Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02263
• Subject: NM_001271675.1
• Aligned Length: 2433
• Identities: 2344
• Gaps: 21

Alignment

Query    1  ATGCCTAATCAAGGAGAAGACTGCTATTTTTTTTTCTATTCCACATGTACCAAAGGCGACAGCTGCCCATTCCG  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCTAATCAAGGAGAAGACTGCTATTTTTTTTTCTATTCTACATGTACCAAAGGTGACAGCTGCCCATTCCG  74

Query   75  TCACTGTGAAGCTGCAATAGGAAATGAAACTGTTTGCACATTATGGCAAGAAGGGCGCTGTTTTCGACAGGTGT  148
            ||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct   75  TCACTGTGAAGCTGCACTAGGCAATGAAACTGTTTGCACATTATGGCAAGAAGGGCGCTGTTTTCGACGGGTGT  148

Query  149  GCAGGTTTCGGCACATGGAGATTGATAAAAAACGCAGTGAAATTCCTTGTTATTGGGAAAATCAGCCAACAGGA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCAGGTTTCGGCACATGGAGATTGATAAAAAACGCAGTGAAATTCCTTGTTATTGGGAAAATCAGCCAACAGGA  222

Query  223  TGTCAAAAATTAAACTGCGCTTTCCATCACAATAGAGGACGATATGTTGATGGCCTTTTCCTACCTCCGAGCAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TGTCAAAAATTAAACTGCGCTTTCCATCACAATAGAGGACGATATGTTGATGGCCTTTTCCTACCTCCGAGCAA  296

Query  297  AACTGTGTTGCCCACTGTGCCTGAGTCACCAGAAGAGGAAGTGAAGGCTAGCCAACTTTCAGTTCAGCAGAACA  370
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAGTGTGTTGCCCACTGTGCCTGAGTCACCAGAAGAGGAAGTGAAGGCTAGCCAACTTTCAGTTCAGCAGAACA  370

Query  371  AATTGTCTGTCCAGTCCAATCCTTCCCCTCAGCTGCGGAGCGTTATGAAAGTAGAAAGTTCCGAAAATGTTCCT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AATTGTCTGTCCAGTCCAATCCTTCCCCTCAGCTGCGGAGCGTTATGAAAGTAGAAAGTTCCGAAAATGTTCCT  444

Query  445  AGCCCCACGCATCCACCAGTTGTAATTAATGCTGCAGATGATGATGAAGATGATGATGATCAGTTTTCTGAGGA  518
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGCCCCAAGCATCCACCAGTTGTAATTAATGCTGCAGATGATGATGAAGATGATGATGATCAGTTTTCTGAGGA  518

Query  519  AGGTGATGAAACCAAAACACCTACCCTGCAACCAACTCCTGAAGTTCACAATGGATTACGAGTGACTTCTGTCC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGGTGATGAAACCAAAACACCTACCCTGCAACCAACTCCTGAAGTTCACAATGGATTACGAGTGACTTCTGTCC  592

Query  593  GGAAACCTGCAGTCAATATAAAGCAAGGTGAATGTTTGAATTTTGGAATAAAAACTCTTGAGGAAATTAAGTCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GGAAACCTGCAGTCAATATAAAGCAAGGTGAATGTTTGCATTTTGGAATAAAAACTCTTGAGGAAATTAAGTCA  666

Query  667  AAGAAAATGAAGGAAAAATCTAAGAAGCAAGGTGAGGGTTCTTCAGGAGTTTCCAGTCTTTTACTCCACCCTGA  740
            |||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAGAAAATGAAGGAAAAATCTGAGGAGCAAGGTGAGGGTTCTTCAGGAGTTTCCAGTCTTTTACTCCACCCTGA  740

Query  741  GCCCGTTCCAGGTCCTGAAAAAGAAAATGTCAGGACTGTGGTGAGGACAGTAACTCTCTCCACCAAACAAGGAG  814
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCCTGTTCCAGGTCCTGAAAAAGAAAATGTCAGGACTGTGGTGAGGACAGTAACTCTCTCCACCAAACAAGGAG  814

Query  815  AAGAACCCTTGGTTAGATTGAGTCTTACTGAGAGACTGGGGAAACGAAAATTTTCAGCAGGCGGTGACAGTGAT  888
            ||||||||||||||||||||.|.||||||||||.|||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||
Sbjct  815  AAGAACCCTTGGTTAGATTGGGCCTTACTGAGACACTGGGGAAACGAAAATTTTCGACAGGCGGTGACAGTGAT  888

Query  889  CCTCCATTAAAGCGTAGCCTGGCACAGAGGCTAGGGAAGAAAGTTGAAGCTCCAGAAACTAACATTGACAAAAC  962
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||
Sbjct  889  CCTCCATTAAAGCGCAGCCTGGCACAGAGGCTAGGGAAGAAAGTTGAAGCTCCAGAAACTAACACTGACGAAAC  962

Query  963  ACCAAAGAAAGCTCAAGTTTCCAAGTCTCTTAAGGAGCGATTAGGCATGTCAGCTGATCCAGATAATGAGGATG  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|
Sbjct  963  ACCAAAGAAAGCTCAAGTTTCCAAGTCTCTTAAGGAGCGATTAGGCATGTCAGCTGATCCAAATAATGAGGACG  1036

Query 1037  CAACAGATAAAGTTAATAAAGTTGGTGAGATCCATGTGAAGACATTAGAAGAAATTCTTCTTGAAAGAGCCAGT  1110
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CAACAGATAAAGTTAATAAAGTTGGTGAGATCCATGTGAAGACATTAGAAGAAATGCTTCTTGAAAGAGCCAGT  1110

Query 1111  CAGAAACGTGGAGAATTGCAAACTAAACTCAAGACAGAAGGACCTTCAAAAACTGATGATTCTACTTCAGGAGC  1184
            |||||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CAGAAACATGGGGAATCGCAAACTAAACTCAAGACAGAAGGACCTTCAAAAACTGATGATTCTACTTCAGGAGC  1184

Query 1185  AAGAAGCTCCTCCACTATCCGTATCAAAACCTTCTCTGAGGTCCTGGCTGAAAAAAAACATCGGCAGCAGGAAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||
Sbjct 1185  AAGAAGCTCCTCCACTATCCGTATCAAAACCTTCTCTGAGGTCCTGGCTGAAGAAGAACATAGGCAGCAGGAAG  1258

Query 1259  CAGAGAGACAAAAAAGCAAAAAGGATACAACTTGCATCAAGCTAAAGATTGATAGTGAAATTAAAAAAACAGTA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CAGAGAGACAAAAAAGCAAAAAGGATACAACTTGCATCAAGCTAAAGACTGATAGTGAAATTAAAAAAACAGTA  1332

Query 1333  GTTTTGCCACCCATTGTTGCCAGCAGAGGACAATCAGAGGAGCCTGCAGGTAAAACAAAGTCTATGCAGGAGGT  1406
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1333  GTTTTGCCACCCATTGTTGCCAGCAAAGGACAATCAGAGGAGCCTGCAGGTAAAACAAAGTCCATGCAGGAGGT  1406

Query 1407  GCACATCAAGACGCTGGAAGAAATTAAACTGGAGAAGGCACTGAGGGTGCAGCAGAGCTCTGAGAGCAGCACCA  1480
            ||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCACATGAAGACGGTGGAAGAAATTAAACTGGAGAAGGCACTGAGGGTGCAGCAGAGCTCTGAGAGCAGCACCA  1480

Query 1481  GCTCCCCGTCTCAACACGAGGCCACTCCAGGGGCAAGGCGGCTGCTGCGAATCACCAAAAGAACAGGGATGAAA  1554
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||..|||.|||||||||||||||||||||.|||.||||
Sbjct 1481  GCTCCCCGTCTCAACATGAGGCCACTCCAGGGGCAAGGTTGCTACTGCGAATCACCAAAAGAACATGGAGGAAA  1554

Query 1555  GAAGAGAAGAACCTTCAGGAAGGAAATGAAGTTGATTCTCAGAGCAGTATTAGAACAGAAGCTAAAGAGGCTTC  1628
            |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.||||.||.||||||..|||||||.|||||||||
Sbjct 1555  GAAGAGAAGAAACTTCAGGAAGGAAATGAAGTTGATTTTCTGAGCCGTGTTAGAATGGAAGCTACAGAGGCTTC  1628

Query 1629  AGGTGAGACCACAGGAGTTGACATCACTAAAATTCAAGTCAAGAGATGTGAGACCATGAGAGAGAAGCACATGC  1702
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||
Sbjct 1629  AGTTGAGACCACAGGAGTTGACATCACTAAAATTCAAGTCAAGAGATGTGAGATCATGAGAGAGACGCGCATGC  1702

Query 1703  AGAAACAGCAGGAGAGGGAAAAATCAGTCTTGACACCTCTTCGGGGAGATGTAGCCTCTTGCAATACCCAAGTG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAAACAGCAGGAGAGGGAAAAATCAGTCTTGACACCTCTTCAGGGAGATGTAGCCTCTTGCAATACCCAAGTG  1776

Query 1777  GCAGAGAAACCAGTGCTCACTGCTGTGCCAGGAATCACACGGCACCTGACCAAGCGGCTTCCCACAAAGTCATC  1850
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GCAGAGAAACCAGTGCTCACTGCTGTGCCAGGAATCACATGGCACCTGACCAAGCAGCTTCCCACAAAGTCATC  1850

Query 1851  CCAGAAGGTGGAGGTAGAAACCTCAGGGATTGGAGACTCATTATTGAATGTGAAATGTGCAGCACAGACCTTGG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||
Sbjct 1851  CCAGAAGGTGGAGGTAGAAACCTCAGGGATTGCAGACTCATTATTGAATGTGAAATGGTCAGCACAGACCTTGG  1924

Query 1925  AAAAAAGGGGTAAAGCTAAACCCAAAGTGAACGTGAAGCCATCTGTGGTTAAAGTTGTGTCATCCCCCAAATTG  1998
            |||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AAAAAAGGGGTGAAGCTAAACCCACAGTGAACGTGAAGCAATCTGTGGTTAAAGTTGTGTCATCCCCCAAATTG  1998

Query 1999  GCCCCAAAACGTAAGGCAGTGGAGATGCACGCTGCTGTCATTGCCGCTGTGAAGCCACTCAGCTCCAGCAGTGT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1999  GCCCCAAAACGTAAGGCAGTGGAGATGCACCCTGCTGTCACTGCCGCTGTGAAGCCACTCAGCTCCAGCAGCGT  2072

Query 2073  CCTACAGGAACCCCCAGCCAAAAAGGCAGCTGTG---GCTGTTGTCCCGCTTGTCTCTGAGGACAAATCAGTCA  2143
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CCTACAGGAACCCCCAGCCAAAAAGGCAGCTGTGGATGCTGTTGTCCTGCTTGTCTCTGAGGACAAATCAGTCA  2146

Query 2144  CTGTGCCTGAAGCAGAAAATCCTAGAGACAGTCTTGTGCTGCCTCCAACCCAGTCCTCTTCAGATTCCTCACCC  2217
            |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CTGTGCCTGAAACAGAAAATCCTAGAGACAGTCTTGTGCTGCCTCTAACCCAGTCCTCTTCAGATTCCTCACCC  2220

Query 2218  CCGGAGGTGTCTGGCCCTTCCTCATCCCAAATGAGCATGAAAACTCGCCGACTCAGCTCTGCCTCAACAGGAAA  2291
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CCGGAGGTGTCTGGCCCTTCCTCATCCCAAATGAGCATGAAAACTCGCCGACTCAGCTCTGCCTCAACAGGAAA  2294

Query 2292  GCCCCCACTCTCTGTGGAGGATGATTTTGAGAAACTAATATGGGAGATTTCAGGAGGCAAATTGGAAGCTGAGA  2365
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GCCCCCACTCTCTGTGGAGGATGATTTTGAGAAACTAACATGGGAGATTTCAGGAGGCAAATTGGAAGCTGAGA  2368

Query 2366  TTGACCTGGATCCTGGGAAAGATGAAGATGACCTTCTGCTTGAGCTATCAGAAATGATTGATAGC  2430
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||                  
Sbjct 2369  TTGACCTGGATCCTGGGAAAGATGAAGATGACCTTCCGCTTGAGCTA------------------  2415