Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_01806
- Subject:
- XR_002956304.1
- Aligned Length:
- 2803
- Identities:
- 1708
- Gaps:
- 1093
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GAGGCAAGCTGCGCGCGGGCGGGCGGGCTATGGCGCAGGCGGGTTGTGGGGCCGGCGCTGGTGGCGGGGCCCGG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGCATGGCGGTCTGTCGGCGGAGTCGCCCTCGGGGGCTGTCAGATTTGTGACCCAGAAGGAAATCTCTGACCTC 148
Query 1 -----------------------------------------------------------------ATGGAGAGC 9
|||||||||
Sbjct 149 AGCTGTGGCTCTTGGTGCTGGCCAGAAGCCAACTTCATGTCTGAGTGCACGAGCAGCAGTTTGCCATGGAGAGC 222
Query 10 TTGGGGCTGCACACGGTGACCCTTAGTGATGGGACAACAGCCTACGTCCAGCAAGCTGTCAAAGGAGAGAAGCT 83
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 TTGGGGCTGCACACGGTGACCCTTAGTGATGGGACAACAGCCTACGTCCAGCAAGCTGTCAAAGGAGAGAAGCT 296
Query 84 TCTTGAAGGGCAGGTGATCCAGCTCGAGGATGGGACCACCGCATACATTCACCAGGTGACGGTACAGAA----- 152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TCTTGAAGGGCAGGTGATCCAGCTCGAGGATGGGACCACCGCATACATTCACCAGGTGACGGTACAGAAAGGTG 370
Query 153 -------------------------------------------------------------------------- 152
Sbjct 371 AGGGCACCCCAACACACCATGCCTTGTCGAGGGAAGCCTGACAGCCCCCACCAAGGGACCCCTCCATGGCACTG 444
Query 153 ----------------------------------AGAAGCTCTCTCCTTTGAGGATGGTCAGCCTGTGCAGCTG 192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 AGCTCCAGGGAAAGGCAGGCATTGCTCTCGTTACAGAAGCTCTCTCCTTTGAGGATGGTCAGCCTGTGCAGCTG 518
Query 193 GAAGATGGCAGCATGGCTTACATACACCGCACACCCAGAGAAGGCTATGACCCCAGCACCCTGGAAGCCGTCCA 266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GAAGATGGCAGCATGGCTTACATACACCGCACACCCAGAGAAGGCTATGACCCCAGCACCCTGGAAGCCGTCCA 592
Query 267 ACTGGAAGATGGCTCCACTGCCTACATTCACCACCCTGTGGCTGTGCCATCGGAGAGCACCATCCTGGCCGTAC 340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 ACTGGAAGATGGCTCCACTGCCTACATTCACCACCCTGTGGCTGTGCCATCGGAGAGCACCATCCTGGCCGTAC 666
Query 341 AGACAGAGGTGGGCTTGGAGGACCTGGCAGCAGAGGATGATGAGGGCTTCAGTGCAGACGCAGTGGTGGCCCTG 414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 AGACAGAGGTGGGCTTGGAGGACCTGGCAGCAGAGGATGATGAGGGCTTCAGTGCAGACGCAGTGGTGGCCCTG 740
Query 415 GAGCAGTATGCCAGCAAGGTTCTTCATGACAGCCAGATTCCCCGTAATGGAAAAGGGCAGCAAGTTGGAGACAG 488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GAGCAGTATGCCAGCAAGGTTCTTCATGACAGCCAGATTCCCCGTAATGGAAAAGGGCAGCAAGTTGGAGACAG 814
Query 489 AGCATTCCGCTGTGGCTACAAGGGCTGTGGGCGTCTCTACACCACCGCTCATCACTTAAAGGTGCATGAACGAG 562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 AGCATTCCGCTGTGGCTACAAGGGCTGTGGGCGTCTCTACACCACCGCTCATCACTTAAAGGTGCATGAACGAG 888
Query 563 CTCATACAGGTGACCGTCCATACAGATGTGACTTCCCCAGCTGTGGAAAGGCCTTTGCCACAGGCTATGGACTG 636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CTCATACAGGTGACCGTCCATACAGATGTGACTTCCCCAGCTGTGGAAAGGCCTTTGCCACAGGCTATGGACTG 962
Query 637 AAGAGCCACGTTCGTACCCACACTGGTGAGAAACCATACAAGTGCCCAGAGGAGCTGTGCAGCAAGGCCTTCAA 710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 AAGAGCCACGTTCGTACCCACACTGGTGAGAAACCATACAAGTGCCCAGAGGAGCTGTGCAGCAAGGCCTTCAA 1036
Query 711 GACCTCAGGAGACCTGCAGAAGCATGTCCGTACCCACACTGGTGAACGCCCGTTCCAGTGCCCTTTTGAGGGCT 784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 GACCTCAGGAGACCTGCAGAAGCATGTCCGTACCCACACTGGTGAACGCCCGTTCCAGTGCCCTTTTGAGGGCT 1110
Query 785 GTGGCCGCTCCTTCACCACATCTAACATCCGCAAGGTACATGTGCGCACCCACACAGGCGAGAGGCCCTACACC 858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GTGGCCGCTCCTTCACCACATCTAACATCCGCAAGGTACATGTGCGCACCCACACAGGCGAGAGGCCCTACACC 1184
Query 859 TGCCCGGAGCCCCACTGTGGCCGCGGCTTCACCAGCGCCACCAACTATAAGAATCACGTGCGCATCCACA---- 928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TGCCCGGAGCCCCACTGTGGCCGCGGCTTCACCAGCGCCACCAACTATAAGAATCACGTGCGCATCCACACAGC 1258
Query 929 ----------CAGGGGAGAAGCCATACGTTTGCACGGTGCCAGGCTGCGGGAAACGCTTCACCGAGTACTCGAG 992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CCAGTGTCCCCAGGGGAGAAGCCATACGTTTGCACGGTGCCAGGCTGCGGGAAACGCTTCACCGAGTACTCGAG 1332
Query 993 CTTGTATAAGCACCACGTGGTGCACACACACTGCAAGCCCTACACCTGCAGCACCTGCGGCAAGACCTACCGGC 1066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CTTGTATAAGCACCACGTGGTGCACACACACTGCAAGCCCTACACCTGCAGCACCTGCGGCAAGACCTACCGGC 1406
Query 1067 AGACCTCCACCTTGGCCATGCACAAGCGCAGTGCCCATGGCGAGCTGGAGGCCACGGAGGAGAGTGAGCAGGCC 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1407 AGACCTCCACCTTGGCCATGCACAAGCGCAGTGCCCACGGCGAGCTGGAGGCCACGGAGGAGAGCGAGCAGGCC 1480
Query 1141 CTCTATGAGCAGCAGCAACTTGAGGCCGCCTCTGCAGCCGAGGAGAGTCCGCCACCCAAACGACCCCGGATAGC 1214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 CTCTATGAGCAGCAGCAACTTGAGGCCGCCTCTGCAGCCGAGGAGAGTCCGCCACCCAAACGACCCCGGATAGC 1554
Query 1215 TTACCTTTCGGAGGTGAAGGAAGAGAGAGATGACATCCCAGCCCAGGTGGCGATGGTGACTGAAGAAGATGGGG 1288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TTACCTTTCGGAGGTGAAGGAAGAGAGAGATGACATCCCAGCCCAGGTGGCGATGGTGACTGAAGAAGATGGGG 1628
Query 1289 CCCCCCAGGTGGCTCTGATCACTCAGGATGGTGCCCAGCAGGTCAGCCTGTCCCCGGAAGACCTGCAGGCCCTG 1362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 CCCCCCAGGTGGCTCTGATCACTCAGGATGGTGCCCAGCAGGTCAGCCTGTCCCCGGAAGACCTGCAGGCCCTG 1702
Query 1363 GGGAGTGCCATCAGTATGGTCACCCAGCACGGCAGCACCACCCTCACCATCCCCAGTCCTGATGCCGACCTGGC 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 GGGAGTGCCATCAGTATGGTCACCCAGCACGGCAGCACCACCCTCACCATCCCCAGTCCTGATGCCGACCTGGC 1776
Query 1437 CACATCTGGCACACATACAGTCACCATGGTCAGCGCCGATGGCACCCAGACGCAGCCC-------------GTC 1497
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1777 CACATCTGGCACACATACAGTCACCATGGTCAGCGCCGATGGCACCCAGACGCAGCCCGTATGACCAGGCGGTC 1850
Query 1498 ACAATCATTACCTCTGGGGCTGTGGTGGCTGAGGACTCAAGTGTAGCATCTCTTCGTCATCAACAGGTGGCACT 1571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 ACAATCATTACCTCTGGGGCTGTGGTGGCTGAGGACTCAAGTGTAGCATCTCTTCGTCATCAACAGGTGGCACT 1924
Query 1572 GTTGGCCACAGCCAACGGAACGCACATTGCAGTGCAGCTGGAGGAACAGCAGACCTTAGAGGAGGCCATCAATG 1645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 GTTGGCCACAGCCAACGGAACGCACATTGCAGTGCAGCTGGAGGAACAGCAGACCTTAGAGGAGGCCATCAATG 1998
Query 1646 TGGCCACTGCGGCCATGCAGCAAGGGGCTGTGACCCTGGAGACAACAGTGTCGGAGAGTGGCTGC--------- 1710
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TGGCCACTGCGGCCATGCAGCAAGGGGCTGTGACCCTGGAGACAACAGTGTCGGAGAGTGGCTGCTGAGTCCAA 2072
Query 1711 -------------------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2073 GAGGGCTGGGTCCCACACCATGCTGGAGGAAGTGCCATCTGCATGGCCACTCTTGCCCCCAAGGGCCCAGGCTG 2146
Query 1711 -------------------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2147 TGGCTGACACATAGAAGGTGGCCACATAGGTCTCTGGGGTGAGAAGACAGCAAGAAAACTGCCTAACTGAAGGG 2220
Query 1711 -------------------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2221 AATGGGGGCCCTGCTCAAGAAGGGGGCCAGGCAGCTGGAATCAGGGGAGTGCATCATCCTCGGGAGCTGACAAC 2294
Query 1711 -------------------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2295 AGCCAGGCTACACCAGGGCACCCGCCTCTCAAAATCAGCTGGGCGCCCACTCTCCTCCTAAAGAACACCCTTCT 2368
Query 1711 -------------------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2369 GGCCCTCAGTCTGTTCCCCTTCTCAGGTAGAGATTGGGGCTGCTATGGGGACTGGCCCTGTAGGGTTGAGCCAC 2442
Query 1711 -------------------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2443 AGACAGCTCTTCAGCCCAGTAGCAGTGGAGCAGGCCCTGTCCTGCCCTCCCAGCAATAACCACCTCCCTGGAGG 2516
Query 1711 -------------------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2517 CCAGCTGAGATGCCTGGCTACTTGGCACCAGGGACTTCCTGACACCACAGTCAATTAATTCCTCAGGGGCCTGT 2590
Query 1711 -------------------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2591 GGCTGAAGAAAAGGTGCCCAGCCCCCACCACTCCTCAGCTGCCCCCCAACCTCTCTATGGCAGAGAGGCAGGGA 2664
Query 1711 -------------------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2665 GTGGCCCTGTACATAGACTGCTGGGGATTGGGTTTGATTTGTTTTGTTTTTTTTAATTCCATTTTGATAATTTT 2738
Query 1711 ----------------------------------------------------------------- 1710
Sbjct 2739 TTTCCTGCTCTGGGTGGTGGTGGCACATGGATGAATGAGTATTTAATAAAAGTTCCAAATTTCCA 2803