Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000480310
• Subject: XM_011241137.1
• Aligned Length: 2532
• Identities: 1888
• Gaps: 492

Alignment

Query    1  ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGGTGGCGGT--  24
            |||||||||||||                                                |||||||||||  
Sbjct    1  ATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGTGGCGGTGG  74

Query   25  -------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCGGCGCCGGCG  91
                   ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||      |||||||
Sbjct   75  CGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG------GCCGGCG  142

Query   92  CCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAAATGATTAAG  165
            |.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct  143  CTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAAATGATTAAG  216

Query  166  TTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAATATATCTGGA  239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct  217  TTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAATATACCTGGA  290

Query  240  GGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAATCTCTGGGGA  313
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.||||||||.||||   
Sbjct  291  GGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAATCCCTGG---  361

Query  314  ACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCTAGCCTTTCA  387
                                       .|||||                                         
Sbjct  362  ---------------------------ATGCAT-----------------------------------------  367

Query  388  GTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTCACCACAAAA  461
                                                          ||||||.||||||||||||||||||.||
Sbjct  368  ----------------------------------------------CACGGAACAACCCCAAGTCACCACAGAA  395

Query  462  ACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTACAGTCCGAG  535
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct  396  ACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTACAGTTCGAG  469

Query  536  ACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATTCATGATGGG  609
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  470  ACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATTCAGGATGGG  543

Query  610  TCT----------------------------------------------TTTCTGGAGCTGA-------CTTGA  630
            |.|                                              ||.||||||..||       .||||
Sbjct  544  TATGGTTTAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTTACATGTTGA  617

Query  631  AGAA---AAGAGT----------------ACATCT------------CTTT----ACC----------------  653
            ||.|   .|||.|                |||.||            ||||    |||                
Sbjct  618  AGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCATTTTGTGACT  691

Query  654  -----------CTGCTGT-------------TTGTCCAAGA----GTGATACATTT--------ATTTGGGAGA  691
                       |||||.|             |||||.||.|    ||.|||.||||        .|.|.|.|.|
Sbjct  692  TTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGTTGTAGTACA  765

Query  692  GAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAACACCACCC  765
            ||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct  766  GAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAGCATCACCC  839

Query  766  AATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCACCCGCCTCGG  839
            |.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..|||||||   ||||.|||||||||||.||||.|
Sbjct  840  AGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCACCCCCCTCAG  910

Query  840  ACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA  913
            ||||||.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  911  ACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA  984

Query  914  GCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCATATAAACAC  987
            |||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  985  GCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCATATAAACAC  1058

Query  988  AATAGAACCTGTCAATATTGAT------------------------------------GACTTGATTAGAGACC  1025
            |||.||.|||||.|||||.|||                                    ||.|||||||||||||
Sbjct 1059  AATTGAGCCTGTGAATATCGATGAAAAATTCCCAGAAGTGGAATTACAGGATCAAAGGGATTTGATTAGAGACC  1132

Query 1026  AAGGATTTCGTGGTGATG--------------------------------------------------------  1043
            |.||.|||||||||||||                                                        
Sbjct 1133  AGGGGTTTCGTGGTGATGGAGCCCCCTTGAACCAACTGATGCGCTGTCTTCGGAAATACCAATCCCGGACTCCC  1206

Query 1044  ----------------------------------------------------------------GAGGATCAAC  1053
                                                                            ||||.|||||
Sbjct 1207  AGCCCCCTCCTCCATTCTGTCCCCAGTGAAATAGTGTTTGATTTTGAGCCTGGCCCAGTGTTCAGAGGGTCAAC  1280

Query 1054  CACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTC  1127
            ||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281  CACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTC  1354

Query 1128  CAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCATCT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGGT  1195
            ||||.||||||||.|||||||||||||||      ||||||||.||.|||||.|.|||.|||||||||||||||
Sbjct 1355  CAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGGT  1428

Query 1196  AGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGATC  1269
            |||.|.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1429  AGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGTC  1502

Query 1270  ATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACAC  1343
            |||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1503  ATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACAC  1576

Query 1344  CTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTTC  1417
            ||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1577  CTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTTC  1650

Query 1418  ATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTTACCCAGTCGTGTGAAGGACTCCCAGCTTGTATCACCAT  1491
            |||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||.||||| |||.|| |||||||.|||||||||
Sbjct 1651  ATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTTACACAGTGGTGTG-AGGGCT-CCAGCTTATATCACCAT  1722

Query 1492  CTCCATATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGA  1565
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1723  CTCCACATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGA  1796

Query 1566  TTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAG  1639
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1797  TTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGG  1870

Query 1640  TAAAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGTGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCT  1713
            |||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871  TAAAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCT  1944

Query 1714  GGATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGT  1787
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||
Sbjct 1945  GGATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGT  2018

Query 1788  ATATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACC  1861
            .|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2019  GTATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATC  2092

Query 1862  AGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCC  1935
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093  AGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCC  2166

Query 1936  ATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTC  2009
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2167  ATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTC  2240

Query 2010  TATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTT  2083
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2241  CATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTT  2314

Query 2084  TCCAAACAGAGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCG  2157
            ||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|..
Sbjct 2315  TCCAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAA  2388

Query 2158  TTT----CCTGTCCAC  2169
            |||    ||| ||.|.
Sbjct 2389  TTTGCAGCCT-TCAAG  2403