Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11168
• Subject: NM_001352791.1
• Aligned Length: 2280
• Identities: 1739
• Gaps: 537

Alignment

Query    1  ATGAATAATATATTGAAACTTAAAAGCTCGGATTCTGAAGGTAATTTTGAGACTCCTGAAGCTGAAACCCCGAT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CCGATCACCTTTCAAGGAGTCCTGTGATCCATCACTCGGATTGGCAGGACCTGGGGCCAAAAGCCAAGAATCAC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AAGAAGCTGATGAACAGCTTGTAGCAGAAGTGGTTGAAAAATGTTCATCTAAGACTTGTTCTAAACCTTCAGAA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  AATGAAGTGCCACAGCAGGCCATTGACTCTCACTCAGTCAAGAATTTCAGAGAAGAACCTGAACATGATTTTAG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  CAAAATTTCCATCGTGAGGCCATTTTCAATAGAAACGAAGGATTCCACGGATATCTCGGCAGTCCTCGGAACAA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AAGCAGCTCATGGCTGTGTAACTGCAGTCTCAGGCAAGGCTCTGCCTTCCAGCCCGCCAGACGCCCTCCAGGAC  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GAGGCGATGACGGAAGGCAGCATGGGGGTCACCCTCGAGGCCTCCGCAGAAGCTGATCTAAAAGCTGGCAACTC  518
                  |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------ATGACAGAAGGCAGCATGGGGGTCACCCTCGAGGCCTCCGCAGAAGCTGATCTAAAAGCTGGCAACTC  68

Query  519  CTGTCCAGAGCTTGTGCCCAGCAGAAGAAGCAAGCTGAGAAAGCCCAAGCCTGTCCCCCTGAGGAAGAAAGCAA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   69  CTGTCCAGAGCTTGTGCCCAGCAGAAGAAGCAAGCTGAGAAAGCCCAAGCCTGTCCCCCTGAGGAAGAAAGCAA  142

Query  593  TTGGAGGAGAGTTCTCAGACACCAACGCTGCTGTGGAGGGCACACCTCTCCCCAAGGCATCCTATCACTTCAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  143  TTGGAGGAGAGTTCTCAGACACCAACGCTGCTGTGGAGGGCACACCTCTCCCCAAGGCATCCTATCACTTCAGT  216

Query  667  CCTGAAGAGTTGGATGAGAACACAAGTCCTTTGCTAGGAGATGCCAGGTTCCAGAAGTCTCCCCCTGACCTTAA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  217  CCTGAAGAGTTGGATGAGAACACAAGTCCTTTGCTAGGAGATGCCAGGTTCCAGAAGTCTCCCCCTGACCTTAA  290

Query  741  AGAAACTCCCGGCACTCTCAGTAGTGACACCAACGACTCAGGGGTTGAGCTGGGGGAGGAGTCGAGGAGCTCAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  291  AGAAACTCCCGGCACTCTCAGTAGTGACACCAACGACTCAGGGGTTGAGCTGGGGGAGGAGTCGAGGAGCTCAC  364

Query  815  CTCTCAAGCTTGAGTTTGATTTCACAGAAGATACAGGAAACATAGAGGCCAGGAAAGCCCTTCCAAGGAAGCTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  365  CTCTCAAGCTTGAGTTTGATTTCACAGAAGATACAGGAAACATAGAGGCCAGGAAAGCCCTTCCAAGGAAGCTT  438

Query  889  GGCAGGAAACTGGGTAGCACACTGACTCCCAAGATACAAAAAGATGGCATCAGTAAGTCAGCAGGTTTAGAACA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  439  GGCAGGAAACTGGGTAGCACACTGACTCCCAAGATACAAAAAGATGGCATCAGTAAGTCAGCAGGTTTAGAACA  512

Query  963  GCCTACAGACCCAGTGGCACGAGACGGGCCTCTCTCCCAAACATCTTCCAAGCCAGATCCTAGTCAGTGGGAGA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  513  GCCTACAGACCCAGTGGCACGAGACGGGCCTCTCTCCCAAACATCTTCCAAGCCAGATCCTAGTCAGTGGGAAA  586

Query 1037  GCCCCAGCTTCAACCCCTTTGGGAGCCACTCTGTTCTGCAGAACTCCCCACCCCTCTCTTCTGAGGGCTCCTAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  587  GCCCCAGCTTCAACCCCTTTGGGAGCCACTCTGTTCTGCAGAACTCCCCACCCCTCTCTTCTGAGGGCTCCTAC  660

Query 1111  CACTTTGACCCAGATAACTTTGACGAATCCATGGATCACTTTAAACCAACTACGACCTTAACAAGCAGTGACTT  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  661  CACTTTGACCCAGATAACTTTGACGAATCCATGGATCCCTTTAAACCAACTACGACCTTAACAAGCAGTGACTT  734

Query 1185  TTGTTCTCCCACTGGTAATCACGTTAATGAAATCTTAGAATCACCCAAGAAGGCAAAGTCGCGTTTAATAACGA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  735  TTGTTCTCCCACTGGTAATCACGTTAATGAAATCTTAGAATCACCCAAGAAGGCAAAGTCGCGTTTAATAACGA  808

Query 1259  GTGGCTGTAAGGTGAAGAAGCATGAAACTCAGTCTCTCGCCCTGGATGCATGTTCTCGGGATGAAGGGGCAGTG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  809  GTGGCTGTAAGGTGAAGAAGCATGAAACTCAGTCTCTCGCCCTGGATGCATGTTCTCGGGATGAAGGGGCAGTG  882

Query 1333  ATCTCCCAGATTTCAGACATTTCTAATAGGGATGGCCATGCTACTGATGAGGAGAAACTGGCATCCACGTCATG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  883  ATCTCCCAGATTTCAGACATTTCTAATAGGGATGGCCATGCTACTGATGAGGAGAAACTGGCATCCACGTCATG  956

Query 1407  TGGTCAGAAATCAGCTGGTGCCGAGGTGAA--------------------------------------------  1436
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct  957  TGGTCAGAAATCAGCTGGTGCCGAGGTGAAAGGTGAGCCAGAGGAAGACCTGGAGTACTTTGAATGTTCCAATG  1030

Query 1437  -------------------------------------------AGGCATAGAGAAGGAGACGTGCCAGAAGATG  1467
                                                       |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031  TTCCTGTGTCTACCATAAATCATGCGTTTTCATCCTCAGAAGCAGGCATAGAGAAGGAGACGTGCCAGAAGATG  1104

Query 1468  GAAGAAGACGGGTCCACTGTGCTTGGGCTGCTGGAGTCCTCTGCAGAGAAGGCCCCTGTGTCGGTGTCCTGTGG  1541
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  GAAGAAGACGGGTCCACTGTGCTTGGGCTGCTGGAGTCCTCTGCAGAGAAGGCCCCTGTGTCGGTGTCCTGTGG  1178

Query 1542  AGGTGAGAGCCCCCTGGATGGGATCTGCCTCAGCGAATCAGACAAGACAGCCGTGCTCACCTTAATAAGAGAAG  1615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179  AGGTGAGAGCCCCCTGGATGGGATCTGCCTCAGCGAATCAGACAAGACAGCCGTGCTCACCTTAATAAGAGAAG  1252

Query 1616  AGATAATTACCAAAGAGATTGAAGCAAATGAATGGAAGAAGAAATACGAAGAGACCCGGCAAGAAGTTTTGGAG  1689
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253  AGATAATTACTAAAGAGATTGAAGCAAATGAATGGAAGAAGAAATACGAAGAGACCCGGCAAGAAGTTTTGGAG  1326

Query 1690  ATGAGGAAAATTGTAGCTGAATATGAAAAGACTATTGCTCAAATGATTGAAGATGAACAAAGGACAAGTATGAC  1763
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327  ATGAGGAAAATTGTAGCTGAATATGAAAAGACTATTGCTCAAATGATTGAAGATGAACAAAGGACAAGTATGAC  1400

Query 1764  CTCTCAGAAGAGCTTCCAGCAACTGACCATGGAGAAGGAACAGGCCCTGGCTGACCTTAACTCTGTGGAAAGGT  1837
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401  CTCTCAGAAGAGCTTCCAGCAACTGACCATGGAGAAGGAACAGGCCCTGGCTGACCTTAACTCTGTGGAAAGGT  1474

Query 1838  CCCTTTCTGATCTCTTCAGGAGATATGAGAACCTGAAAGGTGTTCTGGAAGGGTTCAAGAAGAATGAAGAAGCC  1911
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475  CCCTTTCTGATCTCTTCAGGAGATATGAGAACCTGAAAGGTGTTCTGGAAGGGTTCAAGAAGAATGAAGAAGCC  1548

Query 1912  TTGAAGAAATGTGCTCAGGATTACTTAGCCAGAGTTAAACAAGAGGAGCAGCGATACCAGGCCCTGAAAATCCA  1985
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549  TTGAAGAAATGTGCTCAGGATTACTTAGCCAGAGTTAAACAAGAGGAGCAGCGATACCAGGCCCTGAAAATCCA  1622

Query 1986  CGCAGAAGAGAAACTGGACAAAGCCAATGAAGAGATTGCTCAGGTTCGAACAAAAGCAAAGGCTGAGAGTGCAG  2059
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623  CGCAGAAGAGAAACTGGACAAAGCCAATGAAGAGATTGCTCAGGTTCGAACAAAAGCAAAGGCTGAGAGTGCAG  1696

Query 2060  CTCTCCATGCTGGACTCCGCAAAGAGCAGATGAAGGTGGAGTCCCTGGAAAGGGCCCTGCAGCAGAAGAACCAA  2133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697  CTCTCCATGCTGGACTCCGCAAAGAGCAGATGAAGGTGGAGTCCCTGGAAAGGGCCCTGCAGCAGAAGAACCAA  1770

Query 2134  GAAATTGAAGAACTGACAAAAATCTGTGATGAGCTGATTGCAAAGCTGGGAAAGACTGAC  2193
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771  GAAATTGAAGAACTGACAAAAATCTGTGATGAGCTGATTGCAAAGCTGGGAAAGACTGAC  1830