Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000468708
• Subject: NM_001365642.1
• Aligned Length: 4053
• Identities: 3224
• Gaps: 828

Alignment

Query    1  ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT  74

Query   75  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA  148

Query  149  TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA  222

Query  223  TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA  296

Query  297  TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC  370

Query  371  CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCAGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC  444
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCGGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC  444

Query  445  CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA  518

Query  519  AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG  592

Query  593  AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT  666

Query  667  AAAAAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAAACT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAAAAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAAACT  740

Query  741  AATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAAAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAAAAG  814

Query  815  CTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCTGCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCTGCA  888

Query  889  TCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGCCGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGCCGA  962

Query  963  ATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCACAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGAAGCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCACAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGAAGCA  1036

Query 1037  CTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGATGTTTCAGAAACAACACTG---------------------------  1083
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                           
Sbjct 1037  CTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGATGTTTCAGAAACAACACTGGTTCTCAGCAAAAGGACCCCGGAAACA  1110

Query 1084  ------------------------------------------------GCTTCAAGTGAAAAGCCATGGATTGT  1109
                                                            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTGCAAACTATTCTAATACCTCAGTTTGAATTGCCACTGAGCACTCTAGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGATTGT  1184

Query 1110  GCCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAAGCC  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAAGCC  1258

Query 1184  CTACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATCCCA  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATCCCA  1332

Query 1258  CCTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTGTTCCTCAAAA  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTGTTCCTCAAAA  1406

Query 1332  ACTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTTCTA  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ACTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTTCTA  1480

Query 1406  CACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATTACA  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATTACA  1554

Query 1480  CCTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCTGAA  1553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CCTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCTGAA  1628

Query 1554  ACCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCT-------------------------------  1596
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                               
Sbjct 1629  ACCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCTGCCCCAGAACCTCAGACTCTACTGCCATCAC  1702

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1703  AGTCAACAATAGGACCTGAAACACCAGGAACCAAACCTTCAACAACATTAGCACCACGAAAGACCAAAAGACCA  1776

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1777  GGTCGTCGCCCCCGCCCCCGTCCCCGCCCTAAAACCACACCTAGTCCAGAAGTGCCCAAGTCCAAACCCGCTCT  1850

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1851  GGAACCTGCCACGATACAACCGGAGCCCTTGGTGCCCACAACTGCCTCAAAACCATCTGAGAGACCTAAAACCA  1924

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1925  CACACAGACCAGATGCACCTCAAATTCAGCCTGGTTCAAAACCACCAAAACAATTACTTCCTAAACCCCAAACC  1998

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 1999  ACAGCAGAACCAGACATGCCACCAACTAAATCCGTCTCTGAGCCTGTTCCATTTGAAACTGAAGCTCCCTCAAT  2072

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 2073  GACCATAGTTCCCACCACAGACATTGAGCCTGTAACTGTGAGAACTGAGGCTACAGTGACAACATTAGCTCCAA  2146

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 2147  AAACATCGCAACGAACAAGAACACGTCGTCCACGTCCCAAACATAAAACCACGCCACGCCCAGAGACACTGCAG  2220

Query 1597  --------------------------------------------------------------------------  1596
                                                                                      
Sbjct 2221  ACCAAACTAGACTTTGGACCTATTACTCCTGGGACATCTTCAGCTCCAACAACAACAACAAAAAGAACCCGTCG  2294

Query 1597  -------------------------------------------------------GCTCCCAAGCAGACACCAC  1615
                                                                   |||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TCCACATCCCAAACCTAAAACCACGCCCCATCCAGAAGTACCTCAAACTAAACTGGCTCCCAAGCAGACACCAC  2368

Query 1616  GTGCTCCTCCTAAGCCAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCACAAACACAACCAGTTCCTAAGGTGCCCCAG  1689
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  GTGCTCCTCCTAAGCCAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCACAAACACAACCAGTTCCTAAGGTGCCCCAG  2442

Query 1690  CGTGTTACTGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAAAGATGTGCT  1763
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CGTGTTACTGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAAAGATGTGCT  2516

Query 1764  CCTTCCTCATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTA  1837
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CCTTCCTCATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCTGCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTA  2590

Query 1838  TACCCATGATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAA  1911
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TACCCATGATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGAACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAA  2664

Query 1912  GAACCTTTCACAACTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATAC  1985
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  GAACCTTTCACAACTAAGATTCCACGAACAACTGAACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATAC  2738

Query 1986  TACTGTGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCT-------------------------------  2028
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                               
Sbjct 2739  TACTGTGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCACACATCAGACCTGTTCTGAATAGGACAACTACAAGACCTACTA  2812

Query 2029  --------------------------------------------GGGGTCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGT  2058
                                                        ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  GGCCCAAACCCAGTGGGATGCCCAGTGGGAATGGAGTGGGAACAGGGGTCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGT  2886

Query 2059  GCTGATAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGCCAGGGACTCGCCGCCCACCCTTGCCACC  2132
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  GCTGATAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCCACCCCACTAAAAAGCCAGGGACTCGCCGCCCACCCTTGCCACC  2960

Query 2133  CAGACCTACACACCCACGAAGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCACTGGAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCA  2206
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  CAGACCTACACACCCACGAAGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCACTGGAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCA  3034

Query 2207  TTTCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACACCCAGGCCTACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATA  2280
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  TTTCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACACCCAGGCCTACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATA  3108

Query 2281  GAGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAACTGGAAAATATAACTGACTTTAGCTCAAG  2354
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  GAGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAACTGGAAAATATAACTGACTTTAGCTCAAG  3182

Query 2355  CCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGGACCTCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTG  2428
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  CCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGGACCTCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTG  3256

Query 2429  ACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCAAAGAGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACC  2502
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  ACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCAAAGAGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACC  3330

Query 2503  AGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTGGAAGGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGA  2576
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  AGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTGGAAGGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGA  3404

Query 2577  CTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTATATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGA  2650
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  CTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTATATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGA  3478

Query 2651  AGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAGAAAATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAA  2724
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479  AGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAGAAAATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAA  3552

Query 2725  TTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGCAACACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGC  2798
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553  TTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGCAACACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGC  3626

Query 2799  GGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTGGACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACT  2872
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627  GGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTGGACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACT  3700

Query 2873  CTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGTATAAAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGC  2946
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701  CTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGTATAAAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGC  3774

Query 2947  AACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGAAAATTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGG  3020
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775  AACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGAAAATTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGG  3848

Query 3021  CCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGACGCACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACC  3094
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849  CCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGACGCACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACC  3922

Query 3095  AGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAACCTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCAC  3168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3923  AGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAACCTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCAC  3996

Query 3169  ACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATTCCTGGAAAATGG  3225
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3997  ACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATTCCTGGAAAATGG  4053