Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00454
• Subject: NM_001320893.1
• Aligned Length: 2737
• Identities: 2243
• Gaps: 458

Alignment

Query    1  ATGCCCGCCATGCCCTCCAGCGGCCCCGGGGACACCAGCAGCTCTGCTGCGGAGCGGGAGGAGGACCGAAAGGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CGGAGAGGAGCAGGAGGAGCCGCGTGGCAAGGAGGAGCGCCAAGAGCCCAGCACCACGGCACGGAAGGTGGGGC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GGCCTGGGAGGAAGCGCAAGCACCCCCCGGTGGAAAGCGGTGACACGCCAAAGGACCCTGCGGTGATCTCCAAG  222
                             |.|| |.||||||             |.|||   ||.|.|| ||||         .|
Sbjct    1  -----------------ATGC-CTCCCCGG-------------CCCGC---AGCAGCC-GCGG---------CG  30

Query  223  TCCCCATCCATGGCCCAGGACTCAGGCGCCTCAGAGCTATTACCCAATGGGGACTTGGAGAAGCGGAGTGAGCC  296
            ||||  ..|.||||||                 |||.|                .||||||.||.||.|.||  
Sbjct   31  TCCC--GGCCTGGCCC-----------------GAGTT----------------CTGGAGATGCTGACTTAG--  67

Query  297  CCAGCCAGAGGAGGGGAGCCCTGCTGGGGGGCAGAAGGGCGGGGCCCCAGCAGAGGGAGAGGGTGCAGCTGAGA  370
                                 ||||||                   ||.||.|                     
Sbjct   68  ---------------------TGCTGG-------------------CCCGCCG---------------------  80

Query  371  CCCTGCCTGAAGCCTCAAGAGCAGTGGAAAATGGCTGCTGCACCCCCAAGGAGGGCCGAGGAGCCCCTGCAGAA  444
             |||.||||    |.||.|||                      |||||||            |||||       
Sbjct   81  -CCTTCCTG----CCCACGAG----------------------CCCCAAG------------GCCCC-------  108

Query  445  GCGGGCAAAGAACAGAAGGAGACCAACATCGAATCCATGAAAATGGAGGGCTCCCGGGGCCGGCTGCGGGGTGG  518
                                           |.|||       |.||||||||                     
Sbjct  109  -------------------------------ACTCC-------TCGAGGGCTC---------------------  123

Query  519  CTTGGGCTGGGAGTCCAGCCTCCGTCAGCGGCCCATGCCGAGGCTCACCTTCCAGGCGGGGGACCCCTACTACA  592
                                     |||.|||.|.||.||      .|||      |||||||           
Sbjct  124  -------------------------CAGTGGCACCTGGCG------CCCT------CGGGGGA-----------  149

Query  593  TCAGCAAGCGCAAGCGGGACGAGTG-GCTGGCACGCTGGAAAAGGGAGGCTGAGAAGAAAGCCAAGGTCATTGC  665
             |||.|||.|| |||.||.||.|.| .|.||||            |.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  150  -CAGGAAGAGC-AGCCGGCCGGGAGCCCGGGCA------------GTGGCTGAGAAGAAAGCCAAGGTCATTGC  209

Query  666  AGGAATGAATGCTGTGGAAGAAAACCAGGGGCCCGGGGAGTCTCAGAAGGTGGAGGAGGCCAGCCCTCCTGCTG  739
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  210  AGGAATGAATGCTGTGGAAGAAAACCAGGGGCCCGGGGAGTCTCAGAAGGTGGAGGAGGCCAGCCCTCCTGCTG  283

Query  740  TGCAGCAGCCCACTGACCCCGCATCCCCCACTGTGGCTACCACGCCTGAGCCCGTGGGGTCCGATGCTGGGGAC  813
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  284  TGCAGCAGCCCACTGACCCCGCATCCCCCACTGTGGCTACCACGCCTGAGCCCGTGGGGTCCGATGCTGGGGAC  357

Query  814  AAGAATGCCACCAAAGCAGGCGATGACGAGCCAGAGTACGAGGACGGCCGGGGCTTTGGCATTGGGGAGCTGGT  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  358  AAGAATGCCACCAAAGCAGGCGATGACGAGCCAGAGTACGAGGACGGCCGGGGCTTTGGCATTGGGGAGCTGGT  431

Query  888  GTGGGGGAAACTGCGGGGCTTCTCCTGGTGGCCAGGCCGCATTGTGTCTTGGTGGATGACGGGCCGGAGCCGAG  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  432  GTGGGGGAAACTGCGGGGCTTCTCCTGGTGGCCAGGCCGCATTGTGTCTTGGTGGATGACGGGCCGGAGCCGAG  505

Query  962  CAGCTGAAGGCACCCGCTGGGTCATGTGGTTCGGAGACGGCAAATTCTCAGTGGTGTGTGTTGAGAAGCTGATG  1035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  506  CAGCTGAAGGCACCCGCTGGGTCATGTGGTTCGGAGACGGCAAATTCTCAGTGGTGTGTGTTGAGAAGCTGATG  579

Query 1036  CCGCTGAGCTCGTTTTGCAGTGCGTTCCACCAGGCCACGTACAACAAGCAGCCCATGTACCGCAAAGCCATCTA  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  580  CCGCTGAGCTCGTTTTGCAGTGCGTTCCACCAGGCCACGTACAACAAGCAGCCCATGTACCGCAAAGCCATCTA  653

Query 1110  CGAGGTCCTGCAGGTGGCCAGCAGCCGCGCGGGGAAGCTGTTCCCGGTGTGCCACGACAGCGATGAGAGTGACA  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  654  CGAGGTCCTGCAGGTGGCCAGCAGCCGCGCGGGGAAGCTGTTCCCGGTGTGCCACGACAGCGATGAGAGTGACA  727

Query 1184  CTGCCAAGGCCGTGGAGGTGCAGAACAAGCCCATGATTGAATGGGCCCTGGGGGGCTTCCAGCCTTCTGGCCCT  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  728  CTGCCAAGGCCGTGGAGGTGCAGAACAAGCCCATGATTGAATGGGCCCTGGGGGGCTTCCAGCCTTCTGGCCCT  801

Query 1258  AAGGGCCTGGAGCCACCAGAAGAAGAGAAGAATCCCTACAAAGAAGTGTACACGGACATGTGGGTGGAACCTGA  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  802  AAGGGCCTGGAGCCACCAGAAGAAGAGAAGAATCCCTACAAAGAAGTGTACACGGACATGTGGGTGGAACCTGA  875

Query 1332  GGCAGCTGCCTACGCACCACCTCCACCAGCCAAAAAGCCCCGGAAGAGCACAGCGGAGAAGCCCAAGGTCAAGG  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  876  GGCAGCTGCCTACGCACCACCTCCACCAGCCAAAAAGCCCCGGAAGAGCACAGCGGAGAAGCCCAAGGTCAAGG  949

Query 1406  AGATTATTGATGAGCGCACAAGAGAGCGGCTGGTGTACGAGGTGCGGCAGAAGTGCCGGAACATTGAGGACATC  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  950  AGATTATTGATGAGCGCACAAGAGAGCGGCTGGTGTACGAGGTGCGGCAGAAGTGCCGGAACATTGAGGACATC  1023

Query 1480  TGCATCTCCTGTGGGAGCCTCAATGTTACCCTGGAACACCCCCTCTTCGTTGGAGGAATGTGCCAAAACTGCAA  1553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024  TGCATCTCCTGTGGGAGCCTCAATGTTACCCTGGAACACCCCCTCTTCGTTGGAGGAATGTGCCAAAACTGCAA  1097

Query 1554  GAACTGCTTTCTGGAGTGTGCGTACCAGTACGACGACGACGGCTACCAGTCCTACTGCACCATCTGCTGTGGGG  1627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1098  GAACTGCTTTCTGGAGTGTGCGTACCAGTACGACGACGACGGCTACCAGTCCTACTGCACCATCTGCTGTGGGG  1171

Query 1628  GCCGTGAGGTGCTCATGTGCGGAAACAACAACTGCTGCAGGTGCTTTTGCGTGGAGTGTGTGGACCTCTTGGTG  1701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172  GCCGTGAGGTGCTCATGTGCGGAAACAACAACTGCTGCAGGTGCTTTTGCGTGGAGTGTGTGGACCTCTTGGTG  1245

Query 1702  GGGCCGGGGGCTGCCCAGGCAGCCATTAAGGAAGACCCCTGGAACTGCTACATGTGCGGGCACAAGGGTACCTA  1775
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246  GGGCCGGGGGCTGCCCAGGCAGCCATTAAGGAAGACCCCTGGAACTGCTACATGTGCGGGCACAAGGGTACCTA  1319

Query 1776  CGGGCTGCTGCGGCGGCGAGAGGACTGGCCCTCCCGGCTCCAGATGTTCTTCGCTAATAACCACGACCAGGAAT  1849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320  CGGGCTGCTGCGGCGGCGAGAGGACTGGCCCTCCCGGCTCCAGATGTTCTTCGCTAATAACCACGACCAGGAAT  1393

Query 1850  TTGACCCTCCAAAGGTTTACCCACCTGTCCCAGCTGAGAAGAGGAAGCCCATCCGGGTGCTGTCTCTCTTTGAT  1923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394  TTGACCCTCCAAAGGTTTACCCACCTGTCCCAGCTGAGAAGAGGAAGCCCATCCGGGTGCTGTCTCTCTTTGAT  1467

Query 1924  GGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGACTTGGGCATTCAGGTGGACCGCTACATTGCCTCGGAGGTGTG  1997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468  GGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGACTTGGGCATTCAGGTGGACCGCTACATTGCCTCGGAGGTGTG  1541

Query 1998  TGAGGACTCCATCACGGTGGGCATGGTGCGGCACCAGGGGAAGATCATGTACGTCGGGGACGTCCGCAGCGTCA  2071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542  TGAGGACTCCATCACGGTGGGCATGGTGCGGCACCAGGGGAAGATCATGTACGTCGGGGACGTCCGCAGCGTCA  1615

Query 2072  CACAGAAGCATATCCAGGAGTGGGGCCCATTCGATCTGGTGATTGGGGGCAGTCCCTGCAATGACCTCTCCATC  2145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616  CACAGAAGCATATCCAGGAGTGGGGCCCATTCGATCTGGTGATTGGGGGCAGTCCCTGCAATGACCTCTCCATC  1689

Query 2146  GTCAACCCTGCTCGCAAGGGCCTCTACGAGGGCACTGGCCGGCTCTTCTTTGAGTTCTACCGCCTCCTGCATGA  2219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690  GTCAACCCTGCTCGCAAGGGCCTCTACGAGGGCACTGGCCGGCTCTTCTTTGAGTTCTACCGCCTCCTGCATGA  1763

Query 2220  TGCGCGGCCCAAGGAGGGAGATGATCGCCCCTTCTTCTGGCTCTTTGAGAATGTGGTGGCCATGGGCGTTAGTG  2293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764  TGCGCGGCCCAAGGAGGGAGATGATCGCCCCTTCTTCTGGCTCTTTGAGAATGTGGTGGCCATGGGCGTTAGTG  1837

Query 2294  ACAAGAGGGACATCTCGCGATTTCTCGAGTCCAACCCTGTGATGATTGATGCCAAAGAAGTGTCAGCTGCACAC  2367
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838  ACAAGAGGGACATCTCGCGATTTCTCGAGTCCAACCCTGTGATGATTGATGCCAAAGAAGTGTCAGCTGCACAC  1911

Query 2368  AGGGCCCGCTACTTCTGGGGTAACCTTCCCGGTATGAACAGGCCGTTGGCATCCACTGTGAATGATAAGCTGGA  2441
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912  AGGGCCCGCTACTTCTGGGGTAACCTTCCCGGTATGAACAGGCCGTTGGCATCCACTGTGAATGATAAGCTGGA  1985

Query 2442  GCTGCAGGAGTGTCTGGAGCATGGCAGGATAGCCAAGTTCAGCAAAGTGAGGACCATTACTACGAGGTCAAACT  2515
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1986  GCTGCAGGAGTGTCTGGAGCATGGCAGGATAGCCAAGTTCAGCAAAGTGAGGACCATTACTACGAGGTCAAACT  2059

Query 2516  CCATAAAGCAGGGCAAAGACCAGCATTTTCCTGTCTTCATGAATGAGAAAGAGGACATCTTATGGTGCACTGAA  2589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2060  CCATAAAGCAGGGCAAAGACCAGCATTTTCCTGTCTTCATGAATGAGAAAGAGGACATCTTATGGTGCACTGAA  2133

Query 2590  ATGGAAAGGGTATTTGGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCCGCTTGGCGAGGCAGAGACT  2663
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134  ATGGAAAGGGTATTTGGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCCGCTTGGCGAGGCAGAGACT  2207

Query 2664  GCTGGGCCGGTCATGGAGCGTGCCAGTCATCCGCCACCTCTTCGCTCCGCTGAAGGAGTATTTTGCGTGTGTG  2736
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208  GCTGGGCCGGTCATGGAGCGTGCCAGTCATCCGCCACCTCTTCGCTCCGCTGAAGGAGTATTTTGCGTGTGTG  2280