Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- TRCN0000468708
- Subject:
- XM_006522283.1
- Aligned Length:
- 3387
- Identities:
- 2320
- Gaps:
- 714
Alignment
Query 1 ATGCGAGGTGGCAAATGCAACATGCTCTCCAGTTTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTACACTAGCCCT 74
|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.||||.||.||
Sbjct 1 ---------------------ATGCTCTCCAGCCTGGGGTGTCTACTTCTCTGTGGAAGTATTGCACTTGCTCT 53
Query 75 GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAGGCCAAACCTCAAAGTCCACATCAATACCACAAGTGACTCCA 148
||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.|.|||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 54 GGGAAATGCACAGAAATTGCCAAAAGGTAAAAAGCCAAGCTTGAAAGTGCACATCAATACCACCAGCGACTCCA 127
Query 149 TCCTCTTGAAGTTCTTGCGTCCAAGTCCAAATGTAAAGCTTGAAGGTCTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTA 222
||||||||||||||.|||||||||.|.||||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 128 TCCTCTTGAAGTTCCTGCGTCCAAATGCAAACGTAAAGCTGGAAGGTTTTCTCCTGGGATATGGCAGCAATGTG 201
Query 223 TCACCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCGCTGAAGGGAAATTCACAGAAGCTATAGTTGATGCAGAGCCGAAATA 296
||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||.||
Sbjct 202 TCTCCAAACCAGTACTTCCCTCTTCCCACAGAAGGGAAATTCACAGAGGCTGTAGTTGATGCAGAGCCGAAGTA 275
Query 297 TCTGATAGTTGTGCGACCTGCTCCACCTCCAAGTCAAAAGAAGTCATGTTCAGGTAAAACTCGTTCTCGCAAAC 370
|||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||.||||..|||||||||
Sbjct 276 TCTGATAGTCGTACGACCTGCTCCTCCTCCCAGCCAGAAGAAGTCATGTTCAGGGAAATCTCGCCCTCGCAAAC 349
Query 371 CTCTGCAGCTGGTGGTTGGCACTCTGACACCGAGCTCAGTCTTCCTGTCCTGGGGTTTCCTCATCAACCCACAC 444
|.||.|||||||||||.||.||..||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 350 CCCTCCAGCTGGTGGTGGGTACGTTGACACCGAGTTCTGTCTTCCTGTCCTGGGGATTCCTCATCAACCCACAC 423
Query 445 CATGACTGGACATTGCCAAGTCACTGTCCCAATGACAGATTTTATACAATTCGCTATCGAGAAAAGGATAAAGA 518
||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||.|||||||.||||||||
Sbjct 424 CATGACTGGACATTGCCAAGCCACTGTCCCAGTGACAGATTTTATACAATTCGATATAGAGAAAAAGATAAAGA 497
Query 519 AAAGAAGTGGATTTTTCAAATCTGTCCAGCCACTGAAACAATTGTGGAAAACCTAAAGCCCAACACAGTTTATG 592
||||||.||||||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 498 AAAGAAATGGATTTTTCAACTCTGCCCAGCTACTGAAACAATTGTGGAAAATCTAAAGCCCAACACAGTTTATG 571
Query 593 AATTTGGAGTGAAAGACAATGTGGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCACAAGACTGTTGTTGGAAGT 666
|||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||
Sbjct 572 AATTTGGTGTGAAAGACAATATAGAAGGTGGAATTTGGAGTAAGATTTTCAATCATAAGACTATTGTTGGAAGT 645
Query 667 AAA---AAAGTAAATGGGAAAATCCAAAGTACCTATGACCAAGACCACACAGTGCCAGCATATGTCCCAAGGAA 737
||| ||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|.||||.|||||||| |||||.|||||
Sbjct 646 AAAAACAAAGTAAACGGGAAAATCCAAAGCACTTATGACCAGGTCCACTCAGTGCCA------GTCCCGAGGAA 713
Query 738 ACTAATCCCAATAACAATCATCAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAAGGATTCAGCTAAATCCCCAGAAA 811
.|||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|.|||||||||||.|
Sbjct 714 GCTAATCCCACTAACGATCATTAAGCAAGTGATTCAGAATGTTACTCACAGGGCTTCAACCAAATCCCCAGACA 787
Query 812 AAGCTCCACTGGGAGGAGTGATACTAGTCCACCTTATTATTCCAGGTCTTAATGAAACTACTGTAAAACTTCCT 885
|..||||..|.||.|||...|||.||||.||.||.||||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||.
Sbjct 788 AGACTCCTTTTGGGGGAACAATATTAGTTCATCTGATTATTCCGGGTCTTAATGAATCCACTGTAAAACTTCCC 861
Query 886 GCATCCCTAATGTTTGAGATTTCAGATGCACTCAAGACACAATTAGCTAAGAATGAAACCTTGGCATTACCTGC 959
.|||||.|||||.||||||||||.|||||.||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 862 ACATCCATAATGCTTGAGATTTCCGATGCTCTCAAGGCACAATTAGCTAAGAATGAAACATTGGCTTTACCAGC 935
Query 960 CGAATCTAAAACACCAGAGGTTGAAAAAATCTCAGCACGACCCA-CAACAGTGACTCCTGAAACAGTTCCAAGA 1032
.||||||||||||||||||||.||||||.|..|||..| |.||| .||||||||||||.|||.|||||.|||||
Sbjct 936 AGAATCTAAAACACCAGAGGTCGAAAAATTGGCAGGGC-AGCCAGTAACAGTGACTCCGGAATCAGTTTCAAGA 1008
Query 1033 AGCACTAAACCCACTACGTCTAGTGCATTAGATGTTTCAGAAACAACACTGGCTTCAAGTGAAAAGCCATGGAT 1106
||||||||.|||||...|||||||||.|||| ||||||
Sbjct 1009 AGCACTAAGCCCACCCTGTCTAGTGCTTTAG--------------ACACTG----------------------- 1045
Query 1107 TGTGCCTACAGCTAAAATATCTGAAGATTCCAAAGTTCTGCAGCCTCAAACTGCAACTTATGATGTTTTCTCAA 1180
Sbjct 1046 -------------------------------------------------------------------------- 1045
Query 1181 GCCCTACAACATCAGATGAGCCTGAGATATCAGATTCCTACACAGCAACAAGTGATCGTATTCTGGATTCTATC 1254
||||
Sbjct 1046 ------------CAGA---------------------------------------------------------- 1049
Query 1255 CCACCTAAAACTTCTAGAACTCTTGAACAGCCAAGGGCAACACTGGCTCCAAGTGAAACACCATTTGTTCCTCA 1328
|.||.|||||||.||.||
Sbjct 1050 -----------------------------------GACAGCACTGGCACCCAG--------------------- 1067
Query 1329 AAAACTGGAAATCTTTACCAGTCCAGAAATGCAGCCTACGACACCTGCTCCCCAGCAAACTACATCTATCCCTT 1402
||||.|.| ||||||
Sbjct 1068 ------------------------------GCAGACAA-------------CCAGCA----------------- 1081
Query 1403 CTACACCTAAACGACGCCCCCGGCCCAAACCGCCAAGAACCAAACCTGAAAGAACCACAAGTGCCGGAACAATT 1476
|||
Sbjct 1082 -------------------------------------------------------------TGC---------- 1084
Query 1477 ACACCTAAAATTTCTAAAAGCCCTGAACCTACATGGACAACACCGGCTCCCGGTAAAACACAATTTATTTCTCT 1550
Sbjct 1085 -------------------------------------------------------------------------- 1084
Query 1551 GAAACCTAAAATCCCTCTCAGCCCAGAAGTGACACACACCAAACCTGCTCCCAAGCAGACACCACGTGCTCCTC 1624
|||||||||
Sbjct 1085 -----------------------------------------------CTCCCAAGC------------------ 1093
Query 1625 CTAAGCCAAAAACATCACCACGCCCAAGAATCCCA-CAAACACAACCAGTTCCTAAGGTGCCCCAGCGTGTTAC 1697
.||||| ||||||.|.||||.||.||| |||| |.|.|||||||||||||..||||.||.|...||
Sbjct 1094 -----TCAAAA----CACCACACTCAAGGATGCCAGCAAA-AGAGCCAGTTCCTAAGGAACCCCTGCATACGAC 1157
Query 1698 TGCAAAACCAAAAACGTCACCAAGTCCAGAAGTGTCATACACCACACCTGCTCCAAAAGATGTGCTCCTTCCTC 1771
|.||||.|||||||.|.||||||||||.||||||.||.||||.|||.|||.|||||||||||..|..|||.|.|
Sbjct 1158 TTCAAAGCCAAAAATGCCACCAAGTCCTGAAGTGGCAGACACTACATCTGTTCCAAAAGATGAACGACTTTCCC 1231
Query 1772 ATAAACCATACCCTGAGGTCTCTCAGAGCGAACCT--------------------------------------- 1806
.|||||||.|.||.||||||.||||.||.|||.||
Sbjct 1232 TTAAACCAGATCCAGAGGTCACTCACAGTGAAACTGTTCTGCCTCCTGTCACCTTTAGAGTTGAGCCACCAAAG 1305
Query 1807 ---------GCTCCTCTAGAGACACGAGGCATCCCTTTTATACCCATGATTTCCCCAAGTCCTAGTCAAGAGGA 1871
||.|||.||||||||||.|||||.|||.|.|||||..|||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1306 ACAACAATAGCACCTTTAGAGACACGGGGCATTCCTCTCATACCTGTGATTTCACCAAGACCTAGTCAAGAGGA 1379
Query 1872 ACTACAGACCACTCTGGAAGAAACAGACCAATCCACCCAAGAACCTTTCACAACTAAGATTCCACGAACAACTG 1945
||||||.|||.|..||||||||||||||||.||.||||||||.|..|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ACTACAAACCGCCATGGAAGAAACAGACCAGTCTACCCAAGAGCTCTTCACGACTAAGATTCCACGAACAACTG 1453
Query 1946 AACTAGCAAAGACAACTCAGGCGCCACACAGATTTTATA---CTACTGTGAGGCCCAGAACATCTGACAAGCCA 2016
||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||..||| ||.|||||||||||||||.|.|||.||.||||
Sbjct 1454 AATTGGCAAAGACAACTCAGGCACCACACAGATTGCATACAGCTCCTGTGAGGCCCAGAATACCTGGCAGGCCA 1527
Query 2017 CACATCAGACCTG--------------------------------------------GGG-------------- 2032
||...|||.|||| |||
Sbjct 1528 CATGGCAGGCCTGCTCTGAACAAAACAACTACAAGGCCTGATAAAACCAAACCCAGAGGGACGTCCCATAAAAA 1601
Query 2033 -----------------TCAAGCAAGCACCCAGGCCATCAGGTGCTGATAGAAATGTATCAGTGGACTCTACCC 2089
.||||||||||||.|.||||.||.||.|||..|||||||..|||||||| |.|.|
Sbjct 1602 CGGAGTAGGAACAGGAACCAAGCAAGCACCTAAGCCACCAAGTCCTGGGAGAAATGCGTCAGTGGA---TTCAC 1672
Query 2090 ACCCCACTAAAAAGC------------CAGGGACTCGCCGCCCACCCTTGCCACCCAGAC---------CTACA 2142
|..||||.|.|||.| |||||||.||.||.||||||.|.||||..||.| |||.|
Sbjct 1673 ATGCCACAAGAAAACCAGGCTCAGTCTCAGGGACGCGTCGTCCACCCATACCACATAGGCATTCGTCCACTAGA 1746
Query 2143 CAC-------CCACGA-AGAAAACCTTTACCACCAAATAATGTCACTGGAAAGCCAGGAAGTGCAGGAATCATT 2208
| | ||| || ||||..||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||.||||.|||||..||
Sbjct 1747 C-CTGTGTCTCCA-GAGAGAAGGCCTTTACCCCCGAATAATGTCACCGGGAAGCCAGGACGTGCGGGAATTGTT 1818
Query 2209 TCATCAGGCCCAATAACTACACCACCCCTGAGGTCAACAC-CCAGGCCTACTGGAACTCCCTTGGAGAGAATAG 2281
||.||..|||...||||..|.||||||||||.|.|||||| ||| .||||..|||||..||...|.||||..||
Sbjct 1819 TCCTCCAGCCGGGTAACGTCCCCACCCCTGAAGGCAACACTCCA-CCCTATCGGAACAGCCACAGCGAGACCAG 1891
Query 2282 AGACAGATATAAAGCAACCAACAGTTCCTGCCTCTGGAGAAGAACTGGAAAATATAACTGACTTTAGCTCAAG- 2354
.|.||||...||||.|||||||.|.||||||.||.|.||||||..|.|..|.||.|||||||||.||.|||||
Sbjct 1892 GGGCAGAACAAAAGGAACCAACTGCTCCTGCTTCAGAAGAAGAGTTTGGTACTACAACTGACTTCAGTTCAAGT 1965
Query 2355 CCCAACAAGAGAAACTGATCCTCTTGGGAAGCCAAGATTCAAAGGACCTCATGTGCGATACATCCAAAAGCCTG 2428
||||.||| ||||||||||||.|||||||||||.||.||||.|||.||.|||||||||||.||||.||||||||
Sbjct 1966 CCCACCAA-AGAAACTGATCCCCTTGGGAAGCCCAGGTTCATAGGTCCCCATGTGCGATATATCCCAAAGCCTG 2038
Query 2429 ACAACAGTCCCTGCTCCATTACTGACTCTGTCAAACGGTTCCCCAAAGAGGAGGCCACAGAGGGGAATGCCACC 2502
|.||||..|||||.|||||.||||||||.||||.|||||||||.|.||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 2039 AAAACAAGCCCTGTTCCATCACTGACTCAGTCAGACGGTTCCCTACAGAGGAAGCCACGGAGGGGAATGCCACC 2112
Query 2503 AGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACCGTGGAAGGGTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGA 2576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2113 AGCCCACCACAGAACCCACCCACCAACCTCACTGTGGTCACTGTCGAAGGCTGCCCCTCATTTGTCATCTTGGA 2186
Query 2577 CTGGGAAAAGCCACTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTTATATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGA 2650
|||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2187 CTGGGAAAAACCTCTAAATGACACTGTCACTGAATATGAAGTCATATCCAGAGAAAATGGGTCATTCAGTGGGA 2260
Query 2651 AGAACAAGTCCATTCAAATGACAAATCAGACATTTTCCACAGTAGAAAATCTGAAACCAAACACGAGTTATGAA 2724
|||||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||||||||.|||||||||.|.||.||.||||||
Sbjct 2261 AGAACAAGTCCATTCAAATTACCAATCAAACGTTCTCTACAGTAGAAAACCTGAAACCAGATACAAGCTATGAA 2334
Query 2725 TTCCAGGTGAAACCCAAAAACCCGCTTGGTGAAGGCCCGGTCAGCAACACAGTGGCATTCAGTACTGAATCAGC 2798
||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|.|||||||||.||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 2335 TTCCAGGTGAAACCCAAAAATCCACTTGGTGAGGGCCCCGCCAGCAACACGGTAGCGTTCAGTACTGAATCAGC 2408
Query 2799 GGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAGTTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTGGACTGAAAGACCCTTTAATTCAGACT 2872
.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 2409 TGACCCAAGAGTGAGTGAGCCAATTTCTGCAGGAAGAGATGCCATCTGGACTGAAAGACCTTTTAACTCAGACT 2482
Query 2873 CTTACTCAGAGTGTAAGGGCAAACAATATGTCAAAAGGACATGGTATAAAAAATTTGTAGGAGTGCAGCTGTGC 2946
||||||||||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct 2483 CTTACTCAGAATGCAAAGGCAAACAGTATGTTAAAAGGACGTGGTATAAAAAATTTGTCGGAGTGCAGCTATGT 2556
Query 2947 AACTCTCTCAGATACAAGATTTACTTGAGCGACTCCCTCACAGGAAAATTTTATAACATAGGTGATCAGAGGGG 3020
|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 2557 AACTCTCTCAGATACAAGATTTATTTGAGCGATTCCCTCACAGGCAAGTTTTACAACATAGGAGATCAGAGGGG 2630
Query 3021 CCATGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGACGCACTGGGCAGCAACTCACTTCTGACC 3094
|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||.|
Sbjct 2631 CCACGGAGAAGATCACTGCCAGTTTGTGGATTCATTTTTAGATGGTCGCACAGGACAGCAACTCACCTCTGAAC 2704
Query 3095 AGTTACCAATCAAAGAAGGTTATTTCAGAGCAGTTCGCCAGGAACCTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCAC 3168
|||||||.|.|||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2705 AGTTACCCACCAAAGAAGGCTATTTCAGAGCTGTTCGTCAGGAACCTGTCCAATTTGGAGAAATAGGTGGTCAT 2778
Query 3169 ACCCAAATCAATTATGTTCAGTGGTATGAATGTGGGACTACAATTCCTGGAAAATGG 3225
|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2779 ACCCAAATCAATTATGTCCAGTGGTATGAATGTGGGACCACAATACCTGGAAAATGG 2835