Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000468783
• Subject: XM_006511183.3
• Aligned Length: 3047
• Identities: 2418
• Gaps: 370

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGTGGCGGCGGCCTTGGGGCGGCCTTGCGTGTGGTTGGGGCGTTGGTTGCGCACGCGCGGCGAGGGTTGCGG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGCGGGGCCTTGTGCGGCTGAGTCTAGCTGTGAAGCTGGGTGGTGGGTGGCAATGTGGCTCCGCCGCCGGGGTT  148

Query    1  -----------------------------------------------------------ATGGTGCCCTGGGTG  15
                                                                       ||||.|.|.||||||
Sbjct  149  TGGGGGTGCCCTCCGCCTCTGCCTCTGAGGGCGGCACGTCCTCCCCTGCGTGGACTGAGATGGGGTCTTGGGTG  222

Query   16  CGGACGA--TGGGGCAGAAGCTGAAGCAGCGGCTGCGACTGGACGTGGGACGCGAGATCTGCCGCCAGTACCCG  87
            |||||||  ||.||  ||.||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||
Sbjct  223  CGGACGATCTGCGG--GAGGCTGAAGCAGCGGCTGCGGCTGGACGTGGGGCGCGAGATTTGCCGTCAGTATCCG  294

Query   88  CTGTTCTGCTTCCTGCTGCTCTGTCTCAGCGCCGCCTCCCTGCTTCTTAACAGGTATATTCATATTTTAATGAT  161
            |||||||||||.|||||||||||.|||||||.||||||.|||||.||.|||||||||.|.|||.|.||||||||
Sbjct  295  CTGTTCTGCTTTCTGCTGCTCTGCCTCAGCGTCGCCTCGCTGCTCCTCAACAGGTATCTGCATGTCTTAATGAT  368

Query  162  CTTCTGGTCATTTGTTGCTGGAGTTGTCACATTCTACTGCTCACTAGGACCTGATTCTCTCTTACCAAATATAT  235
            |||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||.|||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct  369  CTTCTGGTCGTTTGTTGCTGGAGTTGTGACATTCTACTGTTCATTAGGACCCGATTCCCTCTTACCAAATATAT  442

Query  236  TCTTCACAATAAAATACAAACCCAAGCAGTTAGGACTTCAGGAATTATTTCCTCAAGGTCATAGCTGTGCTGTT  309
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct  443  TCTTCACAATAAAATACAAACCCAAGCAATTAGGACTTCAAGAGTTATTTCCGCAAGGACATAGCTGTGCTGTT  516

Query  310  TGTGGTAAAGTGAAATGTAAACGACATAGGCCTTCTTTGCTACTTGAAAACTACCAGCCATGGCTAGACCTGAA  383
            |||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct  517  TGTGGTAAAGTGAAATGTAAACGGCATAGGCCTTCCTTGCTCCTTGAAAACTATCAGCCCTGGCTAGACCTGAA  590

Query  384  AATTTCTTCCAAGGTTGATGCATCTCTCTCAG------------------------------------------  415
            |.|||||||.|||||.||||||||||||||||                                          
Sbjct  591  AGTTTCTTCGAAGGTAGATGCATCTCTCTCAGAGGTTCTTGAATTAGTGTTGGAAAACTTTGTCTATCCATGGT  664

Query  416  --------------------------------------------------------------------------  415
                                                                                      
Sbjct  665  ACAGGGATGTGACGGATGATGAGTCCTTTGTTGATGAGCTGAGGATCACCTTACGGTTTTTTGCATCTGTCTTG  738

Query  416  ----------------AGGTGGATATTCCATCTATTATAACCAAGAAACTATTAAAAGCAGCAATGAAGCATAT  473
                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  739  GTGCGAAGAATTCACAAGGTGGATATTCCATCTATTATAACCAAGAAACTATTAAAAGCAGCAATGAAACATAT  812

Query  474  AGAAGTGATAGTTAAAGCCAGACAGAAAGTAAAAAATACAGAGTTTTTACAGCAAGCTGCTTTAGAAGAATATG  547
            |||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.||.||||.||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct  813  AGAAGTGATTGTTAAAGCAAGACAGAAAGTAAAGAACACGGAGTATTTACAACAAGCCGCTTTAGAAGAATATG  886

Query  548  GTCCAGAGCTTCATGTTGCTTTGAGAAGTCGAAGAGATGAATTGCACTATTTAAGGAAACTTACTGAACTGCTT  621
            ||||||||||||||||.||..||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||..|.|||
Sbjct  887  GTCCAGAGCTTCATGTGGCCCTGAGAAGTCGAAGAGATGAATTACAGTATTTAAGGAAGCTTACTGAGTTACTT  960

Query  622  TTTCCTTATATTTTGCCTCCTAAAGCAACAGACTGCAGATCTCTGACCTTACTTATAAGAGAGATTCTGTCTGG  695
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  961  TTTCCTTATATTTTGCCTCCTAAAGCAACAGACTGCAGGTCCCTGACATTACTCATAAGAGAGATTCTGTCTGG  1034

Query  696  CTCTGTGTTCCTTCCTTCTTTGGATTTCCTAGCTGATCCAGATACTGTGAATCATTTGCTTATCATCTTCATAG  769
            .||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035  TTCTGTGCTTCTTCCTTCTTTGGATTTCCTAGCTGATCCAGATACTGTCAATCATTTGCTTATCATCTTCATAG  1108

Query  770  ATGACAGTCCACCTGAAAAAGCAACTGAACCGGCTTCTCCTTTGGTTCCATTCTTGCAGAAATTTGCAGAACCT  843
            |.|||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1109  ACGACAGCCCTCCTGAAAAAGCAACTGAACCAGCTTCCCCTTTGGTTCCATTCCTGCAGAAATTTGCAGAACCT  1182

Query  844  AGAAATAAAAAGCCATCTGTGCTGAAGTTAGAATTGAAGCAAATCAGAGAGCAACAAGATCTTTTATTTCGTTT  917
            |||||||||||||||||.||||||||||||||..||||.|||||||||||.||.||.||.|||||.||.||.||
Sbjct 1183  AGAAATAAAAAGCCATCCGTGCTGAAGTTAGAGCTGAAACAAATCAGAGAACAGCAGGACCTTTTGTTCCGCTT  1256

Query  918  TATGAACTTTCTGAAACAAGAAGGCGCAGTGCACGTGTTGCAGTTTTGTTTGACTGTGGAGGAATTTAATGATA  991
            |||||||||.||||||||||||||.||.||||||||..|||||||.|||.||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1257  TATGAACTTCCTGAAACAAGAAGGGGCCGTGCACGTCCTGCAGTTCTGTCTGACAGTCGAGGAATTTAATGATA  1330

Query  992  GAATTTTACGACCAGAATTATCAAATGATGAAATGCTGTCTCTTCATGAAGAATTGCAGAAGATTTATAAAACA  1065
            |||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 1331  GAATTTTGCGTCCAGAGTTATCAAATGATGAAATGCTATCTCTCCATGAAGAATTGCAGAAGATTTATAAGACC  1404

Query 1066  TACTGTTTGGATGAAAGTATTGACAAAATTAGATTTGATCCCTTCATTGTAGAAGAGATTCAAAGAATTGCTGA  1139
            |||||.|||||||||||.||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405  TACTGCTTGGATGAAAGCATTGACAAAATTCGCTTTGATCCCTTCATTGTCGAAGAGATTCAAAGAATTGCTGA  1478

Query 1140  AGGCCCATACATAGATGTTGTGAAACTTCAAACTATGAGATGTCTTTTTGAAGCATATGAACATGTTCTTTCCC  1213
            ||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct 1479  AGGCCCATACATAGATGTTGTGAAGCTGCAAACTATGAGGTGTCTTTTTGAAGCATATGAGCACGTCCTTTCCC  1552

Query 1214  TTTTGGAGAATGTATTTACTCCTATGTTCTGCCATAGTGATGAGTATTTCAGACAACTTTTAAGAGGTGCAGAA  1287
            |.||||||||.||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1553  TGTTGGAGAACGTGTTTACCCCCATGTTCTGCCACAGTGATGAGTATTTTAGGCAACTTTTAAGAGGTGCAGAA  1626

Query 1288  TCACCAACACGCAATTCAAAATTGAACAG--------------------------GAA-CACACAGAAAAGGGG  1334
            ||.||.|||||||||||.|||||.|||||                          ||| ||||||.|||||.||
Sbjct 1627  TCGCCCACACGCAATTCCAAATTCAACAGAGGTAGCCTAAGTTTGGATGATTTCCGAAGCACACAAAAAAGAGG  1700

Query 1335  AGAATCATTTGGAATCAGCAGAATAGGTAGCAAAATTAAAGGAGTATTCAAAAGTACCACAATGGAGGGAGCTA  1408
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||.
Sbjct 1701  AGAATCGTTTGGAATCAGCAGAATAGGTAGCAAAATTAAAGGCGTATTCAAGAGTACGACAATGGAGGGAGCTG  1774

Query 1409  TGTTGCCTAATTATGGTGTAGCTGAAGGTGAAGATGATTTTATTGAAGAAGGTATTGTTGTAATGGAAGATGAT  1482
            ||.||||||||||.||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.
Sbjct 1775  TGCTGCCTAATTACGGGGTGGCTGAAGGCGAAGATGACTTTATTGAAGAAGGGATTGTGGTAATGGAGGATGAC  1848

Query 1483  TCTCCAGTGGAGGCTGTGAGCACACCTAATACTCCCCGAAACCTTGCTGCATGGAAAATTAGCATTCCATATGT  1556
            ||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1849  TCTCCAGTAGAAGCTGTGAGCACACCTAACACTCCTCGAAACCTTGCTGCCTGGAAAATTAGCATTCCGTATGT  1922

Query 1557  AGACTTTTTTGAGGATCCCTCCTCTGAAAGGAAGGAGAAAAAAGAAAGAATTCCTGTGTTTTGTATTGATGTTG  1630
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1923  AGACTTTTTTGAAGATCCCTCCTCTGAAAGGAAAGAGAAGAAGGAGAGAATTCCTGTGTTTTGTATCGATGTTG  1996

Query 1631  AAAGAAATGATAGAAGAGCAGTTGGACACGAGCCTGAACATTGGTCTGTCTATAGAAGATATCTTGAATTCTAT  1704
            |||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997  AAAGAAACGACAGACGAGCAGTTGGACACGAGCCTGAGCATTGGTCTGTCTATAGAAGATATCTTGAATTCTAT  2070

Query 1705  GTACTTGAATCAAAACTAACAGAATTTCATGGTGCATTTCCTGATGCCCAGCTTCCTTCTAAGAGGATCATTGG  1778
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 2071  GTTCTTGAATCAAAACTAACAGAATTTCATGGCACATTTCCTGATGCTCAGCTTCCATCCAAAAGGATCATTGG  2144

Query 1779  CCCCAAAAATTATGAATTCTTAAAGTCAAAGAGGGAAGAGTTCCAAGAATATCTACAGAAACTTCTGCAGCATC  1852
            |||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||.||.||||||||.||.|||||.|||||||||.|||||||.|
Sbjct 2145  CCCCAAAAACTATGAGTTTTTGAAGTCGAAGAGAGAGGAGTTCCAGGAGTATCTGCAGAAACTTGTGCAGCACC  2218

Query 1853  CAGAACTGAGTAATAGTCAACTTCTGGCAGACTTTCTTTCCCCTAATGGTGGGGAAACACAATTTCTTGATAAG  1926
            |.||.||||||||.||.||.||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 2219  CGGAGCTGAGTAACAGCCAGCTTCTGGCTGACTTTCTCTCCCCCAACGGTGGGGAGACACAGTTTCTAGATAAG  2292

Query 1927  ATACTACCAGATGTAAATCTTGGGAAAATTATAAAATCTGTTCCTGGAAAACTAATGAAAGAGAAAGGTCAGCA  2000
            |||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2293  ATACTTCCAGATGTAAATCTTGGAAAAATTATAAAGTCTGTTCCTGGGAAACTAATGAAAGAGAAAGGTCAGCA  2366

Query 2001  TTTGGAACCTTTTATCATGAATTTCATTAATTCTTGTGAGTCTCCAAAGCCTAAACCAAGTAGACCAGAACTGA  2074
            ||||||.||.||.|||||||.|||||||||||||||.||.|||||.||.||||||||.|||.|.||||||||||
Sbjct 2367  TTTGGAGCCATTCATCATGAGTTTCATTAATTCTTGCGAATCTCCCAAACCTAAACCGAGTCGGCCAGAACTGA  2440

Query 2075  CCATTCTCAGCCCTACTTCAGAAAACAACAAGAAGCTTTTCAATGATCTGTTTAAAAATAATGCAAACCGTGCT  2148
            |.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 2441  CGATTCTCAGCCCCACTTCCGAAAACAACAAGAAGCTTTTCAACGATCTGTTTAAGAATAATGCAAACCGCGCT  2514

Query 2149  GAAAATACAGAGAGAAAGCAAAATCAGAATTATTTTATGGAGGTGATGACTGTAGAAGGAGTCTATGATTACCT  2222
            ||.||.||||||.||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 2515  GAGAACACAGAGCGAAAGCAAAATCAGAACTACTTCATGGAGGTGATGACTGTGGACGGAGTCTATGATTACCT  2588

Query 2223  GATGTATGTAGGACGGGTAGTTTTCCAGGTTCCTGACTGGCTTCATCATCTCTTAATGGGAACTCGAATCCTCT  2296
            ||||||||||||.||.||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||
Sbjct 2589  GATGTATGTAGGGCGAGTAGTTTTTCAAGTCCCAGACTGGCTTCATCATCTTCTAATGGGAACTCGAATCCTCT  2662

Query 2297  TTAAAAACACCCTGGAAATGTATACTGATTACTATCTTCAGTGTAAACTAGAACAGCTATTTCAGGAGCACCGT  2370
            ||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.||.|||||.||.||.||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct 2663  TTAAGAACACCCTGGAAATGTACACAGACTACTACCTCCAGTGCAAGCTGGAGCAGCTGTTTCAGGAGCACCGG  2736

Query 2371  TTGGTCTCACTCATAACACTTCTCAGAGATGCTATATTCTGTGAAAACACTGAACCTCGCTCTCTCCAAGATAA  2444
            .|||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737  CTGGTCTCCCTCATCACCCTTCTCAGAGATGCTATATTTTGTGAAAATACTGAACCTCGCTCTCTCCAAGATAA  2810

Query 2445  GCAAAAAGGAGCAAAACAGACTTTTGAAGAAATGATGAATTACATTCCAGATCTGTTAGTCAAGTGTATTGGTG  2518
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||
Sbjct 2811  GCAAAAAGGAGCAAAACAGACTTTTGAAGAAATGATGAATTACATTCCAGATCTGATAGTCAAGTGTATCGGTG  2884

Query 2519  AAGAAACCAAGTATGAAAGCATCAGACTTCTGTTTGATGGCTTACAGCAACCAGTACTCAACAAGCAGCTGACT  2592
            |||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||.|.|||||.|||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 2885  AAGAAACCAAGTACGAAAGCATCAGACTCCTGTTTGATGGCCTGCAGCAGCCAGTGCTCAACAAGCAGCTGACC  2958

Query 2593  TATGTTTTATTGGACATTGTGATACAGGAACTGTTTCCAGAGCTCAATAAGGTACAAAAGGAAGTTACCTCTGT  2666
            |||||.||..|||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||..|
Sbjct 2959  TATGTGTTGCTGGACATTGTGATACAGGAGCTGTTTCCAGAGCTAAATAAGGTACAAAAGGAAGCTACCTCCAT  3032

Query 2667  GACATTTTGGATG  2679
            |||||..||||||
Sbjct 3033  GACATCCTGGATG  3045