Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00632
• Subject: NM_001142269.4
• Aligned Length: 2274
• Identities: 2103
• Gaps: 171

Alignment

Query    1  ATGGCGGTGTCTGCCGGGTCCGCGCGGACCTCGCCCAGCTCAGATAAAGTACAGAAAGACAAGGCTGAACTGAT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                
Sbjct    1  ATGGCGGTGTCTGCCGGGTCCGCGCGGACCTCGCCCAGCTCA--------------------------------  42

Query   75  CTCAGGGCCCAGGCAGGACAGCCGAATAGGGAAACTCTTGGGTTTTGAGTGGACAGATTTGTCCAGTTGGCGGA  148
                                                                                      
Sbjct   43  --------------------------------------------------------------------------  42

Query  149  GGCTGGTGACCCTGCTGAATCGACCAACGGACCCTGCAAGCTTAGCTGTCTTTCGTTTTCTTTTTGGGTTCTTG  222
                                                                             |||||||||
Sbjct   43  -----------------------------------------------------------------GGGTTCTTG  51

Query  223  ATGGTGCTAGACATTCCCCAGGAGCGGGGGCTCAGCTCTCTGGACCGGAAATACCTTGATGGGCTGGATGTGTG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   52  ATGGTGCTAGACATTCCCCAGGAGCGGGGGCTCAGCTCTCTGGACCGGAAATACCTTGATGGGCTGGATGTGTG  125

Query  297  CCGCTTCCCCTTGCTGGATGCCCTACGCCCACTGCCACTTGACTGGATGTATCTTGTCTACACCATCATGTTTC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  126  CCGCTTCCCCTTGCTGGATGCCCTACGCCCACTGCCACTTGACTGGATGTATCTTGTCTACACCATCATGTTTC  199

Query  371  TGGGGGCACTGGGCATGATGCTGGGCCTGTGCTACCGGATAAGCTGTGTGTTATTCCTGCTGCCATACTGGTAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  200  TGGGGGCACTGGGCATGATGCTGGGCCTGTGCTACCGGATAAGCTGTGTGTTATTCCTGCTGCCATACTGGTAT  273

Query  445  GTGTTTCTCCTGGACAAGACATCATGGAACAACCACTCCTATCTGTATGGGTTGTTGGCCTTTCAGCTAACATT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  274  GTGTTTCTCCTGGACAAGACATCATGGAACAACCACTCCTATCTGTATGGGTTGTTGGCCTTTCAGCTAACATT  347

Query  519  CATGGATGCAAACCACTACTGGTCTGTGGACGGTCTGCTGAATGCCCATAGGAGGAATGCCCACGTGCCCCTTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  348  CATGGATGCAAACCACTACTGGTCTGTGGACGGTCTGCTGAATGCCCATAGGAGGAATGCCCACGTGCCCCTTT  421

Query  593  GGAACTATGCAGTGCTCCGTGGCCAGATCTTCATTGTGTACTTCATTGCGGGTGTGAAAAAGCTGGATGCAGAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  422  GGAACTATGCAGTGCTCCGTGGCCAGATCTTCATTGTGTACTTCATTGCGGGTGTGAAAAAGCTGGATGCAGAC  495

Query  667  TGGGTTGAAGGCTATTCCATGGAATATTTGTCCCGGCACTGGCTCTTCAGTCCCTTCAAACTGCTGTTGTCTGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  496  TGGGTTGAAGGCTATTCCATGGAATATTTGTCCCGGCACTGGCTCTTCAGTCCCTTCAAACTGCTGTTGTCTGA  569

Query  741  GGAGCTGACTAGCCTGCTGGTCGTGCACTGGGGTGGGCTGCTGCTTGACCTCTCAGCTGGTTTCCTGCTCTTTT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  570  GGAGCTGACTAGCCTGCTGGTCGTGCACTGGGGTGGGCTGCTGCTTGACCTCTCAGCTGGTTTCCTGCTCTTTT  643

Query  815  TTGATGTCTCAAGATCCATTGGCCTGTTCTTTGTGTCCTACTTCCACTGCATGAATTCCCAGCTTTTCAGCATT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  644  TTGATGTCTCAAGATCCATTGGCCTGTTCTTTGTGTCCTACTTCCACTGCATGAATTCCCAGCTTTTCAGCATT  717

Query  889  GGTATGTTCTCCTACGTCATGCTGGCCAGCAGCCCTCTCTTCTGCTCCCCTGAGTGGCCTCGGAAGCTGGTGTC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  718  GGTATGTTCTCCTACGTCATGCTGGCCAGCAGCCCTCTCTTCTGCTCCCCTGAGTGGCCTCGGAAGCTGGTGTC  791

Query  963  CTACTGCCCCCGAAGGTTGCAACAACTGTTGCCCCTCAAGGCAGCCCCTCAGCCCAGTGTTTCCTGTGTGTATA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  792  CTACTGCCCCCGAAGGTTGCAACAACTGTTGCCCCTCAAGGCAGCCCCTCAGCCCAGTGTTTCCTGTGTGTATA  865

Query 1037  AGAGGAGCCGGGGCAAAAGTGGCCAGAAGCCAGGGCTGCGCCATCAGCTGGGAGCTGCCTTCACCCTGCTCTAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  866  AGAGGAGCCGGGGCAAAAGTGGCCAGAAGCCAGGGCTGCGCCATCAGCTGGGAGCTGCCTTCACCCTGCTCTAC  939

Query 1111  CTCCTGGAGCAGCTATTCCTGCCCTATTCTCATTTTCTCACCCAGGGCTATAACAACTGGACAAATGGGCTGTA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  940  CTCCTGGAGCAGCTATTCCTGCCCTATTCTCATTTTCTCACCCAGGGCTATAACAACTGGACAAATGGGCTGTA  1013

Query 1185  TGGCTATTCCTGGGACATGATGGTGCACTCCCGCTCCCACCAGCACGTGAAGATCACCTACCGTGATGGCCGCA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014  TGGCTATTCCTGGGACATGATGGTGCACTCCCGCTCCCACCAGCACGTGAAGATCACCTACCGTGATGGCCGCA  1087

Query 1259  CTGGCGAACTGGGCTACCTTAACCCTGGGGTATTTACACAGAGTCGGCGATGGAAGGATCATGCAGACATGCTG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088  CTGGCGAACTGGGCTACCTTAACCCTGGGGTATTTACACAGAGTCGGCGATGGAAGGATCATGCAGACATGCTG  1161

Query 1333  AAGCAATATGCCACTTGCCTGAGCCGCCTGCTTCCCAAGTATAATGTCACTGAGCCCCAGATCTACTTTGATAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162  AAGCAATATGCCACTTGCCTGAGCCGCCTGCTTCCCAAGTATAATGTCACTGAGCCCCAGATCTACTTTGATAT  1235

Query 1407  TTGGGTCTCCATCAATGACCGCTTCCAGCAGAGGATTTTTGACCCTCGTGTGGACATCGTGCAGGCCGCTTGGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1236  TTGGGTCTCCATCAATGACCGCTTCCAGCAGAGGATTTTTGACCCTCGTGTGGACATCGTGCAGGCCGCTTGGT  1309

Query 1481  CACCCTTTCAGCGCACATCCTGGGTGCAACCACTCTTGATGGACCTGTCTCCCTGGAGGGCCAAGTTACAGGAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310  CACCCTTTCAGCGCACATCCTGGGTGCAACCACTCTTGATGGACCTGTCTCCCTGGAGGGCCAAGTTACAGGAA  1383

Query 1555  ATCAAGAGCAGCCTAGACAACCACACTGAGGTGGTCTTCATTGCAGATTTCCCTGGACTGCACTTGGAGAATTT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384  ATCAAGAGCAGCCTAGACAACCACACTGAGGTGGTCTTCATTGCAGATTTCCCTGGACTGCACTTGGAGAATTT  1457

Query 1629  TGTGAGTGAAGACCTGGGCAACACTAGCATCCAGCTGCTGCAGGGGGAAGTGACTGTGGAGCTTGTGGCAGAAC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458  TGTGAGTGAAGACCTGGGCAACACTAGCATCCAGCTGCTGCAGGGGGAAGTGACTGTGGAGCTTGTGGCAGAAC  1531

Query 1703  AGAAGAACCAGACTCTTCGAGAGGGAGAAAAAATGCAGTTGCCTGCTGGTGAGTACCATAAGGTGTATACGACA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1532  AGAAGAACCAGACTCTTCGAGAGGGAGAAAAAATGCAGTTGCCTGCTGGTGAGTACCATAAGGTGTATACGACA  1605

Query 1777  TCACCTAGCCCTTCTTGCTACATGTACGTCTATGTCAACACTACAGAGCTTGCACTGGAGCAAGACCTGGCATA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606  TCACCTAGCCCTTCTTGCTACATGTACGTCTATGTCAACACTACAGAGCTTGCACTGGAGCAAGACCTGGCATA  1679

Query 1851  TCTGCAAGAATTAAAGGAAAAGGTGGAGAATGGAAGTGAAACAGGGCCTCTACCCCCAGAGCTGCAGCCTCTGT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680  TCTGCAAGAATTAAAGGAAAAGGTGGAGAATGGAAGTGAAACAGGGCCTCTACCCCCAGAGCTGCAGCCTCTGT  1753

Query 1925  TGGAAGGGGAAGTAAAAGGGGGCCCTGAGCCAACACCTCTGGTTCAGACCTTTCTTAGACGCCAACAAAGGCTC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754  TGGAAGGGGAAGTAAAAGGGGGCCCTGAGCCAACACCTCTGGTTCAGACCTTTCTTAGACGCCAACAAAGGCTC  1827

Query 1999  CAGGAGATTGAACGCCGGCGAAATACTCCTTTCCATGAGCGATTCTTCCGCTTCTTGTTGCGAAAGCTCTATGT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828  CAGGAGATTGAACGCCGGCGAAATACTCCTTTCCATGAGCGATTCTTCCGCTTCTTGTTGCGAAAGCTCTATGT  1901

Query 2073  CTTTCGCCGCAGCTTCCTGATGACTTGTATCTCACTTCGAAATCTGATATTAGGCCGTCCTTCCCTGGAGCAGC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902  CTTTCGCCGCAGCTTCCTGATGACTTGTATCTCACTTCGAAATCTGATATTAGGCCGTCCTTCCCTGGAGCAGC  1975

Query 2147  TGGCCCAGGAGGTGACTTATGCAAACTTGAGACCCTTTGAGGCAGTTGGAGAACTGAATCCCTCAAACACGGAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976  TGGCCCAGGAGGTGACTTATGCAAACTTGAGACCCTTTGAGGCAGTTGGAGAACTGAATCCCTCAAACACGGAT  2049

Query 2221  TCTTCACATTCTAATCCTCCTGAGTCAAATCCTGATCCTGTCCACTCAGAGTTC  2274
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2050  TCTTCACATTCTAATCCTCCTGAGTCAAATCCTGATCCTGTCCACTCAGAGTTC  2103