Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00303
• Subject: NM_001166603.1
• Aligned Length: 1378
• Identities: 1113
• Gaps: 176

Alignment

Query    1  ATGGCCCTGACCCTGTTTGATACAGATGAATATAGACCTCCTGTTTGGAAATCTTACTTATATCAGCTACAACA  74
            |||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||
Sbjct    1  ATGGCTCTGACCCTGTTCGATACAGATGAATATAGACCTCCTGTTTGGAAATCTTACTTATACCAGCTGCAGCA  74

Query   75  GGAAGCCCCTCATCCTCGAAGAATTACCTGTACTTGCGAGGTGGAAAACAGACCAAAGTATTATGGAAGAGAGT  148
            ||||||||||||.||||||||..|.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGAAGCCCCTCACCCTCGAAGGGTCACCTGCACTTGTGAGGTAGAAAACAGACCAAAGTATTATGGAAGAGAGT  148

Query  149  TTCATGGCATGATCTCCAGAGAAGCAG-CCGACCAGCTCTTGATTGTGGCTGAGGGGAGCTACCTCATCCGGGA  221
            .|||||||||||||||.||||||| || |.|||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  149  ATCATGGCATGATCTCTAGAGAAG-AGACTGACCAGCTCCTGAGTGTGGCTGAGGGGAGCTACCTCATCCGTGA  221

Query  222  GAGCCAGCGGCAGCCAGGGACCTACACTTTGGCTTTAAGATTTGGAAGTCAAACCAGAAACTTCAGGCTCTACT  295
            ||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct  222  GAGCCAGCGGCAGCCAGGAACGTACACTTTGGCTTTAAGATTTGGAAGTCAGACCAGAAACTTCAGGCTGTACT  295

Query  296  ACGATGGCAAGCACTTTGTTGGGGAGAAACGCTTTGAGTCCATCCACGATCTGGTGACTGATGGCTTGATTACT  369
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  296  ACGATGGAAAGCACTTTGTTGGGGAGAAACGCTTTGAGTCCATCCACGATCTGGTGACTGATGGCTTGATTACT  369

Query  370  CTCTATATTGAAACCAAGGCAGCAGAATACATTGCCAAGATGACGATAAACCCAATTTATGAGCACGTAGGATA  443
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  370  CTCTATATTGAAACCAAGGCAGCAGAATACATTGCCAAGATGACGATAAACCCAATTTATGAGCACATAGGATA  443

Query  444  CACAACCTTAAACAGAGAGCCAGCATACAAAAAACATATGCCAGTCCTGAAAGAGACACATGATGAGAGAGATT  517
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|.||.|||.|||||||||||||||||||||||||||.|||..
Sbjct  444  CACAACCTTAAACAGAGAGCCAGCATACAAACAGCACATGGCAGTCCTGAAAGAGACACATGATGAGAAAGAGG  517

Query  518  CTACAGGCCAGGATGGGGTGTCAGAGAAAAGGTTGACATCACTTGTTAGAAGAGCAACTCTGAAAGAAAACGAG  591
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct  518  CTACAGGCCAGGATGGGGTATCAGAGAAAAGGTTGACATCACTTGTTAGAAGAGCAACTCTGAAAGAAAATGAA  591

Query  592  CAAATTCCAAAATATGAAAAGATTCACAATTTCAAGGTGCATACATTCAGAGGGCCACACTGGTGTGAATACTG  665
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  592  CAAATTCCAAAATATGAAAAGGTTCACAATTTCAAGGTGCATACGTTCCGAGGGCCACACTGGTGTGAATACTG  665

Query  666  TGCCAACTTTATGTGGGGTCTCATTGCTCAGGGAGTGAAATGTGCAGATTGTGGTTTGAATGTTCATAAGCAGT  739
            |||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||                             
Sbjct  666  TGCCAACTTCATGTGGGGCCTCATTGCTCAGGGAGTGAAATGTGC-----------------------------  710

Query  740  GTTCCAAGATGGTCCCAAATGACTGTAAGCCAGACTTGAAGCATGTCAAAAAGGTGTACAGCTGTGACCTTACG  813
                                                                                      
Sbjct  711  --------------------------------------------------------------------------  710

Query  814  ACGCTCGTGAAAGCACATACCACTAAGCGGCCAATGGTGGTAGACATGTGCATCAGGGAGATTGAGTCTAGAGG  887
                                                                                   |||
Sbjct  711  -----------------------------------------------------------------------AGG  713

Query  888  TCTTAATTCTGAAGGACTATACCGAGTATCAGGATTTAGTGACCTAATTGAAGATGTCAAGATGGCTTTCGACA  961
            ||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct  714  TCTTAATTCTGAAGGACTCTACCGAGTGTCAGGATTTAGTGACCTGATTGAAGATGTCAAGATGGCTTTTGATA  787

Query  962  GAGATGGTGAGAAGGCAGATATTTCTGTGAACATGTATGAAGATATCAACATTATCACTGGTGCACTTAAACTG  1035
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  788  GAGATGGTGAGAAGGCGGATATTTCTGTGAACATGTATGAGGACATCAACATTATCACTGGTGCACTTAAACTG  861

Query 1036  TACTTCAGGGATTTGCCAATTCCACTCATTACATATGATGCCTACCCTAAGTTTATAGAATCTGCCAAAATTAT  1109
            ||||||||||||.||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||
Sbjct  862  TACTTCAGGGATCTGCCAATTCCTCTCATCACATACGATGCCTACCCCAAGTTCATTGAGTCTGCCAAAATTAT  935

Query 1110  GGATCCGGATGAGCAATTGGAAACCCTTCATGAAGCACTGAAACTACTGCCACCTGCTCACTGCGAAACCCTCC  1183
            |||.||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||||.|...|||||.|||||.||||||||.||.||||
Sbjct  936  GGACCCTGACGAGCAATTGGAGACCCTTCACGAAGCACTGAGATCGCTGCCGCCTGCCCACTGCGAGACGCTCC  1009

Query 1184  GGTACCTCATGGCACATCTAAAGAGAGTGACCCTCCACGAAAAGGAGAATCTTATGAATGCAGAGAACCTTGGA  1257
            |||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||.|||||||||||||||.
Sbjct 1010  GGTACCTCATGGCGCATCTCAAGAGAGTGACCCTTCATGAGAAGGAGAATCTGATGAGTGCAGAGAACCTTGGG  1083

Query 1258  ATCGTCTTTGGACCCACCCTTATGAGATCTCCAGAACTAGACGCCATGGCTGCATTGAATGATATACGGTATCA  1331
            |||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.|||.|||||||.||..||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1084  ATCGTGTTTGGACCAACCCTCATGAGATCCCCAGAGCTCGACCCCATGGCCGCCCTGAACGACATACGCTATCA  1157

Query 1332  GAGACTGGTGGTGGAGCTGCTTATCAAAAACGAAGACATTTTATTT  1377
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1158  GAGACTGGTGGTGGAGCTGCTTATCAAAAACGAAGACATTTTATTT  1203