Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489601
• Subject: XM_005260407.4
• Aligned Length: 1554
• Identities: 1218
• Gaps: 318

Alignment

Query    1  ATGCGACTCTCCAAAACCCTCGTCGACATGGACATGGCCGACTACAGTGCTGCACTGGACCCAGCCTACACCAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGACTCTCCAAAACCCTCGTCGACATGGACATGGCCGACTACAGTGCTGCACTGGACCCAGCCTACACCAC  74

Query   75  CCTGGAATTTGAGAATGTGCAGGTGTTGACGATGGGCAAT----------------------------------  114
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                  
Sbjct   75  CCTGGAATTTGAGAATGTGCAGGTGTTGACGATGGGCAATGGTAGGTGGGGGCAGATGTGCCCAGGTATTTTGT  148

Query  115  --------------------------------------------------------------------------  114
                                                                                      
Sbjct  149  TGCCGCTGCGTCTCGCCAGATTGAGGCATCCCCTCCGACATCACTGGAGCATATCTGGAGGGGTGGACAGTTCT  222

Query  115  ---------GACACGTCCCCATCAGAAGGCACCAACCTCAACGCGCCCAACAGCCTGGGTGTCAGCGCCCTGTG  179
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCACAGGGAGACACGTCCCCATCAGAAGGCACCAACCTCAACGCGCCCAACAGCCTGGGTGTCAGCGCCCTGTG  296

Query  180  TGCCATCTGCGGGGACCGGGCCACGGGCAAACACTACGGTGCCTCGAGCTGTGACGGCTGCAAGGGCTTCTTCC  253
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGCCATCTGCGGGGACCGGGCCACGGGCAAACACTACGGTGCCTCGAGCTGTGACGGCTGCAAGGGCTTCTTCC  370

Query  254  GGAGGAGCGTGCGGAAGAACCACATGTACTCCTGCAGATTTAGCCGGCAGTGCGTGGTGGACAAAGACAAGAGG  327
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGAGGAGCGTGCGGAAGAACCACATGTACTCCTGCAGATTTAGCCGGCAGTGCGTGGTGGACAAAGACAAGAGG  444

Query  328  AACCAGTGCCGCTACTGCAGGCTCAAGAAATGCTTCCGGGCTGGCATGAAGAAGGAAGCCGTCCAGAATGAGCG  401
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AACCAGTGCCGCTACTGCAGGCTCAAGAAATGCTTCCGGGCTGGCATGAAGAAGGAAGCCGTCCAGAATGAGCG  518

Query  402  GGACCGGATCAGCACTCGAAGGTCAAGCTATGAGGACAGCAGCCTGCCCTCCATCAATGCGCTCCTGCAGGCGG  475
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGACCGGATCAGCACTCGAAGGTCAAGCTATGAGGACAGCAGCCTGCCCTCCATCAATGCGCTCCTGCAGGCGG  592

Query  476  AGGTCCTGTCCCGACAGATCACCTCCCCCGTCTCCGGGATCAACGGCGACATTCGGGCGAAGAAGATTGCCAGC  549
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGGTCCTGTCCCGACAGATCACCTCCCCCGTCTCCGGGATCAACGGCGACATTCGGGCGAAGAAGATTGCCAGC  666

Query  550  ATCGCAGATGTGTGTGAGTCCATGAAGGAGCAGCTGCTGGTTCTCGTTGAGTGGGCCAAGTACATCCCAGCTTT  623
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATCGCAGATGTGTGTGAGTCCATGAAGGAGCAGCTGCTGGTTCTCGTTGAGTGGGCCAAGTACATCCCAGCTTT  740

Query  624  CTGCGAGCTCCCCCTGGACGACCAGGTGGCCCTGCTCAGAGCCCATGCTGGCGAGCACCTGCTGCTCGGAGCCA  697
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTGCGAGCTCCCCCTGGACGACCAGGTGGCCCTGCTCAGAGCCCATGCTGGCGAGCACCTGCTGCTCGGAGCCA  814

Query  698  CCAAGAGATCCATGGTGTTCAAGGACGTGCTGCTCCTAGGCAATGACTACATTGTCCCTCGGCACTGCCCGGAG  771
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCAAGAGATCCATGGTGTTCAAGGACGTGCTGCTCCTAGGCAATGACTACATTGTCCCTCGGCACTGCCCGGAG  888

Query  772  CTGGCGGAGATGAGCCGGGTGTCCATACGCATCCTTGACGAGCTGGTGCTGCCCTTCCAGGAGCTGCAGATCGA  845
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTGGCGGAGATGAGCCGGGTGTCCATACGCATCCTTGACGAGCTGGTGCTGCCCTTCCAGGAGCTGCAGATCGA  962

Query  846  TGACAATGAGTATGCCTACCTCAAAGCCATCATCTTCTTTGACCCAGATGCCAAGGGGCTGAGCGATCCAGGGA  919
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGACAATGAGTATGCCTACCTCAAAGCCATCATCTTCTTTGACCCAGATGCCAAGGGGCTGAGCGATCCAGGGA  1036

Query  920  AGATCAAGCGGCTGCGTTCCCAGGTGCAGGTGAGCTTGGAGGACTACATCAACGACCGCCAGTATGACTCGCGT  993
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGATCAAGCGGCTGCGTTCCCAGGTGCAGGTGAGCTTGGAGGACTACATCAACGACCGCCAGTATGACTCGCGT  1110

Query  994  GGCCGCTTTGGAGAGCTGCTGCTGCTGCTGCCCACCTTGCAGAGCATCACCTGGCAGATGATCGAGCAGATCCA  1067
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GGCCGCTTTGGAGAGCTGCTGCTGCTGCTGCCCACCTTGCAGAGCATCACCTGGCAGATGATCGAGCAGATCCA  1184

Query 1068  GTTCATCAAGCTCTTCGGCATGGCCAAGATTGACAACCTGTTGCAGGAGATGCTGCTGGGA-GGTCC----GTG  1136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    |.|
Sbjct 1185  GTTCATCAAGCTCTTCGGCATGGCCAAGATTGACAACCTGTTGCAGGAGATGCTGCTGGGAGGGTCCCCCAGCG  1258

Query 1137  -------CCAAGCCCA------------------------GGAGGGGC----GGG-------------GTTG--  1160
                   |||.|||||                        |.|||..|    |||             ||||  
Sbjct 1259  ATGCACCCCATGCCCACCACCCCCTGCACCCTCACCTGATGCAGGAACATATGGGAACCAACGTCATCGTTGCC  1332

Query 1161  ---------------------------------------GAGTGGGGACTCCCCAGGAGACAGGC--CTCACAC  1193
                                                   ||||||...|..||||||.|||||||  | ||| |
Sbjct 1333  AACACAATGCCCACTCACCTCAGCAACGGACAGATGTGTGAGTGGCCCCGACCCAGGGGACAGGCAGC-CAC-C  1404

Query 1194  AGTGAGCTCACCCCTCAGCTCCT----------TGGCTTCCCCA----CTGTGCCGCTTTGGGCAAGTTGCT--  1251
            ..||||   |||||.|||| |||          |||||    ||    |||.||| ||.|    |||.|.||  
Sbjct 1405  CCTGAG---ACCCCACAGC-CCTCACCGCCAGGTGGCT----CAGGGTCTGAGCC-CTAT----AAGCTCCTGC  1465

Query 1252  --------------------------------------------------------------------------  1251
                                                                                      
Sbjct 1466  CGGGAGCCGTCGCCACAATCGTCAAGCCCCTCTCTGCCATCCCCCAGCCGACCATCACCAAGCAGGAAGTTATC  1539