Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489177
• Subject: XR_001785080.1
• Aligned Length: 4196
• Identities: 2517
• Gaps: 1433

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  TGGGAAGGGTGGGGAGAGATGGATAGCAAGCAAGGGAGGGAGAGAGGGAGTGGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AGGGAGCCCAACGACCATTTAAAGCGATAGCAATCCCTGCCCTCTCCCCAGTGCTTGGCTGTTGGAGAGCGCGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GCGGCAAGCCAGGGAGCGGGGAGCGCAAGCTGGTGCACGGGCCAGCGGAGCTACAGTGCCAGGTGCCAAAGACT  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GGCTGACGCCCTGGGACCCCCCACCCCTCTCCTGCTGCACCTCCTCTGTCTCCTCCACCCTCTGTGCCTACAGA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  AGTCCCCGGGGCTTCCCCCGAAAGGAGCTCACCTCGAGAAGCCGGGACCTGGGAGAGCCCACCAGCATCCCCTC  370

Query    1  ---------------------------------------ATGGTCCAGCTGAGGAAGCTGCTCCGCGTCCTGAC  35
                                                   ||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CAGCGCCGCCGCCGCTACCGCAGCAGCATCCGGAGCGGCATGGTCCAGCTGGGGAAGCTGCTCCGCGTCCTGAC  444

Query   36  TTTGATGAAGTTCCCCTGCTGCGTGCTGGAGGTGCTCCTGTGCGCGCTGGCGGCGGCGGCGCGCGGCCAGGAGA  109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTTGATGAAGTTCCCCTGCTGCGTGCTGGAGGTGCTCCTGTGCGTGCTGGCGGCGGCGGCGCGCGGCCAGGAGA  518

Query  110  TGTACGCCCCGCACTCAATCCGGATCGAGGGGGACGTCACCCTCGGGGGGCTGTTCCCCGTGCACGCCAAGGGT  183
            ||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  519  TGTACGCCCCGCACTCGATCCGGATCGAGGGGGACGTCACCCTTGGGGGGCTGTTCCCAGTGCACGCCAAGGGT  592

Query  184  CCCAGCGGAGTGCCCTGCGGCGACATCAAGAGGGAAAACGGGATCCACAGGCTGGAAGCGATGCTCTACGCCCT  257
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||
Sbjct  593  CCCAGCGGAGTGCCCTGCGGCGACATCAAGAGGGAGAATGGGATCCACAGGCTGGAAGCTATGCTTTATGCTCT  666

Query  258  GGACCAGATCAACAGTGATCCCAACCTACTGCCCAACGTGACGCTGGGCGCGCGGATCCTGGACACTTGTTCCA  331
            .||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CGACCAGATCAACAGCGATCCCAACCTGCTGCCCAACGTAACGTTAGGCGCGCGGATCCTGGACACTTGTTCCA  740

Query  332  GGGACACTTACGCGCTCGAACAGTCGCTTACTTTCGTCCAGGCGCTCATCCAGAAGGACACCTCCGACGTGCGC  405
            ||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  741  GGGACACTTATGCGCTCGAACAGTCGCTCACTTTCGTCCAGGCGCTTATCCAGAAGGACACCTCCGACGTGCGT  814

Query  406  TGCACCAACGGCGAACCGCCGGTTTTCGTCAAGCCGGAGAAAGTAGTTGGAGTGATTGGGGCTTCGGGGAGTTC  479
            |||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  815  TGCACCAACGGAGAGCCCCCGGTTTTCGTCAAGCCAGAGAAAGTAGTTGGAGTGATTGGGGCTTCGGGGAGCTC  888

Query  480  GGTCTCCATCATGGTAGCCAACATCCTGAGGCTCTTCCAGATCCCCCAGATTAGTTATGCATCAACGGCACCCG  553
            .||||||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct  889  CGTCTCCATCATGGTAGCCAACATCTTGAGGCTTTTCCAGATACCTCAGATTAGTTATGCATCCACGGCTCCTG  962

Query  554  AGCTAAGTGATGACCGGCGCTATGACTTCTTCTCTCGCGTGGTGCCACCCGATTCCTTCCAAGCCCAGGCCATG  627
            |.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||
Sbjct  963  AACTCAGTGATGACCGTCGCTATGACTTCTTCTCTCGCGTGGTCCCACCTGATTCCTTCCAAGCCCAAGCTATG  1036

Query  628  GTAGACATTGTAAAGGCCCTAGGCTGGAATTATGTGTCTACCCTCGCATCGGAAGGAAGTTATGGAGAGAAAGG  701
            |||||||||||||||||..|.||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1037  GTAGACATTGTAAAGGCATTGGGCTGGAATTATGTATCTACTCTTGCATCTGAAGGAAGCTATGGAGAGAAAGG  1110

Query  702  TGTGGAGTCCTTCACGCAGATTTCCAAAGAGGCAGGTGGACTCTGCATTGCCCAGTCCGTGAGAATCCCCCAGG  775
            |||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 1111  TGTGGAGTCCTTCACACAAATTTCCAAAGAAGCAGGTGGACTCTGCATTGCCCAGTCCGTGAGAATTCCCCAAG  1184

Query  776  AACGCAAAGACAGGACCATTGACTTTGATAGAATTATCAAACAGCTCCTGGACACCCCCAACTCCAGGGCCGTC  849
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1185  AACGCAAAGACAGGACCATTGACTTTGATAGAATTATCAAACAGCTCTTGGACACCCCCAACTCCAGGGCTGTC  1258

Query  850  GTGATTTTTGCCAACGATGAGGATATAAAGCAGATCCTTGCAGCAGCCAAAAGAGCTGACCAAGTTGGCCATTT  923
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1259  GTGATTTTTGCCAACGATGAGGATATAAAGCAGATCCTTGCAGCAGCCAAAAGAGCTGACCAAGTAGGACATTT  1332

Query  924  TCTTTGGGTGGGATCAGACAGCTGGGGATCCAAAATAAACCCACTGCACCAGCATGAAGATATCGCAGAAGGGG  997
            |||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct 1333  TCTCTGGGTTGGGTCAGACAGCTGGGGTTCCAAAATCAACCCACTGCATCAGCATGAAGATATTGCAGAAGGAG  1406

Query  998  CCATCACCATTCAGCCCAAGCGAGCCACGGTGGAAGGGTTTGATGCCTACTTTACGTCCCGTACACTTGAAAAC  1071
            ||||||||||.||.||.|||.||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||||
Sbjct 1407  CCATCACCATCCAACCTAAGAGAGCGACTGTGGAAGGATTTGATGCTTACTTCACATCCCGGACACTTGAAAAC  1480

Query 1072  AACAGAAGAAATGTATGGTTTGCCGAATACTGGGAGGAAAACTTCAACTGCAAGTTGACGATTAGTGGGTCAAA  1145
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||
Sbjct 1481  AACAGGAGAAATGTATGGTTTGCCGAATACTGGGAAGAAAACTTCAACTGCAAGTTGACAATTAGTGGATCCAA  1554

Query 1146  AAAAGAAGACACAGATCGCAAATGCACAGGACAGGAGAGAATTGGAAAAGATTCCAACTATGAGCAGGAGGGTA  1219
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAAAGAAGACACGGATCGCAAATGCACAGGACAGGAGCGAATTGGAAAAGACTCTAATTATGAGCAGGAGGGTA  1628

Query 1220  AAGTCCAGTTCGTGATTGACGCAGTCTATGCTATGGCTCACGCCCTTCACCACATGAACAAGGATCTCTGTGCT  1293
            ||||.|||||.|||||.||.||.||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1629  AAGTACAGTTTGTGATCGATGCTGTCTATGCCATGGCACATGCCCTTCATCACATGAATAAGGATCTGTGTGCT  1702

Query 1294  GACTACCGGGGTGTCTGCCCAGAGATGGAGCAAGCTGGAGGCAAGAAGTTGCTGAAGTATATACGCAATGTTAA  1367
            |||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||.||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1703  GACTACCGGGGAGTGTGCCCAGAAATGGAGCAAGCAGGGGGCAAGAAGTTGTTGAAGTATATCCGCAATGTTAA  1776

Query 1368  TTTCAATGGTAGTGCTGGCACTCCAGTGATGTTTAACAAGAACGGGGATGCACCTGGGCGTTATGACATCTTTC  1441
            .|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.||.||.||.|||||||||||.|
Sbjct 1777  CTTCAATGGTAGTGCTGGAACCCCAGTGATGTTTAACAAAAATGGTGATGCTCCAGGACGATATGACATCTTCC  1850

Query 1442  AGTACCAGACCACAAACACCAGCAACCCGGGTTACCGTCTGATCGGGCAGTGGACAGACGAACTTCAGCTCAAT  1515
            ||||||||||.||||||||.|.|||.||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1851  AGTACCAGACAACAAACACTACCAATCCTGGTTATCGTCTCATTGGGCAGTGGACAGATGAACTGCAGCTCAAT  1924

Query 1516  ATAGAAGACATGCAGTGGGGTAAAGGAGTCCGAGAGATACCCGCCTCAGTGTGCACACTACCATGTAAGCCAGG  1589
            |||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||..||||.|||||||||.|.|||||.|||||.||
Sbjct 1925  ATAGAGGACATGCAGTGGGGCAAAGGAGTCCGGGAGATCCCACCCTCTGTGTGCACATTGCCATGCAAGCCTGG  1998

Query 1590  ACAGAGAAAGAAGACACAGAAAGGAACTCCTTGCTGTTGGACCTGTGAGCCTTGCGATGGTTACCAGTACCAGT  1663
            .|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct 1999  GCAGAGGAAGAAGACACAGAAGGGAACCCCTTGCTGCTGGACTTGTGAGCCCTGTGATGGATACCAGTATCAAT  2072

Query 1664  TTGATGAGATGACATGCCAGCATTGCCCCTATGACCAGAGGCCCAATGAAAATCGAACCGGATGCCAGGATATT  1737
            ||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||.|||.|.||.
Sbjct 2073  TTGATGAGATGACATGTCAGCATTGTCCCTATGACCAGAGGCCCAATGAGAACCGAACTGGCTGTCAGAACATC  2146

Query 1738  CCCATCATCAAACTGGAGTGGCACTCCCCCTGGGCTGTGATTCCTGTCTTCCTGGCAATGTTGGGGATCATTGC  1811
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CCAATCATCAAACTGGAGTGGCACTCCCCCTGGGCTGTAATTCCTGTCTTCCTGGCAATGTTGGGGATCATTGC  2220

Query 1812  CACCATCTTTGTCATGGCCACTTTCATCCGCTACAATGACACGCCCATTGTCCGGGCATCTGGGCGGGAACTCA  1885
            ||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CACCATCTTTGTCATGGCAACCTTCATCCGCTACAATGATACACCCATCGTCAGGGCATCTGGGCGGGAACTCA  2294

Query 1886  GCTATGTTCTTTTGACGGGCATCTTTCTTTGCTACATCATCACTTTCCTGATGATTGCCAAACCAGATGTGGCA  1959
            ||||||||.|.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct 2295  GCTATGTTTTATTGACAGGCATCTTTCTCTGCTATATCATCACCTTCCTAATGATTGCCAAGCCAGATGTGGCA  2368

Query 1960  GTGTGTTCTTTCCGGCGAGTTTTCTTGGGCTTGGGTATGTGCATCAGTTATGCAGCCCTCTTGACGAAAACAAA  2033
            ||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.|||||.||
Sbjct 2369  GTGTGTTCCTTCCGACGTGTCTTCTTGGGGTTGGGTATGTGTATTAGTTATGCAGCCCTTTTAACAAAAACCAA  2442

Query 2034  TCGGATTTATCGCATATTTGAGCAGGGCAAGAAATCAGTAACAGCTCCCAGACTCATAAGCCCAACATCACAAC  2107
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TCGGATTTATCGCATATTCGAGCAGGGCAAGAAATCGGTGACAGCTCCCAGACTCATAAGCCCAACATCACAAC  2516

Query 2108  TGGCAATCACTTCCAGTTTAATATCAGTTCAGCTTCTAGGGGTGTTCATTTGGTTTGGTGTTGATCCACCCAAC  2181
            |||||||.||.||||||||||||||.||.||.||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 2517  TGGCAATTACCTCCAGTTTAATATCGGTGCAACTTCTAGGTGTCTTTATTTGGTTTGGGGTTGACCCACCCAAC  2590

Query 2182  ATCATCATAGACTATGATGAACACAAGACAATGAACCCTGAGCAAGCCAGAGGGGTTCTCAAGTGTGACATTAC  2255
            ||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||
Sbjct 2591  ATCATCATAGACTACGATGAGCATAAGACAATGAACCCAGAACAAGCCAGGGGAGTTCTCAAATGTGACATCAC  2664

Query 2256  AGATCTCCAAATCATTTGCTCCTTGGGATATAGCATTCTTCTCATGGTCACATGTACTGTGTATGCCATCAAGA  2329
            |||.||.||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AGACCTTCAGATCATTTGTTCTTTGGGATATAGCATTCTTCTCATGGTCACATGTACTGTGTATGCCATCAAGA  2738

Query 2330  CTCGGGGTGTACCCGAGAATTTTAACGAAGCCAAGCCCATTGGATTCACTATGTACACGACATGTATAGTATGG  2403
            |||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2739  CTCGGGGTGTACCAGAGAATTTTAATGAAGCCAAGCCCATTGGATTCACTATGTACACGACTTGTATCGTATGG  2812

Query 2404  CTTGCCTTCATTCCAATTTTTTTTGGCACCGCTCAATCAGCGGAAAAGCTCTACATACAAACTACCACGCTTAC  2477
            |||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2813  CTTGCCTTCATCCCAATATTTTTTGGCACAGCGCAATCAGCAGAAAAGCTCTACATACAAACCACCACGCTTAC  2886

Query 2478  AATCTCCATGAACCTAAGTGCATCAGTGGCGCTGGGGATGCTATACATGCCGAAAGTGTACATCATCATTTTCC  2551
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AATCTCCATGAACCTAAGTGCATCAGTGGCGCTGGGGATGCTATACATGCCGAAAGTGTACATCATCATTTTCC  2960

Query 2552  ACCCTGAACTCAATGTCCAGAAACGGAAGCGAAGCTTCAAGGCGGTAGTCACAGCAGCCACCATGTCATCGAGG  2625
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  ACCCTGAACTCAATGTCCAGAAACGGAAGCGAAGCTTCAAGGCCGTAGTCACAGCAGCCACCATGTCATCGAGG  3034

Query 2626  CTGTCACACAAACCCAGTGACAGACCCAACGGTGAGGCAAAGACCGAGCTCTGTGAAAACGTAGACCCAAAC--  2697
            |||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.||||||||.||||||||||||  
Sbjct 3035  CTGTCACACAAACCCAGTGACAGGCCCAATGGTGAGGCAAAGACAGAACTTTGTGAAAATGTAGACCCAAACAT  3108

Query 2698  --------AACT-----GTATACCAC--------------------CAGTAAGAAAGAGTGTACAAAAGTCTGT  2738
                    ||||     || |.||||                    ||.||.|....||||...||.|| |..|
Sbjct 3109  CACATATGAACTTGGCAGT-TCCCACTGGCGGTGCGTTTGAGATGGCAATATGGCTCAGTGGTTAACAG-CAAT  3180

Query 2739  TACTT-----------------GGTACACTATCC---CACCAACA--GTA------------------------  2766
            .||||                 |||.|||| |||   .|||.|||  |||                        
Sbjct 3181  CACTTCTCTGGCAGAGGACATGGGTTCACT-TCCTAGAACCCACATGGTAACTCACAACCACATATATCTTCTG  3253

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3254  GCATAGTGGGCCCAATACCCATTTCTAGTCACTGTGGACTGTCACATGCATACTGCACACTCAGACTTACTCAG  3327

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3328  GCTCACACACATATATCAAGTTTAAAATGTAATGTTTTTAGAGTTTTCTTTGGTGGATAACTGGTAGCTTTCTA  3401

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3402  ATCACCTGAGTGGGTTTTTTTTTTTCCAGAGACAGTCATTGAAGACAAGTTTTGTCTTTTAGAACCAAATGTCA  3475

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3476  TTTTAATTTAAAAAGAAAAATGTGTGTTCTTAGCCAAGGTCAGCTTATTTCTTAAAATTCTCTCCTATCCAAGT  3549

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3550  GCTATGAGGAAGGCTCATCTCAAAATTCAACTGATGATTCTTTTCTGGTTTCTAACTACTAAAGATGTACCTCA  3623

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3624  CCTTTGCAGATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  3697

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3698  CTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGAACTGAAGCTTGGACACATGTTAAGTTAACTTTCTCTTGGA  3771

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3772  ATCACAGGTAATCATCATTTCCTTTATGATCTACATGAATATTCACATAATTTATTTTGCCTTTTCAAATTGAA  3845

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3846  GATTGGATTTGAATCCCTTTTTTTCTATCTGTCCTTTCTCAGAGCATCTCCAAGGTCTCAACTTGTACAAGGAG  3919

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3920  GGTGCTAGAGCAATTTCCCACCCACTGGTGTTCTTGCTTAGCTGACCCAAACCCTTAGATGATTTTAATGTGAA  3993

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 3994  CAACTACTTCACATCGGAACGAGTGAAGGATACTGCAACTTGCTCACTCCCCTATTGGCTGTTTTGTCTGCATC  4067

Query 2767  --------------------------------------------------------------------------  2766
                                                                                      
Sbjct 4068  TTCTTTCTGTAACACTCCCATAATAAGTTTGTGTCAAACAATCCTCTTGCATCTGATTTTTGTCTGGAAAAAAA  4141

Query 2767  ----------------------------------------------------  2766
                                                                
Sbjct 4142  CCTGTGAGATTTTCAGATGGAAATATCAATAAACCACATGACCTGTCTTCAA  4193