Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_01715
• Subject: NM_001135957.3
• Aligned Length: 2931
• Identities: 2508
• Gaps: 423

Alignment

Query    1  ATGGCTCAGTTCTATTACAAAAGAAATGTTAATGCTCCCTATAGAGACCGCATCCCTCTAAGGATAGTAAGAGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTCAGTTCTATTACAAAAGAAATGTTAATGCTCCCTATAGAGACCGCATCCCTCTAAGGATAGTAAGAGC  74

Query   75  AGAATCAGAACTCTCGCCATCAGAAAAAGCCTACTTGAATGCTGTGGAAAAGGGAGATTATGCCAGTGTCAAGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGAATCAGAACTCTCGCCATCAGAAAAAGCCTACTTGAATGCTGTGGAAAAGGGAGATTATGCCAGTGTCAAGA  148

Query  149  AATCCCTAGAGGAAGCTGAAATTTATTTTAAAATCAATATTAATTGCATTGATCCTCTCGGAAGAACTGCTCTC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AATCCCTAGAGGAAGCTGAAATTTATTTTAAAATCAATATTAATTGCATTGATCCTCTCGGAAGAACTGCTCTC  222

Query  223  CTCATTGCAATTGAAAATGAGAACTTGGAGCTCATCGAACTACTCTTAAGCTTTAATGTCTATGTTGGAGATGC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTCATTGCAATTGAAAATGAGAACTTGGAGCTCATCGAACTACTCTTAAGCTTTAATGTCTATGTTGGAGATGC  296

Query  297  TCTATTACATGCTATCAGAAAAGAAGTCGTCGGAGCTGTTGAGCTGTTATTGAACCACAAAAAACCTAGTGGAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCTATTACATGCTATCAGAAAAGAAGTCGTCGGAGCTGTTGAGCTGTTATTGAACCACAAAAAACCTAGTGGAG  370

Query  371  AAAAACAGGTGCCTCCTATACTCCTTGATAAGCAGTTCTCTGAATTCACTCCAGACATTACACCAATCATTTTG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAAAACAGGTGCCTCCTATACTCCTTGATAAGCAGTTCTCTGAATTCACTCCAGACATTACACCAATCATTTTG  444

Query  445  GCAGCCCATACAAATAATTATGAGATAATAAAACTCTTGGTTCAGAAAGGAGTCTCAGTGCCTCGACCCCACGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCAGCCCATACAAATAATTATGAGATAATAAAACTCTTGGTTCAGAAAGGAGTCTCAGTGCCTCGACCCCACGA  518

Query  519  GGTCCGCTGTAACTGTGTGGAATGCGTGTCCAGTTCAGATGTGGACAGCCTCCGTCACTCACGCTCCAGACTCA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGTCCGCTGTAACTGTGTGGAATGCGTGTCCAGTTCAGATGTGGACAGCCTCCGTCACTCACGCTCCAGACTCA  592

Query  593  ACATCTACAAGGCCTTGGCCAGTCCCTCTCTCATTGCACTGTCAAGCGAAGATCCTTTTCTCACAGCCTTTCAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACATCTACAAGGCCTTGGCCAGTCCCTCTCTCATTGCACTGTCAAGCGAAGATCCTTTTCTCACAGCCTTTCAG  666

Query  667  TTAAGTTGGGAACTTCAGGAACTGAGCAAGGTGGAAAATGAATTCAAGTCGGAGTATGAAGAGCTGTCACGGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTAAGTTGGGAACTTCAGGAACTGAGCAAGGTGGAAAATGAATTCAAGTCGGAGTATGAAGAGCTGTCACGGCA  740

Query  741  GTGCAAACAATTTGCTAAGGACCTACTGGATCAGACGAGAAGTTCCAGAGAACTGGAAATCATTCTTAATTACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTGCAAACAATTTGCTAAGGACCTACTGGATCAGACGAGAAGTTCCAGAGAACTGGAAATCATTCTTAATTACC  814

Query  815  GAGATGACAATAGTCTCATAGAAGAACAAAGTGGAAATGATCTTGCAAGACTAAAATTGGCCATTAAGTACCGT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GAGATGACAATAGTCTCATAGAAGAACAAAGTGGAAATGATCTTGCAAGACTAAAATTGGCCATTAAGTACCGT  888

Query  889  CAAAAAGAGTTTGTTGCCCAGCCCAATTGTCAACAGCTGCTGGCATCTCGCTGGTACGATGAGTTTCCAGGCTG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CAAAAAGAGTTTGTTGCCCAGCCCAATTGTCAACAGCTGCTGGCATCTCGCTGGTACGATGAGTTTCCAGGCTG  962

Query  963  GAGGAGAAGACACTGGGCAGTGAAGATGGTGACATGTTTCATAATAGGACTTCTTTTTCCTGTCTTCTCTGTGT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GAGGAGAAGACACTGGGCAGTGAAGATGGTGACATGTTTCATAATAGGACTTCTTTTTCCTGTCTTCTCTGTGT  1036

Query 1037  GCTACCTGATAGCTCCCAAAAGCCCACTTGGACTGTTCATCAGGAAGCCATTTATCAAGTTTATCTGCCACACA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCTACCTGATAGCTCCCAAAAGCCCACTTGGACTGTTCATCAGGAAGCCATTTATCAAGTTTATCTGCCACACA  1110

Query 1111  GCCTCCTATTTGACTTTTTTGTTCCTGCTGCTGCTTGCCTCTCAGCACATCGACAGGTCAGACTTGAACAGGCA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GCCTCCTATTTGACTTTTTTGTTCCTGCTGCTGCTTGCCTCTCAGCACATCGACAGGTCAGACTTGAACAGGCA  1184

Query 1185  AGGTCCACCACCAACCATCGTCGAGTGGATGATATTACCGTGGGTCCTGGGCTTCATATGGGGAGAAATTAAAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGGTCCACCACCAACCATCGTCGAGTGGATGATATTACCGTGGGTCCTGGGCTTCATATGGGGAGAAATTAAAC  1258

Query 1259  AGATGTGGGATGGCGGACTTCAGGACTACATCCATGATTGGTGGAATCTAATGGACTTTGTAATGAACTCCTTA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGATGTGGGATGGCGGACTTCAGGACTACATCCATGATTGGTGGAATCTAATGGACTTTGTAATGAACTCCTTA  1332

Query 1333  TATTTAGCAACAATCTCCTTGAAAATTGTTGCATTTGTAAAGTACAGTGCCCTTAATCCACGAGAATCATGGGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TATTTAGCAACAATCTCCTTGAAAATTGTTGCATTTGTAAAGTACAGTGCCCTTAATCCACGAGAATCATGGGA  1406

Query 1407  CATGTGGCATCCCACTCTGGTGGCAGAGGCTTTATTTGCTATTGCAAACATCTTCAGTTCTCTGCGTCTGATCT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CATGTGGCATCCCACTCTGGTGGCAGAGGCTTTATTTGCTATTGCAAACATCTTCAGTTCTCTGCGTCTGATCT  1480

Query 1481  CACTGTTTACTGCAAATTCTCACCTGGGACCTCTGCAAATATCTCTGGGAAGAATGCTCCTGGACATTTTGAAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CACTGTTTACTGCAAATTCTCACCTGGGACCTCTGCAAATATCTCTGGGAAGAATGCTCCTGGACATTTTGAAG  1554

Query 1555  TTTCTATTCATATACTGCCTTGTGTTGCTAGCATTTGCAAATGGCCTAAATCAATTGTACTTCTATTATGAAGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TTTCTATTCATATACTGCCTTGTGTTGCTAGCATTTGCAAATGGCCTAAATCAATTGTACTTCTATTATGAAGA  1628

Query 1629  AACGAAAGGGTTAACCTGCAAAGGCATAAGATGTGAAAAGCAGAATAATGCATTTTCAACGTTATTTGAGACAC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AACGAAAGGGTTAACCTGCAAAGGCATAAGATGTGAAAAGCAGAATAATGCATTTTCAACGTTATTTGAGACAC  1702

Query 1703  TGCAGTCCCTGTTTTGGTCAATATTTGGGCTCATCAATTTATATGTGACCAATGTCAAAGCACAGCATGAATTT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGCAGTCCCTGTTTTGGTCAATATTTGGGCTCATCAATTTATATGTGACCAATGTCAAAGCACAGCATGAATTT  1776

Query 1777  ACTGAGTTTGTTGGTGCCACCATGTTTGGGACATACAATGTCATCTCTCTGGTTGTTCTACTCAACATGTTAAT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  ACTGAGTTTGTTGGTGCCACCATGTTTGGGACATACAATGTCATCTCTCTGGTTGTTCTACTCAACATGTTAAT  1850

Query 1851  AGCTATGATGAATAATTCTTACCAACTGATTGCTGACCATGCAGATATAGAATGGAAATTTGCACGAACAAAGC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AGCTATGATGAATAATTCTTACCAACTGATTGCTGACCATGCAGATATAGAATGGAAATTTGCACGAACAAAGC  1924

Query 1925  TTTGGATGAGTTATTTTGAAGAAGGAGGTACTCTGCCTACTCCCTTCAATGTCATCCCGAGCCCCAAGTCTCTC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TTTGGATGAGTTATTTTGAAGAAGGAGGTACTCTGCCTACTCCCTTCAATGTCATCCCGAGCCCCAAGTCTCTC  1998

Query 1999  TGGTACCTGATCAAATGGATCTGGACACACTTGTGCAAGAAAAAGATGAGAAGAAAGCCAGAAAGTTTTGGAAC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TGGTACCTGATCAAATGGATCTGGACACACTTGTGCAAGAAAAAGATGAGAAGAAAGCCAGAAAGTTTTGGAAC  2072

Query 2073  AATAGGGAGGCGAGCTGCTGATAACTTGAGAAGACATCACCAATACCAAGAAGTTATGAGGAACCTGGTGAAGC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AATAGGGAGGCGAGCTGCTGATAACTTGAGAAGACATCACCAATACCAAGAAGTTATGAGGAACCTGGTGAAGC  2146

Query 2147  GATACGTTGCTGCAATGATTAGAGATGCTAAAACTGAAGAAGGCCTGACCGAAGAGAACTTTAAGGAACTAAAG  2220
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||                                       
Sbjct 2147  GATACGTTGCTGCAATGATTAGAGATGCTAAAACT---------------------------------------  2181

Query 2221  CAAGACATTTCTAGTTTCCGCTTTGAAGTCCTGGGATTACTAAGAGGAAGCAAACTTTCCACAATACAATCTGC  2294
                                                                                      
Sbjct 2182  --------------------------------------------------------------------------  2181

Query 2295  GAATGCCTCGAAGGAGTCTTCAAATTCGGCAGACTCAGATGAAAAGAGTGATAGCGAAGGTAATAGCAAGGACA  2368
                                                                                      
Sbjct 2182  --------------------------------------------------------------------------  2181

Query 2369  AGAAAAAGAATTTCAGCCTTTTTGATTTAACCACCCTGATTCATCCGAGATCAGCAGCAATTGCCTCTGAAAGA  2442
                                                                                      
Sbjct 2182  --------------------------------------------------------------------------  2181

Query 2443  CATAACATAAGCAATGGCTCTGCCCTGGTGGTTCAGGAGCCGCCCAGGGAGAAGCAGAGAAAAGTGAATTTTGT  2516
                                                                                      
Sbjct 2182  --------------------------------------------------------------------------  2181

Query 2517  GACCGATATCAAAAACTTTGGGTTATTTCATAGACGATCAAAACAAAATGCTGCTGAGCAAAATGCAAACCAAA  2590
                                                                                      
Sbjct 2182  --------------------------------------------------------------------------  2181

Query 2591  TCTTCTCTGTTTCAGAAGAAGTTGCTCGTCAACAGGCTGCAGGACCACTTGAGAGAAATATTCAACTGGAATCT  2664
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2182  --------------GAAGAAGTTGCTCGTCAACAGGCTGCAGGACCACTTGAGAGAAATATTCAACTGGAATCT  2241

Query 2665  CGAGGATTAGCTTCACGGGGTGACCTGAGCATTCCCGGTCTCAGTGAACAATGTGTGTTAGTAGACCATAGAGA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2242  CGAGGATTAGCTTCACGGGGTGACCTGAGCATTCCCGGTCTCAGTGAACAATGTGTGTTAGTAGACCATAGAGA  2315

Query 2739  AAGGAATACGGACACACTGGGGTTACAGGTAGGAAAGAGAGTGTGTCCATTCAAGTCAGAGAAGGTGGTGGTGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2316  AAGGAATACGGACACACTGGGGTTACAGGTAGGAAAGAGAGTGTGTCCATTCAAGTCAGAGAAGGTGGTGGTGG  2389

Query 2813  AGGACACGGTTCCTATAATACCAAAGGAGAAACATGCAAAAGAAGAGGACTCTAGTATAGACTATGATCTAAAC  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2390  AGGACACGGTTCCTATAATACCAAAGGAGAAACATGCAAAAGAAGAGGACTCTAGTATAGACTATGATCTAAAC  2463

Query 2887  CTCCCAGACACAGTCACCCACGAAGATTACGTGACCACAAGATTG  2931
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2464  CTCCCAGACACAGTCACCCACGAAGATTACGTGACCACAAGATTG  2508