Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_01527
- Subject:
- NM_001161845.2
- Aligned Length:
- 1581
- Identities:
- 1138
- Gaps:
- 297
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGTAAACAAAGACATGAATGGATTCCCGGTCAAGAAATGCTCAGCGTTCCAATTTTTTAAGAAACGGGTACG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AAGATGGATCAAGAGCCCCATGGTCAGCGTGGACAAGCATCAGAGCCCCAACTTGAAGTACACTGGCCCTGCTG 148
Query 1 -------------------------------------------------ATGAC--GGTGAAAACTGAGGCTGC 23
|||.| |||||..| |||
Sbjct 149 GGGTGCATCTTCCCCCTGGGGAGTCAGACTTTGAGGCCATGTGTCAATCATGCCTGGGTGACCA-------TGC 215
Query 24 T-----AAGG-----GCACCCTC--------ACTTACTCCAGGATGAG---------GGGCATG--GTG----- 63
| |||| ||.||||| .|.|..|||.|| ||| |||..|| |||
Sbjct 216 TTTCCAAAGGGGGATGCTCCCTCCAGAGGAGTCCTGTTCCTGG--GAGATCCAACCTGGGTGTGAAGTGAAAGA 287
Query 64 -----GCAATTCT-----CATC---------------------------------------------GCTTTCA 82
|.|||..| |||| |||||.|
Sbjct 288 ACAATGTAATCATGCCAACATCCTGACCAAGCCGGACCCAAGAACCTTCTGGACTAATGATGATGCAGCTTTTA 361
Query 83 TGAAGCAGAGGAGGATGGGTCTGAACGACTTTATTCAGAAGATTGCCAATAACTCCTATGCATGCAAACACCCT 156
||||.|||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||..|||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 362 TGAAACAGAGAAGGATGGGCCTGAACGATTTTATTCAGAAGATTGCCAGCAACACCTATGCATGCAAACACGCT 435
Query 157 GAAGTTCAGTCCATCTTGAAGATCTCCCAACCTCAGGAGCCTGAGCTTATGAATGCCAACCCTTCTCCTCCACC 230
||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.||
Sbjct 436 GAAGTTCAGTCCATTTTGAAAATGTCCCATCCTCAGGAGCCGGAGCTTATGAACGCTAACCCCTCTCCTCCGCC 509
Query 231 AAGTCCTTCTCAGCAAATCAACCTTGGCCCGTCGTCCAATCCTCATGCTAAACCATCTGACTTTCACTTCTTGA 304
||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 510 AAGTCCCTCTCAACAAATCAACCTGGGTCCGTCCTCCAACCCTCACGCCAAACCCTCCGACTTTCACTTCTTGA 583
Query 305 AAGTGATCGGAAAGGGCAGTTTTGGAAAGGTTCTTCTAGCAAGACACAAGGCAGAAGAAGTGTTCTATGCAGTC 378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 584 AAGTGATCGGAAAGGGCAGTTTTGGAAAGGTTCTTCTGGCTAGGCACAAGGCAGAAGAAGTATTCTATGCAGTC 657
Query 379 AAAGTTTTACAGAAGAAAGCAATCCTGAAAAAGAAAGAGGAGAAGCATATTATGTCGGAGCGGAATGTTCTGTT 452
||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 658 AAAGTTTTACAGAAGAAAGCCATCCTGAAGAAGAAAGAGGAGAAGCATATTATGTCAGAGCGGAATGTTCTGTT 731
Query 453 GAAGAATGTGAAGCACCCTTTCCTGGTGGGCCTTCACTTCTCTTTCCAGACTGCTGACAAATTGTACTTTGTCC 526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||..|.||||||||||
Sbjct 732 GAAGAATGTGAAGCACCCTTTCCTGGTGGGCCTTCACTTCTCATTCCAGACCGCTGACAAGCTCTACTTTGTCC 805
Query 527 TAGACTACATTAATGGTGGAGAGTTGTTCTACCATCTCCAGAGGGAACGCTGCTTCCTGGAACCACGGGCTCGT 600
|.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 806 TGGACTACATTAATGGTGGAGAGCTGTTCTACCATCTCCAGAGGGAGCGCTGCTTCCTGGAACCACGGGCTCGA 879
Query 601 TTCTATGCTGCTGAAATAGCCAGTGCCTTGGGCTACCTGCATTCACTGAACATCGTTTATAGAGACTTAAAACC 674
|||||.||.||||||||||||||||||.|||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 880 TTCTACGCAGCTGAAATAGCCAGTGCCCTGGGCTATCTGCACTCCCTAAACATCGTTTATAGAGACTTAAAACC 953
Query 675 AGAGAATATTTTGCTAGATTCACAGGGACACATTGTCCTTACTGACTTCGGACTCTGCAAGGAGAACATTGAAC 748
.|||||||||.|.|||||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct 954 TGAGAATATTCTCCTAGACTCCCAGGGGCACATCGTCCTCACTGACTTTGGGCTCTGCAAAGAGAATATTGAGC 1027
Query 749 ACAACAGCACAACATCCACCTTCTGTGGCACGCCGGAGTATCTCGCACCTGAGGTGCTTCATAAGCAGCCTTAT 822
|.|||.|.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||.|||
Sbjct 1028 ATAACGGGACAACATCTACCTTCTGTGGCACGCCTGAGTATCTGGCTCCTGAGGTCCTCCATAAGCAGCCGTAT 1101
Query 823 GACAGGACTGTGGACTGGTGGTGCCTGGGAGCTGTCTTGTATGAGATGCTGTATGGCCTGCCGCCTTTTTATAG 896
|||.||||.||||||||||||||.||.||.||||||.|||||||||||||.||.||||||||.||.||||||||
Sbjct 1102 GACCGGACGGTGGACTGGTGGTGTCTTGGGGCTGTCCTGTATGAGATGCTCTACGGCCTGCCCCCGTTTTATAG 1175
Query 897 CCGAAACACAGCTGAAATGTACGACAACATTCTGAACAAGCCTCTCCAGCTGAAACCAAATATTACAAATTCCG 970
|||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1176 CCGGAACACGGCTGAGATGTACGACAATATTCTGAACAAGCCTCTCCAGTTGAAACCAAATATTACAAACTCGG 1249
Query 971 CAAGACACCTCCTGGAGGGCCTCCTGCAGAAGGACAGGACAAAGCGGCTCGGGGCCAAGGATGACTTCATGGAG 1044
||||.|||||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||.||||.||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 1250 CAAGGCACCTCCTGGAAGGCCTCCTGCAGAAGGACCGGACCAAGAGGCTGGGTGCCAAGGATGACTTTATGGAG 1323
Query 1045 ATTAAGAGTCATGTCTTCTTCTCCTTAATTAACTGGGATGATCTCATTAATAAGAAGATTACTCCCCCTTTTAA 1118
||||||||||||.|.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1324 ATTAAGAGTCATATTTTCTTCTCTTTAATTAACTGGGATGATCTCATCAATAAGAAGATTACACCCCCATTTAA 1397
Query 1119 CCCAAATGTGAGTGGGCCCAACGACCTACGGCACTTTGACCCCGAGTTTACCGAAGAGCCTGTCCCCAACTCCA 1192
||||||||||||||||||||..|||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||||.|||||
Sbjct 1398 CCCAAATGTGAGTGGGCCCAGTGACCTTCGGCACTTCGATCCCGAGTTTACCGAGGAGCCGGTCCCCAGCTCCA 1471
Query 1193 TTGGCAAGTCCCCTGACAGCGTCCTCGTCACAGCCAGCGTCAAGGAAGCTGCCGAGGCTTTCCTAGGCTTTTCC 1266
|.||||.|||||||||||||.||||.|||||.|||||.||.||||||||.||.||.||.|||||.|||||.|||
Sbjct 1472 TCGGCAGGTCCCCTGACAGCATCCTTGTCACGGCCAGTGTGAAGGAAGCAGCAGAAGCCTTCCTCGGCTTCTCC 1545
Query 1267 TATGCGCCTCCCACGGACTCTTTCCTC 1293
|||||.|||||...|||.||.||||||
Sbjct 1546 TATGCACCTCCTGTGGATTCCTTCCTC 1572