Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000469592
• Subject: XM_006496043.1
• Aligned Length: 3853
• Identities: 3120
• Gaps: 393

Alignment

Query    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74
            ||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGAACGACTCTCCCGCGAAGAGCCTGGTGGACATTGACCTGTCGTCCCTGCGGGACCCTGCTGGGATTTT  74

Query   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGC  148

Query  149  TGGCAGCCATCAAAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222
            ||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  149  TGGCCGCCATCAAGGTTATGGACGTCACCGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTGAAG  222

Query  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296
            ||.||.||||||||..||||.|||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGTATTCTCATCATCGAAATATTGCCACGTACTATGGTGCTTTCATTAAGAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296

Query  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTTTGTGGGGCTGGGTCCATCACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370

Query  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444
            |.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||.||||||||||.||.|||||.||.
Sbjct  371  CTCTCAAAGAAGACTGGATTGCTTACATCTCCAGGGAAATCCTCAGGGGATTGGCACATCTCCATATTCACCAC  444

Query  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518
            ||.||||||||.||||||||||||||.||||||.|||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  GTTATTCACCGAGATATCAAGGGCCAAAATGTGCTGCTGACCGAGAATGCTGAGGTGAAACTTGTTGATTTTGG  518

Query  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592
            |||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  519  TGTAAGCGCTCAGCTGGACAGGACGGTTGGACGGAGAAATACGTTCATAGGCACACCCTACTGGATGGCTCCAG  592

Query  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGACGCCACTTACGACTACAGAAGTGACCTCTGGTCCTGTGGCATCACA  666

Query  667  GCCATTGAGATGGCAGAA-GTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  739
            |||||.||||||||.||| |.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  667  GCCATCGAGATGGCTGAAGGGGCCCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCGCTGTTTCTCATCCCCAG  740

Query  740  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  813
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct  741  AAACCCTCCTCCCAGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCAAAGAAATTTTTCAGCTTTATAGAAGGCTGTCTGGTGA  814

Query  814  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  887
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAACTTTTAAAACACCCTTTCATAAGGGATCAGCCCAATGAAAGG  888

Query  888  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  961
            ||.|||.|||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct  889  CAGGTTCGAATCCAGCTTAAGGATCACATAGACCGGACCAGAAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAGACGGAGTA  962

Query  962  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1035
            .||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.|
Sbjct  963  CGAGTACAGCGGGAGCGAGGAGGAGGAGGAGGAAGTGCCTGAGCAGGAGGGAGAGCCAAGTTCCATCGTCAATG  1036

Query 1036  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1109
            |||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||.
Sbjct 1037  TGCCTGGAGAGTCAACTCTGCGACGTGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAGCGGTCTGAGGCTCTG  1110

Query 1110  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1183
            ||||||||.|||.|.||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct 1111  CGGAGACAGCAGCTTCTGCAGGAGCAGCAGCTCCGGGAGCAGGAGGAGTATAAGAGGCAGCTGCTGGCTGAGAG  1184

Query 1184  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1257
            .||||||||||||||.||||||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|
Sbjct 1185  GCAGAAGCGGATTGAACAGCAGAAAGAACAGAGGAGGCGGCTGGAAGAGCAACAAAGAAGAGAACGGGAAGCCA  1258

Query 1258  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1331
            |.|||||||||||.|||||.|||||..||.|.||||||||.||.|||||||||||.|||||..||||.||..||
Sbjct 1259  GGAGGCAGCAGGAGCGTGAGCAGCGGCGGCGTGAACAAGAGGAGAAGAGGCGTCTCGAGGAACTGGAAAGGCGG  1332

Query 1332  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1405
            ||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1333  CGTAAAGAAGAGGAAGAGAGGAGACGGGCAGAAGAGGAGAAGAGGAGAGTGGAGAGGGAACAGGAGTACATCAG  1406

Query 1406  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1479
            |||.||||||||.|||||||||||||||.||||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCGGCAGCTAGAGGAGGAGCAGCGGCACCTGGAGATCCTGCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480

Query 1480  TGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCAGCAGGAAAGGAGCAAGCCA  1553
            ||||.|||||.||||||||||||.|.|||||   |||||.||||||.||.|.|||||||||.||||||||.||.
Sbjct 1481  TGCACGACCACAGGAGGCCGCACGCACAGCA---GCAGCCGCCGCCCCCGCAGCAGCAGGACAGGAGCAAACCG  1551

Query 1554  AGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCC-CACTACGAGCCTGCTGACCGAGC-----------------------  1603
            |||||.||||||||.|||||| ||||| |||||.||.|||||||||.||||                       
Sbjct 1552  AGCTTTCATGCTCCAGAGCCC-AAGCCTCACTATGACCCTGCTGACAGAGCTCGGGAGGTGGAAGATAGATTTA  1624

Query 1604  --------------------------------------------------------------------------  1603
                                                                                      
Sbjct 1625  GAAAGACTAACCACAGCTCCCCTGAGGCCCAGGCTAAGCAAACGGGCAGAGGACTGGAGCCACCCGTGCCTTCC  1698

Query 1604  -----------------------------------------------------------------GCGAGAGGT  1612
                                                                             ||.|.||||
Sbjct 1699  CGGTCAGAGTCTTTTTCCAATGGCAACTCCGAGTCTGTGCACCCTGCCCTGCAGAGACCAGCGGAGCCACAGGT  1772

Query 1613  TCCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGCAGGGCAGTGGGCAGCAGA  1686
            |||.||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||||||
Sbjct 1773  TCCCGTGAGAACGACCTCTCGTTCCCCTGTCCTCTCCCGTCGGGATTCCCCACTGCAGGGCGGTGGACAGCAGA  1846

Query 1687  ATAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCACCAGCAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGGGAGAGAGTGGAGAAGCTG  1760
            |||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 1847  ATAGCCAAGCAGGACAGAGAAATTCCACCAGCAGTATTGAGCCCCGGCTTCTTTGGGAGAGAGTGGAAAAGCTG  1920

Query 1761  GTGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCCGGGTCTCACCCTGGGTC  1834
            ||.|||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||||||||
Sbjct 1921  GTCCCCAGGCCAGGCAGTGGCAGCTCTTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCTGGCTCCCATCCTGGGTC  1994

Query 1835  TCAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCTCTCCATCTCAGCGCCTGG  1908
            ||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|..||||.||
Sbjct 1995  TCAGAGCGGCTCCGGTGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGTTCTCCATCGCCACGCCAGG  2068

Query 1909  AAAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCTGCTGGCGAAGTGGATCTG  1982
            |||.|||||..|||||.|||||.|||||.||.|||||.|||.|.||.|||||||||||         |||..||
Sbjct 2069  AAAGTGCAGCCAAAAAGCCTGACGATAAGAAAGAAGTATTCCGGCCTCTCAAGCCTGC---------GGACTTG  2133

Query 1983  ACCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACTACTCCTCATC  2056
            ||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.||
Sbjct 2134  ACTGCGTTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTTCGGCCACCTCACAAAGTAACAGACTACTCATCCTC  2207

Query 2057  CAGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAGTCCACCTCAG  2130
            ||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||.||.||.|||||.|
Sbjct 2208  CAGTGAGGAGTCTGGGACCACAGATGAGGAGGAGGAGGACGTGGAACAGGAGGGGGCTGATGATTCTACCTCGG  2281

Query 2131  GACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAAAACCATGATT  2204
            |||||||.||||||||||||||||||||||.|||..|||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.
Sbjct 2282  GACCAGAAGACACCAGAGCAGCGTCATCTCCGAACCTGAGCAACGGTGAAACAGAATCTGTGAAAACAATGATC  2355

Query 2205  GTCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCCGCC-------  2271
            ||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||       
Sbjct 2356  GTTCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCAGCCATGACCCCGTCCAAGGAGGGCACCCTCATCGTCCGCCAGAGTAC  2429

Query 2272  --------------------------------------------------------------------------  2271
                                                                                      
Sbjct 2430  AGTTGACCAAAAGCGTGCCAGCCATCATGAGAGCAATGGCTTTGCGGGTCGCATTCACCTCTTGCCAGATCTCT  2503

Query 2272  --------------------------------------------------------------------------  2271
                                                                                      
Sbjct 2504  TACAGCAAAGCCATTCCTCCTCCACTTCCTCCACCTCTTCCTCCCCATCCTCCAGCCAGCCGACACCCACCATG  2577

Query 2272  -------------------------------------AGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAA  2308
                                                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578  TCCCCACAGACACCCCAGGACAAGCTCACTGCTAATGAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAACACAA  2651

Query 2309  ATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAACAACAGTGA  2382
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct 2652  ATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGGTTACTACAGATCTCTCCATCTAGTGGGACGACAGTGA  2725

Query 2383  CATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGGAAAGGCTCA  2456
            |.||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 2726  CTTCCGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGCTGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACTCGGAAAGGCTCA  2799

Query 2457  GTGGTCAATGTGAATCCTACCAACACTAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGGTT  2530
            ||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2800  GTGGTCAATGTGAACCCCACGAACACTAGGCCACAGAGTGATACCCCCGAGATTCGTAAATACAAGAAGAGATT  2873

Query 2531  TAACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCCTGATGCTGC  2604
            ||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||||||||..
Sbjct 2874  TAACTCAGAGATCCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAACTTGCTGGTTGGTACAGAGAGCGGTCTGATGCTCT  2947

Query 2605  TGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTCTATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGACGTACTTGAG  2678
            ||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||.|||||||||.||.||.||||||||.||.||.||.
Sbjct 2948  TGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAAGTATACCCTCTGATCAGCCGAAGACGGTTCCAGCAAATGGATGTGCTCGAA  3021

Query 2679  GGCTTGAATGTCTTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTGGTTAAGAAA  2752
            |||.|.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||
Sbjct 3022  GGCCTAAATGTCCTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTATCCTGGCTAAGAAA  3095

Query 2753  TAAAATACTTCACAATGATCCAGAAGTTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGGAAGGATGTG  2826
            |||.||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||.||.|
Sbjct 3096  TAAGATTCTTCATAATGATCCAGAGGTTGAGAAGAAGCAGGGGTGGACCACTGTGGGCGACTTGGAAGGGTGCG  3169

Query 2827  TACATTATAAAGTTGTAAAATATGAAAGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTAT  2900
            |.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3170  TGCACTATAAAGTCGTAAAATATGAAAGAATCAAGTTTCTGGTAATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAGTCTAT  3243

Query 2901  GCGTGGGCACCAAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAAGCCATTACT  2974
            ||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 3244  GCATGGGCACCGAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAACTGCTACATAAGCCATTACT  3317

Query 2975  GGTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCCATGCTGTTG  3048
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 3318  GGTGGATCTCACTGTGGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCGGGATTCCATGCTGTTG  3391

Query 3049  ATGTGGATTCAGGATCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATGTAAGAAAGAACCCACACTCTATGATCCAG  3122
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||                        ||.|||
Sbjct 3392  ATGTGGATTCAGGCTCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACAT------------------------ATTCAG  3441

Query 3123  TGTAGCATCAAACCCCATGCAATCATCATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGA  3196
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 3442  TGTAGCATCAAACCCCATGCAATCATTATCCTCCCCAACACGGATGGGATGGAGCTGCTGGTGTGCTACGAAGA  3515

Query 3197  TGAGGGGGTTTATGTAAACACATATGGAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACAT  3270
            .|||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 3516  CGAGGGGGTTTACGTTAACACGTACGGAAGGATCACCAAGGACGTGGTTCTGCAGTGGGGAGAGATGCCGACAT  3589

Query 3271  CAGTAGCATATATTCGATCCAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACT  3344
            |.|||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 3590  CTGTAGCATATATCCGGTCGAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCAATAGAGATACGATCTGTGGAAACT  3663

Query 3345  GGTCACTTGGATGGTGTGTTCATGCACAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGT  3418
            |||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 3664  GGTCACTTGGATGGTGTATTTATGCACAAAAGGGCTCAGAGACTAAAGTTCCTGTGTGAACGCAATGACAAGGT  3737

Query 3419  GTTCTTTGCCTCTGTTCGGTCTGGTGGCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGA  3492
            ||||||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3738  GTTCTTTGCCTCCGTCCGCTCTGGTGGCAGCAGCCAGGTCTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGA  3811

Query 3493  GCTGG  3497
            |||||
Sbjct 3812  GCTGG  3816