Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000488021
• Subject: XM_006533509.3
• Aligned Length: 3081
• Identities: 2254
• Gaps: 562

Alignment

Query    1  ATGGAGGTGGTGGGTGACTTCGAGTACAGCAAGAGGGATCTCGTGGGACACGGGGCCTTCGCCGTGGTCTTCCG  74
            ||||||||||||||.||||||||||||.|||||.||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct    1  ATGGAGGTGGTGGGCGACTTCGAGTACTGCAAGCGGGACCTCGTGGGACACGGGGCCTTCGCTGTGGTCTTCCG  74

Query   75  GGGGCGGCACCGCCAGAAAACTGATTGGGAGGTAGCTATTAAAAGTATTAATAAAAAGAACTTGTCAAAATCAC  148
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGGGCGGCACCGCCAGAAAACTGATTGGGAGGTGGCTATTAAAAGTATTAATAAAAAGAACTTGTCAAAATCAC  148

Query  149  AAATACTGCTTGGAAAGGAAATTAAAATCTTAAAGGAACTTCAGCATGAAAATATTGTAGCACTCTATGATGTT  222
            ||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||
Sbjct  149  AAATTCTGCTTGGAAAGGAAATAAAAATCTTAAAGGAGCTTCAGCATGAAAACATCGTAGCGCTCTATGATGTT  222

Query  223  CAGGAATTACCCAACTCTGTCTTTTTGGTGATGGAGTATTGCAATGGTGGAGACCTCGCAGATTATTTGCAAGC  296
            ||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  223  CAGGAATTGCCCAACTCTGTCTTTCTGGTGATGGAGTATTGCAATGGTGGAGACCTGGCAGATTATTTGCAAGC  296

Query  297  GAAAGGGACTCTCAGTGAAGACACGATCAGAGTGTTTCTGCATCAGATTGCTGCTGCCATGCGAATCCTGCACA  370
            .|||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  297  TAAAGGAACTCTGAGTGAAGATACTATCAGAGTGTTTCTCCATCAGATTGCGGCAGCCATGCGAATCCTGCACA  370

Query  371  GCAAAGGAATCATCCACAGAGATCTCAAACCACAGAACATCTTGCTGTCCTATGCCAATCGCAGAAAATCAAGT  444
            |||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||.||.||||.|||||||||||.||.||.||.|.|
Sbjct  371  GCAAAGGGATAATCCACAGGGATCTCAAACCACAGAATATCCTGTTGTCTTATGCCAATCGAAGGAAGTCGAAT  444

Query  445  GTCAGTGGTATTCGCATCAAAATAGCGGATTTTGGTTTTGCTCGTTACCTACATAGTAACATGATGGCTGCAAC  518
            ||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||..|||||.||.||
Sbjct  445  GTCAGTGGTATTCGTATTAAAATAGCTGATTTTGGTTTCGCACGGTACCTACATAGTAACACAATGGCAGCGAC  518

Query  519  ACTGTGTGGATCCCCGATGTACATGGCTCCTGAGGTTATTATGTCTCAACATTATGATGCTAAGGCTGACTTGT  592
            |||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|
Sbjct  519  ACTGTGTGGATCCCCAATGTACATGGCTCCCGAGGTTATTATGTCTCAACATTATGATGCTAAGGCAGATTTAT  592

Query  593  GGAGCATAGGAACAGTGATATACCAATGCCTAGTTGGAAAACCACCTTTTCA----------------------  644
            |||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||                      
Sbjct  593  GGAGCATAGGAACAGTGATCTATCAATGCCTAGTTGGAAAACCACCTTTTCAGGCTAATAGTCCTCAGGACCTA  666

Query  645  --------------------------------------------------------------------------  644
                                                                                      
Sbjct  667  AGGATGTTTTATGAAAAAAACAGGAGCTTAATGCCTAGTATTCCCAGAGAAACATCACCTTACTTGGCTAATCT  740

Query  645  ----------------------------------------------GAAGCGTTTTTTAGCCATCCTTTTCTTG  672
                                                          |||||.|||||.|||||||||||.||||
Sbjct  741  CCTTTTGGGTTTGCTTCAGAGAAATCAAAAGGATAGAATGGACTTTGAAGCATTTTTCAGCCATCCTTTCCTTG  814

Query  673  AGCAAGGTCCAGTAAAAAAATCTTGCCCAGTTCCAGTGCCCATGTATTCTGGTTCTGTCTCTGGAAGCTCCTGT  746
            ||||||.||||||.|||||||||||||||||.||||||||..||||||||||..|||||.|||||||||||||.
Sbjct  815  AGCAAGTTCCAGTTAAAAAATCTTGCCCAGTCCCAGTGCCTGTGTATTCTGGCCCTGTCCCTGGAAGCTCCTGC  888

Query  747  GGCAGCTCTCCATCTTGTCGTTTTGCTTCTCCACCAGT--------GATATGCCAATGGGGACTGCTGGCAGAC  812
            .|||||||.|||||||||||.||||||||||||||| |        |||||||              .|||.| 
Sbjct  889  AGCAGCTCACCATCTTGTCGCTTTGCTTCTCCACCA-TCCCTTCCAGATATGC--------------AGCATA-  946

Query  813  GTGCTTCA--AATGAATTCTT------------GGTGTGTGGAGGGCAGTGTCAGCCT----ACT--------G  860
                ||||  || |||..|||            |.||.||               |||    |||        |
Sbjct  947  ----TTCAGGAA-GAAAACTTATCCTCCCCACCGTTGGGT---------------CCTCCCAACTATCTACAGG  1000

Query  861  TGTCACCTCA------CAGCGA--AACAGCACCAA------TTC------CA-----------------GTTCC  897
            ||||    ||      |.||||  ||.||.|.|||      |||      ||                 |||||
Sbjct 1001  TGTC----CAAAGACTCTGCGAGTAATAGTAGCAAGAACTCTTCTTGTGACACGGATGACTTTGTTTTGGTTCC  1070

Query  898  TACTCAAATAAGGAATTATCAGCGCATAGAGCAGA------ATCTTACAT-----------CTACTGCCA----  950
             ||.|||            ||.|.|.|    ||||      ||.|.||||           ||||.||||    
Sbjct 1071  -ACACAA------------CATCTCGT----CAGACCACTCATATGACATGCCAATGGGGACTACGGCCAGACG  1127

Query  951  -GCTCAGGCACAAATG-----TACATGGTTCTCCAAGATCTGCAGTGGTACGAAGGTCCAACACCAGCCCCATG  1018
             |||     .||||||     |..|||  |.|..|.||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||
Sbjct 1128  TGCT-----TCAAATGAATTCTTTATG--TGTGGAGGATCTGCAGTAGTACGAAGGTCTAATACCAGCCCCATG  1194

Query 1019  GGCTTCCTCCGGCCGGGATCATGCTCCCCAGTACCAGCAGACACAGCACAGACAGTTGGACGAAGGCTCTCCAC  1092
            ||||||||||||...||.||.||||||||.|||||||.||||||||..|||||||..||||||||.|||||.||
Sbjct 1195  GGCTTCCTCCGGGTTGGGTCCTGCTCCCCTGTACCAGGAGACACAGTGCAGACAGGAGGACGAAGACTCTCTAC  1268

Query 1093  TGGGTCTTCTAGGCCTTACTCACCTTCCCCTTTGGTTGGTACCATTCCTGAGCAATTCAGTCAGTGCTGCTGTG  1166
            |||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1269  TGGCTCTTCCAGGCCTTACTCACCATCCCCTTTGGTTGGTACCATTCCTGAACAGTTTAGTCAGTGCTGCTGTG  1342

Query 1167  GGCATCCTCAGGGCCATGACTCCAGGAGTAGAAACTCCTCAGGTTCTCCAGTGCCACAAGCTCAGTCCCCACAG  1240
            |.|||||||||||||||||..||||||||||..|||||||||||||||||||||||||..|.|||.|.||||||
Sbjct 1343  GACATCCTCAGGGCCATGAAGCCAGGAGTAGGCACTCCTCAGGTTCTCCAGTGCCACAGACCCAGGCACCACAG  1416

Query 1241  TCTCTCTTATCGGGTGCTAGACTGCAGAGCGCCCCCACCCTCACTGACATCTATCAGAACAAGCAGAAGCTCAG  1314
            ||.||||||..||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417  TCACTCTTACTGGGTGCTAGACTGCAGAGTGCACCCACCCTCACCGATATCTATCAGAACAAGCAGAAGCTCAG  1490

Query 1315  AAAACAGCACTCTGACCCCGTGTGCCCATCCCATACTGGGGCTGGGTACAGCTACTCGCCTCAGCCCAGTCGGC  1388
            |||.||||||||||||||.|||||.||.||||||.||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||
Sbjct 1491  AAAGCAGCACTCTGACCCTGTGTGTCCGTCCCATGCTGGAGCTGGGTATAGTTACTCACCTCAGCCTAGTCGGC  1564

Query 1389  CTGGCAGCCTTGGAACTTCTCCCACCAAGCACTTGGGGTCCTCTCCACGGAGTTCTGACTGGTTCTTTAAAACT  1462
            |||||||||||||.||.|||||||||||||||..|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565  CTGGCAGCCTTGGGACCTCTCCCACCAAGCACACGGGGTCCTCTCCACGGAATTCTGACTGGTTCTTTAAAACT  1638

Query 1463  CCTTTGCCAACAATCATTGGCTCTCCTACTAAGACCACAGCTCCTTTCAAAATCCCTAAAACTCAAGCATCTTC  1536
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1639  CCTTTACCAACAATCATTGGCTCTCCTACTAAGACTACAGCTCCTTTCAAAATCCCTAAAACACAAGCATCTTC  1712

Query 1537  CAACCTGTTAGCCTTGGTTACTCGTCATGGGCCTGCTGAAGAACAGTCGAAAGATGGGAATGAGCCACGGGAAT  1610
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||...|||||.||||||||||||||.||.||.||.|
Sbjct 1713  TAACCTGTTAGCCTTGGTTACTCGTCATGGGCCTGCTGAAAGCCAGTCCAAAGATGGGAATGACCCTCGTGAGT  1786

Query 1611  GTGCCCATTGCCTCTTAGTGCAAGGAAGTGAGAGGCAGCGGGCCG---AGCAGCAGAGCAAGGCAGTGTTTGGC  1681
            ||.||||.|||||||.|||.||||||||.||||||||.||..|.|   ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787  GTTCCCACTGCCTCTCAGTACAAGGAAGCGAGAGGCATCGATCTGAGCAGCAGCAGAGCAAGGCAGTGTTTGGC  1860

Query 1682  AGATCTGTCAGTACCGGGAAGTTATCAGATCAACAAGGAAAGACTCCTATATGTCGACATCAGGGCAGCACAGA  1755
            ||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||.||||.|.|||.||.||.||||.|||||||||||.||
Sbjct 1861  AGATCTGTCAGTACTGGGAAGTTATCAGAACAACAAGTAAAGGCACCTTTAGGTGGACACCAGGGCAGCACGGA  1934

Query 1756  CAGTTTAAATACAGAACGACCAATGGATATAGCTCCGGCAGGAGCCTGTGGTGGTGTTCTGGCACCTCCTGCAG  1829
            .||||||||.||||||||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||.|.|.||||||...||.||||
Sbjct 1935  TAGTTTAAACACAGAACGACCAATGGATGTAGCTCCTGCAGGAGCCTGTGGTGTTATGCTGGCATTGCCAGCAG  2008

Query 1830  GTACAGCAGCAAGTTCCAAGGCTGTCCTCTTCACTGTAGGGTCTCCTCCACACAGTGCGGCAGCCCCCACTTGT  1903
            |.|||||||||||..|||..||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||..||||||||||||||
Sbjct 2009  GAACAGCAGCAAGCGCCAGAGCTGTCCTCTTCACCGTGGGGTCTCCTCCACACAGTGCCACAGCCCCCACTTGT  2082

Query 1904  ACCCACATGTTCCTTCGAACAAGAACAACCTC------------------------------------------  1935
            ||.||.|||.||||||||||||||||.|||||                                          
Sbjct 2083  ACTCATATGGTCCTTCGAACAAGAACCACCTCAGTGGGGTCCAGCAGCTCAGGAGGTTCCTTGTGTTCTGCAAG  2156

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2157  TGGCCGAGTATGTGTGGGCTCCCCTCCTGGACCAGGGTTGGGCTCTTCCCCACCAGGAGCAGAGGGAGCTCCCA  2230

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2231  GCCTAAGATACGTGCCTTATGGTGCTTCACCACCCAGCCTAGAGGGTCTCATCACCTTTGAAGCCCCTGAACTA  2304

Query 1936  -------------------AGCGGGAACACACAGACACCTTACGCCATCTGAATGTGATGCTGATGTTCACTGA  1990
                               ||||.||.||||||||||||||||||||||||||..|||||.|.|||||.|||||
Sbjct 2305  CCAGAGGAGACACTGATGGAGCGAGAGCACACAGACACCTTACGCCATCTGAACATGATGTTAATGTTTACTGA  2378

Query 1991  GTGTGTGCTGGACCTGACAGCCATGAGGGGAGGAAACCCTGAGCTGTGCACATCTGCTGTGTCCTTGTACCAGA  2064
            ||||||||||||||||||.||..|||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2379  GTGTGTGCTGGACCTGACGGCAGTGAGGGGTGGGAACCCTGAGCTGTGCACATCTGCTGTGTCCTTGTACCAGA  2452

Query 2065  TCCAGGAGAGTGTGGTGGTGGACCAGATCAGTCAGCTGAGCAAAGACTGGGGGCGGGTGGAGCAGCTGGTGTTG  2138
            |.|||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453  TTCAGGAGAGTGTAGTTGTGGACCAGATCAGCCAGCTAAGCAAAGATTGGGGGCGGGTGGAGCAGCTGGTGTTG  2526

Query 2139  TACATGAAAGCAGCACAGCTGCTTGCGGCTTCTCTGCATCTTGCCAAAGCCCAGATCAAGTCCGGGAAACTGAG  2212
            ||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||.|||||||.|||||.|||||
Sbjct 2527  TACATGAAGGCAGCACAGCTGCTGGCGGCTTCCCTGCATCTCGCCAAAGCTCAGGTCAAGTCTGGGAAGCTGAG  2600

Query 2213  CCCATCCACAGCTGTGAAACAAGTTGTCAAGAATCTGAACGAACGATATAAATTCTGCATCACCATGTGCAAGA  2286
            ||||||||..|||||||||||||||||.||.||||||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2601  CCCATCCATGGCTGTGAAACAAGTTGTTAAAAATCTGAATGAAAGATACAAATTCTGCATCACCATGTGCAAGA  2674

Query 2287  AACTTACAGAAAAGCTGAATCGATTCTTCTCTGACAAACAGAGGTTTATTGATGAAGTCAACAGTGTGACTGCA  2360
            ||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 2675  AACTTACAGAAAAGCTGAATCGCTTCTTCTCCGATAAACAGAGATTTATTGATGAAATCAACAGTGTGACTGCA  2748

Query 2361  GAGAAACTCATCTATAATTGTGCTGTAGAAATGGTTCAGTCTGCAGCCCTGGATGAGATGTTTCAGCAGACCGA  2434
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2749  GAGAAACTCATCTATAATTGTGCTGTGGAAATGGTTCAATCTGCAGCCCTGGATGAGATGTTTCAGCAGACTGA  2822

Query 2435  AGATATTGTTTATCGCTATCATAAGGCAGCCCTTCTTTTGGAAGGCCTAAGTAGGATTCTACAGGACCCTGCAG  2508
            |||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||.||||||.|||.||.|||||||||.|||
Sbjct 2823  AGACATCGTTTATCGCTACCACAAGGCAGCCCTTCTTTTGGAAGGCTTAAGTAAGATCCTGCAGGACCCTACAG  2896

Query 2509  ATATTGAAAATGTGCATAAAT----------------ATAAATGTAGTATTG------AGAG--AAG-------  2551
            ||.||||||||||||||||.|                |||..||.|.|.|||      ||||  |||       
Sbjct 2897  ATGTTGAAAATGTGCATAAGTCATTAAGCTCCTGGTCATATCTGAACTGTTGCTGGAAAGAGGAAAGAAAGTGT  2970

Query 2552  ----ACTGTCGGCGC-TCT----GCC---ATAGCACCGCAACCGTG-  2585
                |.|||  |..| |||    |||   ||||..|.|.||||.|| 
Sbjct 2971  ATTCATTGT--GTTCATCTTGGGGCCAAGATAGAGCAGGAACCATGG  3015