Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000479864
• Subject: XM_011243702.1
• Aligned Length: 1686
• Identities: 1266
• Gaps: 264

Alignment

Query    1  ------------------------------------------------------------------------AT  2
                                                                                    ||
Sbjct    1  ATGGAAGGCGCCATCCTAACTTCTTCTGTGAGCAGGTGGGAGGGAAGAGACGCGAGAGATAACCTGAAGACAAT  74

Query    3  GGATGCTGATGAGGGTCAAGACATGTCCCAAGTTTCAGGGAAGGAAAGCCCCCCTGTAAGCGATACTCCAGATG  76
            |||||..||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||.||.||||||||||
Sbjct   75  GGATGTCGATGAGGGTCAAGACATGTCCCAAGTTTCAGGAAAGGAGAGCCCCCCAGTCAGTGACACTCCAGATG  148

Query   77  AGGGCGATGAGCCCATGCCGATCCCCGAGGACCTCTCCACCACCTCGGGAGGACAGCAAAGCTCCAAGAGTGAC  150
            |.||.||||||||||||||..||||.||||||||.|||||.|||||.||||.||||||.|.||||||||||||.
Sbjct  149  AAGGGGATGAGCCCATGCCTGTCCCTGAGGACCTGTCCACTACCTCTGGAGCACAGCAGAACTCCAAGAGTGAT  222

Query  151  AGAGTCGTGG------------------------------------------------------------CCAG  164
            .|||.|.|||                                                            ||||
Sbjct  223  CGAGGCATGGTTGCATATGGGGCTGATGGCTTTAGGGATTTTCATGCAATAATTCCCAAATCTTTCTCTCCCAG  296

Query  165  TAATGTTAAAGTAGAGACTCAGAGTGATGAAGAGAATGGGCGTGCCTGTGAAATGAATGGGGAAGAATGTGCGG  238
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  297  TAATGTTAAAGTAGAGACTCAGAGTGATGAAGAGAATGGGCGTGCCTGTGAAATGAATGGGGAAGAATGTGCAG  370

Query  239  AGGATTTACGAATGCTTGATGCCTCGGGAGAGAAAATGAATGGCTCCCACAGGGACCAAGGCAGCTCGGCTTTG  312
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGGATTTACGAATGCTTGATGCCTCGGGAGAGAAAATGAATGGCTCCCACAGGGACCAAGGCAGCTCGGCTTTG  444

Query  313  TCGGGAGTTGGAGGCATTCGACTTCCTAACGGAAAACTAAAGTGTGATATCTGTGGGATCATTTGCATCGGGCC  386
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  445  TCAGGAGTTGGAGGCATTCGACTTCCTAACGGAAAACTAAAGTGTGATATCTGTGGGATCGTTTGCATCGGGCC  518

Query  387  CAATGTGCTCATGGTTCACAAAAGAAGCCACACTGGAGAACGGCCCTTCCAGTGCAATCAGTGCGGGGCCTCAT  460
            |||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|
Sbjct  519  CAATGTGCTCATGGTTCACAAAAGAAGTCATACTGGTGAACGGCCTTTCCAGTGCAACCAGTGTGGGGCCTCCT  592

Query  461  TCACCCAGAAGGGCAACCTGCTCCGGCACATCAAGCTGCATTCCGGGGAGAAGCCCTTCAAATGCCACCTCTGC  534
            |.||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct  593  TTACCCAGAAAGGCAACCTCCTGCGGCACATCAAGCTGCACTCGGGTGAGAAGCCCTTCAAATGCCATCTTTGC  666

Query  535  AACTACGCCTGCCGCCGGAGGGACGCCCTCACTGGCCACCTGAGGACGCACTCC--------------------  588
            |||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||                    
Sbjct  667  AACTATGCCTGCCGCCGGAGGGACGCCCTCACCGGCCACCTGAGGACGCACTCCGTTGGTAAGCCTCACAAATG  740

Query  589  --------------------------------------------------------------------------  588
                                                                                      
Sbjct  741  TGGATATTGTGGCCGGAGCTATAAACAGCGAAGCTCTTTAGAGGAGCATAAAGAGCGATGCCACAACTACTTGG  814

Query  589  -----------------------------GTCATTAAAGAAGAAACTAATCACAGTGAAATGGCAGAAGACCTG  633
                                         ||||||||.|||||||||||.||||..||.|||||||||||||||
Sbjct  815  AAAGCATGGGCCTTCCGGGCATGTACCCAGTCATTAAGGAAGAAACTAACCACAACGAGATGGCAGAAGACCTG  888

Query  634  TGCAAGATAGGATCAGAGAGATCTCTCGTGCTGGACAGACTAGCAAGTAACGTCGCCAAACGTAAGAGCTCTAT  707
            ||||||||||||.|||||||.||.||.||.||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TGCAAGATAGGAGCAGAGAGGTCCCTTGTCCTGGACAGGCTGGCAAGCAATGTCGCCAAACGTAAGAGCTCTAT  962

Query  708  GCCTCAGAAATTTCTTGGGGACAAGGGCCTGTCCGACACGCCCTACGACAGCAGCGCCAGCTACGAGAAGGAGA  781
            ||||||||||||||||||.||||||.|||||||.||||.||||||.||   |||.||||.|||.||||||||| 
Sbjct  963  GCCTCAGAAATTTCTTGGAGACAAGTGCCTGTCAGACATGCCCTATGA---CAGTGCCAACTATGAGAAGGAG-  1032

Query  782  ACGAAATGATGAAGTCCCACGTGATGGACCAAGCCATCAACAACGCCATCAACTACCTGGGGGCCGAGTCCCTG  855
              ||.|||||||..|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1033  --GATATGATGACATCCCACGTGATGGACCAGGCCATCAACAATGCCATCAACTACCTGGGGGCTGAGTCCCTG  1104

Query  856  CGCCCGCTGGTGCAGACGCCCCCGGGCGGTTCCGAGGTGGTCCCGGTCATCAGCCCGATGTACCAGCTGCACAA  929
            |||||..||||||||||.|||||.||..|.|||||||||||.||.|||||||||.|.|||||||||||||||||
Sbjct 1105  CGCCCATTGGTGCAGACACCCCCCGGTAGCTCCGAGGTGGTGCCAGTCATCAGCTCCATGTACCAGCTGCACAA  1178

Query  930  GCCGCTCGCGGAGGGCACCCCGCGCTCCAACCACTCGGCCCAGGACAGCGCCGTGGAGAACCTGCTGCTGCTCT  1003
            |||.|.|.|.||.|||.||||.||.||||||||.||.||.|||||   |||||||||.|||.||||||||||.|
Sbjct 1179  GCCCCCCTCAGATGGCCCCCCACGGTCCAACCATTCAGCACAGGA---CGCCGTGGATAACTTGCTGCTGCTGT  1249

Query 1004  CCAAGGCCAAGTTGGTGCCCTCGGAGCGCGAGGCGTCCCCGAGCAACAGCTGCCAAGACTCCACGGACACCGAG  1077
            ||||||||||||..|||.|.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||
Sbjct 1250  CCAAGGCCAAGTCTGTGTCATCGGAGCGAGAGGCCTCCCCGAGCAACAGCTGCCAAGACTCCACAGATACAGAG  1323

Query 1078  AGCAACAACGAGGAGCAGCGCAGCGGTCTCATCTACCTGACCAACCACATCGCCCCGCACGCGCGCAACGGGCT  1151
            ||||||...|||||.|||||||||||.||.||||||||.||||||||||||..||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1324  AGCAACGCGGAGGAACAGCGCAGCGGCCTTATCTACCTAACCAACCACATCAACCCGCATGCACGCAATGGGCT  1397

Query 1152  GTCGCTCAAGGAGGAGCACCGCGCCTACGACCTGCTGCGCGCCGCCTCCGAGAACTCGCAGGACGCGCTCCGCG  1225
            |.|.||||||||||||||.|||||||||||..|||||.|.||.|||||.||||||||||||||.||..||||.|
Sbjct 1398  GGCTCTCAAGGAGGAGCAGCGCGCCTACGAGGTGCTGAGGGCGGCCTCAGAGAACTCGCAGGATGCCTTCCGTG  1471

Query 1226  TGGTCAGCACCAGCGGGGAGCAGATGAAGGTGTACAAGTGCGAACACTGCCGGGTGCTCTTCCTGGATCACGTC  1299
            ||||||||||.||.||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1472  TGGTCAGCACGAGTGGCGAGCAGCTGAAGGTGTACAAGTGCGAACACTGCCGCGTGCTCTTCCTGGATCACGTC  1545

Query 1300  ATGTACACCATCCACATGGGCTGCCACGGCTTCCGTGATCCTTTTGAGTGCAACATGTGCGGCTACCACAGCCA  1373
            |||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 1546  ATGTATACCATTCACATGGGCTGCCATGGCTTTCGGGATCCCTTTGAGTGTAACATGTGTGGTTATCACAGCCA  1619

Query 1374  GGACCGGTACGAGTTCTCGTCGCACATAACGCGAGGGGAGCACCGCTTCCACATGAGC  1431
            ||||.|||||||||||||.||.||.||.|||||.||||||||.||.|.||||.|||||
Sbjct 1620  GGACAGGTACGAGTTCTCATCCCATATCACGCGGGGGGAGCATCGTTACCACCTGAGC  1677