Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02745
• Subject: NM_001330701.1
• Aligned Length: 3678
• Identities: 3558
• Gaps: 120

Alignment

Query    1  ATGAGCAAGTTAAAAGTGATACCAGAAAAAAGCCTTACCAATAATTCTAGGATCGTAGGACTCCTGGCTCAACT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGCAAGTTAAAAGTGATACCAGAAAAAAGCCTTACCAATAATTCTAGGATCGTAGGACTCCTGGCTCAACT  74

Query   75  GGAGAAGATCAATGCTGAGCCTTCAGAATCAGACACTGCCCGATATGTTACATCAAAAATTCTTCATCTGGCTC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGAGAAGATCAATGCTGAGCCTTCAGAATCAGACACTGCCCGATATGTTACATCAAAAATTCTTCATCTGGCTC  148

Query  149  AGAGTCAAGAAAAAACAAGGAGAGAAATGACAGCCAAAGGTTCTACAGGAATGGAAATTCTGCTGTCAACATTA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AGAGTCAAGAAAAAACAAGGAGAGAAATGACAGCCAAAGGTTCTACAGGAATGGAAATTCTGCTGTCAACATTA  222

Query  223  GAGAACACAAAAGATCTTCAAACTACACTTAATATCTTAAGCATTCTTGTTGAGCTGGTGTCAGCTGGTGGAGG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAGAACACAAAAGATCTTCAAACTACACTTAATATCTTAAGCATTCTTGTTGAGCTGGTGTCAGCTGGTGGAGG  296

Query  297  TCGAAGAGTGAGTTTCTTAGTCACCAAAGGTGGTTCACAAATATTGTTGCAGTTACTTATGAATGCCAGCAAAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCGAAGAGTGAGTTTCTTAGTCACCAAAGGTGGTTCACAAATATTGTTGCAGTTACTTATGAATGCCAGCAAAG  370

Query  371  AATCTCCCCCACATGAGGACTTAATGGTACAGATTCATTCTATTCTTGCAAAGATTGGACCAAAAGATAAAAAA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AATCTCCCCCACATGAGGACTTAATGGTACAGATTCATTCTATTCTTGCAAAGATTGGACCAAAAGATAAAAAA  444

Query  445  TTTGGAGTAAAGGCTAGAATTAATGGGGCTCTGAATATAACCCTGAATTTGGTCAAGCAGAATTTGCAGAATCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTTGGAGTAAAGGCTAGAATTAATGGGGCTCTGAATATAACCCTGAATTTGGTCAAGCAGAATTTGCAGAATCA  518

Query  519  TCGCTTGGTTCTACCTTGCCTTCAGCTTTTACGAGTATATTCTGCCAACTCTGTGAATTCAGTATCCTTAGGGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TCGCTTGGTTCTACCTTGCCTTCAGCTTTTACGAGTATATTCTGCCAACTCTGTGAATTCAGTATCCTTAGGGA  592

Query  593  AAAATGGAGTTGTGGAACTGATGTTTAAAATCATTGGACCATTTAGTAAGAAGAATTCCAGTCTTATAAAGGTT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAAATGGAGTTGTGGAACTGATGTTTAAAATCATTGGACCATTTAGTAAGAAGAATTCCAGTCTTATAAAGGTT  666

Query  667  GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAAACAAATGCCAGGAGAGCTGTAGACAGAGGATATGTCCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAAACAAATGCCAGGAGAGCTGTAGACAGAGGATATGTCCA  740

Query  741  AGTGCTTTTAACAATTTATGTAGATTGGCACCGCCATGATAACCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAAGGAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGTGCTTTTAACAATTTATGTAGATTGGCACCGCCATGATAACCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAAGGAA  814

Query  815  TTTTACAGAGTTTAAAAAGTGTTACAAACATCAAGTTGGGAAGAAAAGCATTTATTGATGCCAATGGGATGAAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTTTACAGAGTTTAAAAAGTGTTACAAACATCAAGTTGGGAAGAAAAGCATTTATTGATGCCAATGGGATGAAA  888

Query  889  ATTCTGTATAATACTTCGCAA-----------------------------------------------------  909
            |||||||||||||||||||||                                                     
Sbjct  889  ATTCTGTATAATACTTCGCAAGAATGTCTGGCAGTCAGGACTCTGGATCCTCTTGTCAATACCTCCAGTCTGAT  962

Query  910  -------------------------------------------------------------------TTGCCTG  916
                                                                               |||||||
Sbjct  963  AATGAGGAAGTGTTTCCCAAAAAATCGACTGCCACTCCCAACAATTAAAAGTTCTTTTCATTTCCAGTTGCCTG  1036

Query  917  TTATTCCTGTGACTGGTCCTGTGGCTCAGCTCTACAGCTTACCTCCTGAAGTGGATGACGTAGTAGATGAAAGT  990
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TTATTCCTGTGACTGGTCCTGTGGCTCAGCTCTACAGCTTACCTCCTGAAGTGGATGACGTAGTAGATGAAAGT  1110

Query  991  GATGACAACGATGATATTGATGTAGAAGCTGAAAACGAAACTGAGAATGAAGATGACCTAGATCAAAATTTTAA  1064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GATGACAACGATGATATTGATGTAGAAGCTGAAAACGAAACTGAGAATGAAGATGACCTAGATCAAAATTTTAA  1184

Query 1065  GAATGATGATATTGAAACAGATATTAACAAACTAAAACCCCAGCAAGAACCGGGACGAACAATAGAAGATCTAA  1138
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GAATGATGATATTGAAACAGATATTAACAAACTAAAACCCCAGCAAGAACCGGGACGAACAATAGAAGATCTAA  1258

Query 1139  AAATGTATGAACACCTTTTCCCTGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGATTTAATCTCCAAAGAACCAAAG  1212
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAATGTATGAACACCTTTTCCCTGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGATTTAATCTCCAAAGAACCAAAG  1332

Query 1213  CCTTTTGTATTTGAGGGAAAAGTACGTGGTCCTATTGTTGTTCCTACGGCAGGCGAGGAAACATCTGGGAATTC  1286
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCTTTTGTATTTGAGGGAAAAGTACGTGGTCCTATTGTTGTTCCTACGGCAGGCGAGGAAACATCTGGGAATTC  1406

Query 1287  TGGCAATTTAAGAAAAGTTGTAATGAAGGAGAACATATCTTCTAAAGGAGATGAAGGTGAAAAGAAGTCTACCT  1360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGGCAATTTAAGAAAAGTTGTAATGAAGGAGAACATATCTTCTAAAGGAGATGAAGGTGAAAAGAAGTCTACCT  1480

Query 1361  TTATGGATCTAGCAAAAGAAGATATTAAAGATAATGATAGAACATTACAACAGCAGCCAGGTGATCAAAATAGA  1434
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TTATGGATCTAGCAAAAGAAGATATTAAAGATAATGATAGAACATTACAACAGCAGCCAGGTGATCAAAATAGA  1554

Query 1435  ACTATTTCATCAGTCCATGGTTTAAACAATGATATTGTAAAGGCCTTGGACCGAATTACATTGCAGAATATTCC  1508
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ACTATTTCATCAGTCCATGGTTTAAACAATGATATTGTAAAGGCCTTGGACCGAATTACATTGCAGAATATTCC  1628

Query 1509  TTCTCAAACAGCCCCAGGTTTTACTGCAGAAATGAAGAAGGACTGCAGTCTTCCTCTTACTGTCCTTACCTGTG  1582
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TTCTCAAACAGCCCCAGGTTTTACTGCAGAAATGAAGAAGGACTGCAGTCTTCCTCTTACTGTCCTTACCTGTG  1702

Query 1583  CTAAAGCATGTCCACACATGGCTACTTGTGGAAATGTTCTGTTTGAGGGAAGAACAGTTCAGCTAGGGAAGCTT  1656
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CTAAAGCATGTCCACACATGGCTACTTGTGGAAATGTTCTGTTTGAGGGAAGAACAGTTCAGCTAGGGAAGCTT  1776

Query 1657  TGCTGCACTGGAGTTGAAACTGAAGATGATGAAGATACTGAGTCAAATTCATCGGTAGAACAAGCATCGGTTGA  1730
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TGCTGCACTGGAGTTGAAACTGAAGATGATGAAGATACTGAGTCAAATTCATCGGTAGAACAAGCATCGGTTGA  1850

Query 1731  AGTACCTGATGGACCAACACTCCATGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAAAATACGAAGTCTGTCCCAG  1804
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AGTACCTGATGGACCAACACTCCATGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAAAATACGAAGTCTGTCCCAG  1924

Query 1805  AATATTCAGAGGTGGCTTATCCCGATTATTTTGGTCACATTCCGCCTCCATTCAAAGAGCCTATTTTAGAAAGG  1878
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AATATTCAGAGGTGGCTTATCCCGATTATTTTGGTCACATTCCGCCTCCATTCAAAGAGCCTATTTTAGAAAGG  1998

Query 1879  CCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCTCAAGATATTGAAAGGCTAATACATCAGAGTGATATCATAGATCG  1952
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCTCAAGATATTGAAAGGCTAATACATCAGAGTGATATCATAGATCG  2072

Query 1953  TGTGGTATATGACTTGGATAACCCAAATTACACCATTCCAGAAGAGGGAGATATTTTGAAATTTAACTCCAAAT  2026
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGTGGTATATGACTTGGATAACCCAAATTACACCATTCCAGAAGAGGGAGATATTTTGAAATTTAACTCCAAAT  2146

Query 2027  TTGAGTCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAATGAATATGATCTTATTCTGAACTCAGACATA  2100
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TTGAGTCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAATGAATATGATCTTATTCTGAACTCAGACATA  2220

Query 2101  AACAGCAATCATTATCATCAGTGGTTTTACTTTGAAGTCAGTGGAATGCGACCAGGTGTTGCTTACAGGTTTAA  2174
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AACAGCAATCATTATCATCAGTGGTTTTACTTTGAAGTCAGTGGAATGCGACCAGGTGTTGCTTACAGGTTTAA  2294

Query 2175  CATCATTAACTGTGAAAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAACCACTCATGTATTCGGTTCAGGAAG  2248
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CATCATTAACTGTGAAAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAACCACTCATGTATTCGGTTCAGGAAG  2368

Query 2249  CATTAAATGCCAGACCATGGTGGATTCGTATGGGGACTGACATTTGTTACTATAAAAATCATTTCTCAAGAAGT  2322
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CATTAAATGCCAGACCATGGTGGATTCGTATGGGGACTGACATTTGTTACTATAAAAATCATTTCTCAAGAAGT  2442

Query 2323  TCAGTTGCTGCAGGTGGGCAAAAGGGAAAATCCTACTATACAATTACATTTACTGTCAATTTTCCACATAAAGA  2396
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TCAGTTGCTGCAGGTGGGCAAAAGGGAAAATCCTACTATACAATTACATTTACTGTCAATTTTCCACATAAAGA  2516

Query 2397  TGATGTTTGCTACTTTGCTTATCACTATCCATATACGTATTCAACTTTACAGATGCATCTTCAAAAATTGGAAT  2470
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TGATGTTTGCTACTTTGCTTATCACTATCCATATACGTATTCAACTTTACAGATGCATCTTCAAAAATTGGAAT  2590

Query 2471  CAGCACACAATCCTCAGCAAATCTATTTTCGGAAAGATGTGTTATGTGAAACCCTGTCTGGAAACAGCTGCCCC  2544
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CAGCACACAATCCTCAGCAAATCTATTTTCGGAAAGATGTGTTATGTGAAACCCTGTCTGGAAACAGCTGCCCC  2664

Query 2545  TTGGTGACTATAACAGCAATGCCAGAGTCTAATTATTATGAACATATCTGCCATTTCAGAAATCGCCCTTACGT  2618
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TTGGTGACTATAACAGCAATGCCAGAGTCTAATTATTATGAACATATCTGCCATTTCAGAAATCGCCCTTACGT  2738

Query 2619  TTTCTTGTCTGCTCGGGTACATCCTGGAGAAACTAATGCAAGTTGGGTTATGAAAGGAACGTTGGAATATCTCA  2692
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TTTCTTGTCTGCTCGGGTACATCCTGGAGAAACTAATGCAAGTTGGGTTATGAAAGGAACGTTGGAATATCTCA  2812

Query 2693  TGAGCAATAACCCCACTGCTCAGAGCTTACGAGAATCTTATATTTTTAAAATTGTCCCTATGTTAAATCCAGAT  2766
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TGAGCAATAACCCCACTGCTCAGAGCTTACGAGAATCTTATATTTTTAAAATTGTCCCTATGTTAAATCCAGAT  2886

Query 2767  GGTGTCATCAATGGAAATCATCGCTGTTCTTTAAGTGGAGAGGATTTGAATAGGCAGTGGCAAAGTCCAAGTCC  2840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  GGTGTCATCAATGGAAATCATCGCTGTTCTTTAAGTGGAGAGGATTTGAATAGGCAGTGGCAAAGTCCAAGTCC  2960

Query 2841  GGATTTACATCCTACAATTTACCATGCTAAGGGGCTGTTGCAATACTTGGCTGCAGTGAAGCGTTTACCCTTGG  2914
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GGATTTACATCCTACAATTTACCATGCTAAGGGGCTGTTGCAATACTTGGCTGCAGTGAAGCGTTTACCCTTGG  3034

Query 2915  TTTATTGTGATTATCATGGCCATTCCCGAAAGAAGAATGTATTTATGTATGGTTGCAGCATCAAAGAGACAGTG  2988
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  TTTATTGTGATTATCATGGCCATTCCCGAAAGAAGAATGTATTTATGTATGGTTGCAGCATCAAAGAGACAGTG  3108

Query 2989  TGGCATACCAATGATAATGCAACTTCATGTGATGTTGTGGAGGATACGGGATACAGGACATTGCCTAAGATACT  3062
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  TGGCATACCAATGATAATGCAACTTCATGTGATGTTGTGGAGGATACGGGATACAGGACATTGCCTAAGATACT  3182

Query 3063  GAGCCATATCGCCCCAGCATTTTGCATGAGCAGCTGTAGCTTCGTAGTGGAAAAATCTAAAGAATCCACAGCAC  3136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GAGCCATATCGCCCCAGCATTTTGCATGAGCAGCTGTAGCTTCGTAGTGGAAAAATCTAAAGAATCCACAGCAC  3256

Query 3137  GTGTTGTAGTTTGGAGGGAAATAGGAGTACAAAGAAGTTATACCATGGAGAGTACTTTATGTGGCTGTGATCAG  3210
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  GTGTTGTAGTTTGGAGGGAAATAGGAGTACAAAGAAGTTATACCATGGAGAGTACTTTATGTGGCTGTGATCAG  3330

Query 3211  GGAAAATACAAGGGTTTACAGATTGGTACCCGAGAACTGGAAGAGATGGGAGCAAAATTTTGTGTTGGTCTTTT  3284
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  GGAAAATACAAGGGTTTACAGATTGGTACCCGAGAACTGGAAGAGATGGGAGCAAAATTTTGTGTTGGTCTTTT  3404

Query 3285  ACGTTTGAAAAGACTGACCTCTCCATTGGAGTATAATCTGCCTTCCAGCCTGCTTGACTTTGAAAATGATTTAA  3358
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  ACGTTTGAAAAGACTGACCTCTCCATTGGAGTATAATCTGCCTTCCAGCCTGCTTGACTTTGAAAATGATTTAA  3478

Query 3359  TTGAATCAAGCTGCAAAGTAACTAGCCCTACCACTTATGTCTTGGATGAAGATGAACCTCGATTCCTTGAAGAA  3432
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479  TTGAATCAAGCTGCAAAGTAACTAGCCCTACCACTTATGTCTTGGATGAAGATGAACCTCGATTCCTTGAAGAA  3552

Query 3433  GTTGATTACAGTGCAGAAAGTAATGATGAGTTAGATATTGAGTTGGCTGAAAATGTAGGAGATTATGAACCTTC  3506
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553  GTTGATTACAGTGCAGAAAGTAATGATGAGTTAGATATTGAGTTGGCTGAAAATGTAGGAGATTATGAACCTTC  3626

Query 3507  TGCTCAAGAAGAAGTACTTTCTGACTCTGAATTATCAAGAACATACCTACCT  3558
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627  TGCTCAAGAAGAAGTACTTTCTGACTCTGAATTATCAAGAACATACCTACCT  3678