Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07568
• Subject: NM_001321532.2
• Aligned Length: 3276
• Identities: 2730
• Gaps: 543

Alignment

Query    1  ATGATGGATTCTCCGAAGATTGGAAATGGTTTGCCAGTGATTGGACCAGGGACTGATATAGGGATATCTTCACT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CCACATGGTGGGGTATTTGGGAAAAAATTTTGATTCAGCTAAAGTTCCATCAGATGAGTATTGCCCTGCTTGTA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GAGAGAAGGGAAAGTTAAAAGCCTTAAAGACTTACCGAATTAGTTTTCAAGAATCTATCTTTTTGTGTGAGGAT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CTGCAGTGCATCTATCCTTTGGGCTCTAAATCACTTAATAACCTAATTTCTCCTGATTTGGAAGAATGTCACAC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TCCACATAAGCCTCAGAAAAGGAAGAGCTTAGAAAGCAGCTATAAGGATTCACTTCTTTTAGCAAATTCCAAAA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AGACTAGAAATTATATTGCTATTGACGGTGGAAAAGTTTTGAACAGCAAACATAATGGAGAAGTATATGACGAA  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  ACCTCGTCAAACTTACCTGATAGTAGTGGTCAACAGAATCCAATTAGGACAGCTGATTCCTTGGAGCGGAATGA  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  GATTTTGGAAGCTGATACTGTTGACATGGCTACTACAAAAGATCCTGCTACAGTTGATGTCTCTGGAACTGGCA  592
                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------ATGGCTACTACAAAAGATCCTGCTACAGTTGATGTCTCTGGAACTGGCA  49

Query  593  GACCTTCCCCTCAAAATGAAGGATGTACATCTAAGCTGGAAATGCCACTGGAGAGCAAATGTACATCATTTCCC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   50  GACCTTCCCCTCAAAATGAAGGATGTACATCTAAACTGGAAATGCCACTGGAGAGCAAATGTACATCATTTCCC  123

Query  667  CAGGCTTTATGTGTCCAGTGGAAAAATGCTTATGCTCTCTGTTGGTTAGACTGTATCCTGTCAGCTTTGGTGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  124  CAGGCTTTATGTGTCCAGTGGAAAAATGCTTATGCTCTCTGTTGGTTAGACTGTATCCTGTCAGCTTTGGTGCA  197

Query  741  CTCGGAAGAGTTAAAGAACACCGTGACTGGACTGTGCTCGAAGGAGGAATCTATATTCTGGCGGTTGCTTACAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  198  CTCGGAAGAGTTAAAGAACACCGTGACTGGACTGTGCTCGAAGGAGGAATCTATATTCTGGCGGTTGCTTACAA  271

Query  815  AATATAATCAAGCAAATACACTTCTATATACCAGTCAATTGAGTGGTGTTAAAGATGGAGATTGTAAAAAACTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  272  AATATAATCAAGCAAATACACTTCTATATACCAGTCAATTGAGTGGTGTTAAAGATGGAGATTGTAAAAAACTT  345

Query  889  ACCTCAGAAATATTTGCAGAGATAGAGACCTGTCTGAATGAAGTTAGAGATGAAATTTTTATTAGCCTTCAGCC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  346  ACCTCAGAAATATTTGCAGAGATAGAGACCTGTCTGAATGAAGTTAGAGATGAAATTTTTATTAGCCTTCAGCC  419

Query  963  CCAGCTTAGATGCACATTAGGTGATATGGAAAGCCCTGTGTTTGCATTTCCCCTGCTCTTAAAACTAGAAACCC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  420  CCAGCTTAGATGCACATTAGGTGATATGGAAAGCCCTGTGTTTGCATTTCCCCTGCTCTTAAAACTAGAAACCC  493

Query 1037  ACATTGAAAAGCTCTTCCTATATTCTTTTTCTTGGGACTTTGAATGTTCGCAGTGTGGACACCAATATCAAAAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  494  ACATTGAAAAGCTCTTCCTATATTCTTTTTCTTGGGACTTTGAATGTTCGCAGTGTGGACACCAATATCAAAAC  567

Query 1111  AGGCATATGAAGAGTCTGGTCACCTTTACAAATGTCATCCCTGAGTGGCACCCACTTAATGCTGCCCATTTTGG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  568  AGGCATATGAAGAGTCTGGTCACCTTTACAAATGTCATCCCTGAGTGGCACCCACTTAATGCTGCCCATTTTGG  641

Query 1185  TCCATGTAACAATTGCAACAGTAAATCACAAATAAGAAAAATGGTATTAGAAAAAGTATCTCCCATATTCATGT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  642  TCCATGTAACAATTGCAACAGTAAATCACAAATAAGAAAAATGGTATTAGAAAAAGTATCTCCCATATTCATGT  715

Query 1259  TGCACTTTGTAGAAGGCTTACCACAGAATGACTTGCAGCACTATGCATTTCATTTTGAAGGCTGTCTTTATCAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  716  TGCACTTTGTAGAAGGCTTACCACAGAATGACTTGCAGCACTATGCATTTCATTTTGAAGGCTGTCTTTATCAG  789

Query 1333  ATAACTTCTGTAATTCAGTATCGAGCAAATAATCATTTTATAACATGGATTTTAGATGCTGATGGAAGTTGGCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  790  ATAACTTCTGTAATTCAGTATCGAGCAAATAATCATTTTATAACATGGATTTTAGATGCTGATGGAAGTTGGCT  863

Query 1407  GGAATGTGATGACTTAAAAGGCCCATGTTCTGAAAGGCACAAGAAATTTGAAGTTCCTGCTTCAGAGATACATA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  864  GGAATGTGATGACTTAAAAGGCCCATGTTCTGAAAGGCACAAGAAATTTGAAGTTCCTGCTTCAGAGATACATA  937

Query 1481  TTGTTATTTGGGAAAGAAAAATATCCCAAGTGACAGATAAAGAAGCTGCCTGCCTTCCACTTAAAAAGACTAAT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  938  TTGTTATTTGGGAAAGAAAAATATCCCAAGTGACAGATAAAGAAGCTGCCTGCCTTCCACTTAAAAAGACTAAT  1011

Query 1555  GACCAACACGCTCTCAGTAATGAGAAACCAGTATCTTCAACATCGTGTTCTGTGGGTGATGCTGCCTCAGCTGA  1628
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012  GACCAACACGCTCTCAGTAATGAGAAACCAGTATCTTTAACATCGTGTTCTGTGGGTGATGCTGCCTCAGCTGA  1085

Query 1629  AACAGCCTCAGTAACTCACCCTAAAGATATATCAGTTGCCCCTCGTACTCTTTCACAGGACACAGCTGTAACTC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086  AACAGCCTCAGTAACTCACCCTAAAGATATATCAGTTGCCCCTCGTACTCTTTCACAGGACACAGCTGTAACTC  1159

Query 1703  ATGGAGATCATTTACTTTCAGGTCCAAAAGGTTTGGTTGACAATATTTTACCTCTGACACTTGAAGAAACTATC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160  ATGGAGATCATTTACTTTCAGGTCCAAAAGGTTTGGTTGACAATATTTTACCTCTGACACTTGAAGAAACTATC  1233

Query 1777  CAGAAAACAGCCTCAGTTTCACAGTTAAATTCTGAAGCTTTCCTGTTAGAAAATAAACCTGTAGCAGAAAATAC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1234  CAGAAAACAGCCTCAGTTTCACAGTTAAATTCTGAAGCTTTCCTGTTAGAAAATAAACCTGTAGCAGAAAATAC  1307

Query 1851  AGGAATTCTCAAAACCAATACTTTGCTATCACAAGAATCACTAATGGCTTCTTCAGTATCAGCTCCATGTAATG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308  AGGAATTCTCAAAACCAATACTTTGCTATCACAAGAATCACTAATGGCTTCTTCAGTATCAGCTCCATGTAATG  1381

Query 1925  AAAAGCTTATTCAAGACCAATTTGTGGACATAAGTTTTCCATCCCAAGTTGTAAATACAAACATGCAGTCAGTA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382  AAAAGCTTATTCAAGACCAATTTGTGGACATAAGTTTTCCATCCCAAGTTGTAAATACAAACATGCAGTCAGTA  1455

Query 1999  CAGCTGAATACAGAAGATACTGTAAATACTAAATCTGTGAATAATACTGATGCTACTGGTCTTATACAGGGAGT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1456  CAGCTGAATACAGAAGATACTGTAAATACTAAATCTGTGAATAATACTGATGCTACTGGTCTTATACAGGGAGT  1529

Query 2073  GAAGTCAGTAGAAATTGAGAAGGACGCTCAGTTAAAACAATTCCTTACACCAAAAACTGAACAATTAAAACCAG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1530  GAAGTCAGTAGAAATTGAGAAGGACGCTCAGTTAAAACAATTCCTTACACCAAAAACTGAACAATTAAAACCAG  1603

Query 2147  AACGTGTCACATCTCAGGTATCTAATTTGAAGAAAAAAGAAACTACAGCAGATTCTCAAACCACAACATCTAAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604  AACGTGTCACATCTCAGGTATCTAATTTGAAGAAAAAAGAAACTACAGCAGATTCTCAAACCACAACATCTAAG  1677

Query 2221  TCATTACAGAATCAGTCTCTGAAAGAAAATCAGAAGAAGCCATTTGTGGGAAGTTGGGTTAAAGGCTTAATAAG  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678  TCATTACAGAATCAGTCTCTGAAAGAAAATCAGAAGAAGCCATTTGTGGGAAGTTGGGTTAAAGGCTTAATAAG  1751

Query 2295  CAGGGGTGCTTCTTTTATGCCACTCTGTGTTTCAGCTCATAATAGAAACACTATAACTGATTTACAACCTTCAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752  CAGGGGTGCTTCTTTTATGCCACTCTGTGTTTCAGCTCATAATAGAAACACTATAACTGATTTACAACCTTCAG  1825

Query 2369  TTAAAGGGGTAAATAATTTTGGTGGCTTTAAAACTAAAGGTATAAACCAGAAGGCCAGCCACGTATCCAAGAAA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826  TTAAAGGGGTAAATAATTTTGGTGGCTTTAAAACTAAAGGTATAAACCAGAAGGCCAGCCACGTATCCAAGAAA  1899

Query 2443  GCTCGTAAGAGTGCAAGTAAGCCTCCTCCCATCAGTAAGCCACCAGCAGGCCCTCCATCGTCTAATGGCACAGC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1900  GCTCGTAAGAGTGCAAGTAAGCCTCCTCCCATCAGTAAGCCACCAGCAGGCCCTCCATCGTCTAATGGCACAGC  1973

Query 2517  TGCCCACCCACATGCTCATGCTGCTTCAGAAGTTTTGGAAAAGTCTGGAAGCACCTCATGTGGAGCTCAACTCA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974  TGCCCACCCACATGCTCATGCTGCTTCAGAAGTTTTGGAAAAGTCTGGAAGCACCTCATGTGGAGCTCAACTCA  2047

Query 2591  ACCACAGTTCTTATGGGAATGGTATTTCTTCAGCAAACCATGAAGACTTGGTGGAAGGTCAGATTCATAAACTT  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2048  ACCACAGTTCTTATGGGAATGGTATTTCTTCAGCAAACCATGAAGACTTGGTGGAAGGTCAGATTCATAAACTT  2121

Query 2665  CGTCTAAAACTTCGTAAAAAGCTAAAGGCAGAAAAGAAGAAATTAGCTGCTCTTATGTCTTCCCCGCAAAGCAG  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122  CGTCTAAAACTTCGTAAAAAGCTAAAGGCAGAAAAGAAGAAATTAGCTGCTCTTATGTCTTCCCCGCAAAGCAG  2195

Query 2739  AACAGTTCGAAGTGAAAATCTAGAACAGGTGCCCCAGGATGGGTCTCCAAATGATTGTGAATCAATAGAGGACT  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2196  AACAGTTCGAAGTGAAAATCTAGAACAGGTGCCCCAGGATGGGTCTCCAAATGATTGTGAATCAATAGAGGACT  2269

Query 2813  TGTTAAATGAGCTACCATATCCAATTGATATTGCCAATGAGTCTGCATGCACCACTGTTCCTGGTGTTTCCCTG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270  TGTTAAATGAGCTACCATATCCAATTGATATTGCCAGTGAGTCTGCATGCACCACTGTTCCTGGTGTTTCCCTG  2343

Query 2887  TACAGTAGTCAAACTCATGAAGAAATTTTAGCGGAATTATTGTCTCCTACACCTGTTTCAACAGAGCTGTCAGA  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344  TACAGTAGTCAAACTCATGAAGAAATTTTAGCGGAATTATTGTCTCCTACACCTGTTTCAACAGAGCTGTCAGA  2417

Query 2961  AAATGGGGAAGGTGACTTTAGGTATTTGGGAATGGGAGATAGTCATATCCCACCACCAGTACCAAGTGAATTCA  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2418  AAATGGGGAAGGTGACTTTAGGTATTTGGGAATGGGAGATAGTCATATCCCACCACCAGTACCAAGTGAATTCA  2491

Query 3035  ATGATGTTTCCCAGAACACACATCTGAGACAGGACCATAATTATTGTAGCCCCACCAAGAAAAATCCATGTGAA  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2492  ATGATGTTTCCCAGAACACACATCTGAGACAGGACCATAATTATTGTAGCCCCACCAAGAAAAATCCATGTGAA  2565

Query 3109  GTTCAGCCAGACTCTCTGACAAATAATGCCTGCGTTAGAACATTAAACTTGGAGAGTCCGATGAAGACTGATAT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2566  GTTCAGCCAGACTCTCTGACAAATAATGCCTGCGTTAGAACATTAAACTTGGAGAGTCCGATGAAGACTGATAT  2639

Query 3183  TTTCGATGAGTTTTTTTCCTCCTCAGCATTAAATGCTTTAGCAAATGACACATTAGACCTACCTCATTTCGATG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640  TTTCGATGAGTTTTTTTCCTCCTCAGCATTAAATGCTTTAGCAAATGACACATTAGACCTACCTCATTTCGATG  2713

Query 3257  AATATCTGTTTGAGAATTAT  3276
            ||||||||||||||||||||
Sbjct 2714  AATATCTGTTTGAGAATTAT  2733