Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_01930
• Subject: NM_001324375.2
• Aligned Length: 2235
• Identities: 2046
• Gaps: 189

Alignment

Query    1  ATGTCTTTGAAACCAAGAGTAGTAGATTTTGATGAAACATGGAACAAACTTTTGACGACAATAAAAGCCGTGGT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCTTTGAAACCAAGAGTAGTAGATTTTGATGAAACATGGAACAAACTTTTGACGACAATAAAAGCCGTGGT  74

Query   75  CATGTTGGAATACGTCGAAAGAGCAACATGGAATGACCGTTTCTCAGATATCTATGCTTTATGTGTGGCCTATC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CATGTTGGAATACGTCGAAAGAGCAACATGGAATGACCGTTTCTCAGATATCTATGCTTTATGTGTGGCCTATC  148

Query  149  CTGAACCCCTTGGAGAAAGACTTTATACAGAAACTAAGATTTTTTTGGAAAATCATGTTCGGCATTTGCATAAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTGAACCCCTTGGAGAAAGACTTTATACAGAAACTAAGATTTTTTTGGAAAATCATGTTCGGCATTTGCATAAG  222

Query  223  AGAGTTTTGGAGTCAGAAGAACAAGTACTTGTTATGTATCATAGGTACTGGGAAGAATACAGCAAGGGTGCAGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGAGTTTTGGAGTCAGAAGAACAAGTACTTGTTATGTATCATAGGTACTGGGAAGAATACAGCAAGGGTGCAGA  296

Query  297  CTATATGGACTGCTTATATAGGTATCTCAACACCCAGTTTATTAAAAAGAATAAATTAACAGAAGCGGACCTTC  370
            |||||||||||||||||||||                                                     
Sbjct  297  CTATATGGACTGCTTATATAG-----------------------------------------------------  317

Query  371  AGTATGGCTATGGTGGTGTAGATATGAATGAACCACTTATGGAAATAGGAGAGCTAGCATTGGATATGTGGAGG  444
                                                                                      
Sbjct  318  --------------------------------------------------------------------------  317

Query  445  AAATTGATGGTTGAACCACTTCAGGCCATCCTTATCCGAATGCTGCTCCGAGAAATCAAAAATGATCGTGGTGG  518
                                                                          ||||||||||||
Sbjct  318  --------------------------------------------------------------TGATCGTGGTGG  329

Query  519  AGAAGACCCAAACCAGAAAGTAATCCATGGGGTTATTAACTCCTTTGTTCATGTTGAACAGTATAAGAAAAAAT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  330  AGAAGACCCAAACCAGAAAGTAATCCATGGGGTTATTAACTCCTTTGTTCATGTTGAACAGTATAAGAAAAAAT  403

Query  593  TCCCCTTAAAGTTTTATCAGGAAATTTTTGAGTCTCCCTTTCTGACTGAAACAGGAGAGTATTACAAACAAGAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  404  TCCCCTTAAAGTTTTATCAGGAAATTTTTGAGTCTCCCTTTCTGACTGAAACAGGAGAGTATTACAAACAAGAA  477

Query  667  GCTTCAAATTTATTACAAGAATCAAACTGCTCACAGTATATGGAAAAGGTTCTAGGTAGATTAAAAGATGAAGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  478  GCTTCAAATTTATTACAAGAATCAAACTGCTCACAGTATATGGAAAAGGTTCTAGGTAGATTAAAAGATGAAGA  551

Query  741  AATTCGATGTCGAAAATACCTACATCCAAGTTCATATACTAAGGTGATTCATGAATGTCAACAACGAATGGTAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  552  AATTCGATGTCGAAAATACCTACATCCAAGTTCATATACTAAGGTGATTCATGAATGTCAACAACGAATGGTAG  625

Query  815  CAGACCACTTACAGTTTTTACATGCAGAATGTCATAATATAATTCGACAAGAGAAAAAAAATGACATGGCAAAT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  626  CAGACCACTTACAGTTTTTACATGCAGAATGTCATAATATAATTCGACAAGAGAAAAAAAATGACATGGCAAAT  699

Query  889  ATGTACGTCTTACTCCGTGCTGTGTCCACTGGTTTACCTCATATGATTCAGGAGCTGCAAAACCACATCCATGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  700  ATGTACGTCTTACTCCGTGCTGTGTCCACTGGTTTACCTCATATGATTCAGGAGCTGCAAAACCACATCCATGA  773

Query  963  TGAGGGCCTTCGAGCAACCAGCAACCTTACTCAGGAAAACATGCCAACACTATTTGTGGAGTCAGTTTTGGAAG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  774  TGAGGGCCTTCGAGCAACCAGCAACCTTACTCAGGAAAACATGCCAACACTATTTGTGGAGTCAGTTTTGGAAG  847

Query 1037  TGCATGGTAAATTTGTTCAGCTTATCAACACTGTTTTGAATGGTGATCAGCATTTTATGAGTGCGTTGGATAAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  848  TGCATGGTAAATTTGTTCAGCTTATCAACACTGTTTTGAATGGTGATCAGCATTTTATGAGTGCGTTGGATAAG  921

Query 1111  GCCCTTACGTCAGTTGTAAATTACAGAGAACCTAAGTCTGTTTGCAAAGCACCTGAACTGCTTGCTAAGTACTG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  922  GCCCTTACGTCAGTTGTAAATTACAGAGAACCTAAGTCTGTTTGCAAAGCACCTGAACTGCTTGCTAAGTACTG  995

Query 1185  TGACAACTTACTGAAGAAGTCAGCGAAAGGGATGACAGAGAATGAAGTGGAAGACAGGCTCACGAGCTTCATCA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  996  TGACAACTTACTGAAGAAGTCAGCGAAAGGGATGACAGAGAATGAAGTGGAAGACAGGCTCACGAGCTTCATCA  1069

Query 1259  CAGTGTTCAAATACATTGATGACAAGGACGTCTTTCAAAAGTTCTACGCAAGAATGCTGGCAAAACGTTTAATT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070  CAGTGTTCAAATACATTGATGACAAGGACGTCTTTCAAAAGTTCTACGCAAGAATGCTGGCAAAACGTTTAATT  1143

Query 1333  CATGGGTTATCCATGTCTATGGACTCTGAAGAAGCCATGATCAACAAATTAAAGCAAGCCTGTGGTTATGAGTT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144  CATGGGTTATCCATGTCTATGGACTCTGAAGAAGCCATGATCAACAAATTAAAGCAAGCCTGTGGTTATGAGTT  1217

Query 1407  TACCAGCAAGCTACATCGGATGTATACAGATATGAGTGTCAGCGCTGATCTCAACAATAAGTTCAACAATTTTA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218  TACCAGCAAGCTACATCGGATGTATACAGATATGAGTGTCAGCGCTGATCTCAACAATAAGTTCAACAATTTTA  1291

Query 1481  TCAAAAACCAAGACACAGTAATAGATTTGGGAATTAGTTTTCAAATATATGTTCTACAGGCTGGTGCGTGGCCT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292  TCAAAAACCAAGACACAGTAATAGATTTGGGAATTAGTTTTCAAATATATGTTCTACAGGCTGGTGCGTGGCCT  1365

Query 1555  CTTACTCAGGCTCCTTCATCTACGTTTGCAATTCCCCAGGAATTAGAAAAAAGTGTACAGATGTTTGAATTATT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366  CTTACTCAGGCTCCTTCATCTACGTTTGCAATTCCCCAGGAATTAGAAAAAAGTGTACAGATGTTTGAATTATT  1439

Query 1629  TTATAGCCAACATTTCAGTGGAAGGAAACTTACATGGTTACATTATCTGTGTACAGGTGAAGTTAAAATGAACT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440  TTATAGCCAACATTTCAGTGGAAGGAAACTTACATGGTTACATTATCTGTGTACAGGTGAAGTTAAAATGAACT  1513

Query 1703  ATTTGGGCAAACCATATGTAGCCATGGTTACAACATACCAAATGGCAGTTCTTCTTGCCTTTAACAACAGTGAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514  ATTTGGGCAAACCATATGTAGCCATGGTTACAACATACCAAATGGCAGTTCTTCTTGCCTTTAACAACAGTGAA  1587

Query 1777  ACTGTCAGTTATAAAGAGCTTCAGGACAGCACTCAGATGAATGAAAAGGAACTGACAAAAACAATCAAATCATT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1588  ACTGTCAGTTATAAAGAGCTTCAGGACAGCACTCAGATGAATGAAAAGGAACTGACAAAAACAATCAAATCATT  1661

Query 1851  ACTTGATGTGAAAATGATTAACCATGATTCAGAAAAGGAAGATATTGATGCAGAATCTTCGTTTTCATTAAATA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662  ACTTGATGTGAAAATGATTAACCATGATTCAGAAAAGGAAGATATTGATGCAGAATCTTCGTTTTCATTAAATA  1735

Query 1925  TGAACTTTAGCAGTAAAAGAACAAAATTTAAAATTACTACATCAATGCAGAAAGACACACCACAAGAAATGGAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736  TGAACTTTAGCAGTAAAAGAACAAAATTTAAAATTACTACATCAATGCAGAAAGACACACCACAAGAAATGGAG  1809

Query 1999  CAGACTAGAAGTGCAGTTGATGAGGACCGGAAAATGTATCTCCAAGCTGCTATAGTTCGTATCATGAAAGCACG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810  CAGACTAGAAGTGCAGTTGATGAGGACCGGAAAATGTATCTCCAAGCTGCTATAGTTCGTATCATGAAAGCACG  1883

Query 2073  AAAAGTGCTTCGGCACAATGCCCTTATTCAAGAGGTGATTAGCCAGTCAAGAGCTAGGTTTAATCCCAGTATCA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884  AAAAGTGCTTCGGCACAATGCCCTTATTCAAGAGGTGATTAGCCAGTCAAGAGCTAGGTTTAATCCCAGTATCA  1957

Query 2147  GCATGATTAAGAAGTGTATTGAAGTTCTGATAGACAAACAATACATAGAACGCAGCCAGGCGTCGGCAGATGAA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1958  GCATGATTAAGAAGTGTATTGAAGTTCTGATAGACAAACAATACATAGAACGCAGCCAGGCGTCGGCAGATGAA  2031

Query 2221  TACAGCTACGTCGCG  2235
            |||||||||||||||
Sbjct 2032  TACAGCTACGTCGCG  2046