Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_01789
• Subject: NM_001178031.3
• Aligned Length: 1925
• Identities: 1548
• Gaps: 367

Alignment

Query    1  ATGGCGACCGGAGCGAACGCCACGCCGTTGGACTTCCCAAGTAAGAAGCGGAAGAGGAGCCGCTGGAACCAAGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CACAATGGAACAGAAGACAGTGATTCCAGGAATGCCTACAGTTATTCCCCCTGGACTTACTCGAGAACAAGAAA  148
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ----ATGGAACAGAAGACAGTGATTCCAGGAATGCCTACAGTTATTCCCCCTGGACTTACTCGAGAACAAGAAA  70

Query  149  GAGCTTATATAGTGCAACTGCAGATAGAAGACCTGACTCGTAAACTGCGCACAGGAGACCTGGGCATCCCCCCT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   71  GAGCTTATATAGTGCAACTGCAGATAGAAGACCTGACTCGTAAACTGCGCACAGGAGACCTGGGCATCCCCCCT  144

Query  223  AACCCTGAGGACAGGTCCCCTTCCCCTGAGCCCATCTACAATAGCGAGGGGAAGCGGCTTAACACCCGAGAGTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  145  AACCCTGAGGACAGGTCCCCTTCCCCTGAGCCCATCTACAATAGCGAGGGGAAGCGGCTTAACACCCGAGAGTT  218

Query  297  CCGCACCCGCAAAAAGCTGGAAGAGGAGCGGCACAACCTCATCACAGAGATGGTTGCACTCAATCCGGATTTCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  219  CCGCACCCGCAAAAAGCTGGAAGAGGAGCGGCACAACCTCATCACAGAGATGGTTGCACTCAATCCGGATTTCA  292

Query  371  AGCCACCTGCAGATTACAAACCTCCAGCAACACGTGTGAGTGATAAAGTCATGATTCCACAAGATGAGTACCCA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  293  AGCCACCTGCAGATTACAAACCTCCAGCAACACGTGTGAGTGATAAAGTCATGATTCCACAAGATGAGTACCCA  366

Query  445  GAAATCAACTTTGTGGGGCTGCTCATCGGGCCCAGAGGGAACACCCTGAAGAACATAGAGAAGGAGTGCAATGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  367  GAAATCAACTTTGTGGGGCTGCTCATCGGGCCCAGAGGGAACACCCTGAAGAACATAGAGAAGGAGTGCAATGC  440

Query  519  CAAGATTATGATCCGGGGGAAAGGGTCTGTGAAAGAAGGGAAGGTTGGGCGCAAAGATGGCCAGATGTTGCCAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  441  CAAGATTATGATCCGGGGGAAAGGGTCTGTGAAAGAAGGGAAGGTTGGGCGCAAAGATGGCCAGATGTTGCCAG  514

Query  593  GAGAAGATGAGCCACTTCATGCCCTGGTTACTGCCAATACAATGGAGAACGTCAAAAAGGCAGTGGAACAGATA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  515  GAGAAGATGAGCCACTTCATGCCCTGGTTACTGCCAATACAATGGAGAACGTCAAAAAGGCAGTGGAACAGATA  588

Query  667  AGAAACATCCTGAAGCAGGGTATCGAGACTCCAGAGGACCAGAATGATCTACGGAAGATGCAGCTTCGGGAGTT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  589  AGAAACATCCTGAAGCAGGGTATCGAGACTCCAGAGGACCAGAATGATCTACGGAAGATGCAGCTTCGGGAGTT  662

Query  741  GGCTCGCTTAAATGGGACCCTTCGGGAAGACGATAACAGGATCTTAAGACCCTGGCAGAGCTCAGAGACCCGCA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  663  GGCTCGCTTAAATGGGACCCTTCGGGAAGACGATAACAGGATCTTAAGACCCTGGCAGAGCTCAGAGACCCGCA  736

Query  815  GCATTACCAACACCACAGTGTGTACCAAGTGTGGAGGGGCTGGCCACATTGCTTCAGACTGTAAATTCCAAAGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  737  GCATTACCAACACCACAGTGTGTACCAAGTGTGGAGGGGCTGGCCACATTGCTTCAGACTGTAAATTCCAAAGG  810

Query  889  CCTGGTGATCCTCAGTCAGCTCAGGATAAAGCACGGATGGATAAAGAATATTTGTCCCTCATGGCTGAACTGGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  811  CCTGGTGATCCTCAGTCAGCTCAGGATAAAGCACGGATGGATAAAGAATATTTGTCCCTCATGGCTGAACTGGG  884

Query  963  TGAAGCACCTGTCCCAGCATCTGTGGGCTCCACCTCTGGGCCTGCCACCACACCCCTGGCCAGCGCACCTCGTC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  885  TGAAGCACCTGTCCCAGCATCTGTGGGCTCCACCTCTGGGCCTGCCACCACACCCCTGGCCAGCGCACCTCGTC  958

Query 1037  CTGCTGCTCCCGCCAACAACCCACCTCCACCGTCTCTCATGTCTACCACCCAGAGCCGCCCACCCTGGATGAAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  959  CTGCTGCTCCCGCCAACAACCCACCTCCACCGTCTCTCATGTCTACCACCCAGAGCCGCCCACCCTGGATGAAT  1032

Query 1111  TCTGGCCCTTCAGAGAGTCGGCCCTACCACGGCATGCATGGAGGTGGTCCTGGTGGGCCCGGAGGTGGCCCCCA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033  TCTGGCCCTTCAGAGAGTCGGCCCTACCACGGCATGCATGGAGGTGGTCCTGGTGGGCCCGGAGGTGGCCCCCA  1106

Query 1185  CAGCTTCCCACACCCATTACCCAGCCTGACAGGTGGGCATGGTGGACATCCCATGCAGCACAACCCCAATGGAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107  CAGCTTCCCACACCCATTACCCAGCCTGACAGGTGGGCATGGTGGACATCCCATGCAGCACAACCCCAATGGAC  1180

Query 1259  CCCCACCCCCTTGGATGCAGCCACCACCACCACCGATGAACCAGGGCCCCCACCCTCCTGGGCACCATGGCCCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181  CCCCACCCCCTTGGATGCAGCCACCACCACCACCGATGAACCAGGGCCCCCACCCTCCTGGGCACCATGGCCCT  1254

Query 1333  CCTCCAATGGATCAGTACCTGGGAAGTACGCCTGTGGGCTCTGGGGTCTATCGCCTGCATCAAGGAAAAGGTAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255  CCTCCAATGGATCAGTACCTGGGAAGTACGCCTGTGGGCTCTGGGGTCTATCGCCTGCATCAAGGAAAAGGTAT  1328

Query 1407  GATGCCGCCACCACCTATGGGCATGATGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCCCAGTGGGCAGCCCCCACCCCCTCCCT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329  GATGCCGCCACCACCTATGGGCATGATGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCCCAGTGGGCAGCCCCCACCCCCTCCCT  1402

Query 1481  CTGGTCCTCTTCCCCCATGGCAACAACAGCAGCAGCAGCCTCCGCCACCCCCTCCGCCCAGCAGCAGTATGGCT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403  CTGGTCCTCTTCCCCCATGGCAACAACAGCAGCAGCAGCCTCCGCCACCCCCTCCGCCCAGCAGCAGTATGGCT  1476

Query 1555  TCCAGTACCCCCTTGCCATGGCAGCAAA----GA----TCCCTCCCCGCGGCGGCGATGG------------CC  1608
            ||||||||||||||||||||||||||||    ||    |.||.||.||    .|||.|||            ||
Sbjct 1477  TCCAGTACCCCCTTGCCATGGCAGCAAAATACGACGACTACCACCACG----AGCGCTGGCACAGGGTCCATCC  1546

Query 1609  CGAGCCATG---AGAG-----------TG----AGGACTT-TCC--GCGCCCATTGG-----------------  1644
            |  ||||||   |.||           ||    ||  ||| |||  |.||||.|..|                 
Sbjct 1547  C--GCCATGGCAACAGCAGCAGGCGGCTGCCGCAG--CTTCTCCAGGAGCCCCTCAGATGCAAGGCAACCCCAC  1616

Query 1645  --------------------------------------------------------------------------  1644
                                                                                      
Sbjct 1617  TATGGTGCCCCTGCCCCCCGGGGTCCAGCCGCCTCTGCCGCCTGGGGCCCCTCCCCCTCCGCCGCCTCCACCGC  1690

Query 1645  --------------------------------------------------------------------------  1644
                                                                                      
Sbjct 1691  CTGGTTCCGCCGGCATGATGTATGCCCCGCCCCCTCCTCCTCCGCCTCCCATGGACCCTTCTAACTTTGTCACC  1764

Query 1645  --------------------------------------------------------------------------  1644
                                                                                      
Sbjct 1765  ATGATGGGCATGGGGGTGGCGGGCATGCCGCCCTTCGGGATGCCTCCAGCTCCCCCACCGCCTCCACCACAGAA  1838

Query 1645  -  1644
             
Sbjct 1839  C  1839