Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000478636
• Subject: XM_017313680.1
• Aligned Length: 2340
• Identities: 1767
• Gaps: 387

Alignment

Query    1  ATGGCGACGTCTAATCTGTTAAAGAATAAAGGTTCTCTTCAGTTTGAAGACAAATGGGATTTTATGCGCCCGAT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGTTTTGAAGCTTTTACGCCAGGAATCTGTTACAAAACAGCAGTGGTTTGATCTGTTTTCGGATGTGCATGCAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TCTGTCTTTGGGATGATAAAGGCCCAGCAAAAATTCATCAGGCTTTAAAAGAAGATATTCTTGAGTTTATTAAG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CAGGCACAGGCACGAGTACTGAGCCATCAAGATGATACGGCTTTGCTAAAAGCATATATTGTTGAATGGCGAAA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GTTCTTTACACAATGTGATATTTTACCAAAACCTTTTTGTCAACTAGAGATTACTTTAATGGGTAAACAGGGCA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GCAATAAAAAATCAAATGTGGAAGACAGTATTGTTCGAAAGCTTATGCTTGATACATGGAATGAGTCAATCTTT  444
                             .|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||
Sbjct    1  -----------------ATGGAAGACAGTATTGTTCGAAAGCTCATGCTTGATACGTGGAATGAGTCGATTTTT  57

Query  445  TCAAACATAAAAAACAGACTCCAAGATAGTGCAATGAAGCTGGTACATGCTGAGAGATTGGGAGAAGCTTTTGA  518
            |||||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct   58  TCAAATATAAAGAACAGACTCCAGGACAGTGCAATGAAGCTGGTGCATGCTGAGAGATTAGGGGAAGCTTTTGA  131

Query  519  TTCTCAGCTGGTTATTGGAGTAAGAGAATCCTATGTTAACCTTTGTTCTAATCCTGAGGATAAACTTCAAATTT  592
            |||.||||||||.||.||.||..||||.|||||||||||.|||||.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|
Sbjct  132  TTCCCAGCTGGTCATCGGGGTGCGAGAGTCCTATGTTAATCTTTGCTCCAACCCCGAGGACAAGCTTCAGATCT  205

Query  593  ATAGGGACAATTTTGAGAAGGCATACTTGGATTCAACAGAGAGATTTTATAGAACACAAGCACCCTCGTATTTA  666
            |||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct  206  ATAGGGATAATTTTGAGAAGGCATACTTGGACTCAACAGAGAGGTTTTATAGAACACAGGCACCCTCATATTTA  279

Query  667  CAACAAAATGGTGTACAGAATTATATGAAATATGCAGATGCTAAATTAAAAGAAGAAGAAAAACGAGCACTACG  740
            ||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.||
Sbjct  280  CAGCAAAATGGTGTGCAGAATTACATGAAATATGCAGATGCTAAATTAAAAGAAGAAGAAAAAAGAGCACTCCG  353

Query  741  TTATTTAGAAACAAGACGAGAATGTAACTCCGTTGAAGCACTCATGGAATGCTGTGTAAATGCCCTGGTGACAT  814
            .||.|||||||||.|||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct  354  ATACTTAGAAACACGACGAGAGTGTAACTCTGTGGAAGCACTCATGGAATGCTGTGTAAATGCGCTGGTGACCT  427

Query  815  CATTTAAAGAGACTATCTTAGCTGAGTGCCAAGGCATGATCAAGAGAAATGAAACTGAAAAATTACATTTAATG  888
            |.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct  428  CCTTTAAAGAGACTATTTTAGCAGAATGCCAAGGCATGATCAAGCGAAATGAAACTGAAAAGTTACATTTGATG  501

Query  889  TTTTCATTGATGGACAAAGTTCCTAATGGTATAGAGCCAATGTTGAAAGACTTGGAGGAACATATCATTAGTGC  962
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||
Sbjct  502  TTTTCCTTGATGGACAAAGTTCCTAATGGGATAGAGCCGATGTTGAAGGACTTGGAGGAGCATATTATAAGTGC  575

Query  963  TGGCCTGGCAGATATGGTAGCAGCTGCTGAAACTATTACTACTGACTCTGAGAAATACGTTGAGCAGTTACTTA  1036
            .|||||.|||||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||||
Sbjct  576  GGGCCTAGCAGACATGGTGGCCGCAGCTGAAACCATCACTACTGACTCTGAGAAGTATGTGGAGCAATTACTTA  649

Query 1037  CACTATTTAATAGATTTAGTAAACTCGTCAAAGAAGCTTTTCAAGATGATCCACGATTTCTTACTGCAAGAGAT  1110
            ||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||||||
Sbjct  650  CACTGTTTAATAGATTCAGTAAACTGGTCAAAGAAGCTTTTCAGGATGATCCTCGTTTCCTTACTGCAAGAGAT  723

Query 1111  AAGGCGTATAAAGCAGTTGTTAATGATGCTACCATATTTAAACTTGAATTACCTTTGAAGCAGAAGGGGGTGGG  1184
            |||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||
Sbjct  724  AAGGCATATAAAGCAGTTGTTAATGATGCTACTATATTTAAACTTGAATTGCCTTTGAAGCAAAAAGGAGTGGG  797

Query 1185  ATTAAAAACTCAGCCTGAATCAAAATGCCCTGAGCTGCTTGCCAATTACTGTGACATGTTGCTAAGAAAAACAC  1258
            .||.||||||||||||||.|||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.|
Sbjct  798  GTTGAAAACTCAGCCTGAGTCAAAATGCCCCGAGTTGCTTGCCAATTACTGTGACATGTTGTTAAGGAAAACGC  871

Query 1259  CATTAAGCAAAAAACTAACCTCTGAAGAGATTGAAGCAAAGCTTAAAGAAGTGCTCTTGGTACTTAAGTATGTA  1332
            |||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  872  CATTAAGCAAAAAACTAACATCTGAGGAGATTGAAGCAAAGCTTAAAGAAGTGCTCTTGGTACTTAAATATGTA  945

Query 1333  CAGAACAAAGATGTTTTTATGAGGTATCATAAAGCTCATTTGACACGACGTCTTATATTAGACATCTCTGCCGA  1406
            ||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||||||||||.||
Sbjct  946  CAAAACAAAGATGTTTTTATGAGGTATCACAAAGCTCATCTTACCCGACGTCTCATATTGGACATCTCTGCTGA  1019

Query 1407  TAGTGAAATTGAAGAAAACATGGTAGAGTGGCTAAGAGAAGTTGGTATGCCAGCGGATTATGTAAACAAGCTTG  1480
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 1020  TAGTGAGATTGAAGAAAACATGGTAGAGTGGCTAAGAGAAGTTGGTATGCCAGCAGATTATGTGAACAAGCTTG  1093

Query 1481  CTAGAATGTTTCAGGACATAAAAGTATCTGAAGATTTGAACCAAGCTTTTAAGGAAATGCACAAAAATAATAAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1094  CTAGAATGTTTCAGGACATAAAAGTATCTGAAGACTTGAACCAAGCTTTTAAGGAAATGCACAAAAATAATAAG  1167

Query 1555  TTGGCATTACCAGCTGATTCAGTTAATATAAAAATTCTGAATGCTGGCGCCTGGTCAAGAAGTTCTGAGAAAGT  1628
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||.||||||||||.||.|||||.|||||.||.||||||||
Sbjct 1168  TTGGCATTACCAGCTGATTCCGTTAATATAAAGATTTTGAATGCTGGTGCTTGGTCTAGAAGCTCCGAGAAAGT  1241

Query 1629  CTTTGTCTCACTTCCTACTGAACTGGAGGACTTGATACCGGAAGTAGAAGAATTCTACAAAAAAAATCATAGTG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct 1242  CTTTGTCTCACTTCCTACTGAACTGGAGGATTTGATACCTGAAGTAGAAGAATTTTACAAAAAAAATCACAGTG  1315

Query 1703  GTAGAAAATTACATTGGCATCATCTCATGTCAAATGGAATTATAACATTTAAGAATGAAGTTGGTCAATATGAT  1776
            |||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 1316  GTAGAAAATTACACTGGCACCATCTCATGTCAAATGGAATTATAACATTTAAAAATGAAGTAGGTCAGTATGAT  1389

Query 1777  TTGGAGGTAACCACGTTTCAGCTCGCTGTATTGTTTGCATGGAACCAAAGACCCAGAGAGAAAATCAGCTTTGA  1850
            |||||.|||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1390  TTGGAAGTAACCACGTTTCAGTTGGCTGTGTTGTTTGCATGGAACCAAAGGCCTAGAGAGAAAATCAGCTTTGA  1463

Query 1851  AAATCTTAAGCTTGCAACTGAACTCCCTGATGCTGAACTTAGGAGGACTTTATGGTCTTTAGTAGCTTTCCCAA  1924
            ||||||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1464  AAATCTAAAACTTGCAACGGAACTCCCAGATGCTGAACTTAGAAGGACTTTATGGTCTTTAGTAGCTTTTCCCA  1537

Query 1925  AACTCAAACGGCAAGTTTTGTTGTATGAACCTCAAGTCAACTCACCCAAAGACTTTACAGAAGGTACCCTCTTC  1998
            |.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 1538  AGCTCAAACGGCAAGTTTTGTTGTATGACCCTCAAGTCAACTCACCCAAAGATTTTACAGAAGGCACCCTCTTC  1611

Query 1999  TCAGTGAACCAGGAGTTCAGTTTAATAAAAAATGCAAAGGTTCAGAAAAGGGGTAAAATCAACTTGATTGGACG  2072
            ||||||||||||||.||||||.|.||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1612  TCAGTGAACCAGGACTTCAGTCTCATAAAAAATGCAAAAGTACAGAAAAGGGGGAAAATCAATTTGATTGGACG  1685

Query 2073  TTTGCAGCTCACTACAGAAAGGATGAGAGAAGAAGAGAATGAAGGAATAGTTCAACTACGAATACTAAGAACCC  2146
            .||||||||||||||||||.|.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1686  CTTGCAGCTCACTACAGAACGAATGAGAGAAGAAGAAAATGAAGGGATAGTCCAACTAAGAATATTAAGAACCC  1759

Query 2147  AGGAAGCTATCATACAAATAATGAAAATGAGAAAGAAAATTAGTAATGCTCAGCTGCAGACTGAATTAGTAGAA  2220
            |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760  AGGAAGCCATCATACAAATAATGAAAATGAGAAAGAAAATTAGCAATGCCCAGCTGCAGACTGAATTAGTAGAA  1833

Query 2221  ATTTTGAAAAACATGTTCTTGCCACAAAAGAAAATGATAAAAGAGCAAATAGAGTGGCTAATAGAGCACAAATA  2294
            |||.||||||||||||||.||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.||||||||.||.||.||||..||
Sbjct 1834  ATTCTGAAAAACATGTTCCTGCCTCAGAAGAAGATGATAAAGGAGCAGATGGAGTGGCTGATTGAACACAGGTA  1907

Query 2295  CATCAGAAGAGATGAATCTGATATCAACACTTTCATATATATGGCA  2340
            ||||.|.||.||.||..|.||.||||||||.|||||.||.|||||.
Sbjct 1908  CATCCGGAGGGACGAGGCCGACATCAACACCTTCATCTACATGGCC  1953