Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00174
• Subject: XM_011241139.2
• Aligned Length: 2605
• Identities: 2133
• Gaps: 317

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGGGTGACGCCGTTGCCGCGGCGACTCCTCGTCGTCTCCGCCCCCTCCCCCCCCCAAATCCCCTCAGGCTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGCTGCGCCGGGGCCGCCGGCGGGTTCCAGAGGTGGCCTCCGCCCCGGCCGCTCCGCCCACGCCCCCCGCGCCT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCGCGCCCGCCTCCGCCCGCCCTGCGCCTCCCTTCCCCCTCCCCGCCCCGCGGCGGCCGCTCGGCCCGGCTCGC  222

Query    1  ---------ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGG  17
                     |||||||||||||                                                ||||
Sbjct  223  GCTTCGAAGATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGG  296

Query   18  TGGCGGT---------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCG  82
            |||||||         ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||    
Sbjct  297  TGGCGGTGGCGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG----  366

Query   83  GCGCCGGCGCCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAA  156
              ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct  367  --GCCGGCGCTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAA  438

Query  157  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAAT  230
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct  439  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAAT  512

Query  231  ATATCTGGAGGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAAT  304
            |||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.|||||||
Sbjct  513  ATACCTGGAGGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAAT  586

Query  305  CTCTGGGGAACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCT  378
            |.|||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  587  CCCTGGGTAATGGAGCAGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGACACCGTTACATCCTCCTCCTCTTCT  660

Query  379  AGCCTTTCAGTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTC  452
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||
Sbjct  661  AGCCTTTCAGTGCTACCATCATCTCTTTCAGTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTC  734

Query  453  ACCACAAAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTA  526
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  735  ACCACAGAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTA  808

Query  527  CAGTCCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATT  600
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  809  CAGTTCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATT  882

Query  601  CAGGATGG---------AGAGAAGAAACCAATTGGTTGGGACACTGATATTTCCTGGCTTACTGGAGAAGAATT  665
            ||||||||         ||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct  883  CAGGATGGGTATGGTTTAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTT  956

Query  666  GCATGTGGAAGTGTTGGAGAATGTTCCACTTACAACACACAACTTTGTACGAAAAACGTTTTTCACCTTAGCAT  739
            .|||||.|||||..||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct  957  ACATGTTGAAGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCAT  1030

Query  740  TTTGTGACTTTTGTCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGCTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGT  813
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031  TTTGTGACTTTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGT  1104

Query  814  TGTAGTACAGAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA  887
            |||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  TGTAGTACAGAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA  1178

Query  888  ACACCACCCAATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCAC  961
            .||.||||||.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..|||||||   ||||.|||||||||
Sbjct 1179  GCATCACCCAGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCAC  1249

Query  962  CCGCCTCGGACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC  1035
            ||.||||.|||||||.||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250  CCCCCTCAGACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC  1323

Query 1036  TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCA  1109
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1324  TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCA  1397

Query 1110  TATAAACACAATAGAACCTGTCAATATTGATGACTTGATTAGAGACCAAGGATTTCGTGGTGATGGAGGATCAA  1183
            ||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 1398  TATAAACACAATTGAGCCTGTGAATATCGATGATTTGATTAGAGACCAGGGGTTTCGTGGTGATGGAGGGTCAA  1471

Query 1184  CCACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCT  1257
            |||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1472  CCACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCT  1545

Query 1258  CCAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCATCT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGG  1325
            |||||.||||||||.|||||||||||||||      ||||||||.||.|||||.|.|||.||||||||||||||
Sbjct 1546  CCAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGG  1619

Query 1326  TAGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGAT  1399
            ||||.|.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 1620  TAGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGT  1693

Query 1400  CATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACA  1473
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1694  CATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACA  1767

Query 1474  CCTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTT  1547
            |||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||
Sbjct 1768  CCTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTT  1841

Query 1548  CATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTTACCCAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCTTGTATCACCATC  1621
            ||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1842  CATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTTACACAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCTTATATCACCATC  1915

Query 1622  TCCATATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGAT  1695
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1916  TCCACATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGAT  1989

Query 1696  TACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAGT  1769
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1990  TACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGGT  2063

Query 1770  AAAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGTGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTG  1843
            ||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2064  AAAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTG  2137

Query 1844  GATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGTA  1917
            ||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.
Sbjct 2138  GATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGTG  2211

Query 1918  TATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACCA  1991
            |||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2212  TATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATCA  2285

Query 1992  GATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCA  2065
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2286  GATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCA  2359

Query 2066  TGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCT  2139
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2360  TGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCC  2433

Query 2140  ATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTTT  2213
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2434  ATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTTT  2507

Query 2214  CCAAACAGAGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCGT  2287
            |||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|..|
Sbjct 2508  CCAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAAT  2581

Query 2288  TT----CCTGTCCAC  2298
            ||    ||| ||.|.
Sbjct 2582  TTGCAGCCT-TCAAG  2595