Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12975
• Subject: XR_002957209.1
• Aligned Length: 2555
• Identities: 1530
• Gaps: 1025

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGCTGAGAGGGCCCGCGGGTAGGCATGGCGGCGCACCTTAAGAAGCGGGTTTATGAGGAATTCACGAAAGTGGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCAGCCACAGGAGGAAATTGCTACTAAGAAACTCCGACTAACAAAACCAAGTAAATCTGCAGCACTCCACATAG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ATCTGTGTAAAGCTACCTCCCCAGCAGATGCTTTGCAATACTTGCTCCAGTTTGCCAGGAAGCCTGTCGAGGCG  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GAAAGCGTAGAGGGAGTAGTCAGGATTCTCTTGGAACATTATTACAAGGAGAATGATCCATCTGTGAGACTGAA  296

Query    1  -----------------------------------------------------------------ATGCCATCA  9
                                                                             |||||||||
Sbjct  297  AATTGCATCATTGTTGGGTTTATTATCAAAGACAGCAGGATTTTCACCAGACTGCATTATGGATGATGCCATCA  370

Query   10  ACATCCTGCAGAATGAAA--------------------------------------------------------  27
            ||||||||||||||||||                                                        
Sbjct  371  ACATCCTGCAGAATGAAAAGTCTCATCAAGTCCTAGCTCAACTGCTGGATACTTTGCTTGCAATTGGCACTAAG  444

Query   28  ---------------------------------------------------CATCTGACAGATACGTCTCATGG  50
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTACCAGAGAATCAAGCTATCCAAATGCGATTAGTTGATGTGGCCTGCAAGCATCTGACAGATACGTCTCATGG  518

Query   51  TGTAAGAAATAAGTGCCTGCAGTTACTTGGCAATCTTGGCTCTTTGGAGAAAAGTGTCACAAAAGATGCAGAAG  124
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTAAGAAATAAGTGCCTGCAGTTACTTGGCAATCTTGGCTCTTTGGAGAAAAGTGTCACAAAAGATGCAGAAG  592

Query  125  GCCTAGCTGCCAGAGATGTCCAGAAGATTATAGGGGATTACTTCAGTGACCAAGACCCACGTGTCAGAACAGCA  198
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCCTAGCTGCCAGAGATGTCCAGAAGATTATAGGGGATTACTTCAGTGACCAAGACCCACGTGTCAGAACAGCA  666

Query  199  GCTATAAAAGCCATGTTGCAGCTCCATGAAAGAGGACTGAAATTACACCAAACAATTTATAATCAGGCCTGTAA  272
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCTATAAAAGCCATGTTGCAGCTCCATGAAAGAGGACTGAAATTACACCAAACAATTTATAATCAGGCCTGTAA  740

Query  273  ATTACTCTCTGATGACTATGAACAAGTGCGCAGTGCTGCAGTCCAGCTTATCTGGGTCGTCAGTCAGCTCTATC  346
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATTACTCTCTGATGACTATGAACAAGTGCGCAGTGCTGCAGTCCAGCTTATCTGGGTCGTCAGTCAGCTCTATC  814

Query  347  CTGAAAGCATTGTCCCAATTCCTTCTTCTAATGAAGAAATACGCTTAGTTGATGATGCGTTTGGCAAAATTTGT  420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGAAAGCATTGTCCCAATTCCTTCTTCTAATGAAGAAATACGCTTAGTTGATGATGCGTTTGGCAAAATTTGT  888

Query  421  CACATGGTCAGTGATGGCTCTTGGGTGGTTCGTGTTCAGGCAGCAAAACTGTTGGGCTCTATGGAGCAAGTCAG  494
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CACATGGTCAGTGATGGCTCTTGGGTGGTTCGTGTTCAGGCAGCAAAACTGTTGGGCTCTATGGAGCAAGTCAG  962

Query  495  TTCTCATTTCTTGGAGCAGACCCTTGACAAGAAGCTGATGTCAGATCTGAGGAGGAAACGTACTGCACATGAGC  568
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TTCTCATTTCTTGGAGCAGACCCTTGACAAGAAGCTGATGTCAGATCTGAGGAGGAAACGTACTGCACATGAGC  1036

Query  569  GTGCCAAGGAACTTTACAGTTCGGGGGAGTTTTCCAGTGGCAGAAAGTGGGGAGATGATGCTCCCAAGGAAGAA  642
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTGCCAAGGAACTTTACAGTTCGGGGGAGTTTTCCAGTGGCAGAAAGTGGGGAGATGATGCTCCCAAGGAAGAA  1110

Query  643  GTAGATACCGGGGCTGTGAACTTGATTGAGTCAGGAGCTTGTGGAGCTTTTGTTCATGGGTTGGAAGATGAGAT  716
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTAGATACCGGGGCTGTGAACTTGATTGAGTCAGGAGCTTGTGGAGCTTTTGTTCATGGGTTGGAAGATGAGAT  1184

Query  717  GTATGAGGTTCGTATTGCTGCTGTGGAGGCCCTCTGCATGTTGGCCCAGTCTTCACCCTCTTTTGCTGAGAAGT  790
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GTATGAGGTTCGTATTGCTGCTGTGGAGGCCCTCTGCATGTTGGCCCAGTCTTCACCCTCTTTTGCTGAGAAGT  1258

Query  791  GCCTTGATTTCCTAGTTGACATGTTCAACGATGAAATTGAGGAAGTACGTCTGCAGTCTATACATACCATGAGA  864
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GCCTTGATTTCCTAGTTGACATGTTCAACGATGAAATTGAGGAAGTACGTCTGCAGTCTATACATACCATGAGA  1332

Query  865  AAAATCTCTAACAACATCACCCTCCGAGAAGATCAGCTTGACACTGTCCTGGCTGTGCTAGAGGATTCATCCAG  938
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AAAATCTCTAACAACATCACCCTCCGAGAAGATCAGCTTGACACTGTCCTGGCTGTGCTAGAGGATTCATCCAG  1406

Query  939  AGATATTCGAGAGGCTCTTCATGAACTCTTATGCTGTACTAATGTTTCAACCAAAGAAGGGATTCATCTTGCAT  1012
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGATATTCGAGAGGCTCTTCATGAACTCTTATGCTGTACTAATGTTTCAACCAAAGAAGGGATTCATCTTGCAT  1480

Query 1013  TGGTGGAGCTGCTGAAAAATTTAACCAAGTACCCTACTGATAGGGACTCCATATGGAAGTGCTTGAAGTTTCTG  1086
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGGTGGAGCTGCTGAAAAATTTAACCAAGTACCCTACTGATAGGGACTCCATATGGAAGTGCTTGAAGTTTCTG  1554

Query 1087  GGAAGTCGGCATCCAACCCTGGTGCTTCCCTTGGTGCCAGAGCTTCTGAGCACCCACCCATTTTTTGACACAGC  1160
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GGAAGTCGGCATCCAACCCTGGTGCTTCCCTTGGTGCCAGAGCTTCTGAGCACCCACCCATTTTTTGACACAGC  1628

Query 1161  TGAACCAGACATGGATGATCCAGCTTATATTGCAGTTTTGGTACTTATTTTCAATGCTGCTAAAACCTGTCCAA  1234
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGAACCAGACATGGATGATCCAGCTTATATTGCAGTTTTGGTACTTATTTTCAATGCTGCTAAAACCTGTCCAA  1702

Query 1235  CAATGCCAGCATTGTTCTCAGATCACACCTTCAGGCACTATGCCTACCTCCGAGACAGTCTTTCTCATCTTGTT  1308
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CAATGCCAGCATTGTTCTCAGATCACACCTTCAGGCACTATGCCTACCTCCGAGACAGTCTTTCTCATCTTGTT  1776

Query 1309  CCTGCCTTGAGGTTACCAGGTAGAAAACTGGTGTCATCAGCTGTTTCTCCCAGCATCATACCTCAAGAGGATCC  1382
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CCTGCCTTGAGGTTACCAGGTAGAAAACTGGTGTCATCAGCTGTTTCTCCCAGCATCATACCTCAAGAGGATCC  1850

Query 1383  TTCCCAGCAGTTCCTGCAGCAGAGCCTTGAAAGAGTGTATAGTCTTCAGCACTTGGACCCTCAGGGAGCCCAGG  1456
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TTCCCAGCAGTTCCTGCAGCAGAGCCTTGAAAGAGTGTATAGTCTTCAGCACTTGGACCCTCAGGGAGCCCAGG  1924

Query 1457  AGCTGCTGGAATTCACCATCAGAGTCGAGGTTTCACCATGGTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCAAG  1530
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGCTGCTGGAATTCACCATCAGAGTCGAGGTTTCACCATGGTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCAAG  1998

Query 1531  --------------------------------------------------------------------------  1530
                                                                                      
Sbjct 1999  TGATCCTCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCGGCCTAGGCTCATTC  2072

Query 1531  --------------------------------------------------------------------------  1530
                                                                                      
Sbjct 2073  TTTCTTCTGTCTTCATCTTCTGCATCAAGCAGCCTCTGCTTAACAATTCAGATCTAACTGTGCCCCCTGTATTC  2146

Query 1531  --------------------------------------------------------------------------  1530
                                                                                      
Sbjct 2147  CATCCTGTGGGGAAAAGGAAACAGGAAGAGAAAGGCATCTCCTTCTTGATGTCAAAGTCCCCAGGAGGCATCGT  2220

Query 1531  --------------------------------------------------------------------------  1530
                                                                                      
Sbjct 2221  TAACTATCGTAACGTTACCTGCCGAGCATGAGATGGGAGGAAGTGTCATAGTCCAGTGGACGGTTTTTTCCAGG  2294

Query 1531  --------------------------------------------------------------------------  1530
                                                                                      
Sbjct 2295  CTACTGTGAAACCTGATGTGTTATGCCGGCCCTGAAACAGACAGCTTCCCAAGTGACTCAGACCTTAAGGGATC  2368

Query 1531  --------------------------------------------------------------------------  1530
                                                                                      
Sbjct 2369  TGCAAAGACTTGGAGAACTTCAATCTGAATTGGCAGGAGTAGCTGATTTCTCTGCCACCTATCTTCGCTGTCAA  2442

Query 1531  --------------------------------------------------------------------------  1530
                                                                                      
Sbjct 2443  CTACTTCTCATCAAGGCCTTGCAGGAAAAGTTGTGGAATGTAGCTGCCCCTTTGTATTTGAAGCAGAGTGATTT  2516

Query 1531  ---------------------------------------  1530
                                                   
Sbjct 2517  GGCCTCAGCAGCAGCGAAACAGATTATGGAAGAGACCTA  2555