Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000467805
• Subject: XR_001740115.2
• Aligned Length: 3260
• Identities: 2820
• Gaps: 437

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGTGCGAGGT  74

Query    1  ------ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTC  68
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAGGCCATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTC  148

Query   69  TCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAA  142
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAA  222

Query  143  CAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCA  216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCA  296

Query  217  GTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAA  290
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAA  370

Query  291  ACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACTCCTAATATGCAGAAGACTA  364
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  371  ACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAGAAGACTA  444

Query  365  GAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAG  438
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAG  518

Query  439  AGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCT  512
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCT  592

Query  513  TTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAA  586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAA  666

Query  587  AGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTC  660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTC  740

Query  661  TTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGA  734
            |||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACA---------------------AGAGAATGAATGGAAACCAGCTGA  793

Query  735  TATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAG  808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  794  TATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAG  867

Query  809  AGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAA  882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  868  AGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAA  941

Query  883  TCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCA  956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  942  TCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCA  1015

Query  957  CCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACC  1030
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016  CCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACC  1089

Query 1031  GTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGAT  1104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090  GTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGAT  1163

Query 1105  TCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTG  1178
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164  TCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTG  1237

Query 1179  TGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAAC  1252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238  TGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAAC  1311

Query 1253  CTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTC  1326
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312  CTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTC  1385

Query 1327  CGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCA  1400
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386  CGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCA  1459

Query 1401  T-------------------------------------------------------------------------  1401
            |                                                                         
Sbjct 1460  TCAGCTCTGTCACCTAGGCTGGACTTCAGTGGCACAATGTTGGATCACTACAACCTCCACCTTCTGGGTTCAAG  1533

Query 1402  --------------------------------------CAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGC  1437
                                                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534  CAATTCCCATGCCTCAGCCACCCAAGTAGCTGGAATTACAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGC  1607

Query 1438  AGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACG  1511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608  AGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACG  1681

Query 1512  TGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGA  1585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682  TGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGA  1755

Query 1586  CAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGA  1659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756  CAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGA  1829

Query 1660  GAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATA  1733
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830  GAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATA  1903

Query 1734  TAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATT  1807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904  TAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATT  1977

Query 1808  CTACGACTTCTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAA  1881
            ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978  CTACGA---CTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAA  2048

Query 1882  TCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGG  1955
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2049  TCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGG  2122

Query 1956  ACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATC  2029
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123  ACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATC  2196

Query 2030  GGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGG  2103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2197  GGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGG  2270

Query 2104  CCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAA  2177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271  CCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAA  2344

Query 2178  GCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACC  2251
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2345  GCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACC  2418

Query 2252  TCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGG  2325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2419  TCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGG  2492

Query 2326  CATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGT  2399
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2493  CATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGT  2566

Query 2400  TCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGA  2473
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567  TCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGA  2640

Query 2474  GAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCG  2547
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641  GAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCG  2714

Query 2548  TATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCA  2621
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2715  TATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCA  2788

Query 2622  GTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTA  2695
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2789  GTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTA  2862

Query 2696  ATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTT  2769
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2863  ATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTT  2936

Query 2770  CTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTC  2843
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937  CTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTC  3010

Query 2844  ATTT----------------------------------------------------------------------  2847
            ||||                                                                      
Sbjct 3011  ATTTTAAATGTAGAAAATCAAATCCTTCACATTTGATTTGTGTCTTCCAAATTATAAAATGTGCTCACTGGCTC  3084

Query 2848  --------------------------------------------------------------------------  2847
                                                                                      
Sbjct 3085  AACTGTATTTTTCAAATAGCCTAGATTTACTTATTTTTTTAAATGCTCATTAAAAACTTGTATACTATGTAGTA  3158

Query 2848  --------------------------------------------------------------------------  2847
                                                                                      
Sbjct 3159  AAATGCTGTACTTGTTCTATACAATAAAACAGATACTTCTTTTGTAAAAGCTTAGTAGTAAAAAAAAAAAAAAA  3232

Query 2848  ----  2847
                
Sbjct 3233  AAAA  3236