Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000468202
• Subject: XM_011544757.1
• Aligned Length: 2229
• Identities: 1791
• Gaps: 435

Alignment

Query    1  ATGGCCCTCTCAGGAATCTACAAGCTGGATGATGGGAAGCCTTACCTGAACAACTGCTTCCCAGCCAGAAATCT  74
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCCTTCTCAGGAATCTACAAGCTGGATGATGGGAAGCCTTACCTGAACAACTGCTTCCCAGCCAGAAATCT  74

Query   75  GCTTCGCGTGCCGGAGGAAGGCCAAGGACACTGGTTAGTGGTTCAGAAAGGTAACCTCAAGAAGAAGCCCAAGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCTTCGCGTGCCGGAGGAAGGCCAAGGACACTGGTTAGTGGTTCAGAAAGGTAACCTCAAGAAGAAGCCCAAGG  148

Query  149  GTTTGGTTGGAGCACAAGCTGAACGTCGGGAAAGCCTGAAGGCGACTTCTTTTGAGTTCAAGGGGAAGAAAGAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GTTTGGTTGGAGCACAAGCTGAACGTCGGGAAAGCCTGAAGGCGACTTCTTTTGAGTTCAAGGGGAAGAAAGAG  222

Query  223  TCTCGGCGGGAAAATCAGGTGGACCTTCCTGGACATATCCTGGACCAGGCTTTTCTGCTGAAGCACCACTGTGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCTCGGCGGGAAAATCAGGTGGACCTTCCTGGACATATCCTGGACCAGGCTTTTCTGCTGAAGCACCACTGTGT  296

Query  297  GAGGAAGCCATCAGATCTGTGCACCATTAAT------------------------GCCAAGGAAAATGACTTCA  346
            |||||||||||||||||||||||||||||||                        |||||||||||||||||||
Sbjct  297  GAGGAAGCCATCAGATCTGTGCACCATTAATGTGAGTGGCCTGAAGTTCTCCAAGGCCAAGGAAAATGACTTCA  370

Query  347  AGCATTTTCATTCTGTGATTTATATCAATGCCTCAGAAAACCTGCTGCCTCTAGAGGCATTTCACACGTTTCCA  420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGCATTTTCATTCTGTGATTTATATCAATGCCTCAGAAAACCTGCTGCCTCTAGAGGCATTTCACACGTTTCCA  444

Query  421  GCCCTAAAGGAACTGGATCTCGCATTTAATGGCATCAAAACTATCTACGTGAAATATGGAGACTTTAAGTTATT  494
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCCCTAAAGGAACTGGATCTCGCATTTAATGGCATCAAAACTATCTACGTGAAATATGGAGACTTTAAGTTATT  518

Query  495  AGAATTCTTGGACCTTTCCTTCAACAGCCTGACTGTGGAGGCCATCTGTGATTTGGGGATTCTGCCACACCTCC  568
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGAATTCTTGGACCTTTCCTTCAACAGCCTGACTGTGGAGGCCATCTGTGATTTGGGGATTCTGCCACACCTCC  592

Query  569  GTGTCCTGCTCCTCACAGGCAATGGCCTTACCTCCCTGCCGCCCAATTTGGCCGTCGCAGAACAGGAGGCATCT  642
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGTCCTGCTCCTCACAGGCAATGGCCTTACCTCCCTGCCGCCCAATTTGGCCGTCGCAGAACAGGAGGCATCT  666

Query  643  GTAACATCGCTGACAAGCAAGAGGTACATCCTGAGGTTCCCAGCGCTGGAGACACTGATGCTGGATGACAACAG  716
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GTAACATCGCTGACAAGCAAGAGGTACATCCTGAGGTTCCCAGCGCTGGAGACACTGATGCTGGATGACAACAG  740

Query  717  ACTCTCCAACCCCAGTTGCTTTGCCAGCCTGGCTGGGCTCAGGAGACTGAAGAAGTTAAGCTTGGATGAAAACA  790
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ACTCTCCAACCCCAGTTGCTTTGCCAGCCTGGCTGGGCTCAGGAGACTGAAGAAGTTAAGCTTGGATGAAAACA  814

Query  791  GGATTATCAGGATCCCATACCTACAGCAAGTTCAGCTCTATGACGAGTCAGTAGACTGGAATGGAGGCAGGGGA  864
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGATTATCAGGATCCCATACCTACAGCAAGTTCAGCTCTATGACGAGTCAGTAGACTGGAATGGAGGCAGGGGA  888

Query  865  AGTCCCCATAAAGAGCCCCAATTCATGCTGCAGTCCAAGCCAAGGATGCTTGAGGACTCAGATGAGCAACTGGA  938
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGTCCCCATAAAGAGCCCCAATTCATGCTGCAGTCCAAGCCAAGGATGCTTGAGGACTCAGATGAGCAACTGGA  962

Query  939  TTATACTGTACTGCCCATGAAAAAGGATGTTGACCGGACAG---------------------------------  979
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                 
Sbjct  963  TTATACTGTACTGCCCATGAAAAAGGATGTTGACCGGACAGAGGTTGTGTTTTCATCTTACCCTGGATTTTCAA  1036

Query  980  ---------------------------------------------------------GGGTCCCTCCACTGCTG  996
                                                                     |||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCTCAGAGATCGCAAAAGAGGATGCTGTCCTACCAGTAGCTCTCTTCCCATCTCTCTGGGTCCCTCCACTGCTG  1110

Query  997  AAGAGCTTCCTCCAGGAGCGACTGGGAATCCACTTAATTCGAAGGAAGATAGTAAAGCCTAAGCATCATGTTTT  1070
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAGAGCTTCCTCCAGGAGCGACTGGGAATCCACTTAATTCGAAGGAAGATAGTAAAGCCTAAGCATCATGTTTT  1184

Query 1071  GATGTCTCGGAAGGAATCATGGAAGGTGAAAAGCGAAATCCCAAAGGTGCCAAAGCAGCCTCTGGTGCTCCATC  1144
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GATGTCTCGGAAGGAATCATGGAAGGTGAAAAGCGAAATCCCAAAGGTGCCGAAGCAGCCTCTGGTGCTCCATC  1258

Query 1145  ACCCGCGCATGAGGACAACCAAGTCTCCCTCAAAGGATATGCTAGAGCCAGAGGCAGAGCTGGCTGAAGATCTG  1218
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACCCGCGCATGACGACAACCAAGTCTCCCTCAAAGGATATGCTAGAGCCAGAGGCAGAGCTGGCTGAAGATCTG  1332

Query 1219  CCCACTACCAAAAGCACTTCTGTGGAGTCAGAGATGCCCACTGAGAACCTGGAAGGCCATTCCCCGTCTTGCCG  1292
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCCACTACCAAAAGCACTTCTGTGGAGTCAGAGATGCCCACTGAGAACCTGGAAGGCCATTCCCCGTCTTGCCG  1406

Query 1293  GACCTTCGTGCCACTGCCTCCCATCTGCTCCAACTCCACTGTGCATAGTGAAGAGACCCTGTCCCACCTGAGTG  1366
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GACCTTCGTGCCACTGCCTCCCATCTGCTCCAACTCCACTGTGCATAGTGAAGAGACCCTGTCCCACCTGAGTG  1480

Query 1367  ACACAACTGTCCGCCTCAGCCCAGAGCGCCCATCAGATGAGGACTCCAAGAGCACAGAGTCCATCTTCCTGACC  1440
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ACACAACTGTCCGCCTCAGCCCAGAGCGCCCATCAGATGAGGACTCCAAGAGCACAGAGTCCATCTTCCTGACC  1554

Query 1441  CAGGTGAGTGAACTGCCTTCCTCCGTCATCCATAAGGATGATTTAGAGTTAAAGGAGAAAGACCAAAAGAAACC  1514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CAGGTGAGTGAACTGCCTTCCTCCGTCATCCATAAGGATGATTTAGAGTTAAAGGAGAAAGACCAAAAGAAACC  1628

Query 1515  ACCAACGGCACCCAGAGAGGTGAAAGGGACTCGGAGGAAACTCCCAACTGCCTTCCTTCCCAGCAAGTACCACG  1588
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ACCAACGGCACCCAGAGAGGTGAAAGGGACTCGGAGGAAACTCCCAACTGCCTTCCTTCCCAGCAAGTACCACG  1702

Query 1589  GCTATGAAGAACTGCTGACAGCCAAGCCTGATCCAGCCTTCATTGAGCCAAAGGGAATCCAGAAGAATGCACAA  1662
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GCTATGAAGAACTGCTGACAGCCAAGCCTGATCCAGCCTTCATTGAGCCAAAGGGAATCCAGAAGAATGCACAA  1776

Query 1663  GCCCTGCAACAAATGCTGAAGCACCCACTCCTGTGCCACTCCTCCAAGCCCAAGCTGGACACTCTTCAGAAACC  1736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GCCCTGCAACAAATGCTGAAGCACCCACTCCTGTGCCACTCCTCCAAGCCCAAGCTGGACACTCTTCAGAAACC  1850

Query 1737  CTATGTTCACAAAGAGAAACG-----------------------------------------------------  1757
            |||||||||||||||||||||                                                     
Sbjct 1851  CTATGTTCACAAAGAGAAACGGGCCCAGAGAATCCCGATTCCACCCCCAAAGAAGACTAGAGCCCAACTTCTGG  1924

Query 1758  -----------------------------------------------------GGTGCTGTCCTGCACCAGTGG  1778
                                                                 |||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATGACATCTTCATTCGCTTGCGGGATCCCCGGAACATTACAGAGGCTCCACTAGGTGCTGTCCTGCACCAGTGG  1998

Query 1779  ACAGAACGGCGGCTGG----------------------------------------------------------  1794
            ||||||||||||||||                                                          
Sbjct 1999  ACAGAACGGCGGCTGGTGAACCACAAGCAGTACCTGGAGGCCAAGAGGCTGTTGAAGGAGTTCCAGGCACGTTA  2072

Query 1795  --------------------------------------------------------------------------  1794
                                                                                      
Sbjct 2073  CCGGCAGCTGGTGAGTGGCTCTCTGCGCACAGTGTTCGGGACTACCCCGCTCCCCATGGCCTGCCCAGCGCTGA  2146

Query 1795  --------------------------------------------------------------------------  1794
                                                                                      
Sbjct 2147  GTGAGAGCCAGCCCAAGTTCGGCCACTTCCTCGAGTTCATGGATGAGTTCTGCCAGGAGCCCACAGCCAGTGAC  2220

Query 1795  ---------  1794
                     
Sbjct 2221  TCACAAGGC  2229