Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02227
• Subject: NM_001195556.2
• Aligned Length: 1929
• Identities: 1821
• Gaps: 108

Alignment

Query    1  ATGTTGAACATGTGGAAGGTGCGCGAGCTGGTGGACAAAGCCACCAATGTTGTTATGAATTATTCAGAGATCGA  74
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------------------------------------------ATGAATTATTCAGAGATCGA  20

Query   75  GTCTAAGGTTCGAGAGGCAACGAACGATGATCCTTGGGGACCTTCTGGGCAACTCATGGGAGAGATTGCCAAGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   21  GTCTAAGGTTCGAGAGGCAACGAACGATGATCCTTGGGGACCTTCTGGGCAACTCATGGGAGAGATTGCCAAGG  94

Query  149  CTACATTTATGTATGAACAATTTCCAGAACTTATGAACATGCTTTGGTCACGAATGTTAAAAGACAACAAAAAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   95  CTACATTTATGTATGAACAATTTCCAGAACTTATGAACATGCTTTGGTCACGAATGTTAAAAGACAACAAAAAG  168

Query  223  AATTGGAGAAGAGTTTATAAGTCGTTGCTGCTCCTAGCTTACCTCATAAGGAATGGATCAGAGCGTGTTGTTAC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  169  AATTGGAGAAGAGTTTATAAGTCGTTGCTGCTCCTAGCTTACCTCATAAGGAATGGATCAGAGCGTGTTGTTAC  242

Query  297  AAGTGCCAGAGAACACATTTATGATTTACGATCCCTGGAAAATTACCACTTTGTAGATGAGCATGGTAAGGATC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  243  AAGTGCCAGAGAACACATTTATGATTTACGATCCCTGGAAAATTACCACTTTGTAGATGAGCATGGTAAGGATC  316

Query  371  AAGGTATAAATATTCGACAGAAGGTGAAGGAATTGGTTGAATTTGCCCAGGATGACGACAGGCTTCGTGAAGAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  317  AAGGTATAAATATTCGACAGAAGGTGAAGGAATTGGTTGAATTTGCCCAGGATGACGACAGGCTTCGTGAAGAG  390

Query  445  CGAAAGAAAGCAAAGAAGAACAAAGACAAGTATGTTGGGGTTTCCTCAGACAGTGTTGGAGGATTCAGATACAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  391  CGAAAGAAAGCAAAGAAGAACAAAGACAAGTATGTTGGGGTTTCCTCAGACAGTGTTGGAGGATTCAGATACAG  464

Query  519  TGAAAGATATGATCCTGAGCCCAAATCAAAATGGGATGAGGAGTGGGATAAAAACAAGAGTGCTTTTCCATTCA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  465  TGAAAGATATGATCCTGAGCCCAAATCAAAATGGGATGAGGAGTGGGATAAAAACAAGAGTGCTTTTCCATTCA  538

Query  593  GTGATAAATTAGGTGAGCTGAGTGATAAAATTGGAAGCACAATTGATGACACCATCAGCAAGTTCCGGAGGAAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  539  GTGATAAATTAGGTGAGCTGAGTGATAAAATTGGAAGCACAATTGATGACACCATCAGCAAGTTCCGGAGGAAA  612

Query  667  GATAGAGAAGACTCTCCAGAAAGATGCAGCGACAGCGATGAGGAAAAGAAAGCGAGAAGAGGCAGATCTCCCAA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  613  GATAGAGAAGACTCTCCAGAAAGATGCAGCGACAGCGATGAGGAAAAGAAAGCGAGAAGAGGCAGATCTCCCAA  686

Query  741  AGGTGAATTCAAAGATGAAGAGGAGACTGTGACGACAAAGCATATTCATATCACACAGGCCACAGAGACCACCA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  687  AGGTGAATTCAAAGATGAAGAGGAGACTGTGACGACAAAGCATATTCATATCACACAGGCCACAGAGACCACCA  760

Query  815  CAACCAGACACAAGCGCACAGCAAATCCTTCCAAAACCATTGATCTTGGAGCAGCAGCACATTACACAGGGGAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  761  CAACCAGACACAAGCGCACAGCAAATCCTTCCAAAACCATTGATCTTGGAGCAGCAGCACATTACACAGGGGAC  834

Query  889  AAAGCAAGTCCAGATCAGAATGCTTCAACCCACACACCTCAGTCTTCAGTTAAGACTTCAGTGCCTAGCAGCAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  835  AAAGCAAGTCCAGATCAGAATGCTTCAACCCACACACCTCAGTCTTCAGTTAAGACTTCAGTGCCTAGCAGCAA  908

Query  963  GTCATCTGGTGACCTTGTTGATCTGTTTGATGGCACCAGCCAGTCAACAGGAGGATCAGCTGATTTATTCGGAG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  909  GTCATCTGGTGACCTTGTTGATCTGTTTGATGGCACCAGCCAGTCAACAGGAGGATCAGCTGATTTATTCGGAG  982

Query 1037  GATTTGCTGACTTTGGCTCAGCTGCTGCATCAGGCAGTTTCCCTTCCCAAGTAACAGCAACAAGTGGGAATGGA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  983  GATTTGCTGACTTTGGCTCAGCTGCTGCATCAGGCAGTTTCCCTTCCCAAGTAACAGCAACAAGTGGGAATGGA  1056

Query 1111  GACTTTGGTGACTGGAGTGCCTTCAACCAAGCCCCATCAGGCCCTGTTGCTTCCAGTGGCGAGTTCTTTGGCAG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1057  GACTTTGGTGACTGGAGTGCCTTCAACCAAGCCCCATCAGGCCCTGTTGCTTCCAGTGGCGAGTTCTTTGGCAG  1130

Query 1185  TGCCTCACAGCCAGCGGTAGAACTTGTTAGTGGCTCACAATCAGCTCTAGGCCCACCTCCTGCTGCCTCAAATT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131  TGCCTCACAGCCAGCGGTAGAACTTGTTAGTGGCTCACAATCAGCTCTAGGCCCACCTCCTGCTGCCTCAAATT  1204

Query 1259  CTTCAGACCTGTTTGATCTTATGGGCTCGTCCCAGGCAACCATGACATCTTCCCAGAGTATGAATTTCTCTATG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205  CTTCAGACCTGTTTGATCTTATGGGCTCGTCCCAGGCAACCATGACATCTTCCCAGAGTATGAATTTCTCTATG  1278

Query 1333  ATGAGCACTAACACTGTGGGACTTGGTTTGCCTATGTCAAGATCA-----------------------------  1377
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                             
Sbjct 1279  ATGAGCACTAACACTGTGGGACTTGGTTTGCCTATGTCAAGATCACAGCCTTTGCAAAATGTTAGCACAGTGCT  1352

Query 1378  -------------------------CAGAATACAGATATGGTCCAGAAATCAGTCAGCAAAACCTTGCCCTCTA  1426
                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1353  GCAGAAGCCTAATCCTCTCTATAATCAGAATACAGATATGGTCCAGAAATCAGTCAGCAAAACCTTGCCCTCTA  1426

Query 1427  CTTGGTCTGACCCCAGTGTAAACATCAGCCTAGACAACTTACTACCTGGTATGCAGCCTTCCAAACCCCAGCAG  1500
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427  CTTGGTCTGACCCCAGTGTAAACATCAGCCTAGACAACTTACTACCTGGTATGCAGCCTTCCAAACCCCAGCAG  1500

Query 1501  CCATCACTGAATACAATGATTCAGCAACAGAATATGCAGCAGCCTATGAATGTGATGACTCAAAGTTTTGGAGC  1574
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501  CCATCACTGAATACAATGATTCAGCAACAGAATATGCAGCAGCCTATGAATGTGATGACTCAAAGTTTTGGAGC  1574

Query 1575  TGTGAACCTCAGTTCTCCATCGAACATGCTTCCTGTCCGGCCCCAAACTAATGCTTTGATAGGGGGACCCATGC  1648
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575  TGTGAACCTCAGTTCTCCATCGAACATGCTTCCTGTCCGGCCCCAAACTAATGCTTTGATAGGGGGACCCATGC  1648

Query 1649  CTATGAGCATGCCCAATGTGATGACTGGCACCATGGGAATGGCCCCTCTTGGAAATACTCCGATGATGAACCAG  1722
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1649  CTATGAGCATGCCCAATGTGATGACTGGCACCATGGGAATGGCCCCTCTTGGAAATACTCCGATGATGAACCAG  1722

Query 1723  AGCATGATGGGCATGAACATGAACATAGGGATGTCCGCTGCTGGGATGGGCTTGACAGGCACAATGGGAATGGG  1796
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723  AGCATGATGGGCATGAACATGAACATAGGGATGTCCGCTGCTGGGATGGGCTTGACAGGCACAATGGGAATGGG  1796

Query 1797  CATGCCCAACATAGCCATGACTTCTGGAACTGTGCAACCCAAGCAAGATGCCTTTGCAAATTTCGCCAATTTTA  1870
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797  CATGCCCAACATAGCCATGACTTCTGGAACTGTGCAACCCAAGCAAGATGCCTTTGCAAATTTCGCCAATTTTA  1870

Query 1871  GCAAA  1875
            |||||
Sbjct 1871  GCAAA  1875