Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_12975
• Subject: XR_001748041.2
• Aligned Length: 2189
• Identities: 1515
• Gaps: 666

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGCTGAGAGGGCCCGCGGGTAGGCATGGCGGCGCACCTTAAGAAGCGGGTTTATGAGGAATTCACGAAAGTGGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCAGCCACAGGAGGAAATTGCTACTAAGAAACTCCGACTAACAAAACCAAGTAAATCTGCAGCACTCCACATAG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ATCTGTGTAAAGCTACCTCCCCAGCAGATGCTTTGCAATACTTGCTCCAGTTTGCCAGGAAGCCTGTCGAGGCG  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GAAAGCGTAGAGGGAGTAGTCAGGATTCTCTTGGAACATTATTACAAGGAGAATGATCCATCTGTGAGACTGAA  296

Query    1  -----------------------------------------------------------------ATGCCATCA  9
                                                                             |||||||||
Sbjct  297  AATTGCATCATTGTTGGGTTTATTATCAAAGACAGCAGGATTTTCACCAGACTGCATTATGGATGATGCCATCA  370

Query   10  ACATCCTGCAGAATGAAA--------------------------------------------------------  27
            ||||||||||||||||||                                                        
Sbjct  371  ACATCCTGCAGAATGAAAAGTCTCATCAAGTCCTAGCTCAACTGCTGGATACTTTGCTTGCAATTGGCACTAAG  444

Query   28  ---------------------------------------------------CATCTGACAGATACGTCTCATGG  50
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTACCAGAGAATCAAGCTATCCAAATGCGATTAGTTGATGTGGCCTGCAAGCATCTGACAGATACGTCTCATGG  518

Query   51  TGTAAGAAATAAGTGCCTGCAGTTACTTGGCAATCTTGGCTCTTTGGAGAAAAGTGTCACAAAAGATGCAGAAG  124
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTAAGAAATAAGTGCCTGCAGTTACTTGGCAATCTTGGCTCTTTGGAGAAAAGTGTCACAAAAGATGCAGAAG  592

Query  125  GCCTAGCTGCCAGAGATGTCCAGAAGATTATAGGGGATTACTTCAGTGACCAAGACCCACGTGTCAGAACAGCA  198
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCCTAGCTGCCAGAGATGTCCAGAAGATTATAGGGGATTACTTCAGTGACCAAGACCCACGTGTCAGAACAGCA  666

Query  199  GCTATAAAAGCCATGTTGCAGCTCCATGAAAGAGGACTGAAATTACACCAAACAATTTATAATCAGGCCTGTAA  272
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCTATAAAAGCCATGTTGCAGCTCCATGAAAGAGGACTGAAATTACACCAAACAATTTATAATCAGGCCTGTAA  740

Query  273  ATTACTCTCTGATGACTATGAACAAGTGCGCAGTGCTGCAGTCCAGCTTATCTGGGTCGTCAGTCAGCTCTATC  346
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATTACTCTCTGATGACTATGAACAAGTGCGCAGTGCTGCAGTCCAGCTTATCTGGGTCGTCAGTCAGCTCTATC  814

Query  347  CTGAAAGCATTGTCCCAATTCCTTCTTCTAATGAAGAAATACGCTTAGTTGATGATGCGTTTGGCAAAATTTGT  420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGAAAGCATTGTCCCAATTCCTTCTTCTAATGAAGAAATACGCTTAGTTGATGATGCGTTTGGCAAAATTTGT  888

Query  421  CACATGGTCAGTGATGGCTCTTGGGTGGTTCGTGTTCAGGCAGCAAAACTGTTGGGCTCTATGGAGCAAGTCAG  494
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CACATGGTCAGTGATGGCTCTTGGGTGGTTCGTGTTCAGGCAGCAAAACTGTTGGGCTCTATGGAGCAAGTCAG  962

Query  495  TTCTCATTTCTTGGAGCAGACCCTTGACAAGAAGCTGATGTCAGATCTGAGGAGGAAACGTACTGCACATGAGC  568
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TTCTCATTTCTTGGAGCAGACCCTTGACAAGAAGCTGATGTCAGATCTGAGGAGGAAACGTACTGCACATGAGC  1036

Query  569  GTGCCAAGGAACTTTACAGTTCGGGGGAGTTTTCCAGTGGCAGAAAGTGGGGAGATGATGCTCCCAAGGAAGAA  642
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTGCCAAGGAACTTTACAGTTCGGGGGAGTTTTCCAGTGGCAGAAAGTGGGGAGATGATGCTCCCAAGGAAGAA  1110

Query  643  GTAGATACCGGGGCTGTGAACTTGATTGAGTCAGGAGCTTGTGGAGCTTTTGTTCATGGGTTGGAAGATGAGAT  716
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTAGATACCGGGGCTGTGAACTTGATTGAGTCAGGAGCTTGTGGAGCTTTTGTTCATGGGTTGGAAGATGAGAT  1184

Query  717  GTATGAGGTTCGTATTGCTGCTGTGGAGGCCCTCTGCATGTTGGCCCAGTCTTCACCCTCTTTTGCTGAGAAGT  790
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GTATGAGGTTCGTATTGCTGCTGTGGAGGCCCTCTGCATGTTGGCCCAGTCTTCACCCTCTTTTGCTGAGAAGT  1258

Query  791  GCCTTGATTTCCTAGTTGACATGTTCAACGATGAAATTGAGGAAGTACGTCTGCAGTCTATACATACCATGAGA  864
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GCCTTGATTTCCTAGTTGACATGTTCAACGATGAAATTGAGGAAGTACGTCTGCAGTCTATACATACCATGAGA  1332

Query  865  AAAATCTCTAACAACATCACCCTCCGAGAAGATCAGCTTGACACTGTCCTGGCTGTGCTAGAGGATTCATCCAG  938
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AAAATCTCTAACAACATCACCCTCCGAGAAGATCAGCTTGACACTGTCCTGGCTGTGCTAGAGGATTCATCCAG  1406

Query  939  AGATATTCGAGAGGCTCTTCATGAACTCTTATGCTGTACTAATGTTTCAACCAAAGAAGGGATTCATCTTGCAT  1012
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGATATTCGAGAGGCTCTTCATGAACTCTTATGCTGTACTAATGTTTCAACCAAAGAAGGGATTCATCTTGCAT  1480

Query 1013  TGGTGGAGCTGCTGAAAAATTTAACCAAGTACCCTACTGATAGGGACTCCATATGGAA----------------  1070
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
Sbjct 1481  TGGTGGAGCTGCTGAAAAATTTAACCAAGTACCCTACTGATAGGGACTCCATATGGAAGTAATGACTTTTTTGC  1554

Query 1071  ----------------------------GTGCTTGAAGTTTCTGGGAAGTCGGCATCCAACCCTGGTGCTTCCC  1116
                                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CCATTTACTCACTGAGTCCCATAATGTGGTGCTTGAAGTTTCTGGGAAGTCGGCATCCAACCCTGGTGCTTCCC  1628

Query 1117  TTGGTGCCAGAGCTTCTGAGCACCCACCCATTTTTTGACACAGCTGAACCAGACATGGATGATCCAGCTTATAT  1190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TTGGTGCCAGAGCTTCTGAGCACCCACCCATTTTTTGACACAGCTGAACCAGACATGGATGATCCAGCTTATAT  1702

Query 1191  TGCAGTTTTGGTACTTATTTTCAATGCTGCTAAAACCTGTCCAACAATGCCAGCATTGTTCTCAGATCACACCT  1264
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGCAGTTTTGGTACTTATTTTCAATGCTGCTAAAACCTGTCCAACAATGCCAGCATTGTTCTCAGATCACACCT  1776

Query 1265  TCAGGCACTATGCCTACCTCCGAGACAGTCTTTCTCATCTTGTTCCTGCCTTGAGGTTACCAGGTAGAAAACTG  1338
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TCAGGCACTATGCCTACCTCCGAGACAGTCTTTCTCATCTTGTTCCTGCCTTGAGGTTACCAGGTAGAAAACTG  1850

Query 1339  GTGTCATCAGCTGTTTCTCCCAGCATCATACCTCAAGAGGATCCTTCCCAGCAGTTCCTGCAGCAGAGCCTTGA  1412
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GTGTCATCAGCTGTTTCTCCCAGCATCATACCTCAAGAGGATCCTTCCCAGCAGTTCCTGCAGCAGAGCCTTGA  1924

Query 1413  AAGAGTGTATAGTCTTCAGCACTTGGACCCTCAGGGAGCCCAGGAGCTGCTGGAATTCACCATCAGAG------  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|      
Sbjct 1925  AAGAGTGTATAGTCTTCAGCACTTGGACCCTCAGGGAGCCCAGGAGCTGCTGGAATTCACCATCAGGGATCTGC  1998

Query 1481  -------TCGAG-GTTTCACCAT-----------GGTG--------------GCCA--------GGCTGGTCTC  1513
                   |.||| ..||||  ||           ||.|              ||||        .||||   ||
Sbjct 1999  AAAGACTTGGAGAACTTCA--ATCTGAATTGGCAGGAGTAGCTGATTTCTCTGCCACCTATCTTCGCTG---TC  2067

Query 1514  AA--ACTCCTGAGCTCAAG-------------------------------------------------------  1530
            ||  |||.||.|  |||||                                                       
Sbjct 2068  AACTACTTCTCA--TCAAGGCCTTGCAGGAAAAGTTGTGGAATGTAGCTGCCCCTTTGTATTTGAAGCAGAGTG  2139

Query 1531  -------------------------------------------  1530
                                                       
Sbjct 2140  ATTTGGCCTCAGCAGCAGCGAAACAGATTATGGAAGAGACCTA  2182