Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07469
• Subject: XM_006539306.3
• Aligned Length: 3579
• Identities: 2786
• Gaps: 591

Alignment

Query    1  ATGAGCGTTGCATGTGTCTTGAAGAGAAAAGCAGTGCTTTGGCAGGACTCTTTCAGCCCCCACCTGAAACATCA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CCCTCAAGAACCAGCTAATCCCAACATGCCTGTTGTTTTGACATCTGGAACAGGGTCGCAAGCGCAGCCACAAC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CAGCTGCAAATCAGGCTCTTGCAGCTGGGACTCACTCCAGCCCTGTCCCAGGATCTATAGGAGTTGCAGGCCGT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TCCCAGGACGACGCTATGGTGGACTACTTCTTTCAGAGGCAGCATGGTGAGCAGCTTGGGGGAGGAGGAAGTGG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AGGAGGCGGCTATAATAATAGCAAACATCGATGGCCTACTGGGGATAACATTCATGCAGAACATCAGGTGCGTT  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  CCATGGATGAACTGAATCATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAGGGAAGAGCGATGGGAGAGCAGCTCTTGCCA  444
                              |||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.|   |||||||||||
Sbjct    1  ------------------ATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAAGGGAGAGCTATGGGCG---AGCTCTTGCCA  53

Query  445  GGTAAAAAGTTTTGGGAAACAGATGAATCCAGCAAAGATGGACCAAAAGGAATATTCCTGGGTGATCAATGGCG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   54  GGTAAAAAGTTTTGGGAAACAGATGAATCCAGCAAAGATGGACCAAAAGGAATATTCCTGGGTGATCAATGGCG  127

Query  519  AGACAGTGCCTGGGGAACATCAGATCATTCAGTTTCCCAGCCAATCATGGTGCAGAGAAGACCTGGTCAGAGTT  592
            |||||||||||||||||||||||                                                   
Sbjct  128  AGACAGTGCCTGGGGAACATCAG---------------------------------------------------  150

Query  593  TCCATGTGAACAGTGAGGTCAATTCTGTACTGTCCCCACGATCGGAGAGTGGGGGACTAGGCGTTAGCATGGTG  666
                                                                                      
Sbjct  151  --------------------------------------------------------------------------  150

Query  667  GAGTATGTGTTGAGCTCATCCCCGGGCGATTCCTGTCTAAGAAAAGGAGGATTTGGCCCAAGGGATGCAGACAG  740
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct  151  ------------------------------------------------------GGCCCAAGGGATGCAGACAG  170

Query  741  TGATGAAAACGACAAAGGTGAAAAGAAGAACAAGGGTACGTTTGATGGAGATAAGCTAGGAGATTTGAAGGAGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  171  TGATGAAAACGACAAAGGTGAAAAGAAGAACAAGGGTACGTTTGATGGAGATAAGCTAGGAGATTTGAAGGAGG  244

Query  815  AGGGTGATGTGATGGACAAGACCAATGGTTTACCAGTGCAGAATGGGATTGATGCAGACGTCAAAGATTTTAGC  888
            ||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  245  AGGGAGATGTGATGGACAAGACCAATGGTTTGCCAGTGCAGAATGGGATTGATGCAGACGTCAAAGATTTTAGC  318

Query  889  CGTACCCCTGGTAATTGCCAGAACTCTGCTAATGAAGTGGATCTTCTGGGTCCAAACCAGAATGGTTCTGAGGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  319  CGTACCCCTGGTAATTGCCAGAACTCTGCTAATGAAGTGGATCTTCTGGGTCCAAACCAGAATGGTTCTGAGGG  392

Query  963  CTTAGCCCAGCTGACCAGCACCAATGGTGCCAAGCCTGTGGAGGATTTCTCCAACATGGAGTCCCAGAGTGTCC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  393  CTTAGCCCAGCTGACCAGCACCAATGGTGCCAAGCCTGTGGAGGATTTCTCCAACATGGAGTCCCAGAGTGTCC  466

Query 1037  CCTTGGACCCCATGGAACATGTGGGCATGGAGCCTCTTCAGTTTGATTATTCAGGCACGCAGGTACCTGTGGAC  1110
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  467  CCTTGGACCCCATGGAACATGTGGGCATGGAGCCTCTGCAGTTTGATTATTCAGGCACGCAGGTACCTGTGGAC  540

Query 1111  TCAGCAGCAGCAACTGTGGGACTTTTTGACTACAATTCTCAACAACAGCTGTTCCAAAGACCTAATGCGCTTGC  1184
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||
Sbjct  541  TCTGCAGCAGCAACTGTGGGACTTTTTGACTACAATTCTCAACAACAGCTATTCCAAAGACCCAATGCACTTGC  614

Query 1185  TGTCCAGCAGTTGACAGCTGCTCAGCAGCAGCAGTATGCACTGGCAGCTGCTCATCAGCCGCACATC-------  1251
            |||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.||||||       
Sbjct  615  TGTTCAGCAGTTGACAGCTGCCCAGCAGCAGCAGTATGCACTTGCAGCAGCCCACCAGCCTCACATCGGTATGT  688

Query 1252  --------GGTTTAGCTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAATCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGAC  1317
                    |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  689  TTCCAGCAGGTTTAGCTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAACCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGAC  762

Query 1318  CCCTACACAGCTGGATTGGCTGCAGCAGCGACACTAGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAGTATTATGGAGTTAC  1391
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct  763  CCCTACACAGCTGGATTGGCTGCAGCAGCGACACTCGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAATATTATGGAGTCAC  836

Query 1392  TCCCTGGGGAGTCTACCCTGCCAGTCTTTTCCAGCAGCAAGCTGCCGCTGCCGCTGCAGCAACTAATTCAGCTA  1465
            .||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.||.||.||.||||
Sbjct  837  GCCATGGGGTGTCTACCCTGCCAGTCTCTTCCAGCAGCAGGCAGCTGCAGCTGCAGCAGCTACAAACTCTGCTA  910

Query 1466  ATCAACAGACCACCCCACAGGCTCAGCAAGGACAGCAGCAGGTTCTCCGTGGAGGAGCCAGCCAACGTCCTTTG  1539
            .|||.||||.|.|.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  911  CTCAGCAGAGCGCTCCGCAGGCCCAGCAGGGACAGCAGCAGGTTCTTCGTGGAGGAGCTAGCCAACGTCCTTTG  984

Query 1540  ACCCCAAACCAGAACCAGCAGGGACAGCAAACGGATCCCCTTGTGGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCCCTTGC  1613
            ||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  985  ACCCCAAATCAGAACCAGCAGGGACAACAAACAGATCCCCTTGTAGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCTCTTGC  1058

Query 1614  ATTTGGACAAGGTCTGGCAGCAGGCATGCCAGGTTATCCGGTGTTGGCTCCTGCTGCTTACTATGACCAAACTG  1687
            .|||||||||||..||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059  CTTTGGACAAGGATTGGCTGCAGGTATGCCAGGTTATCCAGTCTTGGCACCTGCTGCTTACTATGACCAAACTG  1132

Query 1688  GTGCCCTTGTAGTGAATGCAGGCGCGAGAAATGGTCTTGGAGCTCCTGTTCGACTTGTAGCTCCTGCCCCAGTC  1761
            ||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1133  GTGCCCTTGTGGTGAATGCAGGGGCAAGAAATGGCCTCGGAGCTCCAGTCCGGCTTGTTGCTCCAGCCCCAGTC  1206

Query 1762  ATCATTAGTTCCTCAGCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCAGCCGCAGCTTCAGCAAATGGAGCAGCTGGTGGTCT  1835
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1207  ATCATTAGCTCCTCAGCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCGGCTGCAGCGTCAGCAAACGGAGCAGCTGGTGGTCT  1280

Query 1836  TGCTGGAACAACAAATGGACCATTTCGCCCTTTAGGAACACAGCAGCCTCAGCCCCAGCCCCAGCAGCAGCCCA  1909
            |||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1281  TGCCGGAACTACAAATGGACCATTTCGACCTTTAGGCACCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCCTCAGCAGCAGCCCA  1354

Query 1910  ATAACAACCTGGCATCCAGTTCTTTCTACGGCAACAACTCTCTGAACAGCAATTCACAGAGCAGCTCCCTCTTC  1983
            .||||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||.|||.||.||.||||||||||||||||||
Sbjct 1355  GTAACAATCTGGCTTCCAGCTCTTTCTATGGCAACAACTCTCTGAGCAGTAACTCCCAGAGCAGCTCCCTCTTC  1428

Query 1984  TCCCAGGGCTCTGCCCAGCCTGCCAACACATCCTTGGGATTCGGAAGTAGCAGTTCTCTCGGCGCCACCCTGGG  2057
            ||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1429  TCTCAGGGCTCTGCACAGCCTGCCAACACGTCCTTGGGATTCGGAAGCAGCAGTTCCCTTGGTGCCACCCTGGG  1502

Query 2058  ATCCGCCCTTGGAGGGTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGA  2131
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503  ATCGGCCCTTGGAGGGTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGA  1576

Query 2132  CTGGCAGCAGTGACCTTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGACCCCCATTGGACACAGTTTTTATAACGGCCTT  2205
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||
Sbjct 1577  CTGGCAGCAGTGACCTTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGGCCCCCATTGGACACAGTTTTTATAGCAGCCTT  1650

Query 2206  AGCTTTTCCTCCTCTCCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACC  2279
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651  AGCTATTCCTCCTCTCCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACC  1724

Query 2280  TCCTTCCCTCTCTTCACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACGAACGGCAGTGGAAGATACA  2353
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1725  TCCTTCCCTCTCTTCACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACAAACGGCAGTGGAAGATACA  1798

Query 2354  TCTCTGCTGCTCCAGGCGCTGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGCGCCTCCAGCCTCTTCAGCCCGAGCAGC  2427
            |||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1799  TCTCTGCTGCTCCCGGTGCCGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGTGCCTCCAGCCTTTTCAGCCCCAGCAGC  1872

Query 2428  ACTCTTTTCTCTTCCTCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTCATGCCTTCTGGCAGGAGCAGGCTTTTGGA  2501
            ||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||.||||
Sbjct 1873  ACCCTTTTTTCTTCCTCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTTATGCCCTCTGGCAGGAGCAGACTTCTGGA  1946

Query 2502  AGATTTTCGAAACAACCGGTACCCCAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGACATATAATGGAATTTTCCCAAG  2575
            ||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 1947  AGATTTTCGAAACAACCGGTACCCTAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGGCATATAATGGAATTTTCTCAAG  2020

Query 2576  ACCAGCATGGGTCCAGATTCATTCAGCTGAAACTGGAGCGTGCCACACCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAAT  2649
            ||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2021  ACCAGCATGGCTCTAGATTCATTCAGCTGAAACTAGAGCGTGCCACAGCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAAT  2094

Query 2650  GAAATCCTCCAGGCTGCCTACCAACTCATGGTGGATGTGTTTGGTAATTACGTCATTCAGAAGTTCTTTGAATT  2723
            |||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2095  GAAATCCTCCAGGCTGCGTACCAACTTATGGTGGATGTGTTTGGAAATTACGTCATTCAGAAGTTTTTTGAATT  2168

Query 2724  TGGCAGTCTTGAACAGAAGCTGGCTTTGGCAGAACGGATTCGAGGCCACGTCCTGTCATTGGCACTACAGATGT  2797
            ||||||||.||||||||||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 2169  TGGCAGTCATGAACAGAAGCTGGCTCTGGCTGAACGGATTCGAGGCCATGTCCTATCATTGGCACTGCAGATGT  2242

Query 2798  ATGGCTGCCGTGTTATCCAGAAAGCTCTTGAGTTTATTCCTTCAGACCAGCAG------AATGAGATGGTTCGG  2865
            |.||||||||.||.||||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||      ||.||||||||.|||
Sbjct 2243  ACGGCTGCCGAGTCATCCAGAAAGCTTTGGAGTTTATTCCCTCAGACCAGCAGGTAATTAACGAGATGGTGCGG  2316

Query 2866  GAACTAGATGGCCATGTCTTGAAGTGTGTGAAAGATCAGAATGGCAATCACGTGGTTCAGAAATGCATTGAATG  2939
            ||.|||||||||||||||.||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.||
Sbjct 2317  GAGCTAGATGGCCATGTCCTGAAGTGTGTGAAAGACCAGAACGGCAACCATGTGGTTCAGAAGTGCATTGAGTG  2390

Query 2940  TGTACAGCCCCAGTCTTTGCAATTTATCATCGATGCGTTTAAGGGACAGGTATTTGCCTTATCCACACATCCTT  3013
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||.||.||.||.|
Sbjct 2391  TGTACAGCCCCAGTCTTTGCAGTTTATCATCGATGCATTCAAGGGGCAGGTGTTTGCTTTGTCTACGCACCCGT  2464

Query 3014  ATGGCTGCCGAGTGATTCAGAGAATCCTGGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACACTCCCTATTTTAGAGGAGCTT  3087
            |.|||||..|.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||..|.|||||||||
Sbjct 2465  ACGGCTGTAGGGTGATCCAGAGGATCCTAGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACCCTCCCCATCCTGGAGGAGCTT  2538

Query 3088  CACCAGCACACAGAGCAGCTTGTACAGGATCAATATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCACGGTCG  3161
            |||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2539  CACCAGCACACAGAGCAGCTTGTGCAGGATCAGTATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCATGGTCG  2612

Query 3162  TCCTGAGGATAAAAGCAAAATTGTAGCAGAAATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAATTTGCAA  3235
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2613  TCCTGAGGATAAAAGCAAAATTGTAGCAGAGATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAGTTTGCAA  2686

Query 3236  GCAATGTTGTGGAGAAGTGTGTTACTCACGCCTCACGTACGGAGCGCGCTGTGCTCATCGATGAGGTGTGCACC  3309
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2687  GCAATGTTGTGGAGAAGTGTGTTACTCACGCCTCACGTACAGAGCGTGCTGTGCTCATTGATGAGGTGTGCACC  2760

Query 3310  ATGAACGACGGTCCCCACAGTGCCTTATACACCATGATGAAGGACCAGTATGCCAACTACGTGGTCCAGAAGAT  3383
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2761  ATGAACGACGGTCCCCACAGTGCCTTATACACCATGATGAAGGATCAGTATGCTAACTATGTGGTCCAGAAGAT  2834

Query 3384  GATTGACGTGGCGGAGCCAGGCCAGCGGAAGATCGTCATGCATAAGATCCGGCCCCACATCGCAACTCTTCGTA  3457
            |||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.|
Sbjct 2835  GATCGATGTGGCTGAGCCGGGTCAGCGGAAGATTGTCATGCACAAGATCCGGCCACACATTGCGACGCTTCGAA  2908

Query 3458  AGTACACCTATGGCAAGCACATTCTGGCCAAGCTGGAGAAGTACTACATGAAGAACGGTGTTGACTTAGGGCCC  3531
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||
Sbjct 2909  AGTACACCTATGGCAAGCACATCCTGGCCAAGCTCGAGAAGTACTACATGAAGAATGGCGTGGACTTGGGGCCC  2982

Query 3532  ATCTGTGGCCCCCCTAATGGTATCATC  3558
            ||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2983  ATTTGTGGTCCCCCTAATGGTATCATC  3009