Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000470716
• Subject: XM_006538448.1
• Aligned Length: 2235
• Identities: 1791
• Gaps: 195

Alignment

Query    1  ATGGACGGCTCCTTCGTCCAGCACAGTGTGAGGGTTCTGCAGGAGCTCAACAAGCAGCGGGAGAAGGGCCAGTA  74
            ||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGACGGTTCCTTCGTGCAGCACAGCGTGAGGGTTCTGCAGGAACTCAACAAGCAGCGCGAGAAGGGCCAGTA  74

Query   75  CTGCGACGCCACTCTGGACGTGGGGGGCCTGGTGTTTAAGGCACACTGGAGTGTCCTTGCCTGCTGCAGTCACT  148
            .|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.|||||.||.|
Sbjct   75  TTGCGACGCCACACTGGACGTGGGGGGCCTGGTGTTCAAGGCGCACTGGAGTGTCCTGGCGTGTTGCAGCCATT  148

Query  149  TTTTCCAGAGCCTCTACGGGGATGGCTCAGGGGGCAGTGTCGTCCTCCCTGCTGGCTTCGCTGAGATCTTTGGC  222
            |.||||||||..||||||||||||||.||||||||||.||.||||||||.||.|||||.||||||||.||||||
Sbjct  149  TCTTCCAGAGAATCTACGGGGATGGCACAGGGGGCAGCGTTGTCCTCCCAGCGGGCTTTGCTGAGATTTTTGGC  222

Query  223  CTCTTGTTGGACTTTTTCTACACTGGTCACCTCGCTCTCACCTCAGGGAACCGGGATCAGGTGCTCCTGGCAGC  296
            |||.||.|||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||.||||||||||.|||.|||||||
Sbjct  223  CTCCTGCTGGACTTTTTCTACACTGGCCACCTCGCCCTCACCTCAGGGAACAGGGATCAGGTACTCTTGGCAGC  296

Query  297  CAGGGAGTTGCGAGTGCCAGAGGCCGTAGAGCTGTGCCAGAGCTTCAAGCCCAAAACTTCAGTGGGACAGGCAG  370
            ||..||||||.|.|||||.|||||.||.|||||.||.|||||||||.|||||.||||.||||||||||||||| 
Sbjct  297  CAAAGAGTTGAGGGTGCCTGAGGCTGTGGAGCTATGTCAGAGCTTCCAGCCCCAAACCTCAGTGGGACAGGCA-  369

Query  371  CAGGTGGCCAGAGTGGGCTGGGGCCCCCTGCCTCCCAGAATGTGAACAGCCACGTCAAGGAGCCGGCAGGCTTG  444
                    ||||||||.|||||.|..||||||||||||.|.|||||.||||||.|.|||||||||.|||.||||
Sbjct  370  --------CAGAGTGGACTGGGTCAACCTGCCTCCCAGGACGTGAAAAGCCACCTGAAGGAGCCGACAGACTTG  435

Query  445  GAAGAAGAGGAAGTTTCGAGGACTCTGGGTCTAGTCCCCAGGGATCAGGAGCCCAGAGGCAGTCATAGTCCTCA  518
            ||.||.||||||||||..|||||||||.|.||.|.|.||..|||||||||||||||||.||         ||.|
Sbjct  436  GATGAGGAGGAAGTTTTCAGGACTCTGAGCCTGGCCTCCGTGGATCAGGAGCCCAGAGACA---------CTGA  500

Query  519  GAGGCCCCAGCTCCATTCCCCAGCTCAGAGTGAGGGCCCC---TCCTCCCTCTGTGGGAAACTGAAGCAGGCCT  589
            |..|||||||||...|.|.||.|||||||      ||.||   .|||.|||||||||||||||.|.||||||.|
Sbjct  501  GCAGCCCCAGCTGGGTACACCTGCTCAGA------GCACCACGGCCTTCCTCTGTGGGAAACTCACGCAGGCTT  568

Query  590  TGAAGCCTTGTCCCCTTGAGGACAAGAAACCCGAGGACTGCAAAGTGCCCCCAAGGCCCTTAGAGGCTGAAGGT  663
            |||||||||.||||...||||||||..|..|.|||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||||
Sbjct  569  TGAAGCCTTCTCCCTCAGAGGACAAAGAGTCTGAGGACTGCAAAGAGCCCCCAAGGCCCTTCGAGGCTGGAGGT  642

Query  664  GCCCAGCTGCAGGGCGGCAGTAATGAGTGGGAAGTGGTGGTTCAAGTGGAGGATGATGGGGATGGCGATTACAT  737
            ||||.|||||||||||..||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||..||||.||.||||||.|
Sbjct  643  GCCCCGCTGCAGGGCGAGAGCAATGAGTGGGAAGTGGTGGTCCAAGTGGAGGACGACAGGGACGGTGATTACGT  716

Query  738  GTCTGAGCCTGAGGCTGTGCTGACCAGGAGGAAGTCAAATGTAATCCGAAAGCCCTGTGCAGCTGAGCCAGCCC  811
            .||||||||||||.|||||||.|||||.|||||||||||.||.||..||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct  717  ATCTGAGCCTGAGACTGTGCTAACCAGAAGGAAGTCAAAAGTGATTAGAAAACCCTGTGCAGCCGAGCCAGCCC  790

Query  812  TGAGCGCGGGCTCCCTAGCAGCTGAGCCTGCTGAGAACAGAAAAGGTACAGCGGTGCCGGTCGAATGCCCCACA  885
            ||.|.|||||.||.||..||||.|||||..||||.|.||||||||||.||||.||.|||||||||||.||||||
Sbjct  791  TGGGTGCGGGTTCTCTCACAGCCGAGCCCACTGACAGCAGAAAAGGTGCAGCCGTTCCGGTCGAATGTCCCACA  864

Query  886  TGTCATAAAAAGTTCCTCAGCAAATATTATCTAAAAGTCCACAACAGGAAACATACTGGGGAGAAACCCTTTGA  959
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct  865  TGTCACAAAAAGTTCCTCAGCAAATATTACCTGAAAGTCCACAACAGGAAACACACTGGGGAGAAACCCTTCGA  938

Query  960  GTGTCCCAAATGTGGGAAGTGTTACTTTCGGAAGGAGAACCTCCTGGAGCATGAAGCCCGGAATTGCATGAACC  1033
            |||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||.||||.|||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  939  GTGTCCCAAATGTGGGAAGTGTTACTTCCGCAAGGAGAATCTCTTGGAACATGAAGCCAGGAATTGCATGAACC  1012

Query 1034  GCTCGGAACAGGTCTTCACGTGCTCTGTGTGCCAGGAGACATTCCGCCGAAGGATGGAGCTGCGGGTGCACATG  1107
            ||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||.||||||||||||||..||||||||
Sbjct 1013  GCTCAGAACAGGTCTTCACATGCTCCGTATGCCAGGAGACCTTCCGACGGAGGATGGAGCTGCGCTTGCACATG  1086

Query 1108  GTGTCTCACACAGGGGAGATGCCCTACAAGTGTTCCTCCTGCTCCCAGCAGTTCATGCAGAAGAAGGACTTGCA  1181
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1087  GTGTCTCACACAGGGGAGATGCCCTACAAGTGTTCCTCCTGCTCCCAGCAGTTCATGCAGAAGAAAGACTTGCA  1160

Query 1182  GAGCCACATGATCAAACTTCATGGAGCCCCCAAGCCCCATGCA-------------------------------  1224
            |||||||||||||||.||.||.||||||||.||.|||||.|||                               
Sbjct 1161  GAGCCACATGATCAAGCTGCACGGAGCCCCTAAACCCCACGCAGTAAGTGCCAGTCAGGGCTGGGGTTCCGGTG  1234

Query 1225  -------------------------------------------------------------------TGCCCCA  1231
                                                                               |||||||
Sbjct 1235  GCTCTGGGACAGCTCAATCCTGTCCTCACCTGGATGTGCTCCCTCTGCCTGTCTCACCCACCTGCAGTGCCCCA  1308

Query 1232  CCTGTGCCAAGTGCTTCCTGTCTCGGACAGAGCTGCAGCTGCATGAAGCTTTCAAGCACCGTGGTGAGAAGCTG  1305
            |.|||||||||||||||||||||.||||.|||||.||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.|||||.
Sbjct 1309  CTTGTGCCAAGTGCTTCCTGTCTAGGACGGAGCTACAGCTGCACGAGGCTTTTAAGCATCGTGGAGAAAAGCTC  1382

Query 1306  TTTGTGTGTGAGGAGTGTGGGCACCGGGCCTCGAGCCGGAATGGCCTGCAGATGCACATCAAGGCCAAGCACAG  1379
            ||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383  TTTGTGTGTGAGGAATGCGGGCACCGGGCCTCGAGCCGCAACGGACTGCAGATGCACATCAAGGCCAAGCACAG  1456

Query 1380  GAATGAGAGGCCACACGTATGTGAGTTCTGCAGCCACGCCTTCACCCAAAAGGCCAATCTCAACATGCACCTGC  1453
            ||||||.|||||..|.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1457  GAATGAAAGGCCTTATGTCTGTGAGTTCTGCAGCCATGCCTTCACCCAGAAGGCCAACCTCAACATGCACCTGC  1530

Query 1454  GCACACACACGGGTGAGAAGCCCTTCCAGTGCCACCTCTGTGGCAAGACCTTCCGAACCCAAG-----------  1516
            ||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||           
Sbjct 1531  GCACACACACCGGCGAGAAGCCTTTCCAGTGCCACCTCTGTGGGAAGACCTTCCGCACCCAAGGTGAGGCAGGC  1604

Query 1517  CCAGCC-----------------------------------------------------------TGGACAAGC  1531
            ||||||                                                           |||||||||
Sbjct 1605  CCAGCCCCTCCTTGCCCCAGGGCTGAGACAGCCACTGAGTTCCACCTTGTCCCCCATAGCCAGTTTGGACAAGC  1678

Query 1532  ACAACCGCACCCACACCGGGGAAAGGCCCTTCAGTTGCGAGTTCTGTGAACAGCGCTTCACTGAGAAGGGGCCC  1605
            ||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1679  ACAACCGCACCCACACGGGCGAGAGGCCTTTCAGCTGTGAATTCTGTGAGCAGCGCTTCACTGAGAAGGGCCCC  1752

Query 1606  CTCCTGAGGCACGTGGCCAGCCGCCATCAGGAGGGCCGGCCCCACTTCTGCCAGATATGCGGCAAGACCTTCAA  1679
            ||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 1753  CTTCTGAGGCATGTGGCCAGCCGCCATCAAGAGGGCAGGCCCCACTTCTGCCAGATCTGTGGCAAGACCTTCAA  1826

Query 1680  AGCCGTGGAGCAACTGCGTGTGCACGTCAGACGGCACAAGGGGGTGAGGAAGTTTGAGTGCACCGAGTGTGGCT  1753
            |||.|||||.||..|.||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1827  AGCTGTGGAACAGTTACGAGTGCACGTCAGGCGACACAAAGGTGTGAGAAAGTTCGAGTGCACCGAGTGTGGCT  1900

Query 1754  ACAAGTTTACCCGACAGGCCCACCTGCGGAGGCACATGGAGATCCACGACCGGGTAGAGAACTACAACCCGCGG  1827
            |||||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.||.|||||||||||.||.|||
Sbjct 1901  ACAAGTTCACGCGGCAGGCTCACCTGCGGAGGCACATGGAGATCCACGACAGAGTGGAGAACTACAATCCCCGG  1974

Query 1828  CAGCGCAAGCTCCGCAACCTGATCATCGAGGACGAGAAGATGGTGGTGGTGGCGCTGCAGCCGCCTGCAGAGCT  1901
            ||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.||
Sbjct 1975  CAGCGCAAGCTCCGGAACCTCATCATTGAGGATGAGAAGATGGTGGTCGTGGCTCTCCAGCCCCCTGCAGACCT  2048

Query 1902  GGAGGTGGGCTCGGCGGAGGTCATTGTGGAGTCCCTGGCCCAGGGCGGCCTGGCCTCCCAGCTCCCCGGCCAGA  1975
            ||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||.|||||||.|||||.||||||||.|||||..||||||
Sbjct 2049  GGAGGTGGGCTCTGCTGAGGTCATTGTGGAGTCCCTGACCCAGGGTGGCCTTGCCTCCCAACTCCCTAGCCAGA  2122

Query 1976  GACTGTGTGCAGAGGAGAGCTTCACCGGCCCAGGTGTCCTGGAGCCCTCCCTCATCATCACAGCTGCTGTCCCC  2049
            ||||||||.|||||||||||||..|..||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 2123  GACTGTGTTCAGAGGAGAGCTTTGCTAGCCCTGGCGTCCTGGAGCCCTCTCTCATCATCACCGCTGCTGTTCCC  2196

Query 2050  GAGGACTGTGACACA  2064
            ||||||||||||||.
Sbjct 2197  GAGGACTGTGACACG  2211