Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000488113
• Subject: XM_011524223.3
• Aligned Length: 2317
• Identities: 2061
• Gaps: 256

Alignment

Query    1  ATGATGGAAGAATTGCATAGCCTGGACCCACGACGGCAGGAATTATTGGAGGCCAGGTTTACTGGAGTAGGTGT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGATGGAAGAATTGCATAGCCTGGACCCACGACGGCAGGAATTATTGGAGGCCAGGTTTACTGGAGTAGGTGT  74

Query   75  TAGTAAGGGACCACTTAATAGTGAGTCTTCCAACCAGAGCTTGTGCAGCGTCGGATCCTTGAGTGATAAAGAAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TAGTAAGGGACCACTTAATAGTGAGTCTTCCAACCAGAGCTTGTGCAGCGTCGGATCCTTGAGTGATAAAGAAG  148

Query  149  TAGAGACTCCCGAGAAAAAGCAGAATGACCAGCGAAATCGGAAAAGAAAAGCTGAACCATATGAAACTAGCCAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TAGAGACTCCCGAGAAAAAGCAGAATGACCAGCGAAATCGGAAAAGAAAAGCTGAACCATATGAAACTAGCCAA  222

Query  223  GGGAAAGGCACTCCTAGGGGACATAAAATTAGTGATTACTTTGAGTTTGCTGGGGGAAGCGCGCCAGGAACCAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                              
Sbjct  223  GGGAAAGGCACTCCTAGGGGACATAAAATTAGTGATTACTTTGA------------------------------  266

Query  297  CCCTGGCAGAAGTGTTCCACCAGTTGCACGATCCTCACCGCAACATTCCTTATCCAATCCCTTACCGCGACGAG  370
                                                                              ||||||||
Sbjct  267  ------------------------------------------------------------------GCGACGAG  274

Query  371  TAGAACAGCCCCTCTATGGTTTAGATGGCAGTGCTGCAAAGGAGGCAACGGAGGAGCAGTCTGCTCTGCCAACC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  275  TAGAACAGCCCCTCTATGGTTTAGATGGCAGTGCTGCAAAGGAGGCAACGGAGGAGCAGTCTGCTCTGCCAACC  348

Query  445  CTCATGTCAGTGATGCTAGCAAAACCTCGGCTTGACACAGAGCAGCTGGCGCAAAGGGGAGCTGGCCTCTGCTT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  349  CTCATGTCAGTGATGCTAGCAAAACCTCGGCTTGACACAGAGCAGCTGGCGCAAAGGGGAGCTGGCCTCTGCTT  422

Query  519  CACTTTTGTTTCAGCTCAGCAAAACAGTCCCTCATCTACGGGATCTGGCAACACAGAGCATTCCTGCAGCTCCC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  423  CACTTTTGTTTCAGCTCAGCAAAACAGTCCCTCATCTACGGGATCTGGCAACACAGAGCATTCCTGCAGCTCCC  496

Query  593  AAAAACAGATCTCCATCCAGCACAGACAGACCCAGTCCGACCTCACAATAGAAAAAATATCTGCACTAGAAAAC  666
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||                                       
Sbjct  497  AAAAACAGATCTCCATCCAGCACAGACAGACCCAG---------------------------------------  531

Query  667  AGTAAGAATTCTGACTTAGAGAAGAAGGAGGGAAGAATAGATGATTTATTAAGAGCCAACTGTGATTTGAGACG  740
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct  532  ------------------------------------------------------GCCAACTGTGATTTGAGACG  551

Query  741  GCAGATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACGATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  552  GCAGATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACGATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGA  625

Query  815  AACTCCTTATAGAAAAGTCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  626  AACTCCTTATAGAAAAGTCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTG  699

Query  889  GGCCACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  700  GGCCACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCT  773

Query  963  TATCAAGCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  774  TATCAAGCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGA  847

Query 1037  AACCTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  848  AACCTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCT  921

Query 1111  GAAAATGAAAC---------------------------------------------------------------  1121
            |||||||||||                                                               
Sbjct  922  GAAAATGAAACGCCCTCTTCTGGGAATACAGAGCTAAAGGATACAGCCCCAGCCTTAGGAGCCCACAGTTTACT  995

Query 1122  ---GTTAACGTTAGCAGAATACCATGAACAAGAAGAAATCTTCAAACTCAGATTAGGTCATCTTAAAAAGGAGG  1192
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  996  TAGGTTAACGTTAGCAGAATACCATGAACAAGAAGAAATCTTCAAACTCAGATTAGGTCATCTTAAAAAGGAGG  1069

Query 1193  AAGCAGAGATCCAGGCAGAGCTGGAGAGACTAGAAAGGGTTAGAAATCTACATATCAGGGAACTAAAAAGGATA  1266
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070  AAGCAGAGATCCAGGCAGAGCTGGAGAGACTAGAAAGGGTTAGAAATCTACATATCAGGGAACTAAAAAGGATA  1143

Query 1267  CATAATGAAGATAATTCACAATTTAAAGATCATCCAACGCTAAATGACAGATATTTGTTGTTACATCTTTTGGG  1340
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144  CATAATGAAGATAATTCACAATTTAAAGATCATCCAACGCTAAATGACAGATATTTGTTGTTACATCTTTTGGG  1217

Query 1341  TAGAGGAGGTTTCAGTGAAGTTTACAAGGCATTTGATCTAACAGAGCAAAGATACGTAGCTGTGAAAATTCACC  1414
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218  TAGAGGAGGTTTCAGTGAAGTTTACAAGGCATTTGATCTAACAGAGCAAAGATACGTAGCTGTGAAAATTCACC  1291

Query 1415  AGTTAAATAAAAACTGGAGAGATGAGAAAAAGGAGAATTACCACAAGCATGCATGTAGGGAATACCGGATTCAT  1488
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292  AGTTAAATAAAAACTGGAGAGATGAGAAAAAGGAGAATTACCACAAGCATGCATGTAGGGAATACCGGATTCAT  1365

Query 1489  AAAGAGCTGGATCATCCCAGAATAGTTAAGCTGTATGATTACTTTTCACTGGATACTGACTCGTTTTGTACAGT  1562
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366  AAAGAGCTGGATCATCCCAGAATAGTTAAGCTGTATGATTACTTTTCACTGGATACTGACTCGTTTTGTACAGT  1439

Query 1563  ATTAGAATACTGTGAGGGAAATGATCTGGACTTCTACCTGAAACAGCACAAATTAATGTCGGAGAAAGAGGCCC  1636
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440  ATTAGAATACTGTGAGGGAAATGATCTGGACTTCTACCTGAAACAGCACAAATTAATGTCGGAGAAAGAGGCCC  1513

Query 1637  GGTCCATTATCATGCAGATTGTGAATGCTTTAAAGTACTTAAATGAAATAAAACCTCCCATCATACACTATGAC  1710
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514  GGTCCATTATCATGCAGATTGTGAATGCTTTAAAGTACTTAAATGAAATAAAACCTCCCATCATACACTATGAC  1587

Query 1711  CTCAAACCAGGTAATATTCTTTTAGTAAATGGTACAGCGTGTGGAGAGATAAAAATTACAGATTTTGGTCTTTC  1784
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1588  CTCAAACCAGGTAATATTCTTTTAGTAAATGGTACAGCGTGTGGAGAGATAAAAATTACAGATTTTGGTCTTTC  1661

Query 1785  GAAGATCATGGATGATGATAGCTACAATTCAGTGGATGGCATGGAGCTAACATCACAAGGTGCTGGTACTTATT  1858
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662  GAAGATCATGGATGATGATAGCTACAATTCAGTGGATGGCATGGAGCTAACATCACAAGGTGCTGGTACTTATT  1735

Query 1859  GGTATTTACCACCAGAGTGTTTTGTGGTTGGGAAAGAACCACCAAAGATCTCAAATAAAGTTGATGTGTGGTCG  1932
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736  GGTATTTACCACCAGAGTGTTTTGTGGTTGGGAAAGAACCACCAAAGATCTCAAATAAAGTTGATGTGTGGTCG  1809

Query 1933  GTGGGTGTGATCTTCTATCAGTGTCTTTATGGAAGGAAGCCTTTTGGCCATAACCAGTCTCAGCAAGACATCCT  2006
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810  GTGGGTGTGATCTTCTATCAGTGTCTTTATGGAAGGAAGCCTTTTGGCCATAACCAGTCTCAGCAAGACATCCT  1883

Query 2007  ACAAGAGAATACGATTCTTAAAGCTACTGAAGTGCAGTTCCCGCCAAAGCCAGTAGTAACACCTGAAGCAAAGG  2080
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884  ACAAGAGAATACGATTCTTAAAGCTACTGAAGTGCAGTTCCCGCCAAAGCCAGTAGTAACACCTGAAGCAAAGG  1957

Query 2081  CGTTTATTCGACGATGCTTGGCCTACCGAAAGGAGGACCGCATTGATGTCCAGCAGCTGGCCTGTGATCCCTAC  2154
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1958  CGTTTATTCGACGATGCTTGGCCTACCGAAAGGAGGACCGCATTGATGTCCAGCAGCTGGCCTGTGATCCCTAC  2031

Query 2155  TTGTTGCCTCACATCCGAAAGTCAGTCTCTACAAGTAGCCCTGCTGGAGCTGCTATTGCATCAACCTCTGGGGC  2228
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032  TTGTTGCCTCACATCCGAAAGTCAGTCTCTACAAGTAGCCCTGCTGGAGCTGCTATTGCATCAACCTCTGGGGC  2105

Query 2229  GTCCAATAACAGTTCTTCTAATG  2251
            |||||||||||||||||||||| 
Sbjct 2106  GTCCAATAACAGTTCTTCTAAT-  2127