Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000469592
• Subject: NM_001252200.1
• Aligned Length: 3892
• Identities: 3127
• Gaps: 423

Alignment

Query    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74
            ||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGAACGACTCTCCCGCGAAGAGCCTGGTGGACATTGACCTGTCGTCCCTGCGGGACCCTGCTGGGATTTT  74

Query   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGC  148

Query  149  TGGCAGCCATCAAAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222
            ||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  149  TGGCCGCCATCAAGGTTATGGACGTCACCGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTGAAG  222

Query  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296
            ||.||.||||||||..||||.|||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGTATTCTCATCATCGAAATATTGCCACGTACTATGGTGCTTTCATTAAGAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296

Query  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTTTGTGGGGCTGGGTCCATCACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370

Query  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444
            |.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||.||||||||||.||.|||||.||.
Sbjct  371  CTCTCAAAGAAGACTGGATTGCTTACATCTCCAGGGAAATCCTCAGGGGATTGGCACATCTCCATATTCACCAC  444

Query  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518
            ||.||||||||.||||||||||||||.||||||.|||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  GTTATTCACCGAGATATCAAGGGCCAAAATGTGCTGCTGACCGAGAATGCTGAGGTGAAACTTGTTGATTTTGG  518

Query  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592
            |||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  519  TGTAAGCGCTCAGCTGGACAGGACGGTTGGACGGAGAAATACGTTCATAGGCACACCCTACTGGATGGCTCCAG  592

Query  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGACGCCACTTACGACTACAGAAGTGACCTCTGGTCCTGTGGCATCACA  666

Query  667  GCCATTGAGATGGCAGAA-GTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  739
            |||||.||||||||.||| |.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  667  GCCATCGAGATGGCTGAAGGGGCCCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCGCTGTTTCTCATCCCCAG  740

Query  740  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  813
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct  741  AAACCCTCCTCCCAGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCAAAGAAATTTTTCAGCTTTATAGAAGGCTGTCTGGTGA  814

Query  814  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  887
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAACTTTTAAAACACCCTTTCATAAGGGATCAGCCCAATGAAAGG  888

Query  888  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  961
            ||.|||.|||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct  889  CAGGTTCGAATCCAGCTTAAGGATCACATAGACCGGACCAGAAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAGACGGAGTA  962

Query  962  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1035
            .||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.|
Sbjct  963  CGAGTACAGCGGGAGCGAGGAGGAGGAGGAGGAAGTGCCTGAGCAGGAGGGAGAGCCAAGTTCCATCGTCAATG  1036

Query 1036  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1109
            |||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||.
Sbjct 1037  TGCCTGGAGAGTCAACTCTGCGACGTGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAGCGGTCTGAGGCTCTG  1110

Query 1110  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1183
            ||||||||.|||.|.||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct 1111  CGGAGACAGCAGCTTCTGCAGGAGCAGCAGCTCCGGGAGCAGGAGGAGTATAAGAGGCAGCTGCTGGCTGAGAG  1184

Query 1184  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1257
            .||||||||||||||.||||||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|
Sbjct 1185  GCAGAAGCGGATTGAACAGCAGAAAGAACAGAGGAGGCGGCTGGAAGAGCAACAAAGAAGAGAACGGGAAGCCA  1258

Query 1258  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1331
            |.|||||||||||.|||||.|||||..||.|.||||||||.||.|||||||||||.|||||..||||.||..||
Sbjct 1259  GGAGGCAGCAGGAGCGTGAGCAGCGGCGGCGTGAACAAGAGGAGAAGAGGCGTCTCGAGGAACTGGAAAGGCGG  1332

Query 1332  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1405
            ||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1333  CGTAAAGAAGAGGAAGAGAGGAGACGGGCAGAAGAGGAGAAGAGGAGAGTGGAGAGGGAACAGGAGTACATCAG  1406

Query 1406  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1479
            |||.||||||||.|||||||||||||||.||||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCGGCAGCTAGAGGAGGAGCAGCGGCACCTGGAGATCCTGCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480

Query 1480  TGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCAGCAGGAAAGGAGCAAGCCA  1553
            ||||.|||||.||||||||||||.|.|||||   |||||.||||||.||.|.|||||||||.||||||||.||.
Sbjct 1481  TGCACGACCACAGGAGGCCGCACGCACAGCA---GCAGCCGCCGCCCCCGCAGCAGCAGGACAGGAGCAAACCG  1551

Query 1554  AGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCC-CACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGAGA-----------------  1609
            |||||.||||||||.|||||| ||||| |||||.||.|||||||||.||||.||.||                 
Sbjct 1552  AGCTTTCATGCTCCAGAGCCC-AAGCCTCACTATGACCCTGCTGACAGAGCTCGGGAGGTGGAAGATAGATTTA  1624

Query 1610  --------------------------------------------------------------------------  1609
                                                                                      
Sbjct 1625  GAAAGACTAACCACAGCTCCCCTGAGGCCCAGGCTAAGCAAACGGGCAGAGGACTGGAGCCACCCGTGCCTTCC  1698

Query 1610  --------------------------------------------------------------------------  1609
                                                                                      
Sbjct 1699  CGGTCAGAGTCTTTTTCCAATGGCAACTCCGAGTCTGTGCACCCTGCCCTGCAGAGACCAGCGGAGCCACAGGT  1772

Query 1610  --------------------------------------------------------------------------  1609
                                                                                      
Sbjct 1773  ACAGTGGTCCCACCTGGCATCTCTCAAGAACAATGTCTCCCCTGTCTCGAGATCCCATTCCTTCAGTGACCCTT  1846

Query 1610  --------------------------------------------------------------------------  1609
                                                                                      
Sbjct 1847  CTCCCAAATTCGCACACCACCATCTCCGCTCTCAGGACCCATGTCCACCTTCCCGCAGTGAGGGGCTCAGTCAG  1920

Query 1610  --------------------------------------------------------------------------  1609
                                                                                      
Sbjct 1921  AGCTCTGACTCTAAGTCGGAGGTGCCCGAGCCCACCCAAAAGGCTTGGTCTAGATCAGACAGTGACGAGGTGCC  1994

Query 1610  ------GGTTCCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGCAGGGCAGTG  1677
                  ||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1995  TCCAAGGGTTCCCGTGAGAACGACCTCTCGTTCCCCTGTCCTCTCCCGTCGGGATTCCCCACTGCAGGGCGGTG  2068

Query 1678  GGCAGCAGAATAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCACCAGCAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGGGAGAGAGTG  1751
            |.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||||||
Sbjct 2069  GACAGCAGAATAGCCAAGCAGGACAGAGAAATTCCACCAGCAGTATTGAGCCCCGGCTTCTTTGGGAGAGAGTG  2142

Query 1752  GAGAAGCTGGTGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCCGGGTCTCA  1825
            ||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||
Sbjct 2143  GAAAAGCTGGTCCCCAGGCCAGGCAGTGGCAGCTCTTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCTGGCTCCCA  2216

Query 1826  CCCTGGGTCTCAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCTCTCCATCTC  1899
            .||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct 2217  TCCTGGGTCTCAGAGCGGCTCCGGTGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGTTCTCCATCGC  2290

Query 1900  AGCGCCTGGAAAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCTGCTGGCGAA  1973
            ..||||.|||||.|||||..|||||.|||||.|||||.||.|||||.|||.|.||.|||||||||||.||.|||
Sbjct 2291  CACGCCAGGAAAGTGCAGCCAAAAAGCCTGACGATAAGAAAGAAGTATTCCGGCCTCTCAAGCCTGCGGGAGAA  2364

Query 1974  GTGGATCTGACCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACTA  2047
            |||||..||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2365  GTGGACTTGACTGCGTTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTTCGGCCACCTCACAAAGTAACAGACTA  2438

Query 2048  CTCCTCATCCAGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAGT  2121
            |||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct 2439  CTCATCCTCCAGTGAGGAGTCTGGGACCACAGATGAGGAGGAGGAGGACGTGGAACAGGAGGGGGCTGATGATT  2512

Query 2122  CCACCTCAGGACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAAA  2195
            |.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||.|||..|||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 2513  CTACCTCGGGACCAGAAGACACCAGAGCAGCGTCATCTCCGAACCTGAGCAACGGTGAAACAGAATCTGTGAAA  2586

Query 2196  ACCATGATTGTCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCCG  2269
            ||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct 2587  ACAATGATCGTTCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCAGCCATGACCCCGTCCAAGGAGGGCACCCTCATCGTCCG  2660

Query 2270  CCAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCA  2343
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2661  CCAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCA  2734

Query 2344  GATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAACAACAGTGACATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGATGAGA  2417
            |.|||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2735  GGTTACTACAGATCTCTCCATCTAGTGGGACGACAGTGACTTCCGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGCTGAGA  2808

Query 2418  CCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGGAAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAATCCTACCAACACTAGGCCACA  2491
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||
Sbjct 2809  CCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACTCGGAAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAACCCCACGAACACTAGGCCACA  2882

Query 2492  GAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGGTTTAACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAG  2565
            ||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883  GAGTGATACCCCCGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGATTTAACTCAGAGATCCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAG  2956

Query 2566  TGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCCTGATGCTGCTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTCTATCCTCTT  2639
            ||||.|||||.||.|||||||||||.||.||||||||..||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.
Sbjct 2957  TGAACTTGCTGGTTGGTACAGAGAGCGGTCTGATGCTCTTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAAGTATACCCTCTG  3030

Query 2640  ATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGACGTACTTGAGGGCTTGAATGTCTTGGTGACAATATCTGGCAAAAA  2713
            ||||.|||||||||.||.||.||||||||.||.||.||.|||.|.||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 3031  ATCAGCCGAAGACGGTTCCAGCAAATGGATGTGCTCGAAGGCCTAAATGTCCTGGTGACAATATCTGGCAAAAA  3104

Query 2714  GGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTGGTTAAGAAATAAAATACTTCACAATGATCCAGAAGTTGAGAAGA  2787
            ||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 3105  GGATAAGTTACGTGTCTACTATTTATCCTGGCTAAGAAATAAGATTCTTCATAATGATCCAGAGGTTGAGAAGA  3178

Query 2788  AGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGGAAGGATGTGTACATTATAAAGTTGTAAAATATGAAAGAATCAAA  2861
            |||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||.||.||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 3179  AGCAGGGGTGGACCACTGTGGGCGACTTGGAAGGGTGCGTGCACTATAAAGTCGTAAAATATGAAAGAATCAAG  3252

Query 2862  TTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTATGCGTGGGCACCAAAGCCATATCACAAATTTATGGC  2935
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 3253  TTTCTGGTAATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTATGCATGGGCACCGAAGCCATATCACAAATTTATGGC  3326

Query 2936  CTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAAGCCATTACTGGTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCCAGAGGTTGA  3009
            |||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 3327  CTTTAAGTCATTTGGAGAACTGCTACATAAGCCATTACTGGTGGATCTCACTGTGGAGGAAGGCCAGAGGTTGA  3400

Query 3010  AAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCCATGCTGTTGATGTGGATTCAGGATCAGTCTATGACATTTATCTA  3083
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3401  AAGTGATCTATGGATCCTGTGCGGGATTCCATGCTGTTGATGTGGATTCAGGCTCAGTCTATGACATTTATCTA  3474

Query 3084  CCAACACATGTAAGAAAGAACCCACACTCTATGATCCAGTGTAGCATCAAACCCCATGCAATCATCATCCTCCC  3157
            |||||||||                        ||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 3475  CCAACACAT------------------------ATTCAGTGTAGCATCAAACCCCATGCAATCATTATCCTCCC  3524

Query 3158  CAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGATGAGGGGGTTTATGTAAACACATATGGAAGGATCA  3231
            |||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.||.||||||||||
Sbjct 3525  CAACACGGATGGGATGGAGCTGCTGGTGTGCTACGAAGACGAGGGGGTTTACGTTAACACGTACGGAAGGATCA  3598

Query 3232  CCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATCAGTAGCATATATTCGATCCAATCAGACAATGGGC  3305
            |||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||.|||||||||||||||
Sbjct 3599  CCAAGGACGTGGTTCTGCAGTGGGGAGAGATGCCGACATCTGTAGCATATATCCGGTCGAATCAGACAATGGGC  3672

Query 3306  TGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGTGTGTTCATGCACAAAAGGGC  3379
            ||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 3673  TGGGGAGAGAAGGCAATAGAGATACGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGTGTATTTATGCACAAAAGGGC  3746

Query 3380  TCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCTGTTCGGTCTGGTGGCAGCAGTC  3453
            |||.||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.|
Sbjct 3747  TCAGAGACTAAAGTTCCTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCCGTCCGCTCTGGTGGCAGCAGCC  3820

Query 3454  AGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGG  3497
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3821  AGGTCTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGG  3864