Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_01631
• Subject: NR_104211.2
• Aligned Length: 3565
• Identities: 2928
• Gaps: 637

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GGGGCCCACGCGCTCCGGGCCGCTCAGGCTGAGCGATTTCCCGCCTTTTCTGAGGTTCTGAGGCGGGAGCCATT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGTTCTTTCTGTTGCCCTCATAGACCGTATGTAGCAGTTCGCGTGGGCACAGAACCCACGGTTTCCCGCTAGTT  148

Query    1  --------------------------------ATGGAAAAGCAAAAGCCCTTTGCATTGTTCGTACCACCGAGA  42
                                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTTCAAAGATATTTACAACCGTAACAGAGAAAATGGAAAAGCAAAAGCCCTTTGCATTGTTCGTACCACCGAGA  222

Query   43  TCAAGCAGCAGTCAGGTGTCTGCGGTGAAACCTCAGACCCTGGGAGGCGATTCCACTTTCTTCAAGAGTTTCAA  116
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCAAGCAGCAGTCAGGTGTCTGCGGTGAAACCTCAGACCCTGGGAGGCGATTCCACTTTCTTCAAGAGTTTCAA  296

Query  117  CAAATGTACTGAAGATGATTTTGAGTTTCCATTTGCAAAGACTAATCTCTCCAAAAATGGGGAAAACATTGATT  190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAAATGTACTGAAGATGATTTTGAGTTTCCATTTGCAAAGACTAATCTCTCCAAAAATGGGGAAAACATTGATT  370

Query  191  CAGATCCTGCTTTACAAAAAGTTAATTTCTTGCCCGTGCTTGAGCAGGTTGGTAATTCTGACTGTCACTATCAG  264
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CAGATCCTGCTTTACAAAAAGTTAATTTCTTGCCCGTGCTTGAGCAGGTTGGTAATTCTGACTGTCACTATCAG  444

Query  265  GAAGGACTAAAAGACTCTGATTTGGAGAATTCAGAGGGATTGAGCAGAGTGTATTCAAAACTGTATAAGGAGGC  338
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAAGGACTAAAAGACTCTGATTTGGAGAATTCAGAGGGATTGAGCAGAGTGTATTCAAAACTGTATAAGGAGGC  518

Query  339  TGAAAAGATAAAAAAATGGAAAGTAAGTACAGAAGCTGAACTGAGACAGAAAGAAAGTAAGTTGCAAGAAAACA  412
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGAAAAGATAAAAAAATGGAAAGTAAGTACAGAAGCTGAACTGAGACAGAAAGAAAGTAAGTTGCAAGAAAACA  592

Query  413  GAAAGATAATTGAAGCACAGCGAAAAGCCATTCAGGAACTGCAATTTGGAAATGAAAAAGTAAGTTTGAAATTA  486
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GAAAGATAATTGAAGCACAGCGAAAAGCCATTCAGGAACTGCAATTTGGAAATGAAAAAGTAAGTTTGAAATTA  666

Query  487  GAAGAAGGAATACAAGAAAATAAAGATTTAATAAAAGAGAATAATGCCACAAGGCATTTATGTAATCTACTCAA  560
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAAGAAGGAATACAAGAAAATAAAGATTTAATAAAAGAGAATAATGCCACAAGGCATTTATGTAATCTACTCAA  740

Query  561  AGAAACCTGTGCTAGATCTGCAGAAAAGACAAAGAAATATGAATATGAACGGGAAGAAACCAGGCAAGTTTATA  634
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAAACCTGTGCTAGATCTGCAGAAAAGACAAAGAAATATGAATATGAACGGGAAGAAACCAGGCAAGTTTATA  814

Query  635  TGGATCTAAATAATAACATTGAGAAAATGATAACAGCTTTTGAGGAACTTCGTGTGCAAGCTGAGAATTCCAGA  708
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGGATCTAAATAATAACATTGAGAAAATGATAACAGCTTTTGAGGAACTTCGTGTGCAAGCTGAGAATTCCAGA  888

Query  709  CTGGAAATGCATTTTAAGTTAAAGGAAGATTATGAAAAAATCCAACACCTTGAACAAGAATACAAGAAGGAAAT  782
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTGGAAATGCATTTTAAGTTAAAGGAAGATTATGAAAAAATCCAACACCTTGAACAAGAATACAAGAAGGAAAT  962

Query  783  AAATGACAAGGAAAAGCAGGTATCACTACTATTGATCCAAATCACTGAGAAAGAAAATAAAATGAAAGATTTAA  856
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAATGACAAGGAAAAGCAGGTATCACTACTATTGATCCAAATCACTGAGAAAGAAAATAAAATGAAAGATTTAA  1036

Query  857  CATTTCTGCTAGAGGAATCCAGAGATAAAGTTAATCAATTAGAGGAAAAGACAAAATTACAGAGTGAAAACTTA  930
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CATTTCTGCTAGAGGAATCCAGAGATAAAGTTAATCAATTAGAGGAAAAGACAAAATTACAGAGTGAAAACTTA  1110

Query  931  AAACAATCAATTGAGAAACAGCATCATTTGACTAAAGAACTAGAAGATATTAAAGTGTCATTACAAAGAAGTGT  1004
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAACAATCAATTGAGAAACAGCATCATTTGACTAAAGAACTAGAAGATATTAAAGTGTCATTACAAAGAAGTGT  1184

Query 1005  GAGTACTCAAAAGGCTTTAGAGGAAGATTTACAGATAGCAACAAAAACAATTTGTCAGCTAACTGAAGAAAAAG  1078
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GAGTACTCAAAAGGCTTTAGAGGAAGATTTACAGATAGCAACAAAAACAATTTGTCAGCTAACTGAAGAAAAAG  1258

Query 1079  AAACTCAAATGGAAGAATCTAATAAAGCTAGAGCTGCTCATTCGTTTGTGGTTACTGAATTTGAAACTACTGTC  1152
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAACTCAAATGGAAGAATCTAATAAAGCTAGAGCTGCTCATTCGTTTGTGGTTACTGAATTTGAAACTACTGTC  1332

Query 1153  TGCAGCTTGGAAGAATTATTGAGAACAGAACAGCAAAGATTGGAAAAAAATGAAGATCAATTGAAAATACTTAC  1226
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TGCAGCTTGGAAGAATTATTGAGAACAGAACAGCAAAGATTGGAAAAAAATGAAGATCAATTGAAAATACTTAC  1406

Query 1227  CATGGAGCTTCAAAAGAAATCAAGTGAGCTGGAAGAGATGACTAAGCTTACAAATAACAAAGAAGTAGAACTTG  1300
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CATGGAGCTTCAAAAGAAATCAAGTGAGCTGGAAGAGATGACTAAGCTTACAAATAACAAAGAAGTAGAACTTG  1480

Query 1301  AAGAATTGAAAAAAGTCTTGGGAGAAAAGGAAACACTTTTATATGAAAATAAACAATTTGAGAAGATTGCTGAA  1374
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AAGAATTGAAAAAAGTCTTGGGAGAAAAGGAAACACTTTTATATGAAAATAAACAATTTGAGAAGATTGCTGAA  1554

Query 1375  GAATTAAAAGGAACAGAACAAGAACTAATTGGTCTTCTCCAAGCCAGAGAGAAAGAAGTACATGATTTGGAAAT  1448
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GAATTAAAAGGAACAGAACAAGAACTAATTGGTCTTCTCCAAGCCAGAGAGAAAGAAGTACATGATTTGGAAAT  1628

Query 1449  ACAGTTAACTGCCATTACCACAAGTGAACAGTATTATTCAAAAGAGGTTAAAGATCTAAAAACTGAGCTTGAAA  1522
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ACAGTTAACTGCCATTACCACAAGTGAACAGTATTATTCAAAAGAGGTTAAAGATCTAAAAACTGAGCTTGAAA  1702

Query 1523  ACGAGAAGCTTAAGAATACTGAATTAACTTCACACTGCAACAAGCTTTCACTAGAAAACAAAGAGCTCACACAG  1596
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACGAGAAGCTTAAGAATACTGAATTAACTTCACACTGCAACAAGCTTTCACTAGAAAACAAAGAGCTCACACAG  1776

Query 1597  GAAACAAGTGATATGACCCTAGAACTCAAGAATCAGCAAGAAGATATTAATAATAACAAAAAGCAAGAAGAAAG  1670
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GAAACAAGTGATATGACCCTAGAACTCAAGAATCAGCAAGAAGATATTAATAATAACAAAAAGCAAGAAGAAAG  1850

Query 1671  GATGTTGAAACAAATAGAAAATCTTCAAGAAACAGAAACCCAATTAAGAAATGAACTAGAATATGTGAGAGAAG  1744
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GATGTTGAAACAAATAGAAAATCTTCAAGAAACAGAAACCCAATTAAGAAATGAACTAGAATATGTGAGAGAAG  1924

Query 1745  AGCTAAAACAGAAAAGAGATGAAGTTAAATGTAAATTGGACAAGAGTGAAGAAAATTGTAACAATTTAAGGAAA  1818
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGCTAAAACAGAAAAGAGATGAAGTTAAATGTAAATTGGACAAGAGTGAAGAAAATTGTAACAATTTAAGGAAA  1998

Query 1819  CAAGTTGAAAATAAAAACAAGTATATTGAAGAACTTCAGCAGGAGAATAAGGCCTTGAAAAAAAAAGGTACAGC  1892
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CAAGTTGAAAATAAAAACAAGTATATTGAAGAACTTCAGCAGGAGAATAAGGCCTTGAAAAAAAAAGGTACAGC  2072

Query 1893  AGAAAGCAAGCAACTGAATGTTTATGAGATAAAGGTCAATAAATTAGAGTTAGAACTAGAAAGTGCCAAACAGA  1966
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AGAAAGCAAGCAACTGAATGTTTATGAGATAAAGGTCAATAAATTAGAGTTAGAACTAGAAAGTGCCAAACAGA  2146

Query 1967  AATTTGGAGAAATCACAGACACCTATCAGAAAGAAATTGAGGACAAAAAGATATCAGAAGAAAATCTTTTGGAA  2040
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AATTTGGAGAAATCACAGACACCTATCAGAAAGAAATTGAGGACAAAAAGATATCAGAAGAAAATCTTTTGGAA  2220

Query 2041  GAGGTTGAGAAAGCAAAAGTAATAGCTGATGAAGCAGTAAAATTACAGAAAGAAATTGATAAGCGATGTCAACA  2114
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GAGGTTGAGAAAGCAAAAGTAATAGCTGATGAAGCAGTAAAATTACAGAAAGAAATTGATAAGCGATGTCAACA  2294

Query 2115  TAAAATAGCTGAAATGGTAGCACTTATGGAAAAACATAAGCACCAATATGATAAGATCATTGAAGAAAGAGACT  2188
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TAAAATAGCTGAAATGGTAGCACTTATGGAAAAACATAAGCACCAATATGATAAGATCATTGAAGAAAGAGACT  2368

Query 2189  CAGAATTAGGACTTTATAAGAGCAAAGAACAAGAACAGTCATCACTGAGAGCATCTTTGGAGATTGAACTATCC  2262
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CAGAATTAGGACTTTATAAGAGCAAAGAACAAGAACAGTCATCACTGAGAGCATCTTTGGAGATTGAACTATCC  2442

Query 2263  AATCTCAAAGCTGAACTTTTGTCTGTTAAGAAGCAACTTGAAATAGAAAGAGAAGAGAAGGAAAAACTCAAAAG  2336
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  AATCTCAAAGCTGAACTTTTGTCTGTTAAGAAGCAACTTGAAATAGAAAGAGAAGAGAAGGAAAAACTCAAAAG  2516

Query 2337  AGAGGCAAAAGAAAACACAGCTACTCTTAAAGAAAAAAAAGACAAGAAAACACAAACATTTTTATTGGAAACAC  2410
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  AGAGGCAAAAGAAAACACAGCTACTCTTAAAGAAAAAAAAGACAAGAAAACACAAACATTTTTATTGGAAACAC  2590

Query 2411  CTGAAATTTATTGGAAATTGGATTCTAAAGCAGTTCCTTCACAAACTGTATCTCGAAATTTCACATCAGTTGAT  2484
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CTGAAATTTATTGGAAATTGGATTCTAAAGCAGTTCCTTCACAAACTGTATCTCGAAATTTCACATCAGTTGAT  2664

Query 2485  CATGGCATATCCAAAGATAAAAGAGACTATCTGTGGACATCTGCCAAAAATACTTTATCTACACCATTGCCAAA  2558
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CATGGCATATCCAAAGATAAAAGAGACTATCTGTGGACATCTGCCAAAAATACTTTATCTACACCATTGCCAAA  2738

Query 2559  GGCATATACAGTGAAGACACCAACAAAACCAAAACTACAGCAAAGAGAAAACTTGAATATACCCATTGAAGAAA  2632
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GGCATATACAGTGAAGACACCAACAAAACCAAAACTACAGCAAAGAGAAAACTTGAATATACCCATTGAAGAAA  2812

Query 2633  GTAAAAAAAAGAGAAAAATGGCCTTTGAATTTGATATTAATTCAGATAGTTCAGAAACTACTGATCTTTTG---  2703
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct 2813  GTAAAAAAAAGAGAAAAATGGCCTTTGAATTTGATATTAATTCAGATAGTTCAGAAACTACTGATCTTTTGTTT  2886

Query 2704  --------------------------------------------------------------------------  2703
                                                                                      
Sbjct 2887  ACAGATGAGGAAACTGAGTCACACAAGTATATTTTTCAAGATCACATAGTTAGTAAGACATGGAACCAAAATTT  2960

Query 2704  --------------------------AGCATGGTTTCAGAAGAAGAGACATTGAAAACACTGTATAGGAACAAT  2751
                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GAACACAGTCTGGCTTCATAGACTATAGCATGGTTTCAGAAGAAGAGACATTGAAAACACTGTATAGGAACAAT  3034

Query 2752  AATCCACCAGCTTCTCATCTTTGTGTCAAAACACCAAAAAAGGCCCCTTCATCTCTAACAACCCCTGGATCTAC  2825
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  AATCCACCAGCTTCTCATCTTTGTGTCAAAACACCAAAAAAGGCCCCTTCATCTCTAACAACCCCTGGATCTAC  3108

Query 2826  ACTGAAGTTTGGAGCTATAAGAAAAATGCGGGAGGACCGTTGGGCTGTAATTGCTAAAATGGATAGAAAAAAAA  2899
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  ACTGAAGTTTGGAGCTATAAGAAAAATGCGGGAGGACCGTTGGGCTGTAATTGCTAAAATGGATAGAAAAAAAA  3182

Query 2900  AACTAAAAGAAGCTGAAAAGTTATTTGTT---------------------------------------------  2928
            |||||||||||||||||||||||||||||                                             
Sbjct 3183  AACTAAAAGAAGCTGAAAAGTTATTTGTTTAATTTCAGAGAATCAGTGTAGTTAAGGAGCCTAATAACGTGAAA  3256

Query 2929  --------------------------------------------------------------------------  2928
                                                                                      
Sbjct 3257  CTTATAGTTAATATTTTGTTCTTATTTGCCAGAGCCAAATTTTATCTGGAAGTTGAGACTTAAAAAATACTTGC  3330

Query 2929  --------------------------------------------------------------------------  2928
                                                                                      
Sbjct 3331  ATGAATGATTTGTGTTTCTTTATATTTTTAGCCTAAATGTTAACTACATATTGTCTGGAAACCTGTCATTGTAT  3404

Query 2929  --------------------------------------------------------------------------  2928
                                                                                      
Sbjct 3405  TCAGATAATTAGATGATTATATATTGTTGTTACTTTTTCTTGTATTCATGAAAACTGTTTTTACTAAGTTTTCA  3478

Query 2929  --------------------------------------------------------------------------  2928
                                                                                      
Sbjct 3479  AATTTGTAAAGTTAGCCTTTGAATGCTAAGAATGCATTATTGAGGGTCATTCTTTATTCTTTACTATTAAAATA  3552

Query 2929  -------------  2928
                         
Sbjct 3553  TTTTGGATGCAAA  3565