Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02227
• Subject: NM_001346760.1
• Aligned Length: 1930
• Identities: 1684
• Gaps: 62

Alignment

Query    1  ATGTTGAACATGTGGAAGGTGCGCGAGCTGGTGGACAAAGCCACCAATGTTGTTATGAATTATTCAGAGATCGA  74
            |||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||
Sbjct    1  ATGCTGAACATGTGGAAGGTGCGGGAGCTGGTGGACAAAGCCACCAATGTGGTTATGAATTACTCAGAGATTGA  74

Query   75  GTCTAAGGTTCGAGAGGCAACGAACGATGATCCTTGGGGACCTTCTGGGCAACTCATGGGAGAGATTGCCAAGG  148
            |||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GTCTAAGGTTCGAGAAGCAACGAATGATGATCCCTGGGGACCTTCTGGGCAGCTCATGGGAGAGATTGCCAAGG  148

Query  149  CTACATTTATGTATGAACAATTTCCAGAACTTATGAACATGCTTTGGTCACGAATGTTAAAAGACAACAAAAAG  222
            ||||.|||||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||.|||||||||||||||||
Sbjct  149  CTACCTTTATGTATGAGCAGTTCCCAGAACTCATGAACATGCTTTGGTCCCGGATGCTAAAAGACAACAAAAAG  222

Query  223  AATTGGAGAAGAGTTTATAAGTCGTTGCTGCTCCTAGCTTACCTCATAAGGAATGGATCAGAGCGTGTTGTTAC  296
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||
Sbjct  223  AACTGGAGAAGAGTTTATAAGTCGTTGCTGCTCCTAGCTTACCTCATAAGAAATGGATCGGAGCGAGTTGTTAC  296

Query  297  AAGTGCCAGAGAACACATTTATGATTTACGATCCCTGGAAAATTACCACTTTGTAGATGAGCATGGTAAGGATC  370
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  297  AAGTGCCAGAGAACACATTTATGATTTGCGATCCCTGGAAAATTACCACTTTGTAGATGAGCATGGCAAGGATC  370

Query  371  AAGGTATAAATATTCGACAGAAGGTGAAGGAATTGGTTGAATTTGCCCAGGATGACGACAGGCTTCGTGAAGAG  444
            ||||||||||.|||||||||||.||.||||||.|||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct  371  AAGGTATAAACATTCGACAGAAAGTAAAGGAACTGGTTGAGTTTGCACAGGATGATGACAGGCTTCGAGAAGAG  444

Query  445  CGAAAGAAAGCAAAGAAGAACAAAGACAAGTATGTTGGGGTTTCCTCAGACAGTGTTGGAGGATTCAGATACAG  518
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.||||||.||||||.
Sbjct  445  CGAAAGAAAGCAAAGAAGAACAAAGACAAGTATGTCGGGGTCTCTTCAGACAGCGTTGGTGGATTCCGATACAA  518

Query  519  TGAAAGATATGATCCTGAGCCCAAATCAAAATGGGATGAGGAGTGGGATAAAAACAAGAGTGCTTTTCCATTCA  592
            |||..|.||.||||||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.||||
Sbjct  519  TGAGCGGTACGATCCTGAGCCCAAGTCCAAATGGGACGAAGAGTGGGATAAGAACAAGAGCGCGTTTCCGTTCA  592

Query  593  GTGATAAATTAGGTGAGCTGAGTGATAAAATTGGAAGCACAATTGATGACACCATCAGCAAGTTCCGGAGGAAA  666
            ||||.||..|.||.||||||||.||.||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGACAAGCTGGGCGAGCTGAGCGACAAGATCGGGAGCACGATCGACGACACCATCAGCAAGTTCCGGAGGAAA  666

Query  667  GATAGAGAAGACTCTCCAGAAAGATGCAGCGACAGCGATGAGGAAAAGAAAGCGAGAAGAGGCAGATCTCCCAA  740
            ||..|.||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct  667  GACCGGGAGGACTCTCCGGAAAGGTGCAGCGACAGTGATGAGGAAAAGAAAGCAAGAAGAGGTAGATCTCCCAA  740

Query  741  AGGTGAATTCAAAGATGAAGAGGAGACTGTGACGACAAAGCATATTCATATCACACAGGCCACAGAGACCACCA  814
            ||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGGTGAATTCAAAGATGAAGAGGAAACGGTGACGACGAAGCATATCCACATCACACAGGCCACAGAGACCACCA  814

Query  815  CAACCAGACACAAGCGCACAGCAAATCCTTCCAAAACCATTGATCTTGGAGCAGCAGCACATTACACAGGGGAC  888
            |||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  815  CAACCCGGCACAAGCGCACAGCAAACCCTTCCAAAACCATTGATCTTGGAGCAGCAGCACATTACACGGGGGAC  888

Query  889  AAAGCAAGTCCAGATCAGAATGCTTCAACCCACACACCTCAGTCTTCAGTTAAGACTTCAGTGCCTAGCAGCAA  962
            |||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||..|||.|.||.|||||.||||||||
Sbjct  889  AAAGCCAGCCCAGATCAGAATGCTTCAACCCACACGCCTCAGTCGTCAGCCAAGCCATCGGTGCCGAGCAGCAA  962

Query  963  GTCATCTGGTGACCTTGTTGATCTGTTTGATGGCACCAGCCAGTCAACAGGAGGATCAGCTGATTTATTCGGAG  1036
            |||.||.||.|||||.|||||.|||||||||||||..|||||||||.||||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct  963  GTCCTCGGGGGACCTCGTTGACCTGTTTGATGGCAGTAGCCAGTCAGCAGGTGGATCAGCTGATTTATTTGGGG  1036

Query 1037  GATTTGCTGACTTTGGCTCAGCTGCTGCATCAGGCAGTTTCCCTTCCCAAGTAACAGCAACAAGTGGGAATGGA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||      ||||||||||||||||||.
Sbjct 1037  GATTTGCTGACTTTGGCTCAGCTGCTGCATCAGGCAATTTCCCTTCCCA------AGCAACAAGTGGGAATGGT  1104

Query 1111  GACTTTGGTGACTGGAGTGCCTTCAACCAAGCCCCATCAGGCCCTGTTGCTTCCAGTGGCGAGTTCTTTGGCAG  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||..||||.|||.||||.|||||
Sbjct 1105  GACTTTGGTGACTGGAGTGCCTTCAACCAAGCCCCATCAGGCCCTGTGGCTTCTGGTGGTGAGCTCTTCGGCAG  1178

Query 1185  TGCCTCACAGCCAGCGGTAGAACTTGTTAGTGGCTCACAATCAGCTCTAGGCCCACCTCCTGCTGCCTCAAATT  1258
            ||||.|||||.|.||.||.||.|||.|.||||..|||||..|||||.||||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 1179  TGCCCCACAGTCGGCTGTGGAGCTTATCAGTGCTTCACAGCCAGCTTTAGGCCCACCGCCTGCTGCCTCAAACT  1252

Query 1259  CTTCAGACCTGTTTGATCTTATGGGCTCGTCCCAGGCAACCATGACATCTTCCCAGAGTATGAATTTCTCTATG  1332
            |..|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||.|.
Sbjct 1253  CGGCAGACCTGTTTGATCTTATGGGCTCATCCCAGGCAACCATGACGTCTTCCCAGAGCATGAATTTCTCTCTC  1326

Query 1333  ATGAGCACTAACACTGTGGGACTTGGTTTGCCTATGTCAAGATCA-----------------------------  1377
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||                             
Sbjct 1327  ATGAGCACTAACACCGTGGGACTTGGTTTGCCCATGTCCAGATCACAGCCTCTGCAGAATGTTAGTGCAGTGCT  1400

Query 1378  -------------------------CAGAATACAGATATGGTCCAGAAATCAGTCAGCAAAACCTTGCCCTCTA  1426
                                     |||||||||||||||||||||||.||.|.||||||||||.|||||||||
Sbjct 1401  GCAGAAGCCTAACCCTCTCTATCATCAGAATACAGATATGGTCCAGAAGTCGGCCAGCAAAACCCTGCCCTCTA  1474

Query 1427  CTTGGTCTGACCCCAGTGTAAACATCAGCCTAGACAACTTACTACCTGGTATGCAGCCTTCCAAACCCCAGCAG  1500
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1475  CTTGGTCTGACCCCAGTGTCAACATCAGCCTAGACAACTTACTACCTGGTATGCAGCCTTCCAAGCCCCAGCAG  1548

Query 1501  CCATCACTGAATACAATGATTCAGCAACAGAATATGCAGCAGCCTATGAATGTGATGACTCAAAGTTTTGGAGC  1574
            |||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||.|||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1549  CCATCGCTTAATACAATGATTCAACAACAGAATATGCAACAGCCTCTGAATGTGATGACACAAAGCTTTGGAGC  1622

Query 1575  TGTGAACCTCAGTTCTCCATCGAACATGCTTCCTGTCCGGCCCCAAACTAATGCTTTGATAGGGGGACCCATGC  1648
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||..||.|..|.|||||||||||||
Sbjct 1623  TGTGAACCTCAGTTCTCCATCAAACATGCTTCCTGTCCGGCCTCAAACTAACCCTCTCCTGGGGGGACCCATGC  1696

Query 1649  CTATGAGCATGCCCAATGTGATGACTGGCACCATGGGAATGGCCCCTCTTGGAAATA-CTCCGATGATGAACCA  1721
            ||||||.|||||||..|||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.| |.|.| .|||||.|||
Sbjct 1697  CTATGAACATGCCCGGTGTAATGACGGGCACCATGGGAATGGCCCCTCTGGGGAACAGCGCAG-GGATGAGCCA  1769

Query 1722  GAGCATGATGGGCATGAACATGAACATAGGGATGTCCGCTGCTGGGATGGGCTTGACAGGCACAATGGGAATGG  1795
            |.|||||.|||||||||||||||||||.||||||||.||..|.||||||||||||.|.|||||.||||||||||
Sbjct 1770  GGGCATGGTGGGCATGAACATGAACATGGGGATGTCGGCCTCGGGGATGGGCTTGTCGGGCACCATGGGAATGG  1843

Query 1796  GCATGCCCAACATAGCCATGACTTCTGGAACTGTGCAACCCAAGCAAGATGCCTTTGCAAATTTCGCCAATTTT  1869
            |||||||||.|||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||
Sbjct 1844  GCATGCCCAGCATGGCCATGCCTTCTGGAACTGTGCAACCCAAGCAAGATGCCTTTGCAAACTTTGCCAACTTT  1917

Query 1870  AGCAAA  1875
            ||||||
Sbjct 1918  AGCAAA  1923