Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000481576
• Subject: XR_001747876.2
• Aligned Length: 3088
• Identities: 1875
• Gaps: 1213

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ACAGAATTAGGCCAATTTATTTAATTCCATTTGTTCATGTATCCAGCCAACAGATATTTATGGTGCACTTGTTG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGTGCCAGCCCCGCCCCCACCACTCCACCCTACCCCAGCAGGCGCTAAAGGAGAGCTGACATGATGGATAACGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  AAAAGAAGACGCTGTCCTTCTATTCAGGGAGTTTAACATCTGGAAGAGCCGGGAGTTCTTTGTGCTAAAGGCCC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TCTACAAAGTGCCTGAGATGCAAAAATAAGTCACTTTCTCTGTCCTCTCAGCAACCGAGTCGCATGTCGTTATC  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  AAATTTTTATTTTCTGTAACTGTTTCCTTCCGTCTTGCTCCGTAGACAGCTTTTTGCAGCAGAGAGCGCTGCCG  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  CGGGGCTGGTGTCTACTCTTCAGTAAGTGGTCAAAACCTGGCTACTGGAAGGAAATGCAATGGAATCGCTCCGC  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  GCTCGAGTATTCTCTTTGGAACTACGGGAATGACAGCTCCAGTGGGACACTTGGAGGTCATGATGAACGCAAAG  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  AACGTGGTGCTGGCTAGAGTGTATACGTTTGGACCCAAGCTTAACTTTTCCAATGTGGAATCCTGGGCCTTCAT  592

Query    1  ----------ATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTCCCCGGGCCCCACCG  64
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGATCATCCAATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTCCCCGGGCCCCACCG  666

Query   65  ACCTGCTTTCCAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGGATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTAC  138
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACCTGCTTTCCAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGGATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTAC  740

Query  139  CAAGAAAGCATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAA  212
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAAGAAAGCATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAA  814

Query  213  AAATGCAAGGGAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGG  286
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAATGCAAGGGAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGG  888

Query  287  CTTCTTTGGTACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAG  360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTTCTTTGGTACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAG  962

Query  361  CACATGAAAACATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGA  434
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CACATGAAAACATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGA  1036

Query  435  TGAATTGAAACACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATAC  508
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGAATTGAAACACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATAC  1110

Query  509  TCTTTGTCTCAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGAC  582
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCTTTGTCTCAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGAC  1184

Query  583  TACCTGCATCCTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCT  656
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TACCTGCATCCTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCT  1258

Query  657  CATAGATGCAAAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCAC  730
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CATAGATGCAAAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCAC  1332

Query  731  GACGTTCTTTCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACC  804
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GACGTTCTTTCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACC  1406

Query  805  TGCTCAAAGAAAAA---AGATCGAAAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACC  875
            ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGCTCAAAGAAAAAAGCAGATCGAAAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACC  1480

Query  876  CACAAAGATGGGGCTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTAACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTG  949
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CACAAAGATGGGGCTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTAACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTG  1554

Query  950  GACGACTGCATTCTCATGTAGTTCCACAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCT  1023
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GACGACTGCATTCTCATGTAGTTCCACAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCT  1628

Query 1024  CGGCACGCGATAGATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAGGGCAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGA  1097
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CGGCACGCGATAGATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAGGGCAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGA  1702

Query 1098  ACTTCTAGGCACATCGTGTTATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAGGCAAG  1171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACTTCTAGGCACATCGTGTTATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAGGCAAG  1776

Query 1172  TTTTACAGACGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTA  1245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TTTTACAGACGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTA  1850

Query 1246  CGGAGTCGATGGTTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGT  1319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CGGAGTCGATGGTTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGT  1924

Query 1320  TTT-----------------------------------------------------------------------  1322
            |||                                                                       
Sbjct 1925  TTTGTCCAGAGTGGACACCGGACACCTTGGCCAAGTTGAATGGTGCACAGTTCTGAGCAGGCCTGACTCACGTT  1998

Query 1323  ------------------------AGCCAACGTCCTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCAT  1372
                                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TCCTTATTGCTGGGATGTTCACAGAGCCAACGTCCTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCAT  2072

Query 1373  CCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCTCTGGAGAAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGG  1446
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCTCTGGAGAAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGG  2146

Query 1447  ATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGAAAAATAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAG  1520
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  ATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGAAAAATAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAG  2220

Query 1521  GATAAGAGGGTCATCGCCTTCTAGCTGTGGCTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCT  1594
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GATAAGAGGGTCATCGCCTTCTAGCTGTGGCTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCT  2294

Query 1595  CTTCTCCAGGAGGCAAGAAGATTTTAAATGGAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAG  1668
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CTTCTCCAGGAGGCAAGAAGATTTTAAATGGAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAG  2368

Query 1669  GCTCAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCTGATAGTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGA  1742
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  GCTCAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCTGATAGTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGA  2442

Query 1743  CATGATTGACAACGACCAAGGATCAAGTAGTCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCT  1816
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CATGATTGACAACGACCAAGGATCAAGTAGTCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCT  2516

Query 1817  TGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTGTTGACTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTG---------------  1875
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
Sbjct 2517  TGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTGTTGACTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTGTAAACACTACATGTT  2590

Query 1876  --------------------------------------------------------------------------  1875
                                                                                      
Sbjct 2591  GCTTTGGCAACAGCTATAGTATCAAAGTGCATTACTGGTGGAGTTTTACAGTCTGTGAAGCTTACTGGATAAGG  2664

Query 1876  --------------------------------------------------------------------------  1875
                                                                                      
Sbjct 2665  AGAGAATAGCTTTTATGTACTGACTTCATAAAAGCCATCTCAGAGCCATTGATACAAGTCAATCTTACTATATG  2738

Query 1876  --------------------------------------------------------------------------  1875
                                                                                      
Sbjct 2739  TAACTTCAGACAAAGTGGAACTAAGCCTGCTCCAGTGTTTCCTCATCATTGATTATTGGGCTAGCTGTGGATAG  2812

Query 1876  --------------------------------------------------------------------------  1875
                                                                                      
Sbjct 2813  CTTGCATTAATTGTATATTTTGGATTCTGTTTGTGTTGAATTTTTTAATCATTGTGCACAGAAGCATCATTGGT  2886

Query 1876  --------------------------------------------------------------------------  1875
                                                                                      
Sbjct 2887  AGCTTTTATATGCAAATGGTCATTTCAGATGTATGGTGTTTTTACACTACAAAGAAGTCCCCCATGTGGATATT  2960

Query 1876  --------------------------------------------------------------------------  1875
                                                                                      
Sbjct 2961  TCTTATACTAATTGTATCATAAAGCCGTTTATTCTTCCTTGTAAGAATCCTTTACTATAAATATGGGTTAAAGT  3034

Query 1876  ------------------------------------------------------  1875
                                                                  
Sbjct 3035  ATAATGTACTAGACAGTTAAATATTTTTAATAAATGTTTCCCTTGTTCTATAAA  3088