Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07469
- Subject:
- XM_011250360.2
- Aligned Length:
- 3579
- Identities:
- 2704
- Gaps:
- 669
Alignment
Query 1 ATGAGCGTTGCATGTGTCTTGAAGAGAAAAGCAGTGCTTTGGCAGGACTCTTTCAGCCCCCACCTGAAACATCA 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 CCCTCAAGAACCAGCTAATCCCAACATGCCTGTTGTTTTGACATCTGGAACAGGGTCGCAAGCGCAGCCACAAC 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 CAGCTGCAAATCAGGCTCTTGCAGCTGGGACTCACTCCAGCCCTGTCCCAGGATCTATAGGAGTTGCAGGCCGT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 TCCCAGGACGACGCTATGGTGGACTACTTCTTTCAGAGGCAGCATGGTGAGCAGCTTGGGGGAGGAGGAAGTGG 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 AGGAGGCGGCTATAATAATAGCAAACATCGATGGCCTACTGGGGATAACATTCATGCAGAACATCAGGTGCGTT 370
|| |||.||.|
Sbjct 1 --------------------------------------------------------------AT--GGTACGCT 10
Query 371 CCATGGATGAACTGAATCATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAGGGAAGAGCGATGGGAGAGCAGCTCTTGCCA 444
|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||
Sbjct 11 CTATGGATGAATTGAATCATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAAGGGAGAGCTATGGGCGAG------------ 72
Query 445 GGTAAAAAGTTTTGGGAAACAGATGAATCCAGCAAAGATGGACCAAAAGGAATATTCCTGGGTGATCAATGGCG 518
Sbjct 73 -------------------------------------------------------------------------- 72
Query 519 AGACAGTGCCTGGGGAACATCAGATCATTCAGTTTCCCAGCCAATCATGGTGCAGAGAAGACCTGGTCAGAGTT 592
Sbjct 73 -------------------------------------------------------------------------- 72
Query 593 TCCATGTGAACAGTGAGGTCAATTCTGTACTGTCCCCACGATCGGAGAGTGGGGGACTAGGCGTTAGCATGGTG 666
Sbjct 73 -------------------------------------------------------------------------- 72
Query 667 GAGTATGTGTTGAGCTCATCCCCGGGCGATTCCTGTCTAAGAAAAGGAGGATTTGGCCCAAGGGATGCAGACAG 740
||||||||||||||||||||
Sbjct 73 ------------------------------------------------------GGCCCAAGGGATGCAGACAG 92
Query 741 TGATGAAAACGACAAAGGTGAAAAGAAGAACAAGGGTACGTTTGATGGAGATAAGCTAGGAGATTTGAAGGAGG 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 93 TGATGAAAACGACAAAGGTGAAAAGAAGAACAAGGGTACGTTTGATGGAGATAAGCTAGGAGATTTGAAGGAGG 166
Query 815 AGGGTGATGTGATGGACAAGACCAATGGTTTACCAGTGCAGAATGGGATTGATGCAGACGTCAAAGATTTTAGC 888
||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 167 AGGGAGATGTGATGGACAAGACCAATGGTTTGCCAGTGCAGAATGGGATTGATGCAGACGTCAAAGATTTTAGC 240
Query 889 CGTACCCCTGGTAATTGCCAGAACTCTGCTAATGAAGTGGATCTTCTGGGTCCAAACCAGAATGGTTCTGAGGG 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGTACCCCTGGTAATTGCCAGAACTCTGCTAATGAAGTGGATCTTCTGGGTCCAAACCAGAATGGTTCTGAGGG 314
Query 963 CTTAGCCCAGCTGACCAGCACCAATGGTGCCAAGCCTGTGGAGGATTTCTCCAACATGGAGTCCCAGAGTGTCC 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 CTTAGCCCAGCTGACCAGCACCAATGGTGCCAAGCCTGTGGAGGATTTCTCCAACATGGAGTCCCAGAGTGTCC 388
Query 1037 CCTTGGACCCCATGGAACATGTGGGCATGGAGCCTCTTCAGTTTGATTATTCAGGCACGCAGGTACCTGTGGAC 1110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 389 CCTTGGACCCCATGGAACATGTGGGCATGGAGCCTCTGCAGTTTGATTATTCAGGCACGCAGGTACCTGTGGAC 462
Query 1111 TCAGCAGCAGCAACTGTGGGACTTTTTGACTACAATTCTCAACAACAGCTGTTCCAAAGACCTAATGCGCTTGC 1184
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 463 TCTGCAGCAGCAACTGTGGGACTTTTTGACTACAATTCTCAACAACAGCTATTCCAAAGACCCAATGCACTTGC 536
Query 1185 TGTCCAGCAGTTGACAGCTGCTCAGCAGCAGCAGTATGCACTGGCAGCTGCTCATCAGCCGCACATC------- 1251
|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.||||||
Sbjct 537 TGTTCAGCAGTTGACAGCTGCCCAGCAGCAGCAGTATGCACTTGCAGCAGCCCACCAGCCTCACATCGGTATGT 610
Query 1252 --------GGTTTAGCTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAATCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGAC 1317
|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 TTCCAGCAGGTTTAGCTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAACCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGAC 684
Query 1318 CCCTACACAGCTGGATTGGCTGCAGCAGCGACACTAGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAGTATTATGGAGTTAC 1391
|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 685 CCCTACACAGCTGGATTGGCTGCAGCAGCGACACTCGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAATATTATGGAGTCAC 758
Query 1392 TCCCTGGGGAGTCTACCCTGCCAGTCTTTTCCAGCAGCAAGCTGCCGCTGCCGCTGCAGCAACTAATTCAGCTA 1465
.||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.||.||.||.||||
Sbjct 759 GCCATGGGGTGTCTACCCTGCCAGTCTCTTCCAGCAGCAGGCAGCTGCAGCTGCAGCAGCTACAAACTCTGCTA 832
Query 1466 ATCAACAGACCACCCCACAGGCTCAGCAAGGACAGCAGCAGGTTCTCCGTGGAGGAGCCAGCCAACGTCCTTTG 1539
.|||.||||.|.|.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 833 CTCAGCAGAGCGCTCCGCAGGCCCAGCAGGGACAGCAGCAGGTTCTTCGTGGAGGAGCTAGCCAACGTCCTTTG 906
Query 1540 ACCCCAAACCAGAACCAGCAGGGACAGCAAACGGATCCCCTTGTGGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCCCTTGC 1613
||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 907 ACCCCAAATCAGAACCAGCAGGGACAACAAACAGATCCCCTTGTAGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCTCTTGC 980
Query 1614 ATTTGGACAAGGTCTGGCAGCAGGCATGCCAGGTTATCCGGTGTTGGCTCCTGCTGCTTACTATGACCAAACTG 1687
.|||||||||||..||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 CTTTGGACAAGGATTGGCTGCAGGTATGCCAGGTTATCCAGTCTTGGCACCTGCTGCTTACTATGACCAAACTG 1054
Query 1688 GTGCCCTTGTAGTGAATGCAGGCGCGAGAAATGGTCTTGGAGCTCCTGTTCGACTTGTAGCTCCTGCCCCAGTC 1761
||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1055 GTGCCCTTGTGGTGAATGCAGGGGCAAGAAATGGCCTCGGAGCTCCAGTCCGGCTTGTTGCTCCAGCCCCAGTC 1128
Query 1762 ATCATTAGTTCCTCAGCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCAGCCGCAGCTTCAGCAAATGGAGCAGCTGGTGGTCT 1835
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1129 ATCATTAGCTCCTCAGCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCGGCTGCAGCGTCAGCAAACGGAGCAGCTGGTGGTCT 1202
Query 1836 TGCTGGAACAACAAATGGACCATTTCGCCCTTTAGGAACACAGCAGCCTCAGCCCCAGCCCCAGCAGCAGCCCA 1909
|||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1203 TGCCGGAACTACAAATGGACCATTTCGACCTTTAGGCACCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCCTCAGCAGCAGCCCA 1276
Query 1910 ATAACAACCTGGCATCCAGTTCTTTCTACGGCAACAACTCTCTGAACAGCAATTCACAGAGCAGCTCCCTCTTC 1983
.||||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||.|||.||.||.||||||||||||||||||
Sbjct 1277 GTAACAATCTGGCTTCCAGCTCTTTCTATGGCAACAACTCTCTGAGCAGTAACTCCCAGAGCAGCTCCCTCTTC 1350
Query 1984 TCCCAGGGCTCTGCCCAGCCTGCCAACACATCCTTGGGATTCGGAAGTAGCAGTTCTCTCGGCGCCACCCTGGG 2057
||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1351 TCTCAGGGCTCTGCACAGCCTGCCAACACGTCCTTGGGATTCGGAAGCAGCAGTTCCCTTGGTGCCACCCTGGG 1424
Query 2058 ATCCGCCCTTGGAGGGTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGA 2131
|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 ATCGGCCCTTGGAGGGTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGA 1498
Query 2132 CTGGCAGCAGTGACCTTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGACCCCCATTGGACACAGTTTTTATAACGGCCTT 2205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||
Sbjct 1499 CTGGCAGCAGTGACCTTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGGCCCCCATTGGACACAGTTTTTATAGCAGCCTT 1572
Query 2206 AGCTTTTCCTCCTCTCCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACC 2279
||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1573 AGCTATTCCTCCTCTCCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACC 1646
Query 2280 TCCTTCCCTCTCTTCACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACGAACGGCAGTGGAAGATACA 2353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1647 TCCTTCCCTCTCTTCACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACAAACGGCAGTGGAAGATACA 1720
Query 2354 TCTCTGCTGCTCCAGGCGCTGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGCGCCTCCAGCCTCTTCAGCCCGAGCAGC 2427
|||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1721 TCTCTGCTGCTCCCGGTGCCGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGTGCCTCCAGCCTTTTCAGCCCCAGCAGC 1794
Query 2428 ACTCTTTTCTCTTCCTCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTCATGCCTTCTGGCAGGAGCAGGCTTTTGGA 2501
||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||.||||
Sbjct 1795 ACCCTTTTTTCTTCCTCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTTATGCCCTCTGGCAGGAGCAGACTTCTGGA 1868
Query 2502 AGATTTTCGAAACAACCGGTACCCCAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGACATATAATGGAATTTTCCCAAG 2575
||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 1869 AGATTTTCGAAACAACCGGTACCCTAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGGCATATAATGGAATTTTCTCAAG 1942
Query 2576 ACCAGCATGGGTCCAGATTCATTCAGCTGAAACTGGAGCGTGCCACACCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAAT 2649
||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 ACCAGCATGGCTCTAGATTCATTCAGCTGAAACTAGAGCGTGCCACAGCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAAT 2016
Query 2650 GAAATCCTCCAGGCTGCCTACCAACTCATGGTGGATGTGTTTGGTAATTACGTCATTCAGAAGTTCTTTGAATT 2723
|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2017 GAAATCCTCCAGGCTGCGTACCAACTTATGGTGGATGTGTTTGGAAATTACGTCATTCAGAAGTTTTTTGAATT 2090
Query 2724 TGGCAGTCTTGAACAGAAGCTGGCTTTGGCAGAACGGATTCGAGGCCACGTCCTGTCATTGGCACTACAGATGT 2797
||||||||.||||||||||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 2091 TGGCAGTCATGAACAGAAGCTGGCTCTGGCTGAACGGATTCGAGGCCATGTCCTATCATTGGCACTGCAGATGT 2164
Query 2798 ATGGCTGCCGTGTTATCCAGAAAGCTCTTGAGTTTATTCCTTCAGACCAGCAG------AATGAGATGGTTCGG 2865
|.||||||||.||.||||||||||||.|.|||||||||||.|||||||||||| ||.||||||||.|||
Sbjct 2165 ACGGCTGCCGAGTCATCCAGAAAGCTTTGGAGTTTATTCCCTCAGACCAGCAGGTAATTAACGAGATGGTGCGG 2238
Query 2866 GAACTAGATGGCCATGTCTTGAAGTGTGTGAAAGATCAGAATGGCAATCACGTGGTTCAGAAATGCATTGAATG 2939
||.|||||||||||||||.||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.||
Sbjct 2239 GAGCTAGATGGCCATGTCCTGAAGTGTGTGAAAGACCAGAACGGCAACCATGTGGTTCAGAAGTGCATTGAGTG 2312
Query 2940 TGTACAGCCCCAGTCTTTGCAATTTATCATCGATGCGTTTAAGGGACAGGTATTTGCCTTATCCACACATCCTT 3013
|||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||.||.||.||.|
Sbjct 2313 TGTACAGCCCCAGTCTTTGCAGTTTATCATCGATGCATTCAAGGGGCAGGTGTTTGCTTTGTCTACGCACCCGT 2386
Query 3014 ATGGCTGCCGAGTGATTCAGAGAATCCTGGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACACTCCCTATTTTAGAGGAGCTT 3087
|.|||||..|.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||..|.|||||||||
Sbjct 2387 ACGGCTGTAGGGTGATCCAGAGGATCCTAGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACCCTCCCCATCCTGGAGGAGCTT 2460
Query 3088 CACCAGCACACAGAGCAGCTTGTACAGGATCAATATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCACGGTCG 3161
|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2461 CACCAGCACACAGAGCAGCTTGTGCAGGATCAGTATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCATGGTCG 2534
Query 3162 TCCTGAGGATAAAAGCAAAATTGTAGCAGAAATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAATTTGCAA 3235
||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2535 TCCTGAGGATAAAAGCAAAATTGTAGCAGAGATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAGTTTGCAA 2608
Query 3236 GCAATGTTGTGGAGAAGTGTGTTACTCACGCCTCACGTACGGAGCGCGCTGTGCTCATCGATGAGGTGTGCACC 3309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2609 GCAATGTTGTGGAGAAGTGTGTTACTCACGCCTCACGTACAGAGCGTGCTGTGCTCATTGATGAGGTGTGCACC 2682
Query 3310 ATGAACGACGGTCCCCACAGTGCCTTATACACCATGATGAAGGACCAGTATGCCAACTACGTGGTCCAGAAGAT 3383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2683 ATGAACGACGGTCCCCACAGTGCCTTATACACCATGATGAAGGATCAGTATGCTAACTATGTGGTCCAGAAGAT 2756
Query 3384 GATTGACGTGGCGGAGCCAGGCCAGCGGAAGATCGTCATGCATAAGATCCGGCCCCACATCGCAACTCTTCGTA 3457
|||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.|
Sbjct 2757 GATCGATGTGGCTGAGCCGGGTCAGCGGAAGATTGTCATGCACAAGATCCGGCCACACATTGCGACGCTTCGAA 2830
Query 3458 AGTACACCTATGGCAAGCACATTCTGGCCAAGCTGGAGAAGTACTACATGAAGAACGGTGTTGACTTAGGGCCC 3531
||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||
Sbjct 2831 AGTACACCTATGGCAAGCACATCCTGGCCAAGCTCGAGAAGTACTACATGAAGAATGGCGTGGACTTGGGGCCC 2904
Query 3532 ATCTGTGGCCCCCCTAATGGTATCATC 3558
||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2905 ATTTGTGGTCCCCCTAATGGTATCATC 2931
