Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12974
• Subject: XR_001748041.2
• Aligned Length: 2182
• Identities: 1515
• Gaps: 667

Alignment

Query    1  ------------------------ATGGCGGCGCACCTTAAGAAGCGGGTTTATGAGGAATTCACGAAAGTGGT  50
                                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  AGCTGAGAGGGCCCGCGGGTAGGCATGGCGGCGCACCTTAAGAAGCGGGTTTATGAGGAATTCACGAAAGTGGT  74

Query   51  TCAGCCACAGGAGGAAATTGCTACTAAGAAACTCCGACTAACAAAACCAAGTAAATCTGCAGCACTCCACATAG  124
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAGCCACAGGAGGAAATTGCTACTAAGAAACTCCGACTAACAAAACCAAGTAAATCTGCAGCACTCCACATAG  148

Query  125  ATCTGTGTAAAGCTACCTCCCCAGCAGATGCTTTGCAATACTTGCTCCAGTTTGCCAGGAAGCCTGTCGAGGCG  198
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATCTGTGTAAAGCTACCTCCCCAGCAGATGCTTTGCAATACTTGCTCCAGTTTGCCAGGAAGCCTGTCGAGGCG  222

Query  199  GAAAGCGTAGAGGGAGTAGTCAGGATTCTCTTGGAACATTATTACAAGGAGAATGATCCATCTGTGAGACTGAA  272
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAAAGCGTAGAGGGAGTAGTCAGGATTCTCTTGGAACATTATTACAAGGAGAATGATCCATCTGTGAGACTGAA  296

Query  273  AATTGCATCATTGTTGGGTTTATTATCAAAGACAGCAGGATTTTCACCAGACTGCATTATGGATGATGCCATCA  346
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AATTGCATCATTGTTGGGTTTATTATCAAAGACAGCAGGATTTTCACCAGACTGCATTATGGATGATGCCATCA  370

Query  347  ACATCCTGCAGAATGAAAAGTCTCATCAAGTCCTAGCTCAACTGCTGGATACTTTGCTTGCAATTGGCACTAAG  420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ACATCCTGCAGAATGAAAAGTCTCATCAAGTCCTAGCTCAACTGCTGGATACTTTGCTTGCAATTGGCACTAAG  444

Query  421  CTACCAGAGAATCAAGCTATCCAAATGCGATTAGTTGATGTGGCCTGCAAGCATCTGACAGATACGTCTCATGG  494
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTACCAGAGAATCAAGCTATCCAAATGCGATTAGTTGATGTGGCCTGCAAGCATCTGACAGATACGTCTCATGG  518

Query  495  TGTAAGAAATAAGTGCCTGCAGTTACTTGGCAATCTTGGCTCTTTGGAGAAAAGTGTCACAAAAGATGCAGAAG  568
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTAAGAAATAAGTGCCTGCAGTTACTTGGCAATCTTGGCTCTTTGGAGAAAAGTGTCACAAAAGATGCAGAAG  592

Query  569  GCCTAGCTGCCAGAGATGTCCAGAAGATTATAGGGGATTACTTCAGTGACCAAGACCCACGTGTCAGAACAGCA  642
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCCTAGCTGCCAGAGATGTCCAGAAGATTATAGGGGATTACTTCAGTGACCAAGACCCACGTGTCAGAACAGCA  666

Query  643  GCTATAAAAGCCATGTTGCAGCTCCATGAAAGAGGACTGAAATTACACCAAACAATTTATAATCAGGCCTGTAA  716
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCTATAAAAGCCATGTTGCAGCTCCATGAAAGAGGACTGAAATTACACCAAACAATTTATAATCAGGCCTGTAA  740

Query  717  ATTACTCTCTGATGACTATGAACAAGTGCGCAGTGCTGCAGTCCAGCTTATCTGGGTCGTCAGTCAGCTCTATC  790
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATTACTCTCTGATGACTATGAACAAGTGCGCAGTGCTGCAGTCCAGCTTATCTGGGTCGTCAGTCAGCTCTATC  814

Query  791  CTGAAAGCATTGTCCCAATTCCTTCTTCTAATGAAGAAATACGCTTAGTTGATGATGCGTTTGGCAAAATTTGT  864
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGAAAGCATTGTCCCAATTCCTTCTTCTAATGAAGAAATACGCTTAGTTGATGATGCGTTTGGCAAAATTTGT  888

Query  865  CACATGGTCAGTGATGGCTCTTGGGTGGTTCGTGTTCAGGCAGCAAAACTGTTGGGCTCTATGGAGCAAGTCAG  938
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CACATGGTCAGTGATGGCTCTTGGGTGGTTCGTGTTCAGGCAGCAAAACTGTTGGGCTCTATGGAGCAAGTCAG  962

Query  939  TTCTCATTTCTTGGAGCAGACCCTTGACAAGAAGCTGATGTCAGATCTGAGGAGGAAACGTACTGCACATGAGC  1012
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TTCTCATTTCTTGGAGCAGACCCTTGACAAGAAGCTGATGTCAGATCTGAGGAGGAAACGTACTGCACATGAGC  1036

Query 1013  GTGCCAAGGAACTTTACAGTTCGGGGGAGTTTTCCAGTGGCAGAAAGTGGGGAGATGATGCTCCCAAGGAAGAA  1086
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTGCCAAGGAACTTTACAGTTCGGGGGAGTTTTCCAGTGGCAGAAAGTGGGGAGATGATGCTCCCAAGGAAGAA  1110

Query 1087  GTAGATACCGGGGCTGTGAACTTGATTGAGTCAGGAGCTTGTGGAGCTTTTGTTCATGGGTTGGAAGATGAGAT  1160
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTAGATACCGGGGCTGTGAACTTGATTGAGTCAGGAGCTTGTGGAGCTTTTGTTCATGGGTTGGAAGATGAGAT  1184

Query 1161  GTATGAGGTTCGTATTGCTGCTGTGGAGGCCCTCTGCATGTTGGCCCAGTCTTCACCCTCTTTTGCTGAGAAGT  1234
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GTATGAGGTTCGTATTGCTGCTGTGGAGGCCCTCTGCATGTTGGCCCAGTCTTCACCCTCTTTTGCTGAGAAGT  1258

Query 1235  GCCTTGATTTCCTAGTTGACATGTTCAACGATGAAATTGAGGAAGTACGTCTGCAGTCTATACATACCATGAGA  1308
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GCCTTGATTTCCTAGTTGACATGTTCAACGATGAAATTGAGGAAGTACGTCTGCAGTCTATACATACCATGAGA  1332

Query 1309  AAAATCTCTAACAACATCACCCTCCGAGAAGATCAGCTTGACACTGTCCTGGCTGTGCTAGAGGATTCATCCAG  1382
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AAAATCTCTAACAACATCACCCTCCGAGAAGATCAGCTTGACACTGTCCTGGCTGTGCTAGAGGATTCATCCAG  1406

Query 1383  AGATATTCGAGAGGCTCTTCATGAACTCTTATGCTGTACTAATGTTTCAACCAAAGAAGGGATTCATCTTGCAT  1456
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGATATTCGAGAGGCTCTTCATGAACTCTTATGCTGTACTAATGTTTCAACCAAAGAAGGGATTCATCTTGCAT  1480

Query 1457  TGGTGGAGCTGCTGAAAAATTTAACCAAGTACCCTACTGATAGGGACTCCATATGGAAG---------------  1515
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
Sbjct 1481  TGGTGGAGCTGCTGAAAAATTTAACCAAGTACCCTACTGATAGGGACTCCATATGGAAGTAATGACTTTTTTGC  1554

Query 1516  --------------------------------------------------------------------------  1515
                                                                                      
Sbjct 1555  CCATTTACTCACTGAGTCCCATAATGTGGTGCTTGAAGTTTCTGGGAAGTCGGCATCCAACCCTGGTGCTTCCC  1628

Query 1516  --------------------------------------------------------------------------  1515
                                                                                      
Sbjct 1629  TTGGTGCCAGAGCTTCTGAGCACCCACCCATTTTTTGACACAGCTGAACCAGACATGGATGATCCAGCTTATAT  1702

Query 1516  --------------------------------------------------------------------------  1515
                                                                                      
Sbjct 1703  TGCAGTTTTGGTACTTATTTTCAATGCTGCTAAAACCTGTCCAACAATGCCAGCATTGTTCTCAGATCACACCT  1776

Query 1516  --------------------------------------------------------------------------  1515
                                                                                      
Sbjct 1777  TCAGGCACTATGCCTACCTCCGAGACAGTCTTTCTCATCTTGTTCCTGCCTTGAGGTTACCAGGTAGAAAACTG  1850

Query 1516  --------------------------------------------------------------------------  1515
                                                                                      
Sbjct 1851  GTGTCATCAGCTGTTTCTCCCAGCATCATACCTCAAGAGGATCCTTCCCAGCAGTTCCTGCAGCAGAGCCTTGA  1924

Query 1516  --------------------------------------------------------------------------  1515
                                                                                      
Sbjct 1925  AAGAGTGTATAGTCTTCAGCACTTGGACCCTCAGGGAGCCCAGGAGCTGCTGGAATTCACCATCAGGGATCTGC  1998

Query 1516  --------------------------------------------------------------------------  1515
                                                                                      
Sbjct 1999  AAAGACTTGGAGAACTTCAATCTGAATTGGCAGGAGTAGCTGATTTCTCTGCCACCTATCTTCGCTGTCAACTA  2072

Query 1516  --------------------------------------------------------------------------  1515
                                                                                      
Sbjct 2073  CTTCTCATCAAGGCCTTGCAGGAAAAGTTGTGGAATGTAGCTGCCCCTTTGTATTTGAAGCAGAGTGATTTGGC  2146

Query 1516  ------------------------------------  1515
                                                
Sbjct 2147  CTCAGCAGCAGCGAAACAGATTATGGAAGAGACCTA  2182