Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000469087
• Subject: XM_005259223.3
• Aligned Length: 2223
• Identities: 1529
• Gaps: 456

Alignment

Query    1  ATGACCACGTTCAAGGAGGCAATGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGGGGCTGCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGACCTTGCTCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGACATC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AAGCATTCCACAGGGATACTTTCCACTTCCTAAGGGAAGAAAAGATTTGGATGATGAAGACAGCAATCCAAAGG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GAAGGGAATTCAGGAGACAAGATCCAAACTGAGATGGAGACTGTTTCAGAAGCAGGAACACATCAAGAGTGGTC  296
                                       |..|||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||..|.||.
Sbjct    1  ---------------------------ATGGAGATGGAGACTGTTTCAGAATCAGGAACACATGAAGGCTTGTT  47

Query  297  CTTCCAGCAAATCTGGGAAAAAATTGCAAGTGATTTAACCAGGTCTCAAGACTTGGTGATAAATAGCTCTCAGT  370
            |...||.||||.|||||||.|||||.|||||||.||||||||||.||||||||...||.||||.||||.|||||
Sbjct   48  CAGTCATCAAACCTGGGAACAAATTTCAAGTGACTTAACCAGGTTTCAAGACTCCATGGTAAACAGCTTTCAGT  121

Query  371  TCTCCAAAGAAGGTGATTTCCCCTGCCAGACTGAGGCAGGACTATCTGTAATTCACACAAGACAGAAATCTTCC  444
            ||||||||.|||.||||.|.|||||||||..|||.||||||||||||.||||||||..||||||||||.||||.
Sbjct  122  TCTCCAAACAAGATGATATGCCCTGCCAGGTTGATGCAGGACTATCTATAATTCACGTAAGACAGAAACCTTCT  195

Query  445  CAGGGCAATGGA--TATAAACCATCCTTCAGTGATGTCTCCCTCTTTGATTTTCATCAACAATTACACTCAGGA  516
            .||||.|  |||  |.||||...|||||.||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||.|||.||
Sbjct  196  GAGGGTA--GGACGTGTAAAAAGTCCTTTAGTGATGTCTCCGTCCTTGATCTTCATCAACAACTACAGTCAAGA  267

Query  517  GAGAAATCTCATACGTGTGATGAGTGTGGAAAGAACTTTTGTTACATCTCAGCCCTTCGTATTCATCAGAGAGT  590
            |||||.||||||||.||||||||.||||||||||..||.|||||.|.||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  268  GAGAAGTCTCATACATGTGATGAATGTGGAAAGAGTTTCTGTTATAGCTCAGCTCTTCGTATTCATCAGAGAGT  341

Query  591  CCACATGGGAGAGAAATGCTATAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTCAGTCAGAGTTCACATCTGCAAACTC  664
            .||||||||.||||||..||||||.|||||.|||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||.||
Sbjct  342  TCACATGGGGGAGAAACTCTATAATTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTCAATCAGAGCTCACATCTGCAAATTC  415

Query  665  ATCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCGTTCAAATGTGTGGAATGTGGGAAAGGCTTCAGTCGTAGATCAGCA  738
            ||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||.|.|.||||||||||||||.|||||||||||||.|
Sbjct  416  ATCAGAGAATCCACACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGAGCAGTGTGGGAAAGGCTTTAGTCGTAGATCAGGA  489

Query  739  CTTAATGTTCATCACAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGCGGGAAGGCCTTCATTCA  812
            |||.|||||||||..||||||||||||||||.|||||||.|||.|||||||.||||.|||||||||||||||||
Sbjct  490  CTTTATGTTCATCGTAAATTACACACAGGAGTGAAACCTCATATTTGTGAGAAATGTGGGAAGGCCTTCATTCA  563

Query  813  CGATTCCCAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACGGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGA  886
            .||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  564  TGATTCCCAGCTTCAGGAACATCAAAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTTGTAAGA  637

Query  887  GCTTCTGTGGTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACGGCAGAGAAACCATTCCGATGTGATACG  960
            |||||.||.|||||.|||..|||||||||||||||||||||||||.|..|||||||||||||.||||||||||.
Sbjct  638  GCTTCCGTAGTAGAGCAAATCTTAATAGGCATTCCATGGTTCACATGCGAGAGAAACCATTCAGATGTGATACA  711

Query  961  TGTGATAAGAGCTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGATCCACACAGGAGAGAAACCATACAA  1034
            ||||.||||||||||.|||.||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||..|||||
Sbjct  712  TGTGGTAAGAGCTTTGGTCTGAAATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGGTCCACACAGGAGAGAAACGGTACAA  785

Query 1035  ATGTGAGGAGTGTGGAAAAGGCTTTATTTGTAGGCGAGATCTTTATACGCATCATATGGTCCACACGGGAGAAA  1108
            |||||||||.|||||||||.||||.||||.|||||.|||||||||||.||||||.||.|.||||||.||.||.|
Sbjct  786  ATGTGAGGAATGTGGAAAACGCTTCATTTATAGGCAAGATCTTTATAAGCATCAGATAGACCACACAGGGGAGA  859

Query 1109  AGCCATATAATTGTAAAGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGATGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGCGAGTCCAC  1182
            |||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||..||||||..|.||||..||||||||||
Sbjct  860  AGCCATATAATTGTAAAGAATGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAGGTCTTTCAAGACATGTGCGAGTCCAC  933

Query 1183  AGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAAGGATTTTACACAAATTCACAATGCTATTCCCACCA  1256
            ||||||||.|.|.|||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.|.|||||.|||||
Sbjct  934  AGTGGAGAGACAACATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACAACGTTATTCTCACCA  1007

Query 1257  GAGATCCCATAGTGGAGAAAAACCATACAAATGTGTGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTG  1330
            ||||.|.||.|||||||||||.|||||.|.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008  GAGAGCGCACAGTGGAGAAAAGCCATATAGATGTGAGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTG  1081

Query 1331  ACTTTCACCAGCGCGTCCATACAGGAGAGAAACTGTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTAGTCGGGCC  1404
            |||||||.|||.|.|||||.|.|||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||.|..|||||
Sbjct 1082  ACTTTCATCAGAGGGTCCACAGAGGAGAGAAACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTGGCTGGGCC  1155

Query 1405  CCATGTCTTTTGAAACATGAG-----------------------------------------------------  1425
            .|.|||||||||||.|||.||                                                     
Sbjct 1156  TCGTGTCTTTTGAATCATCAGAGAATCCACAGTGGAGAAAAACCATTTAAATGTGAAGAATGTGGGAAAAGATT  1229

Query 1426  -------------------------------AGACTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCCAATGTGAAGAGTGTG  1468
                                           |||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1230  TACTCAGAATTCACAACTTTATACCCATCGTAGAGTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAGTGTG  1303

Query 1469  GGAAGAGATTTACTCAAAATTCACATCTTCATTCCCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGT  1542
            ||||.|||||||||||.||||||||.|||.||||.||||..|||||.||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1304  GGAAAAGATTTACTCAGAATTCACAACTTTATTCTCATCGCAGAGTCCACACTGGAGTAAAGCCATACAAATGT  1377

Query 1543  GAGAAGTGTGGAAAGGGCTACAATAGTAAGTTTAATCTTGATATGCACCAGAAGGTCCACACAGGAGAGAGACC  1616
            ||..|||||||.|||||||.|||.|||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||.|||||||||||
Sbjct 1378  GAAGAGTGTGGGAAGGGCTTCAACAGTAAGTTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACACCGGAGAGAGACC  1451

Query 1617  ATACAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTGCACAGTG  1690
            .||.||||||||.||||||||||||||||||.||.|||||||..||.|||||||.|||.|||||||.||..|||
Sbjct 1452  TTATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGAGCTTTAGCCGGGCCTCAAGTATTTTGAATCATAAGAGACTCCATGGTG  1525

Query 1691  GAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAAAGATTTACTCAGAATTCACAGCTTCATTCTCATCAAAGA  1764
            ..|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||.|||||.||.
Sbjct 1526  ATGAAAAGCCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGATTTACTGAGAATTCACAGCTTCATTCCCATCAGAGG  1599

Query 1765  GTGCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGATGAGTGTGGGAAGGGCTTCAGCTGGTCCTCAACTCGTCTGAC  1838
            ||.||||||||.||||||||||||||||||||..|||||||.|||.|||||||.|||.|||||||||.|||.||
Sbjct 1600  GTTCACACTGGGGAAAAGCCATACAAATGTGAGAAGTGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAACTCATCTAAC  1673

Query 1839  CCATCAGAGACGCCACAGCAGAGAAACACCTCTCAAATGTGAGCAGCATGGGAAGAACATTGTACAGAATTCAT  1912
            |||||||||||.||||||.|||||||.||..||..||||||||.|...||||||||.||||||.||.|.|||||
Sbjct 1674  CCATCAGAGACTCCACAGTAGAGAAAAACTACTTCAATGTGAGGACTGTGGGAAGAGCATTGTGCACAGTTCAT  1747

Query 1913  TCTCTAAAGTGCAAGAAAAAGTTCACAGTGTAGAAAAGCCATACAAATGTGAGGACTGTGGGAAGGGCTACAAC  1986
            .|..|||||..|||.|||.||..||.||||.|||.||..|||..|||||||||||||||||||||.|||||||.
Sbjct 1748  GCCTTAAAGACCAACAAAGAGACCAAAGTGGAGAGAAAACATCTAAATGTGAGGACTGTGGGAAGCGCTACAAG  1821

Query 1987  AGGCGCTTGAATCTTGATATGC----ATCA------------GAGGGTCCACATGGGAGAGAAAACATGGAAGT  2044
            |||||||||||||||||||.||    .|||            ||     ||||                     
Sbjct 1822  AGGCGCTTGAATCTTGATACGCTTTTGTCATTATTTTTAAATGA-----CACA---------------------  1869

Query 2045  GTAGGGAGTGTGATATGTGCTTTAGTCAGGCCTCAAGCCTTCGACTTCATCAGAATGTTCATGTTGGAGAAAAA  2118
                                                                                      
Sbjct 1870  --------------------------------------------------------------------------  1869

Query 2119  CCT  2121
               
Sbjct 1870  ---  1869