Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00299
• Subject: NM_001352429.2
• Aligned Length: 1672
• Identities: 1638
• Gaps: 26

Alignment

Query    1  ----------ATGGAAG----AAG-AACTTCCTCTTTTCT----CTGGAGACAGTGGCAAGCCAGTACAGGCTA  55
                      ||||.||    ||| ||.|.|     ||||    |||..||.|||  ..|||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCTTCAAGATGGCAGCTGTAAGCAAATGC-----TTCTAATGCTGCTGATAGT--TCAGCCAGTACAGGCTA  67

Query   56  CTCTGTCATCTTTGAAGATGTTAGATGTGGGAAAGTGGCCAATTTTTTCCCTTTGTTCTGAAGAAGAACTACAG  129
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   68  CTCTGTCATCTTTGAAGATGTTAGATGTGGGAAAGTGGCCAATTTTTTCCCTTTGTTCTGAAGAAGAACTACAG  141

Query  130  TTAATTCGTCAGGCTTGTGTCTTTGGCAGTGCTGGCAATGAAGTTTTATACACTACAGTAAATGATGAGATTTT  203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  142  TTAATTCGTCAGGCTTGTGTCTTTGGCAGTGCTGGCAATGAAGTTTTATACACTACAGTAAATGATGAGATTTT  215

Query  204  TGTGCTTGGCACAAACTGCTGTGGCTGTTTGGGGTTAGGTGACGTCCAGAGCACCATTGAACCTCGGAGACTGG  277
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  216  TGTGCTTGGCACAAACTGCTGTGGCTGTTTGGGGTTAGGTGACGTCCAGAGCACCATTGAACCTCGGAGACTGG  289

Query  278  ATTCTTTAAATGGCAAAAAAATAGCCTGCCTCAGCTATGGGAGTGGTCCACATATTGTCCTTGCAACAACAGAA  351
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  290  ATTCTTTAAATGGCAAAAAAATAGCCTGCCTCAGCTATGGGAGTGGTCCACATATTGTCCTTGCAACAACAGAA  363

Query  352  GGAGAAGTCTTTACCTGGGGTCATAATGCTTATAGCCAGCTGGGCAATGGGACAACTAATCATGGTTTAGTGCC  425
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  364  GGAGAAGTCTTTACCTGGGGTCATAATGCTTATAGCCAGCTGGGCAATGGGACAACTAATCATGGTTTAGTGCC  437

Query  426  CTGTCATATCTCTACTAATCTGTCAAACAAACAAGTCATTGAAGTTGCCTGTGGGTCTTACCATTCTTTGGTGC  499
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  438  CTGTCATATCTCTACTAATCTGTCAAACAAACAAGTCATTGAAGTTGCCTGTGGGTCTTACCATTCTTTGGTGC  511

Query  500  TAACATCTGATGGAGAGGTATTTGCCTGGGGTTATAATAACTCTGGGCAGGTAGGATCTGGATCAACAGTTAAT  573
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  512  TAACATCTGATGGAGAGGTATTTGCCTGGGGTTATAATAACTCTGGGCAGGTAGGATCTGGATCAACAGTTAAT  585

Query  574  CAGCCAATCCCTCGAAGAGTCACTGGCTGCCTACAAAATAAAGTAGTTGTGACCATAGCATGTGGGCAGATGTG  647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  586  CAGCCAATCCCTCGAAGAGTCACTGGCTGCCTACAAAATAAAGTAGTTGTGACCATAGCATGTGGGCAGATGTG  659

Query  648  CTGCATGGCAGTAGTAGACACGGGGGAGGTCTATGTCTGGGGTTACAACGGAAACGGGCAGCTTGGACTCGGCA  721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  660  CTGCATGGCAGTAGTAGACACGGGGGAGGTCTATGTCTGGGGTTACAACGGAAACGGGCAGCTTGGACTCGGCA  733

Query  722  ACAGTGGCAACCAGCCAACCCCTTGCAGAGTGGCAGCTTTGCAAGGCATCCGTGTCCAGAGGGTCGCCTGTGGC  795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  734  ACAGTGGCAACCAGCCAACCCCTTGCAGAGTGGCAGCTTTGCAAGGCATCCGTGTCCAGAGGGTCGCCTGTGGC  807

Query  796  TACGCACACACATTAGTATTAACAGATGAAGGCCAAGTGTATGCTTGGGGCGCCAATTCTTATGGGCAGTTGGG  869
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  808  TACGCACACACATTAGTATTAACAGATGAAGGCCAAGTGTATGCTTGGGGCGCCAATTCTTATGGGCAGTTGGG  881

Query  870  CACTGGCAATAAAAGCAACCAGTCCTATCCTACTCCTGTCACTGTGGAAAAGGACAGGATTATCGAGATTGCAG  943
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  882  CACTGGCAATAAAAGCAACCAGTCCTATCCTACTCCTGTCACTGTGGAAAAGGACAGGATTATCGAGATTGCAG  955

Query  944  CCTGTCACTCCACACACACGTCTGCGGCCAAGACGCAGGGTGGGCACGTGTACATGTGGGGCCAGTGCCGGGGT  1017
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  956  CCTGTCACTCCACACACACGTCTGCGGCCAAGACGCAGGGTGGGCACGTGTACATGTGGGGCCAGTGCCGGGGT  1029

Query 1018  CAGTCCGTGATCCTCCCGCACCTCACCCACTTCTCCTGCACTGACGACGTGTTTGCCTGCTTTGCCACGCCCGC  1091
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030  CAGTCCGTGATCCTCCCGCACCTCACCCACTTCTCCTGCACTGACGACGTGTTTGCCTGCTTTGCCACGCCCGC  1103

Query 1092  CGTCACGTGGCGCCTCCTCTCCGTGGAACCTGATGACCACCTCACAGTGGCTGAGTCACTGAAGAGGGAATTTG  1165
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104  CGTCACGTGGCGCCTCCTCTCCGTGGAACCTGATGACCACCTCACAGTGGCTGAGTCACTGAAGAGGGAATTTG  1177

Query 1166  ACAACCCGGACACTGCAGACCTGAAGTTTCTAGTTGATGGAAAGTACATTTATGCACATAAAGTCCTTCTCAAG  1239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178  ACAACCCGGACACTGCAGACCTGAAGTTTCTAGTTGATGGAAAGTACATTTATGCACATAAAGTCCTTCTCAAG  1251

Query 1240  ATTCGATGTGAGCATTTTCGTTCGTCATTGGAAGATAACGAGGATGATATTGTAGAAATGAGTGAATTTTCATA  1313
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252  ATTCGATGTGAGCATTTTCGTTCGTCATTGGAAGATAACGAGGATGATATTGTAGAAATGAGTGAATTTTCATA  1325

Query 1314  TCCTGTTTACCGGGCCTTCCTGGAATACCTATACACAGACAGCATCAGCCTTTCTCCTGAGGAGGCAGTAGGAC  1387
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326  TCCTGTTTACCGGGCCTTCCTGGAATACCTATACACAGACAGCATCAGCCTTTCTCCTGAGGAGGCAGTAGGAC  1399

Query 1388  TGCTAGACTTGGCTACATTTTATAGAGAAAATCGTTTGAAAAAGCTCTGCCAACAAACTATCAAGCAAGGCATC  1461
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400  TGCTAGACTTGGCTACATTTTATAGAGAAAATCGTTTGAAAAAGCTCTGCCAACAAACTATCAAGCAAGGCATC  1473

Query 1462  TGCGAGGAGAATGCCATCGCTCTGCTCTCGGCTGCGGTGAAGTATGATGCACAGGATTTAGAAGAATTCTGCTT  1535
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474  TGCGAGGAGAATGCCATCGCTCTGCTCTCGGCTGCGGTGAAGTATGATGCACAGGATTTAGAAGAATTCTGCTT  1547

Query 1536  CAGGTTTTGCATAAACCATCTGACTGTAGTAACACAAACATCAGGTTTTGCAGAAATGGACCATGATCTCCTGA  1609
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548  CAGGTTTTGCATAAACCATCTGACTGTAGTAACACAAACATCAGGTTTTGCAGAAATGGACCATGATCTCCTGA  1621

Query 1610  AGAACTTTATCAGCAAAGCAAGCAGAGTTGGAGCCTTTAAAAAT  1653
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622  AGAACTTTATCAGCAAAGCAAGCAGAGTTGGAGCCTTTAAAAAT  1665