Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_01287
• Subject: NM_001363657.2
• Aligned Length: 1287
• Identities: 907
• Gaps: 141

Alignment

Query    1  ATGAGCAGAAGCAAGCGTGACAACAATTTTTATAGTGTAGAGATTGGAGATTCTACATTCACAGTCCTGAAACG  74
            |||||||.||||||...|||||||.|.||.||.|||||.||..|.|||||.||.||.||||||||.||.||.||
Sbjct    1  ATGAGCAAAAGCAAAGTTGACAACCAGTTCTACAGTGTGGAAGTGGGAGACTCAACCTTCACAGTTCTCAAGCG  74

Query   75  ATATCAGAATTTAAAACCTATAGGCTCAGGAGCTCAAGGAATAGTATGCGCAGCTTATGATGCCATTCTTGAAA  148
            .||.||||||.||||.|||||.|||||.||.|||||.||.|||||.||.||.||.||||||||..|.|||||.|
Sbjct   75  CTACCAGAATCTAAAGCCTATTGGCTCTGGGGCTCAGGGCATAGTTTGTGCCGCGTATGATGCTGTCCTTGACA  148

Query  149  GAAATGTTGCAATCAAGAAGCTAAGCCGACCATTTCAGAATCAGACTCATGCCAAGCGGGCCTACAGAGAGCTA  222
            |||||||.||.||.||||||||.|||.||||.||||||||.||.||.|||||||||.|.||.|||.|.|||||.
Sbjct  149  GAAATGTGGCCATTAAGAAGCTCAGCAGACCCTTTCAGAACCAAACACATGCCAAGAGAGCGTACCGGGAGCTG  222

Query  223  GTTCTTATGAAATGTGTTAATCACAAAAATATAATTGGCCTTTTGAATGTTTTCACACCACAGAAATCCCTAGA  296
            ||.||.|||||.|||||.||.||.|||||.||.|||.|..|.||.|||||.||||||||.||||||.|.||.||
Sbjct  223  GTCCTCATGAAGTGTGTGAACCATAAAAACATTATTAGTTTATTAAATGTCTTCACACCCCAGAAAACGCTGGA  296

Query  297  AGAATTTCAAGATGTTTACATAGTCATGGAGCTCATGGATGCAAATCTT-TGCCAAGTGATTCAGATGGAGCTA  369
            .||.||.||||||||||||.||||.|||||.||.||||||||.|| ||| ||.|||||||||||||||||..||
Sbjct  297  GGAGTTCCAAGATGTTTACTTAGTAATGGAACTGATGGATGCCAA-CTTATGTCAAGTGATTCAGATGGAATTA  369

Query  370  GATCATGAAAGAATGTCCTACCTTCTCTATCAGATGCTGTGTGGAATCAAGCACCTTCATTCTGCTGGAATTAT  443
            ||.|||||..|||||||.|||||.||.||.||.|||.|||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  370  GACCATGAGCGAATGTCTTACCTGCTGTACCAAATGTTGTGTGGCATTAAGCACCTCCATTCTGCTGGAATTAT  443

Query  444  TCATCGGGACTTAAAGCCCAGTAATATAGTAGTAAAATCTGATTGCACTTTGAAGATTCTTGACTTCGGTCTGG  517
            |||..||||.|||||.||.|||||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||||
Sbjct  444  TCACAGGGATTTAAAACCAAGTAACATTGTAGTCAAGTCTGATTGCACATTGAAAATCCTGGACTTTGGACTGG  517

Query  518  CCAGGACTGCAGGAACGAGTTTTATGATGACGCCTTATGTAGTGACTCGCTACTACAGAGCACCCGAGGTCATC  591
            |||||||.|||||.||.||.||.||||||||.||.|||||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct  518  CCAGGACAGCAGGCACAAGCTTCATGATGACTCCATATGTGGTGACACGTTATTACAGAGCCCCTGAGGTCATC  591

Query  592  CTTGGCATGGGCTACAAGGAAAACGTTGACATTTGGTCAGTTGGGTGCATCATGGGAGAAATGATCAAAGGTGG  665
            ||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||.
Sbjct  592  CTGGGGATGGGCTACAAGGAGAACGTTGACATGTGGTCAGTAGGGTGCATCATGGGAGAAATGATAAAAGGTGC  665

Query  666  TGTTTTGTTCCCAGGTACAGATCATATTGATCAGTGGAATAAAGTTATTGAACAGCTTGGAACACCATGTCCTG  739
            .||..||||.||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||.|
Sbjct  666  AGTGCTGTTTCCTGGCACTGATCATATTGACCAGTGGAATAAGGTAATTGAACAACTAGGAACACCATGTCCAG  739

Query  740  AATTCATGAAGAAACTGCAACCAACAGTAAGGACTTACGTTGAAAACAGACCTAAATATGCTGGATATAGCTTT  813
            ||||||||||||||.|||||||.||||||||.|..||.||.||.||..|.||.||.|||||.|||...|.|||.
Sbjct  740  AATTCATGAAGAAATTGCAACCCACAGTAAGAAACTATGTGGAGAATCGGCCCAAGTATGCGGGACTCACCTTC  813

Query  814  GAGAAACTCTTCCCTGATGTCCTTTTCCCAGCTGACTCAGAACACAACAAACTTAAAGCCAGTCAGGCAAGGGA  887
            ...|||||||||||.|||..|||.||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||||||||.||.||.|||||
Sbjct  814  CCCAAACTCTTCCCAGATTCCCTCTTCCCAGCGGACTCCGAGCACAATAAACTCAAAGCCAGCCAAGCCAGGGA  887

Query  888  TTTGTTATCCAAAATGCTGGTAATAGATGCATCTAAAAGGATCTCTGTAGATGAAGCTCTCCAACACCCGTACA  961
            .|||||.||.||.|||||.||.||.||..||.|.|||||.||.||.||.||.||.||..|.||.||.||.||||
Sbjct  888  CTTGTTGTCAAAGATGCTAGTGATTGACCCAGCAAAAAGAATATCAGTGGACGACGCCTTACAGCATCCCTACA  961

Query  962  TCAATGTCTGGTATGATCCTTCTGAAGCAGAAGCTCCACCACCAAAGATCCCTGACAAGCAGTTAGATGAAAGG  1035
            ||||.|||||||||||.||..|.||||..||.||.||.|||||..||||...||||||||||||.||||||||.
Sbjct  962  TCAACGTCTGGTATGACCCAGCCGAAGTGGAGGCGCCTCCACCTCAGATATATGACAAGCAGTTGGATGAAAGA  1035

Query 1036  GAACACACAATAGAAGAGTGGAAAGAATTGATATATAAGGAAGTTATGGACTTGGAGGAGAGAACCAAGAATGG  1109
            |||||||||||.|||||.|||||||||.|.||.||.||||||||.|||.|.|..||.||.|..||.||.|||||
Sbjct 1036  GAACACACAATTGAAGAATGGAAAGAACTTATCTACAAGGAAGTAATGAATTCAGAAGAAAAGACTAAAAATGG  1109

Query 1110  AGTTATACGGGGGCAGCCCTCTCCTT-----TAGGTGCAGCAGTGATCAATGGCTCTCAGCATCCATCATCATC  1178
            .||..||...||.|||||.|||||||     .|||||||||||                               
Sbjct 1110  TGTAGTAAAAGGACAGCCTTCTCCTTCAGCACAGGTGCAGCAG-------------------------------  1152

Query 1179  GTCGTCTGTCAATGATGTGTCTTCAATGTCAACAGATCCGACTTTGGCCTCTGATACAGACAGCAGTCTAGAAG  1252
                                                                                      
Sbjct 1153  --------------------------------------------------------------------------  1152

Query 1253  CAGCAGCTGGGCCTCTGGGCTGCTGTAGA  1281
                                         
Sbjct 1153  -----------------------------  1152