Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_01806
• Subject: XR_001743619.2
• Aligned Length: 2847
• Identities: 1708
• Gaps: 1137

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  TGGGCGCTCAGCCTCGCTGGCCATGCGTCACCCCGGCCTTGGTGGGGGCGGGGCTCCGAAGAGCTCGGTTCAGA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCCCGGCCGCCTGGGCTCCAGGAGCCCCGGAACCAGGATAAGTTGGATGGCTGCCGCGGCGAAGCGGGGGGCGG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GGTGGACCGTGCCCGGTATTTTCTATACGGGTTCCGGGGCCCGGTAGAGGCGCGCCAAGAGGAAAGGAAAGTGC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GGCGGCCCTGGAACCTGGATATCGCGCGAGATTTGTGACCCAGAAGGAAATCTCTGACCTCAGCTGTGGCTCTT  296

Query    1  ----------------------------------------------------ATGGAGAGCTTGGGGCTGCACA  22
                                                                ||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGTGCTGGCCAGAAGCCAACTTCATGTCTGAGTGCACGAGCAGCAGTTTGCCATGGAGAGCTTGGGGCTGCACA  370

Query   23  CGGTGACCCTTAGTGATGGGACAACAGCCTACGTCCAGCAAGCTGTCAAAGGAGAGAAGCTTCTTGAAGGGCAG  96
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CGGTGACCCTTAGTGATGGGACAACAGCCTACGTCCAGCAAGCTGTCAAAGGAGAGAAGCTTCTTGAAGGGCAG  444

Query   97  GTGATCCAGCTCGAGGATGGGACCACCGCATACATTCACCAGGTGACGGTACAGAAAGAAGCTCTCTCCTTTGA  170
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGATCCAGCTCGAGGATGGGACCACCGCATACATTCACCAGGTGACGGTACAGAAAGAAGCTCTCTCCTTTGA  518

Query  171  GGATGGTCAGCCTGTGCAGCTGGAAGATGGCAGCATGGCTTACATACACCGCACACCCAG--------------  230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
Sbjct  519  GGATGGTCAGCCTGTGCAGCTGGAAGATGGCAGCATGGCTTACATACACCGCACACCCAGAGGGCTAACCGCGT  592

Query  231  ---------AGAAGGCTATGACCCCAGCACCCTGGAAGCCGTCCAACTGGAAGATGGCTCCACTGCCTACATTC  295
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTTCCCTGCAGAAGGCTATGACCCCAGCACCCTGGAAGCCGTCCAACTGGAAGATGGCTCCACTGCCTACATTC  666

Query  296  ACCACCCTGTGGCTGTGCCATCGGAGAGCACCATCCTGGCCGTACAGACAGAGGTGGGCTTGGAGGACCTGGCA  369
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACCACCCTGTGGCTGTGCCATCGGAGAGCACCATCCTGGCCGTACAGACAGAGGTGGGCTTGGAGGACCTGGCA  740

Query  370  GCAGAGGATGATGAGGGCTTCAGTGCAGACGCAGTGGTGGCCCTGGAGCAGTATGCCAGCA-------------  430
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
Sbjct  741  GCAGAGGATGATGAGGGCTTCAGTGCAGACGCAGTGGTGGCCCTGGAGCAGTATGCCAGCAAGACTTTTCCCCC  814

Query  431  AGGTTCTTCATGACAGCCAGATTCCCCGTAATGGAAAAGGGCAGCAAGTTGGAGACAGAGCATTCCGCTGTGGC  504
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGGTTCTTCATGACAGCCAGATTCCCCGTAATGGAAAAGGGCAGCAAGTTGGAGACAGAGCATTCCGCTGTGGC  888

Query  505  TACAAGGGCTGTGGGCGTCTCTACACCACCGCTCATCACTTAAAGGTGCATGAACGAGCTCATACAGGTGACCG  578
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TACAAGGGCTGTGGGCGTCTCTACACCACCGCTCATCACTTAAAGGTGCATGAACGAGCTCATACAGGTGACCG  962

Query  579  TCCATACAGATGTGACTTCCCCAGCTGTGGAAAGGCCTTTGCCACAGGCTATGGACTGAAGAGCCACGTTCGTA  652
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TCCATACAGATGTGACTTCCCCAGCTGTGGAAAGGCCTTTGCCACAGGCTATGGACTGAAGAGCCACGTTCGTA  1036

Query  653  CCCACACTGGTGAGAAACCATACAAGTGCCCAGAGGAGCTGTGCAGCAAGGCCTTCAAGACCTCAGGAGACCTG  726
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCCACACTGGTGAGAAACCATACAAGTGCCCAGAGGAGCTGTGCAGCAAGGCCTTCAAGACCTCAGGAGACCTG  1110

Query  727  CAGAAGCATGTCCGTACCCACACTGGTGAACGCCCGTTCCAGTGCCCTTTTGAGGGCTGTGGCCGCTCCTTCAC  800
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CAGAAGCATGTCCGTACCCACACTGGTGAACGCCCGTTCCAGTGCCCTTTTGAGGGCTGTGGCCGCTCCTTCAC  1184

Query  801  CACATCTAACATCCGCAAGGTACATGTGCGCACCCACACAGGCGAGAGGCCCTACACCTGCCCGGAGCCCCACT  874
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CACATCTAACATCCGCAAGGTACATGTGCGCACCCACACAGGCGAGAGGCCCTACACCTGCCCGGAGCCCCACT  1258

Query  875  GTGGCCGCGGCTTCACCAGCGCCACCAACTATAAGAATCACGTGCGCATCCACACAGGGGAGAAGCCATACGTT  948
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GTGGCCGCGGCTTCACCAGCGCCACCAACTATAAGAATCACGTGCGCATCCACACAGGGGAGAAGCCATACGTT  1332

Query  949  TGCACGGTGCCAGGCTGCGGGAAACGCTTCACCGAGTACTCGAGCTTGTATAAGCACCACGTGGTGCACACACA  1022
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TGCACGGTGCCAGGCTGCGGGAAACGCTTCACCGAGTACTCGAGCTTGTATAAGCACCACGTGGTGCACACACA  1406

Query 1023  CTGCAAGCCCTACACCTGCAGCACCTGCGGCAAGACCTACCGGCAGACCTCCACCTTGGCCATGCACAAGCGCA  1096
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CTGCAAGCCCTACACCTGCAGCACCTGCGGCAAGACCTACCGGCAGACCTCCACCTTGGCCATGCACAAGCGCA  1480

Query 1097  GTGCCCATGGCGAGCTGGAGGCCACGGAGGAGAGTGAGCAGGCCCTCTATGAGCAGCAGCAACTTGAGGCCGCC  1170
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GTGCCCACGGCGAGCTGGAGGCCACGGAGGAGAGCGAGCAGGCCCTCTATGAGCAGCAGCAACTTGAGGCCGCC  1554

Query 1171  TCTGCAGCCGAGGAGAGTCCGCCACCCAAACGACCCCGGATAGCTTACCTTTCGGAGGTGAAGGAAGAGAGAGA  1244
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TCTGCAGCCGAGGAGAGTCCGCCACCCAAACGACCCCGGATAGCTTACCTTTCGGAGGTGAAGGAAGAGAGAGA  1628

Query 1245  TGACATCCCAGCCCAGGTGGCGATGGTGACTGAAGAAGATGGGGCCCCCCAGGTGGCTCTGATCACTCAGGATG  1318
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGACATCCCAGCCCAGGTGGCGATGGTGACTGAAGAAGATGGGGCCCCCCAGGTGGCTCTGATCACTCAGGATG  1702

Query 1319  GTGCCCAGCAGGTCAGCCTGTCCCCGGAAGACCTGCAGGCCCTGGGGAGTGCCATCAGTATGGTCACCCAGCAC  1392
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTGCCCAGCAGGTCAGCCTGTCCCCGGAAGACCTGCAGGCCCTGGGGAGTGCCATCAGTATGGTCACCCAGCAC  1776

Query 1393  GGCAGCACCACCCTCACCATCCCCAGTCCTGATGCCGACCTGGCCACATCTGGCACACATACAGTCACCATGGT  1466
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GGCAGCACCACCCTCACCATCCCCAGTCCTGATGCCGACCTGGCCACATCTGGCACACATACAGTCACCATGGT  1850

Query 1467  CAGCGCCGATGGCACCCAGACGCAGCCC-------------GTCACAATCATTACCTCTGGGGCTGTGGTGGCT  1527
            ||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CAGCGCCGATGGCACCCAGACGCAGCCCGTATGACCAGGCGGTCACAATCATTACCTCTGGGGCTGTGGTGGCT  1924

Query 1528  GAGGACTCAAGTGTAGCATCTCTTCGTCATCAACAGGTGGCACTGTTGGCCACAGCCAACGGAACGCACATTGC  1601
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GAGGACTCAAGTGTAGCATCTCTTCGTCATCAACAGGTGGCACTGTTGGCCACAGCCAACGGAACGCACATTGC  1998

Query 1602  AGTGCAGCTGGAGGAACAGCAGACCTTAGAGGAGGCCATCAATGTGGCCACTGCGGCCATGCAGCAAGGGGCTG  1675
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AGTGCAGCTGGAGGAACAGCAGACCTTAGAGGAGGCCATCAATGTGGCCACTGCGGCCATGCAGCAAGGGGCTG  2072

Query 1676  TGACCCTGGAGACAACAGTGTCGGAGAGTGGCTGC---------------------------------------  1710
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||                                       
Sbjct 2073  TGACCCTGGAGACAACAGTGTCGGAGAGTGGCTGCTGAGTCCAAGAGGGCTGGGTCCCACACCATGCTGGAGGA  2146

Query 1711  --------------------------------------------------------------------------  1710
                                                                                      
Sbjct 2147  AGTGCCATCTGCATGGCCACTCTTGCCCCCAAGGGCCCAGGCTGTGGCTGACACATAGAAGGTGGCCACATAGG  2220

Query 1711  --------------------------------------------------------------------------  1710
                                                                                      
Sbjct 2221  TCTCTGGGGTGAGAAGACAGCAAGAAAACTGCCTAACTGAAGGGAATGGGGGCCCTGCTCAAGAAGGGGGCCAG  2294

Query 1711  --------------------------------------------------------------------------  1710
                                                                                      
Sbjct 2295  GCAGCTGGAATCAGGGGAGTGCATCATCCTCGGGAGCTGACAACAGCCAGGCTACACCAGGGCACCCGCCTCTC  2368

Query 1711  --------------------------------------------------------------------------  1710
                                                                                      
Sbjct 2369  AAAATCAGCTGGGCGCCCACTCTCCTCCTAAAGAACACCCTTCTGGCCCTCAGTCTGTTCCCCTTCTCAGGTAG  2442

Query 1711  --------------------------------------------------------------------------  1710
                                                                                      
Sbjct 2443  AGATTGGGGCTGCTATGGGGACTGGCCCTGTAGGGTTGAGCCACAGACAGCTCTTCAGCCCAGTAGCAGTGGAG  2516

Query 1711  --------------------------------------------------------------------------  1710
                                                                                      
Sbjct 2517  CAGGCCCTGTCCTGCCCTCCCAGCAATAACCACCTCCCTGGAGGCCAGCTGAGATGCCTGGCTACTTGGCACCA  2590

Query 1711  --------------------------------------------------------------------------  1710
                                                                                      
Sbjct 2591  GGGACTTCCTGACACCACAGTCAATTAATTCCTCAGGGGCCTGTGGCTGAAGAAAAGGTGCCCAGCCCCCACCA  2664

Query 1711  --------------------------------------------------------------------------  1710
                                                                                      
Sbjct 2665  CTCCTCAGCTGCCCCCCAACCTCTCTATGGCAGAGAGGCAGGGAGTGGCCCTGTACATAGACTGCTGGGGATTG  2738

Query 1711  --------------------------------------------------------------------------  1710
                                                                                      
Sbjct 2739  GGTTTGATTTGTTTTGTTTTTTTTAATTCCATTTTGATAATTTTTTTCCTGCTCTGGGTGGTGGTGGCACATGG  2812

Query 1711  -----------------------------------  1710
                                               
Sbjct 2813  ATGAATGAGTATTTAATAAAAGTTCCAAATTTCCA  2847