Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00411
• Subject: NM_001291829.2
• Aligned Length: 1514
• Identities: 1058
• Gaps: 352

Alignment

Query    1  ATGGCTCTCATCCCAGACTTGGCCATGGAAACCTGGCTTCTCCTGGCTGTCAGCCTGGTGCTCCTCTATCTATA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGGAACCCATTCACATGGACTTTTTAAGAAGCTTGGAATTCCAGGGCCCACACCTCTGCCTTTTTTGGGAAATA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTTTGTCCTACCATAAGGGCTTTTGTATGTTTGACATGGAATGTCATAAAAAGTATGGAAAAGTGTGGGGCTTT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TATGATGGTCAACAGCCTGTGCTGGCTATCACAGATCCTGACATGATCAAAACAGTGCTAGTGAAAGAATGTTA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TTCTGTCTTCACAAACCGGAGGCCTTTTGGTCCAGTGGGATTTATGAAAAGTGCCATCTCTATAGCTGAGGATG  370
                                                       ||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------ATGAAAAGTGCCATCTCTTTAGCTGAGGATG  31

Query  371  AAGAATGGAAGAGATTACGATCATTGCTGTCTCCAACCTTCACCAGTGGAAAACTCAAGGAGATGGTCCCTATC  444
            ||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||
Sbjct   32  AAGAATGGAAGAGAATACGGTCATTGCTGTCTCCAACCTTCACCAGCGGAAAACTCAAGGAGATGTTCCCCATC  105

Query  445  ATTGCCCAGTATGGAGATGTGTTGGTGAGAAATCTGAGGCGGGAAGCAGAGACAGGCAAGCCTGTCACCTTGAA  518
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||..||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  106  ATTGCCCAGTATGGAGATGTATTGGTGAGAAACTTGAGGCGGGAAGCAGAGAAAGGCAAGCCTGTCACCTTGAA  179

Query  519  AGACGTCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATCACTAGCACATCATTTGGAGTGAACATCGACTCTCTCAACA  592
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  180  AGACATCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATTACTGGCACATCATTTGGAGTGAACATCGACTCTCTCAACA  253

Query  593  ATCCACAAGACCCCTTTGTGGAAAACACCAAGAAGCTTTTAAGATTTGATTTTTTGGATCCATTCTTTCTCTCA  666
            ||||||||||||||||||||||.|.|||.||||||.|..|||.|||||.|||.||.||||||||.|||||||||
Sbjct  254  ATCCACAAGACCCCTTTGTGGAGAGCACTAAGAAGTTCCTAAAATTTGGTTTCTTAGATCCATTATTTCTCTCA  327

Query  667  ATAACAGTCTTTCCATTCCTCATCCCAATTCTTGAAGTATTAAATATCTGTGTGTTTCCAAGAGAAGTTAC---  737
            ||||.|.|||||||||||||.|.||||.||.||||||.|||||||.|||.|.|||||||||   |||.|||   
Sbjct  328  ATAATACTCTTTCCATTCCTTACCCCAGTTTTTGAAGCATTAAATGTCTCTCTGTTTCCAA---AAGATACCAT  398

Query  738  AAATTTTTTAAGAAAATCTGTAAAAAGGATGAAAGAAAGTCGCCTCGAAGATACACAAAAGCACCGAGTGGATT  811
            ||||||||||||.|||||||||||.||.|||||..|||||||||||.|.||.|.|||||||||||||.|.||||
Sbjct  399  AAATTTTTTAAGTAAATCTGTAAACAGAATGAAGAAAAGTCGCCTCAACGACAAACAAAAGCACCGACTAGATT  472

Query  812  TCCTTCAGCTGATGATTGACTCTCAGAATTCAAAAGAAACTGAGTCCCACAAAGCTCTGTCCGATCTGGAGCTC  885
            ||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  473  TCCTTCAGCTGATGATTGACTCCCAGAATTCGAAAGAAACTGAGTCCCACAAAGCTCTGTCTGATCTGGAGCTC  546

Query  886  GTGGCCCAATCAATTATCTTTATTTTTGCTGGCTATGAAACCACGAGCAGTGTTCTCTCCTTCATTATGTATGA  959
            |..|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||.|.|.|||||
Sbjct  547  GCAGCCCAGTCAATAATCTTCATTTTTGCTGGCTATGAAACCACCAGCAGTGTTCTTTCCTTCACTTTATATGA  620

Query  960  ACTGGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAACTGCAGGAGGAAATTGATGCAGTTTTACCCAATAAGGCACCAC  1033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  621  ACTGGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAACTGCAAAAGGAGATTGATGCAGTTTTGCCCAATAAGGCACCAC  694

Query 1034  CCACCTATGATACTGTGCTACAGATGGAGTATCTTGACATGGTGGTGAATGAAACGCTCAGATTATTCCCAATT  1107
            |.|||||||||.|.|||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||
Sbjct  695  CTACCTATGATGCCGTGGTACAGATGGAGTACCTTGACATGGTGGTGAATGAAACACTCAGATTATTCCCAGTT  768

Query 1108  GCTATGAGACTTGAGAGGGTCTGCAAAAAAGATGTTGAGATCAATGGGATGTTCATTCCCAAAGGGGTGGTGGT  1181
            |||||.||||||||||||...|||||.|||||||||||.|||||||||.|.|||||||||||||||....||||
Sbjct  769  GCTATTAGACTTGAGAGGACTTGCAAGAAAGATGTTGAAATCAATGGGGTATTCATTCCCAAAGGGTCAATGGT  842

Query 1182  GATGATTCCAAGCTATGCTCTTCACCGTGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGAAGTTCCTCCCTGAAAGAT  1255
            |.|||||||||..|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||.|
Sbjct  843  GGTGATTCCAACTTATGCTCTTCACCATGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGGAGTTCCGCCCTGAAAGGT  916

Query 1256  TCAGCAAGAAGAACAAGGACAACATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAAGTGGACCCAGAAACTGCATT  1329
            ||||.||||||   |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  917  TCAGTAAGAAG---AAGGACAGCATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAACTGGACCCAGAAACTGCATT  987

Query 1330  GGCATGAGGTTTGCTCTCATGAACATGAAACTTGCTCTAATCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCAAACCTTG  1403
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  988  GGCATGAGGTTTGCTCTCATGAACATGAAACTTGCTCTAATCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCAAACCTTG  1061

Query 1404  TAAAGAAACACAGATCCCCCTGAAATTAAGCTTAGG--AGGACTTCTTCAACCAGAAAAACCCGTTGTTCTAAA  1475
            |||||||||||||||||||.||||||||..|  |.|  |||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1062  TAAAGAAACACAGATCCCCTTGAAATTAGAC--ACGCAAGGACTTCTTCAACCAGAAAAACCCATTGTTCTAAA  1133

Query 1476  GGTTGAGTCAAGGGATGGCACCGTAAGTGGAGCC  1509
            |||.||.|||||.|||||.|||.|||||||||..
Sbjct 1134  GGTGGATTCAAGAGATGGAACCCTAAGTGGAGAA  1167