Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_00016
- Subject:
- NM_001130004.1
- Aligned Length:
- 2837
- Identities:
- 2227
- Gaps:
- 199
Alignment
Query 1 ATGGTGGACTACCA--------CGCGGCGAACCAGTCGTACCAGTACGGCCCCAGCAGCGCGGGCAATGGCGCT 66
|||| |||| |.|.||.|||||
Sbjct 1 ATGG------ACCATTATGATTCTCAGCAAACCA---------------------------------------- 28
Query 67 GGCGGCGGGGGCAGCATGGGCGACTACATGGCCCAG---GAGGACGACTGGGACCGGGACCTGCTGCTGGACCC 137
.|||.|||||| ||| ||.||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 29 -------------------ACGATTACATG---CAGCCAGAAGAGGACTGGGACCGGGACCTGCTCCTGGACCC 80
Query 138 GGCCTGGGAGAAGCAGCAGCGCAAGACCTTCACGGCATGGTGCAACTCCCACCTGCGGAAGGCAGGCACACAGA 211
|||||||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||||
Sbjct 81 GGCCTGGGAGAAGCAGCAGAGAAAGACATTCACGGCATGGTGTAACTCCCACCTCCGGAAGGCGGGGACACAGA 154
Query 212 TCGAGAACATTGATGAGGACTTCCGAGACGGGCTCAAGCTCATGCTGCTCCTGGAGGTCATATCAGGGGAGCGG 285
||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.
Sbjct 155 TCGAGAACATCGAAGAGGACTTCCGGGATGGCCTGAAGCTCATGCTGCTGCTGGAGGTCATCTCAGGTGAACGC 228
Query 286 TTACCTAAGCCGGAGCGGGGGAAGATGAGAGTGCACAAAATCAACAATGTGAACAAAGCGCTGGACTTTATTGC 359
||..|.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||..|||.||.|||||.||.|||||.||.||.||
Sbjct 229 TTGGCCAAGCCAGAGCGAGGCAAGATGAGAGTGCACAAGATCTCCAACGTCAACAAGGCCCTGGATTTCATAGC 302
Query 360 CAGCAAAGGCGTCAAGCTGGTCTCCATCGGGGCAGAAGAGATTGTGGACGGCAACGCAAAGATGACCCTGGGAA 433
|||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.|..||||||||||||||.|
Sbjct 303 CAGCAAAGGCGTCAAACTGGTGTCCATCGGAGCCGAAGAAATCGTGGATGGGAATGTGAAGATGACCCTGGGCA 376
Query 434 TGATCTGGACCATCATCCTTAGGTTCGCCATCCAGGACATCTCCGTGGAAGAGACCTCGGCCAAGGAAGGGCTC 507
|||||||||||||||||||..|.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.
Sbjct 377 TGATCTGGACCATCATCCTGCGCTTTGCCATCCAGGACATCTCCGTGGAAGAGACTTCAGCCAAGGAAGGGCTG 450
Query 508 CTTCTCTGGTGCCAGAGAAAGACAGCCCCGTATAAGAACGTCAATGTGCAGAACTTCCACATCAGCTGGAAGGA 581
||.||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.||.|||||..|.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 451 CTCCTGTGGTGTCAGAGAAAGACAGCCCCTTACAAAAATGTCAACATCCAGAACTTCCACATAAGCTGGAAGGA 524
Query 582 TGGTCTTGCCTTCAATGCCCTGATCCACCGGCACAGACCAGAGCTGATTGAGTATGACAAGCTGAGGAAGGACG 655
|||.||.|.||||..|||..||||||||||.|||.|.||.|||||||||||.||.|..||||||.|||||||.|
Sbjct 525 TGGCCTCGGCTTCTGTGCTTTGATCCACCGACACCGGCCCGAGCTGATTGACTACGGGAAGCTGCGGAAGGATG 598
Query 656 ACCCTGTCACCAACCTGAACAATGCCTTCGAAGTGGCTGAGAAATACCTCGACATCCCCAAGATGCTGGATGCA 729
|.||..||||.||.|||||.|..||.||.||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.
Sbjct 599 ATCCACTCACAAATCTGAATACGGCTTTTGACGTGGCAGAGAAGTACCTGGACATCCCCAAGATGCTGGATGCC 672
Query 730 GAGGACATCGT--GAACACGGCCCGGCCCGACGAGAAGGCCATAATGACCTATGTGTCCAGCTTCTACCATGCC 801
||.|||||||| || ||.|||||.||.||.|||||.|||||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct 673 GAAGACATCGTTGGA--ACTGCCCGACCGGATGAGAAAGCCATCATGACTTACGTGTCTAGCTTCTACCACGCC 744
Query 802 TTTTCAGGAGCGCAGAAGGCTGAAACTGCCGCCAACCGGATCTGTAAGGTGCTGGCTGTCAACCAAGAGAACGA 875
||.||.|||||.||||||||.||.||.||.|||||.||.|||||.||||||.||||.||||||||.||||||||
Sbjct 745 TTCTCTGGAGCCCAGAAGGCGGAGACAGCAGCCAATCGCATCTGCAAGGTGTTGGCCGTCAACCAGGAGAACGA 818
Query 876 GCACCTGATGGAGGACTACGAGAAGCTGGCCAGCGACCTCCTGGAGTGGATCCGGCGCACCATCCCCTGGCTGG 949
|||.||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||..|||||||||||||.|||||.|||||.|||||||
Sbjct 819 GCAGCTTATGGAAGACTACGAGAAGCTGGCCAGTGATCTGTTGGAGTGGATCCGCCGCACAATCCCGTGGCTGG 892
Query 950 AGGACCGTGTGCCCCAAAAGACTATCCAGGAGATGCAGCAGAAGCTGGAGGACTTCCGCGACTACCGGCGTGTG 1023
||.||||.||||||.|.||.||.||.||.|..|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||..||
Sbjct 893 AGAACCGGGTGCCCGAGAACACCATGCATGCCATGCAACAGAAGCTGGAGGACTTCCGGGACTACCGGCGCCTG 966
Query 1024 CACAAGCCGCCCAAGGTGCAGGAGAAGTGCCAGCTGGAGATCAACTTCAACACGCTGCAGACCAAGCTGCGCCT 1097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 967 CACAAGCCGCCCAAGGTGCAGGAGAAGTGCCAGCTGGAGATCAACTTCAACACGCTGCAGACCAAGCTGCGGCT 1040
Query 1098 CAGCAACCGGCCCGCCTTCATGCCCTCCGAGGGCAAGATGGTCTCGGACATCAACAATGGCT--GGCAGCACTT 1169
||||||||||||.||||||||||||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||.|| |||.| |.|
Sbjct 1041 CAGCAACCGGCCTGCCTTCATGCCCTCTGAGGGCAGGATGGTCTCGGACATCAACAATGCCTGGGGCTG--CCT 1112
Query 1170 GGAGCAGGCTGAGAAGGGCTACGAGGAGTGGCTGCTGAATGAGATCCGCAGGCTGGAGCGGCTCGACCACCTGG 1243
||||||||..|||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||
Sbjct 1113 GGAGCAGGTGGAGAAGGGCTATGAGGAGTGGTTGCTGAATGAGATCCGGAGGCTGGAGCGACTGGACCACCTGG 1186
Query 1244 CAGAGAAGTTCCGGCAGAAGGCCTCCATCCACGAGGCCTGGACTGACGGGAAGGAAGCCATGCTGAAGCACCGG 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||...||...|
Sbjct 1187 CAGAGAAGTTCCGGCAGAAGGCCTCCATCCACGAGGCCTGGACTGACGGCAAAGAGGCCATGCTGCGACAGAAG 1260
Query 1318 GACTACGAGACGGCCACACTATCGGACATCAAAGCCCTCATTCGC-----AAGCACGAGGCCTTCGAGAGCGAC 1386
|||||.|||||.|||||.||.|||||.|||||.||||| || |||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1261 GACTATGAGACCGCCACCCTCTCGGAGATCAAGGCCCT-----GCTCAAGAAGCATGAGGCCTTCGAGAGTGAC 1329
Query 1387 CTGGCTGCGCACCAGGACCGCGTGGAGCAGATCGCCGCCATTGCCCAGGAGCTCAACGAGCTGGATTACTACGA 1460
||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.||.||
Sbjct 1330 CTGGCTGCCCACCAGGACCGTGTGGAGCAGATTGCCGCCATCGCACAGGAGCTCAATGAGCTGGACTATTATGA 1403
Query 1461 CTCCCACAATGTCAACACCCGGTGCCAGAAGATCTGTGACCAGTGGGACGCCCTCGGCTCTCTGACACATAGTC 1534
|||.|.||.|||||||.||||.|||||.|||||||||||||||||||||...||.||..|.||.||.||.|..|
Sbjct 1404 CTCACCCAGTGTCAACGCCCGTTGCCAAAAGATCTGTGACCAGTGGGACAATCTGGGGGCCCTAACTCAGAAGC 1477
Query 1535 GCAGGGAAGCCCTGGAGAAAACAGAGAAGCAGCTGGAGGCCATCGACCAGCTGCACCTGGAATACGCCAAGCGC 1608
|.||||||||.||||||...||.|||||.|.|||||||.||||.|||||||||.||.||||.||.||||||||.
Sbjct 1478 GAAGGGAAGCTCTGGAGCGGACCGAGAAACTGCTGGAGACCATTGACCAGCTGTACTTGGAGTATGCCAAGCGG 1551
Query 1609 GCGGCCCCCTTCAACAACTGGATGGAGAGCGCCATGGAGGACCTCCAGGACATGTTCATCGTCCATACCATCGA 1682
||.||.|||||||||||||||||||||.|.||||||||||||||.|||||||..|||||.||.||.|||||.||
Sbjct 1552 GCTGCACCCTTCAACAACTGGATGGAGGGGGCCATGGAGGACCTGCAGGACACCTTCATTGTGCACACCATTGA 1625
Query 1683 GGAGATTGAGGGCCTGATCTCAGCCCATGACCAGTTCAAGTCCACCCTGCCGGACGCCGATAGGGAGCGCGAGG 1756
||||||..||||.||||.|.||||||||||.|||||||||.|||||||.||.||.|||||.|.|||||||..||
Sbjct 1626 GGAGATCCAGGGACTGACCACAGCCCATGAGCAGTTCAAGGCCACCCTCCCTGATGCCGACAAGGAGCGCCTGG 1699
Query 1757 CCATCCTGGCCATCCACAAGGAGG---CCCAGAGGATCGCTGAGAGCAACCACATCAAGCTGTCGGGCAGCAAC 1827
|||||||||.|||||||||.|||| || |.|||.|...|||.|.|||||.||||..||.||||||.||||
Sbjct 1700 CCATCCTGGGCATCCACAATGAGGTGTCC---AAGATTGTCCAGACCTACCACGTCAATATGGCGGGCACCAAC 1770
Query 1828 CCCTACACCACCGTCACCCCGCAAATCATCAACTCCAAGTGGGAGAAGGTGCAGCAGCTGGTGCC----AAAAC 1897
||||||||.|||.||||.||.||....|||||...|||.|||||..|.||||.|||||||||||| |
Sbjct 1771 CCCTACACAACCATCACGCCTCAGGAGATCAATGGCAAATGGGACCACGTGCGGCAGCTGGTGCCTCGGA---- 1840
Query 1898 GGGACCATGCCCTCCTGGAGGAGCA-----GAGCAAGCAGCAGTCCAACGAGCACCTGCGCCGCCAGTTCGCCA 1966
|||||||.||.||...||||||||| || ||||||..|||.|||...||.|||...|||||.| .|
Sbjct 1841 GGGACCAAGCTCTGACGGAGGAGCATGCCCGA-----CAGCAGCACAATGAGAGGCTACGCAAGCAGTTTG-GA 1908
Query 1967 G-CCAGGCCAATGTTGTGGGGCCCTGGATCCAGACCAAGATGGAGGAGATCGGGCGCATCTCCATTGAGATGAA 2039
| ||||||||||||..|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||.|
Sbjct 1909 GCCCAGGCCAATGTCATCGGGCCCTGGATCCAGACCAAGATGGAGGAGATCGGGAGGATCTCCATTGAGATGCA 1982
Query 2040 CGGGACCCTGGAGGACCAGCTGAGCCACCTGAAGCAGTATGA-ACGCAGCATCGTGGACTACAAGCCCAACCTG 2112
.||||||||||||||||||||.|||||||||..||||||||| |.| ||||||||..||||||||||.||..|.
Sbjct 1983 TGGGACCCTGGAGGACCAGCTCAGCCACCTGCGGCAGTATGAGAAG-AGCATCGTCAACTACAAGCCAAAGATT 2055
Query 2113 GACCTGCTGGAGCAGC-AGCACCAGCTCATCCAGGAGGCCCTCATCTTCGACAACAAGCACACCAACTATACCA 2185
||.|.||||||| .|| |.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2056 GATCAGCTGGAG-GGCGACCACCAGCTCATCCAGGAGGCGCTCATCTTCGACAACAAGCACACCAACTACACCA 2128
Query 2186 TGGAGCACATCCGCGTGGGCTGGGAGCAGCTGCTCACCACCATTGCCCGCACCATCAACGAGGTGGAGAACCAG 2259
|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 2129 TGGAGCACATCCGTGTGGGCTGGGAGCAGCTGCTCACCACCATCGCCAGGACCATCAATGAGGTAGAGAACCAG 2202
Query 2260 ATCCTCACCCGCGACGCCAAGGGCATCAGCCAGGAGCAGATGCAGGAGTTCCGGGCGTCCTTCAACCACTTCGA 2333
|||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 2203 ATCCTGACCCGGGATGCCAAGGGCATCAGCCAGGAGCAGATGAATGAGTTCCGGGCCTCCTTCAACCACTTTGA 2276
Query 2334 CAAGGATCATGGCGGGGCGCTGGGGCCCGAGGAGTTCAAGGCCTGCCTCATCAGCCTGGGCTACGACGTGGAGA 2407
|..||||||...|||..|.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||.||||.||.||..|.|..|
Sbjct 2277 CCGGGATCACTCCGGCACACTGGGTCCCGAGGAGTTCAAAGCCTGCCTCATCAGCTTGGGTTATGATATTGGCA 2350
Query 2408 ACGACC--------------GGCA-------------------------------------------------- 2417
|||||| ||||
Sbjct 2351 ACGACCCCCAGAAGAAGACAGGCATGATGGACACGGATGATTTCCGCGCCTGCCTGATCTCCATGGGTTACAAC 2424
Query 2418 --GGGTGAGGCCGAGTTCAACCGCATCATGAGCCTGGTCGACCCCAACCATAGC---GGCCTTGTGACCTTCCA 2486
|||.||.||.||.||...|||||||||||||.|.||.|||||||||| || ||..|.|||||.|||||
Sbjct 2425 ATGGGAGAAGCAGAATTTGCCCGCATCATGAGCATTGTGGACCCCAACC---GCCTGGGGGTAGTGACATTCCA 2495
Query 2487 AGCCTTCATCGACTTCATGTCGCGGGAGACCACCGACACGGACACGGCTGACCAGGTCATCGCTTCCTTCAAGG 2560
.||||||||.|||||||||||.||.|||||..|||||||.||.||.||.|||||.|||||.||||||||||||.
Sbjct 2496 GGCCTTCATTGACTTCATGTCCCGCGAGACAGCCGACACAGATACAGCAGACCAAGTCATGGCTTCCTTCAAGA 2569
Query 2561 TCTTAGCAGGGGACAAGAACTTCATCACAGCTGAGGAGCTGCGGAGAGAGCTGCCCCCCGACCAGGCCGAGTAC 2634
||.|.||.|||||||||||||.|||.||....||.||||||||..|.||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 2570 TCCTGGCTGGGGACAAGAACTACATTACCATGGACGAGCTGCGCCGCGAGCTGCCACCCGACCAGGCTGAGTAC 2643
Query 2635 TGCATCGCCCGCATGGCGCCATACCAGGGCCCTGACGCCGTGCCCGGTGCCCTCGACTACAAGTCCTTCTCCAC 2708
||||||||.||.|||||.||.|||...|||||.|||.|||||||.|||||.||.|||||||.||||||||||||
Sbjct 2644 TGCATCGCGCGGATGGCCCCCTACACCGGCCCCGACTCCGTGCCAGGTGCTCTGGACTACATGTCCTTCTCCAC 2717
Query 2709 GGCCTTGTATGGCGAGAGCGACCTG 2733
|||..||||.||||||||.|||||.
Sbjct 2718 GGCGCTGTACGGCGAGAGTGACCTC 2742