gaps: 787

Alignment

Query    1  -ATGAGGCCCCGGAAAGCCTTCCTGCTCCTGCTGCTCTTGGGGCTGGTGCAGCTGCTGGCCGTGGCGGGTGCCG  73
             |..|||.|||.|                ||.|| ||.|    |.||||    |||  .|||||| |.|||...
Sbjct    1  GAGCAGGACCCAG----------------TGTTG-TCAT----CAGGTG----TGC--CCCGTGG-GAGTGGAC  46

Query   74  AGGG----------CCCGGACGAGGATTCTTCTAACAGAGAAAATGCCATTGAGGATGAAGAGGAGGAGGAGGA  137
            ||||          ||.|  |...||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   47  AGGGATTGAGGCAACCTG--CTCAGATTCTTCTAACAGAGAAAATGCCATTGAGGATGAAGAGGAGGAGGAGGA  118

Query  138  GGAAGATGATGATGAGGAAGAAGACGACTTGGAAGTTAAGGAAGAAAATGGAGTCTTGGTCCTAAATGATGCAA  211
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  119  GGAAGATGATGATGAGGAAGAAGACGACTTGGAAGTTAAGGAAGAAAATGGAGTCTTGGTCCTAAATGATGCAA  192

Query  212  ACTTTGATAATTTTGTGGCTGACAAAGACACAGTGCTGCTGGAGTTTTATGCTCCATGGTGTGGACATTGCAAG  285
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  193  ACTTTGATAATTTTGTGGCTGACAAAGACACAGTGCTGCTGGAGTTTTATGCTCCATGGTGTGGACATTGCAAG  266

Query  286  CAGTTTGCTCCGGAATATGAAAAAATTGCCAACATATTAAAGGATAAAGATCCTCCCATTCCTGTTGCCAAGAT  359
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  267  CAGTTTGCTCCGGAATATGAAAAAATTGCCAACATATTAAAGGATAAAGATCCTCCCATTCCTGTTGCCAAGAT  340

Query  360  CGATGCAACCTCAGCGTCTGTGCTGGCCAGCAGGTTTGATGTGAGTGGCTACCCCACCATCAAGATCCTTAAGA  433
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  341  CGATGCAACCTCAGCGTCTGTGCTGGCCAGCAGGTTTGATGTGAGTGGCTACCCCACCATCAAGATCCTTAAGA  414

Query  434  AGGGGCAGGCTGTAGACTACGAGGGCTCCAGAACCCAGGAAGAAATTGTTGCCAAGGTCAGAGAAGTCTCCCAG  507
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  415  AGGGGCAGGCTGTAGACTACGAGGGCTCCAGAACCCAGGAAGAAATTGTTGCCAAGGTCAGAGAAGTCTCCCAG  488

Query  508  CCCGACTGGACGCCTCCACCAGAAGTCACGCTTGTGTTGACCAAAGAGAACTTTGATGAAGTTGTGAATGATGC  581
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  489  CCCGACTGGACGCCTCCACCAGAAGTCACGCTTGTGTTGACCAAAGAGAACTTTGATGAAGTTGTGAATGATGC  562

Query  582  AGATATCATTCTGGTGGAGTTTTATGCCCCATGGTGTGGACACTGCAAGAAACTTGCCCCCGAGTATGAGAAGG  655
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  563  AGATATCATTCTGGTGGAGTTTTATGCCCCATGGTGTGGACACTGCAAGAAACTTGCCCCCGAGTATGAGAAGG  636

Query  656  CCGCCAAGGAGCTCAGCAAGCGTTCTCCTCCAATTCCCCTGGCAAAGGTCGACGCCACCGCAGAAACAGACCTG  729
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  637  CCGCCAAGGAGCTCAGCAAGCGTTCTCCTCCAATTCCCCTGGCAAAGGTCGACGCCACCGCAGAAACAGACCTG  710

Query  730  GCCAAGAGGTTTGATGTCTCTGGCTATCCCACCCTGAAAATTTTCCGCAAAGGAAGGCCTTATGACTACAACGG  803
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  711  GCCAAGAGGTTTGATGTCTCTGGCTATCCCACCCTGAAAATTTTCCGCAAAGGAAGGCCTTATGACTACAACGG  784

Query  804  CCCACGAGAAAAATATGGAATCGTTGATTACATGATCGAGCAGTCCGGGCCTCCCTCCAAGGAGATTCTGACCC  877
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  785  CCCACGAGAAAAATATGGAATCGTTGATTACATGATCGAGCAGTCCGGGCCTCCCTCCAAGGAGATTCTGACCC  858

Query  878  TGAAGCAGGTCCAGGAGTTCCTGAAGGATGGAGACGATGTCATCATCATCGGGGTCTTTAAGGGGGAGAGTGAC  951
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  859  TGAAGCAGGTCCAGGAGTTCCTGAAGGATGGAGACGATGTCATCATCATCGGGGTCTTTAAGGGGGAGAGTGAC  932

Query  952  CCAGCCTACCAGCAATACCAGGATGCCGCTAACAACCTGAGAGAAGATTACAAATTTCACCACACTTTCAGCAC  1025
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  933  CCAGCCTACCAGCAATACCAGGATGCCGCTAACAACCTGAGAGAAGATTACAAATTTCACCACACTTTCAGCAC  1006

Query 1026  AGAAATAGCAAAGTTCTTGAAAGTCTCCCAGGGGCAGTTGGTTGTAATGCAGCCTGAGAAATTCCAGTCCAAGT  1099
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007  AGAAATAGCAAAGTTCTTGAAAGTCTCCCAGGGGCAGTTGGTTGTAATGCAGCCTGAGAAATTCCAGTCCAAGT  1080

Query 1100  ATGAGCCCCGGAGCCACATGATGGACGTCCAGGGCTCCACCCAGGACTCGGCCATCAAGGACTTCGTGCTGAAG  1173
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081  ATGAGCCCCGGAGCCACATGATGGACGTCCAGGGCTCCACCCAGGACTCGGCCATCAAGGACTTCGTGCTGAAG  1154

Query 1174  TACGCCCTGCCCCTGGTTGGCCACCGCAAGGTGTCAAACGATGCTAAGCGCTACACCAGGCGCCCCCTGGTGGT  1247
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155  TACGCCCTGCCCCTGGTTGGCCACCGCAAGGTGTCAAACGATGCTAAGCGCTACACCAGGCGCCCCCTGGTGGT  1228

Query 1248  CGTCTACTACAGTGTGGACTTCAGCTTTGATTACAGAGCTGCAACTCAGTTTTGGCGGAGCAAAGTCCTAGAGG  1321
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229  CGTCTACTACAGTGTGGACTTCAGCTTTGATTACAGAGCTGCAACTCAGTTTTGGCGGAGCAAAGTCCTAGAGG  1302

Query 1322  TGGCCAAGGACTTCCCTGAGTACACCTTTGCCATTGCGGACGAAGAGGACTATGCTGGGGAGGTGAAGGACCTG  1395
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303  TGGCCAAGGACTTCCCTGAGTACACCTTTGCCATTGCGGACGAAGAGGACTATGCTGGGGAGGTGAAGGACCTG  1376

Query 1396  GGGCTCAGCGAGAGTGGGGAGGATGTCAATGCCGCCATCCTGGACGAGAGTGGGAAGAAGTTCGCCATGGAGCC  1469
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377  GGGCTCAGCGAGAGTGGGGAGGATGTCAATGCCGCCATCCTGGACGAGAGTGGGAAGAAGTTCGCCATGGAGCC  1450

Query 1470  AGAGGAGTTTGACTCTGACACCCTCCGCGAGTTTGTCACTGCTTTCAAAAAAGGAAAACTGAAGCCAGTCATCA  1543
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451  AGAGGAGTTTGACTCTGACACCCTCCGCGAGTTTGTCACTGCTTTCAAAAAAGGAAAACTGAAGCCAGTCATCA  1524

Query 1544  AATCCCAGCCAGTGCCCAAGAACAACAAGGGACCCGTCAAGGTCGTGGTGGGAAAGACCTTTGACTCCATTGTG  1617
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525  AATCCCAGCCAGTGCCCAAGAACAACAAGGGACCCGTCAAGGTCGTGGTGGGAAAGACCTTTGACTCCATTGTG  1598

Query 1618  ATGGACCCCAAGAAGGACGTCCTCATCGAGTTCTACGCGCCATGGTGCGGGCACTGCAAGCAGCTAGAGCCCGT  1691
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599  ATGGACCCCAAGAAGGACGTCCTCATCGAGTTCTACGCGCCATGGTGCGGGCACTGCAAGCAGCTAGAGCCCGT  1672

Query 1692  GTACAACAGCCTGGCCAAGAAGTACAAGGGCCAAAAGGGCCTGGTCATCGCCAAGATGGACGCCACTGCCAACG  1765
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673  GTACAACAGCCTGGCCAAGAAGTACAAGGGCCAAAAGGGCCTGGTCATCGCCAAGATGGACGCCACTGCCAACG  1746

Query 1766  ACGTCCCCAGCGACCGCTATAAGGTGGAGGGCTTCCCCACCATCTACTTCGCCCCCAGTGGGGACAAAAAGAAC  1839
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747  ACGTCCCCAGCGACCGCTATAAGGTGGAGGGCTTCCCCACCATCTACTTCGCCCCCAGTGGGGACAAAAAGAAC  1820

Query 1840  CCAGTTAAATTTGAGGGTGGAGACAGAGATCTGGAGCATTTGAGCAAGTTTATAGAAGAACATGCCACAAAACT  1913
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1821  CCAGTTAAATTTGAGGGTGGAGACAGAGATCTGGAGCATTTGAGCAAGTTTATAGAAGAACATGCCACAAAACT  1894

Query 1914  GAGCAGGACCAAGGAAGAGCTT----------------------------------------------------  1935
            ||||||||||||||||||||||                                                    
Sbjct 1895  GAGCAGGACCAAGGAAGAGCTTTGAAGGCCTGAGGTCTGCGGAAGGTGGGAGGAGGCAGACGCCCTGCGTGGCC  1968

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 1969  CATGGTCGGGGCGTCCACGCCGAGGCCGGCAACAAACGACAGTATCTCGGATTCCTTTTTTTTTTTTTTTAATT  2042

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2043  TTTTATACTTTGGTGTTTCACTTCATGCTCTGAATACTGAATAACCATGAATGACTGAATAGTTTAGTCCAGAT  2116

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2117  TTTTACAGAGGATACATCTATTTTTATCATTATTTGGGGTTTGAAAAATTTTTTTTTACACCTTCTAATTTCTT  2190

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2191  TATTTCTCAAAGCAGATAATTCTTCTGTGTGAAAATGTTTTCTTTTTTTAATTTAAGGTTTAAAATTCCTTTTC  2264

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2265  CAAATCATGTTGATTTTGCTCTTTGCTTTTTCGTTGTCTGAGAAATTGTTGGCGTAGATTTGGCTTCTGGTATG  2338

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2339  TGTTTCTGATTGCTTCCTGTTGAGCACAAAGTGAGAGCTGCCACTGAGCAGCCCTGCCAGGGGTGCTGTTTCAG  2412

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2413  GCTGGGCATCGCCAGGCGGCCTCCCTGCAAACCAAGGGCTGGGGGCAAAGGGGCATGATCCAGGGTCCCCCAGG  2486

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2487  GTGGGCTCAGCTCCAGGGAGAGGCCACCCACGTGGCAGCCCCACCTCTTGAGAGCCCCCAGTGCCGGAGCAGAA  2560

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2561  AGGACCCTGGACCCAGAGGCAGATACTGCGGGGTGGTAGAAAAGGTAGAGTAGGCTGTGGCAATGGAATAAAAC  2634

Query 1936  ----------------------------  1935
                                        
Sbjct 2635  ACGATTAAAAACGTTAAGAACTGCGTTA  2662