Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07469
- Subject:
- NM_001159606.1
- Aligned Length:
- 3558
- Identities:
- 2622
- Gaps:
- 726
Alignment
Query 1 ATGAGCGTTGCATGTGTCTTGAAGAGAAAAGCAGTGCTTTGGCAGGACTCTTTCAGCCCCCACCTGAAACATCA 74
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGCGTTGCATGTGTCTTGAAGAGAAAAGCAGTGCTTTGGCAGGACTCTTTCAGCCCCCACCTGAAACATCA 74
Query 75 CCCTCAAGAACCAGCTAATCCCAACATGCCTGTTGTTTTGACATCTGGAACAGGGTCGCAAGCGCAGCCACAAC 148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 75 CCCTCAAGAACCAGCTAATCCCAACATGCCTGTTGTTTTGACATCTGGAACAGGGTCGCAAGCGCAGCCACAGC 148
Query 149 CAGCTGCAAATCAGGCTCTTGCAGCTGGGACTCACTCCAGCCCTGTCCCAGGATCTATAGGAGTTGCAGGCCGT 222
||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 149 CAGCTGCAAATCAGGCTCTTGCAGCTGGAACACACTCCAGCCCTGTCCCAGGATCCATAGGAGTTGCAGGCCGT 222
Query 223 TCCCAGGACGACGCTATGGTGGACTACTTCTTTCAGAGGCAGCATGGTGAGCAGCTTGGGGGAGGAGGAAGTGG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 TCCCAGGACGACGCTATGGTGGACTACTTCTTTCAGAGGCAGCATGGTGAGCAGCTTGGGGGAGGAGGAAGTGG 296
Query 297 AGGAGGCGGCTATAATAATAGCAAACATCGATGGCCTACTGGGGATAACATTCATGCAGAACATCAGGTGCGTT 370
.||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct 297 TGGAGGCGGCTATAATACTAGCAAACATCGATGGCCTACAGGGGATAACATTCATGCAGAACACCAGGTACGCT 370
Query 371 CCATGGATGAACTGAATCATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAGGGAAGAGCGATGGGAGAGCAGCTCTTGCCA 444
|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.|
Sbjct 371 CTATGGATGAATTGAATCATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAAGGGAGAGCTATGGGCG-------------- 430
Query 445 GGTAAAAAGTTTTGGGAAACAGATGAATCCAGCAAAGATGGACCAAAAGGAATATTCCTGGGTGATCAATGGCG 518
Sbjct 431 -------------------------------------------------------------------------- 430
Query 519 AGACAGTGCCTGGGGAACATCAGATCATTCAGTTTCCCAGCCAATCATGGTGCAGAGAAGACCTGGTCAGAGTT 592
Sbjct 431 -------------------------------------------------------------------------- 430
Query 593 TCCATGTGAACAGTGAGGTCAATTCTGTACTGTCCCCACGATCGGAGAGTGGGGGACTAGGCGTTAGCATGGTG 666
Sbjct 431 -------------------------------------------------------------------------- 430
Query 667 GAGTATGTGTTGAGCTCATCCCCGGGCGATTCCTGTCTAAGAAAAGGAGGATTTGGCCCAAGGGATGCAGACAG 740
Sbjct 431 -------------------------------------------------------------------------- 430
Query 741 TGATGAAAACGACAAAGGTGAAAAGAAGAACAAGGGTACGTTTGATGGAGATAAGCTAGGAGATTTGAAGGAGG 814
Sbjct 431 -------------------------------------------------------------------------- 430
Query 815 AGGGTGATGTGATGGACAAGACCAATGGTTTACCAGTGCAGAATGGGATTGATGCAGACGTCAAAGATTTTAGC 888
Sbjct 431 -------------------------------------------------------------------------- 430
Query 889 CGTACCCCTGGTAATTGCCAGAACTCTGCTAATGAAGTGGATCTTCTGGGTCCAAACCAGAATGGTTCTGAGGG 962
Sbjct 431 -------------------------------------------------------------------------- 430
Query 963 CTTAGCCCAGCTGACCAGCACCAATGGTGCCAAGCCTGTGGAGGATTTCTCCAACATGGAGTCCCAGAGTGTCC 1036
Sbjct 431 -------------------------------------------------------------------------- 430
Query 1037 CCTTGGACCCCATGGAACATGTGGGCATGGAGCCTCTTCAGTTTGATTATTCAGGCACGCAGGTACCTGTGGAC 1110
Sbjct 431 -------------------------------------------------------------------------- 430
Query 1111 TCAGCAGCAGCAACTGTGGGACTTTTTGACTACAATTCTCAACAACAGCTGTTCCAAAGACCTAATGCGCTTGC 1184
||||.|||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 431 ----------------------------------------------AGCTATTCCAAAGACCCAATGCACTTGC 458
Query 1185 TGTCCAGCAGTTGACAGCTGCTCAGCAGCAGCAGTATGCACTGGCAGCTGCTCATCAGCCGCACATCGGTTTAG 1258
|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 459 TGTTCAGCAGTTGACAGCTGCCCAGCAGCAGCAGTATGCACTTGCAGCAGCCCACCAGCCTCACATCGGTTTAG 532
Query 1259 CTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAATCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGACCCCTACACAGCTGGA 1332
||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 CTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAACCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGACCCCTACACAGCTGGA 606
Query 1333 TTGGCTGCAGCAGCGACACTAGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAGTATTATGGAGTTACTCCCTGGGGAGTCTA 1406
||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||
Sbjct 607 TTGGCTGCAGCAGCGACACTCGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAATATTATGGAGTCACGCCATGGGGTGTCTA 680
Query 1407 CCCTGCCAGTCTTTTCCAGCAGCAAGCTGCCGCTGCCGCTGCAGCAACTAATTCAGCTAATCAACAGACCACCC 1480
||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.||.||.||.||||.|||.||||.|.|.|
Sbjct 681 CCCTGCCAGTCTCTTCCAGCAGCAGGCAGCTGCAGCTGCAGCAGCTACAAACTCTGCTACTCAGCAGAGCGCTC 754
Query 1481 CACAGGCTCAGCAAGGACAGCAGCAGGTTCTCCGTGGAGGAGCCAGCCAACGTCCTTTGACCCCAAACCAGAAC 1554
|.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 755 CGCAGGCCCAGCAGGGACAGCAGCAGGTTCTTCGTGGAGGAGCTAGCCAACGTCCTTTGACCCCAAATCAGAAC 828
Query 1555 CAGCAGGGACAGCAAACGGATCCCCTTGTGGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCCCTTGCATTTGGACAAGGTCT 1628
|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||..|
Sbjct 829 CAGCAGGGACAACAAACAGATCCCCTTGTAGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCTCTTGCCTTTGGACAAGGATT 902
Query 1629 GGCAGCAGGCATGCCAGGTTATCCGGTGTTGGCTCCTGCTGCTTACTATGACCAAACTGGTGCCCTTGTAGTGA 1702
|||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 903 GGCTGCAGGTATGCCAGGTTATCCAGTCTTGGCACCTGCTGCTTACTATGACCAAACTGGTGCCCTTGTGGTGA 976
Query 1703 ATGCAGGCGCGAGAAATGGTCTTGGAGCTCCTGTTCGACTTGTAGCTCCTGCCCCAGTCATCATTAGTTCCTCA 1776
|||||||.||.||||||||.||.||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 977 ATGCAGGGGCAAGAAATGGCCTCGGAGCTCCAGTCCGGCTTGTTGCTCCAGCCCCAGTCATCATTAGCTCCTCA 1050
Query 1777 GCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCAGCCGCAGCTTCAGCAAATGGAGCAGCTGGTGGTCTTGCTGGAACAACAAA 1850
|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1051 GCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCGGCTGCAGCGTCAGCAAACGGAGCAGCTGGTGGTCTTGCCGGAACTACAAA 1124
Query 1851 TGGACCATTTCGCCCTTTAGGAACACAGCAGCCTCAGCCCCAGCCCCAGCAGCAGCCCAATAACAACCTGGCAT 1924
||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||.||||||.|||||.|
Sbjct 1125 TGGACCATTTCGACCTTTAGGCACCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCCTCAGCAGCAGCCCAGTAACAATCTGGCTT 1198
Query 1925 CCAGTTCTTTCTACGGCAACAACTCTCTGAACAGCAATTCACAGAGCAGCTCCCTCTTCTCCCAGGGCTCTGCC 1998
||||.||||||||.||||||||||||||||.|||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1199 CCAGCTCTTTCTATGGCAACAACTCTCTGAGCAGTAACTCCCAGAGCAGCTCCCTCTTCTCTCAGGGCTCTGCA 1272
Query 1999 CAGCCTGCCAACACATCCTTGGGATTCGGAAGTAGCAGTTCTCTCGGCGCCACCCTGGGATCCGCCCTTGGAGG 2072
||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1273 CAGCCTGCCAACACGTCCTTGGGATTCGGAAGCAGCAGTTCCCTTGGTGCCACCCTGGGATCGGCCCTTGGAGG 1346
Query 2073 GTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGACTGGCAGCAGTGACC 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1347 GTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGACTGGCAGCAGTGACC 1420
Query 2147 TTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGACCCCCATTGGACACAGTTTTTATAACGGCCTTAGCTTTTCCTCCTCT 2220
||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||.||||||||||
Sbjct 1421 TTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGGCCCCCATTGGACACAGTTTTTATAGCAGCCTTAGCTATTCCTCCTCT 1494
Query 2221 CCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACCTCCTTCCCTCTCTTC 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 CCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACCTCCTTCCCTCTCTTC 1568
Query 2295 ACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACGAACGGCAGTGGAAGATACATCTCTGCTGCTCCAG 2368
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1569 ACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACAAACGGCAGTGGAAGATACATCTCTGCTGCTCCCG 1642
Query 2369 GCGCTGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGCGCCTCCAGCCTCTTCAGCCCGAGCAGCACTCTTTTCTCTTCC 2442
|.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 1643 GTGCCGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGTGCCTCCAGCCTTTTCAGCCCCAGCAGCACCCTTTTTTCTTCC 1716
Query 2443 TCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTCATGCCTTCTGGCAGGAGCAGGCTTTTGGAAGATTTTCGAAACAA 2516
|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1717 TCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTTATGCCCTCTGGCAGGAGCAGACTTCTGGAAGATTTTCGAAACAA 1790
Query 2517 CCGGTACCCCAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGACATATAATGGAATTTTCCCAAGACCAGCATGGGTCCA 2590
|||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 1791 CCGGTACCCTAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGGCATATAATGGAATTTTCTCAAGACCAGCATGGCTCTA 1864
Query 2591 GATTCATTCAGCTGAAACTGGAGCGTGCCACACCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAATGAAATCCTCCAGGCT 2664
|||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 GATTCATTCAGCTGAAACTAGAGCGTGCCACAGCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAATGAAATCCTCCAGGCT 1938
Query 2665 GCCTACCAACTCATGGTGGATGTGTTTGGTAATTACGTCATTCAGAAGTTCTTTGAATTTGGCAGTCTTGAACA 2738
||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1939 GCGTACCAACTTATGGTGGATGTGTTTGGAAATTACGTCATTCAGAAGTTTTTTGAATTTGGCAGTCATGAACA 2012
Query 2739 GAAGCTGGCTTTGGCAGAACGGATTCGAGGCCACGTCCTGTCATTGGCACTACAGATGTATGGCTGCCGTGTTA 2812
||||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.||.|
Sbjct 2013 GAAGCTGGCTCTGGCTGAACGGATTCGAGGCCATGTCCTATCATTGGCACTGCAGATGTACGGCTGCCGAGTCA 2086
Query 2813 TCCAGAAAGCTCTTGAGTTTATTCCTTCAGACCAGCAGAATGAGATGGTTCGGGAACTAGATGGCCATGTCTTG 2886
|||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||.||
Sbjct 2087 TCCAGAAAGCTTTGGAGTTTATTCCCTCAGACCAGCAGAACGAGATGGTGCGGGAGCTAGATGGCCATGTCCTG 2160
Query 2887 AAGTGTGTGAAAGATCAGAATGGCAATCACGTGGTTCAGAAATGCATTGAATGTGTACAGCCCCAGTCTTTGCA 2960
||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 AAGTGTGTGAAAGACCAGAACGGCAACCATGTGGTTCAGAAGTGCATTGAGTGTGTACAGCCCCAGTCTTTGCA 2234
Query 2961 ATTTATCATCGATGCGTTTAAGGGACAGGTATTTGCCTTATCCACACATCCTTATGGCTGCCGAGTGATTCAGA 3034
.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||.||.||.||.||.|||||..|.|||||.||||
Sbjct 2235 GTTTATCATCGATGCATTCAAGGGGCAGGTGTTTGCTTTGTCTACGCACCCGTACGGCTGTAGGGTGATCCAGA 2308
Query 3035 GAATCCTGGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACACTCCCTATTTTAGAGGAGCTTCACCAGCACACAGAGCAGCTT 3108
|.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||..|.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 GGATCCTAGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACCCTCCCCATCCTGGAGGAGCTTCACCAGCACACAGAGCAGCTT 2382
Query 3109 GTACAGGATCAATATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCACGGTCGTCCTGAGGATAAAAGCAAAAT 3182
||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2383 GTGCAGGATCAGTATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCATGGTCGTCCTGAGGATAAAAGCAAAAT 2456
Query 3183 TGTAGCAGAAATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAATTTGCAAGCAATGTTGTGGAGAAGTGTG 3256
|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TGTAGCAGAGATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAGTTTGCAAGCAATGTTGTGGAGAAGTGTG 2530
Query 3257 TTACTCACGCCTCACGTACGGAGCGCGCTGTGCTCATCGATGAGGTGTGCACCATGAACGACGGTCCCCACAGT 3330
|||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2531 TTACTCACGCCTCACGTACAGAGCGTGCTGTGCTCATTGATGAGGTGTGCACCATGAACGACGGTCCCCACAGT 2604
Query 3331 GCCTTATACACCATGATGAAGGACCAGTATGCCAACTACGTGGTCCAGAAGATGATTGACGTGGCGGAGCCAGG 3404
|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||
Sbjct 2605 GCCTTATACACCATGATGAAGGATCAGTATGCTAACTATGTGGTCCAGAAGATGATCGATGTGGCTGAGCCGGG 2678
Query 3405 CCAGCGGAAGATCGTCATGCATAAGATCCGGCCCCACATCGCAACTCTTCGTAAGTACACCTATGGCAAGCACA 3478
.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 2679 TCAGCGGAAGATTGTCATGCACAAGATCCGGCCACACATTGCGACGCTTCGAAAGTACACCTATGGCAAGCACA 2752
Query 3479 TTCTGGCCAAGCTGGAGAAGTACTACATGAAGAACGGTGTTGACTTAGGGCCCATCTGTGGCCCCCCTAATGGT 3552
|.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2753 TCCTGGCCAAGCTCGAGAAGTACTACATGAAGAATGGCGTGGACTTGGGGCCCATTTGTGGTCCCCCTAATGGT 2826
Query 3553 ATCATC 3558
||||||
Sbjct 2827 ATCATC 2832
