Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000488864
• Subject: XM_011532975.3
• Aligned Length: 2214
• Identities: 1906
• Gaps: 294

Alignment

Query    1  ATGGTAGTGTTCAATGGCCTTCTTAAGATCAAAATCTGCGAGGCCGTGAGCTTGAAGCCCACAGCCTGGTCGCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GCGCCATGCGGTGGGACCCCGGCCGCAGACTTTCCTTCTCGACCCCTACATTGCCCTCAATGTGGACGACTCGC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GCATCGGCCAAACGGCCACCAAGCAGAAGACCAACAGCCCGGCCTGGCACGACGAGTTCGTCACCGATGTGTGC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  AACGGACGCAAGATCG--AGCTGGCTGTCTTTCAC-GATGCCCCCATAGGCTACGACGACTTCGTGGCCAACTG  293
                        ||.|  |||.|.|   ||||.|| ||.|     |.||.|...|||.|.||            
Sbjct    1  ------------ATGGAAAGCAGCC---CTTTGACAGAAG-----AAAGACAGAGACCAGTT------------  42

Query  294  CACCATCCAGTTTGAGGAGCTGCTGCAGAACGGGAGCCGCCACTTCGAGGACTGGATTGATCTGGAGCCAGAAG  367
                 ||||||     |||||.|||                           .|||||||||||||||||||||
Sbjct   43  -----TCCAGT-----GAGCTCCTG---------------------------AGGATTGATCTGGAGCCAGAAG  79

Query  368  GAAGAGTGTATGTGATCATCGATCTCTCAGGGTCGTCGGGTGAAGCCCCTAAAGACAATGAAGAGCGTGTGTTC  441
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   80  GAAGAGTGTATGTGATCATCGATCTCTCAGGGTCGTCGGGTGAAGCCCCTAAAGACAATGAAGAGCGTGTGTTC  153

Query  442  AGGGAACGCATGCGGCCGAGGAAGCGGCAGGGGGCCGTCAGGCGCAGGGTCCATCAGGTCAACGGCCACAAGTT  515
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  154  AGGGAACGCATGCGGCCGAGGAAGCGGCAGGGGGCCGTCAGGCGCAGGGTCCATCAGGTCAACGGCCACAAGTT  227

Query  516  CATGGCCACCTATCTTCGGCAGCCCACCTACTGCTCCCATTGCAGAGACTTCATCTGGGGTGTCATAGGAAAGC  589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  228  CATGGCCACCTATCTTCGGCAGCCCACCTACTGCTCCCATTGCAGAGACTTCATCTGGGGTGTCATAGGAAAGC  301

Query  590  AGGGATACCAGTGTCAAGTCTGCACCTGCGTGGTCCACAAGCGGTGCCACGAGCTCATAATCACAAAGTGTGCT  663
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  302  AGGGATACCAGTGTCAAGTCTGCACCTGCGTGGTCCACAAGCGGTGCCACGAGCTCATAATCACAAAGTGTGCT  375

Query  664  GGGTTAAAGAAGCAGGAGACCCCCGACCAGGTGGGCTCCCAGCGGTTCAGCGTCAACATGCCCCACAAGTTCGG  737
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  376  GGGTTAAAGAAGCAGGAGACCCCCGACCAGGTGGGCTCCCAGCGGTTCAGCGTCAACATGCCCCACAAGTTCGG  449

Query  738  TATCCACAACTACAAGGTCCCTACCTTCTGCGATCACTGTGGGTCCCTGCTCTGGGGACTCTTGCGGCAGGGTT  811
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  450  TATCCACAACTACAAGGTCCCTACCTTCTGCGATCACTGTGGGTCCCTGCTCTGGGGACTCTTGCGGCAGGGTT  523

Query  812  TGCAGTGTAAAGTCTGCAAAATGAATGTTCACCGTCGATGTGAGACCAACGTGGCTCCCAACTGTGGAGTGGAT  885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  524  TGCAGTGTAAAGTCTGCAAAATGAATGTTCACCGTCGATGTGAGACCAACGTGGCTCCCAACTGTGGAGTGGAT  597

Query  886  GCCAGAGGAATCGCCAAAGTACTGGCCGACCTGGGCGTTACCCCAGACAAAATCACCAACAGCGGCCAGAGAAG  959
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  598  GCCAGAGGAATCGCCAAAGTACTGGCCGACCTGGGCGTTACCCCAGACAAAATCACCAACAGCGGCCAGAGAAG  671

Query  960  GAAAAAGCTCATTGCTGGTGCCGAGTCCCCGCAGCCTGCTTCTGGAAGCTCACCATCTGAGGAAGATCGATCCA  1033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  672  GAAAAAGCTCATTGCTGGTGCCGAGTCCCCGCAGCCTGCTTCTGGAAGCTCACCATCTGAGGAAGATCGATCCA  745

Query 1034  AGTCAGCACCCACCTCCCCTTGTGACCAGGAAATAAAAGAACTTGAGAACAACATTCGGAAAGCCTTGTCATTT  1107
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  746  AGTCAGCACCCACCTCCCCTTGTGACCAGGAAATAAAAGAACTTGAGAACAACATTCGGAAAGCCTTGTCATTT  819

Query 1108  GACAACCGAGGAGAGGAGCACCGGGCAGCATCGTCTCCTGATGGCCAGCTGATGAGCCCCGGTGAGAATGGCGA  1181
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  820  GACAACCGAGGAGAGGAGCACCGGGCAGCATCGTCTCCTGATGGCCAGCTGATGAGCCCCGGTGAGAATGGCGA  893

Query 1182  AGTCCGGCAAGGCCAGGCCAAGCGCCTGGGCCTGGATGAGTTCAACTTCATCAAGGTGTTGGGCAAAGGCAGCT  1255
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  894  AGTCCGGCAAGGCCAGGCCAAGCGCCTGGGCCTGGATGAGTTCAACTTCATCAAGGTGTTGGGCAAAGGCAGCT  967

Query 1256  TTGGCAAGGTCATGTTGGCAGAACTCAAGGGCAAAGATGAAGTATATGCTGTGAAGGTCTTAAAGAAGGACGTC  1329
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  968  TTGGCAAGGTCATGTTGGCAGAACTCAAGGGCAAAGATGAAGTATATGCTGTGAAGGTCTTAAAGAAGGACGTC  1041

Query 1330  ATCCTTCAGGATGATGACGTGGACTGCACAATGACAGAGAAGAGGATTTTGGCTCTGGCACGGAAACACCCGTA  1403
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042  ATCCTTCAGGATGATGACGTGGACTGCACAATGACAGAGAAGAGGATTTTGGCTCTGGCACGGAAACACCCGTA  1115

Query 1404  CCTTACCCAACTCTACTGCTGCTTCCAGACCAAGGACCGCCTCTTTTTCGTCATGGAATATGTAAATGGTGGAG  1477
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116  CCTTACCCAACTCTACTGCTGCTTCCAGACCAAGGACCGCCTCTTTTTCGTCATGGAATATGTAAATGGTGGAG  1189

Query 1478  ACCTCATGTTTCAGATTCAGCGCTCCCGAAAATTCGACGAGCCTCGTTCACGGTTCTATGCTGCAGAGGTCACA  1551
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190  ACCTCATGTTTCAGATTCAGCGCTCCCGAAAATTCGACGAGCCTCGTTCACGGTTCTATGCTGCAGAGGTCACA  1263

Query 1552  TCGGCCCTCATGTTCCTCCACCAGCATGGAGTCATCTACAGGGATTTGAAACTGGACAACATCCTTCTGGATGC  1625
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264  TCGGCCCTCATGTTCCTCCACCAGCATGGAGTCATCTACAGGGATTTGAAACTGGACAACATCCTTCTGGATGC  1337

Query 1626  AGAAGGTCACTGCAAGCTGGCTGACTTCGGGATGTGCAAGGAAGGGATTCTGAATGGTGTGACGACCACCACGT  1699
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1338  AGAAGGTCACTGCAAGCTGGCTGACTTCGGGATGTGCAAGGAAGGGATTCTGAATGGTGTGACGACCACCACGT  1411

Query 1700  TCTGTGGGACTCCTGACTACATAGCTCCTGAGATCCTGCAGGAGTTGGAGTATGGCCCCTCCGTGGACTGGTGG  1773
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412  TCTGTGGGACTCCTGACTACATAGCTCCTGAGATCCTGCAGGAGTTGGAGTATGGCCCCTCCGTGGACTGGTGG  1485

Query 1774  GCCCTGGGGGTGCTGATGTACGAGATGATGGCTGGACAGCCTCCCTTTGAGGCCGACAATGAGGACGACCTATT  1847
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486  GCCCTGGGGGTGCTGATGTACGAGATGATGGCTGGACAGCCTCCCTTTGAGGCCGACAATGAGGACGACCTATT  1559

Query 1848  TGAGTCCATCCTCCATGACGACGTGCTGTACCCAGTCTGGCTCAGCAAGGAGGCTGTCAGCATCTTGAAAGCTT  1921
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560  TGAGTCCATCCTCCATGACGACGTGCTGTACCCAGTCTGGCTCAGCAAGGAGGCTGTCAGCATCTTGAAAGCTT  1633

Query 1922  TCATGACGAAGAATCCCCACAAGCGCCTGGGCTGTGTGGCATCGCAGAATGGCGAGGACGCCATCAAGCAGCAC  1995
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1634  TCATGACGAAGAATCCCCACAAGCGCCTGGGCTGTGTGGCATCGCAGAATGGCGAGGACGCCATCAAGCAGCAC  1707

Query 1996  CCATTCTTCAAAGAGATTGACTGGGTGCTCCTGGAGCAGAAGAAGATCAAGCCACCCTTCAAACCACGCATTAA  2069
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708  CCATTCTTCAAAGAGATTGACTGGGTGCTCCTGGAGCAGAAGAAGATCAAGCCACCCTTCAAACCACGCATTAA  1781

Query 2070  AACCAAAAGAGACGTCAATAATTTTGACCAAGACTTTACCCGGGAAGAGCCGGTACTCACCCTTGTGGACGAAG  2143
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782  AACCAAAAGAGACGTCAATAATTTTGACCAAGACTTTACCCGGGAAGAGCCGGTACTCACCCTTGTGGACGAAG  1855

Query 2144  CAATTGTAAAGCAGATCAACCAGGAGGAATTCAAAGGTTTCTCCTACTTTGGTGAAGACCTGATGCCC  2211
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856  CAATTGTAAAGCAGATCAACCAGGAGGAATTCAAAGGTTTCTCCTACTTTGGTGAAGACCTGATGCCC  1923