Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02745
• Subject: XR_001746261.1
• Aligned Length: 4172
• Identities: 3377
• Gaps: 795

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GACGTTGCCCGGGATGCGGACAGGTTCCGCCGCCTCCAGCGCCGCCGCCGCAGCTGCCGCCGCCGCCGCCTCCG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CCTCGCCTGCCACCGGGGTTTGTATGAAAACACCGGGCGGCGGGCGGCGAGGGATCCGCCGTGATCCAGGTGCT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GAGCCGGGTGCTGCGGCTCTGCGCGGTCCCCGCCAGCGCCCCATCCTGAGCCGATTATCTGCAATTATGAAATG  222

Query    1  ------------ATGAGCAAGTTAAAAGTGATACCAGAAAAAAGCCTTACCAATAATTCTAGGATCGTAGGACT  62
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGTAACTCAAGATGAGCAAGTTAAAAGTGATACCAGAAAAAAGCCTTACCAATAATTCTAGGATCGTAGGACT  296

Query   63  CCTGGCTCAACTGGAGAAGATCAATGCTGAGCCTTCAGAATCAGACACTGCCCGATATGTTACATCAAAAATTC  136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCTGGCTCAACTGGAGAAGATCAATGCTGAGCCTTCAGAATCAGACACTGCCCGATATGTTACATCAAAAATTC  370

Query  137  TTCATCTGGCTCAGAGTCAAGAAAAAACAAGGAGAGAAATGACAGCCAAAGGTTCTACAGGAATGGAAATTCTG  210
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TTCATCTGGCTCAGAGTCAAGAAAAAACAAGGAGAGAAATGACAGCCAAAGGTTCTACAGGAATGGAAATTCTG  444

Query  211  CTGTCAACATTAGAGAACACAAAAGATCTTCAAACTACACTTAATATCTTAAGCATTCTTGTTGAGCTGGTGTC  284
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTGTCAACATTAGAGAACACAAAAGATCTTCAAACTACACTTAATATCTTAAGCATTCTTGTTGAGCTGGTGTC  518

Query  285  AGCTGGTGGAGGTCGAAGAGTGAGTTTCTTAGTCACCAAAGGTGGTTCACAAATATTGTTGCAGTTACTTATGA  358
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCTGGTGGAGGTCGAAGAGTGAGTTTCTTAGTCACCAAAGGTGGTTCACAAATATTGTTGCAGTTACTTATGA  592

Query  359  ATGCCAGCAAAGAATCTCCCCCACATGAGGACTTAATGGTACAGATTCATTCTATTCTTGCAAAGATTGGACCA  432
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATGCCAGCAAAGAATCTCCCCCACATGAGGACTTAATGGTACAGATTCATTCTATTCTTGCAAAGATTGGACCA  666

Query  433  AAAGATAAAAAATTTGGAGTAAAGGCTAGAATTAATGGGGCTCTGAATATAACCCTGAATTTGGTCAAGCAGAA  506
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAAGATAAAAAATTTGGAGTAAAGGCTAGAATTAATGGGGCTCTGAATATAACCCTGAATTTGGTCAAGCAGAA  740

Query  507  TTTGCAGAATCATCGCTTGGTTCTACCTTGCCTTCAGCTTTTACGAGTATATTCTGCCAACTCTGTGAATTCAG  580
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTTGCAGAATCATCGCTTGGTTCTACCTTGCCTTCAGCTTTTACGAGTATATTCTGCCAACTCTGTGAATTCAG  814

Query  581  TATCCTTAGGGAAAAATGGAGTTGTGGAACTGATGTTTAAAATCATTGGACCATTTAGTAAGAAGAATTCCAGT  654
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TATCCTTAGGGAAAAATGGAGTTGTGGAACTGATGTTTAAAATCATTGGACCATTTAGTAAGAAGAATTCCAGT  888

Query  655  CTTATAAAGGTTGCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAAACAAATGCCAGGAGAGCTGTAGACAG  728
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTTATAAAGGTTGCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAAACAAATGCCAGGAGAGCTGTAGACAG  962

Query  729  AGGATATGTCCAAGTGCTTTTAACAATTTATGTAGATTGGCACCGCCATGATAACCGGCATAGAAACATGCTCA  802
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGGATATGTCCAAGTGCTTTTAACAATTTATGTAGATTGGCACCGCCATGATAACCGGCATAGAAACATGCTCA  1036

Query  803  TTCGGAAAGGAATTTTACAGAGTTTAAAAAGTGTTACAAACATCAAGTTGGGAAGAAAAGCATTTATTGATGCC  876
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TTCGGAAAGGAATTTTACAGAGTTTAAAAAGTGTTACAAACATCAAGTTGGGAAGAAAAGCATTTATTGATGCC  1110

Query  877  AATGGGATGAAAATTCTGTATAATACTTCGCAA-----------------------------------------  909
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct 1111  AATGGGATGAAAATTCTGTATAATACTTCGCAAGAATGTCTGGCAGTCAGGACTCTGGATCCTCTTGTCAATAC  1184

Query  910  --------------------------------------------------------------------------  909
                                                                                      
Sbjct 1185  CTCCAGTCTGATAATGAGGAAGTGTTTCCCAAAAAATCGACTGCCACTCCCAACAATTAAAAGTTCTTTTCATT  1258

Query  910  -----TTGCCTGTTATTCCTGTGACTGGTCCTGTGGCTCAGCTCTACAGCTTACCTCCTGAAGTGGATGACGTA  978
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCCAGTTGCCTGTTATTCCTGTGACTGGTCCTGTGGCTCAGCTCTACAGCTTACCTCCTGAAGTGGATGACGTA  1332

Query  979  GTAGATGAAAGTGATGACAACGATGATATTGATGTAGAAGCTGAAAACGAAACTGAGAATGAAGATGACCTAGA  1052
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTAGATGAAAGTGATGACAACGATGATATTGATGTAGAAGCTGAAAACGAAACTGAGAATGAAGATGACCTAGA  1406

Query 1053  TCAAAATTTTAAGAATGATGATATTGAAACAGATATTAACAAACTAAAACCCCAGCAAGAACCGGGACGAACAA  1126
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TCAAAATTTTAAGAATGATGATATTGAAACAGATATTAACAAACTAAAACCCCAGCAAGAACCGGGACGAACAA  1480

Query 1127  TAGAAGATCTAAAAATGTATGAACACCTTTTCCCTGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGATTTAATCTCC  1200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TAGAAGATCTAAAAATGTATGAACACCTTTTCCCTGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGATTTAATCTCC  1554

Query 1201  AAAGAACCAAAGCCTTTTGTATTTGAGGGAAAAGTACGTGGTCCTATTGTTGTTCCTACGGCAGGCGAGGAAAC  1274
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAAGAACCAAAGCCTTTTGTATTTGAGGGAAAAGTACGTGGTCCTATTGTTGTTCCTACGGCAGGCGAGGAAAC  1628

Query 1275  ATCTGGGAATTCTGGCAATTTAAGAAAAGTTGTAATGAAGGAGAACATATCTTCTAAAGGAGATGAAGGTGAAA  1348
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ATCTGGGAATTCTGGCAATTTAAGAAAAGTTGTAATGAAGGAGAACATATCTTCTAAAGGAGATGAAGGTGAAA  1702

Query 1349  AGAAGTCTACCTTTATGGATCTAGCAAAAGAAGATATTAAAGATAATGATAGAACATTACAACAGCAGCCAGGT  1422
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAAGTCTACCTTTATGGATCTAGCAAAAGAAGATATTAAAGATAATGATAGAACATTACAACAGCAGCCAGGT  1776

Query 1423  GATCAAAATAGAACTATTTCATCAGTCCATGGTTTAAACAATGATATTGTAAAGGCCTTGGACCGAATTACATT  1496
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GATCAAAATAGAACTATTTCATCAGTCCATGGTTTAAACAATGATATTGTAAAGGCCTTGGACCGAATTACATT  1850

Query 1497  GCAGAATATTCCTTCTCAAACAGCCCCAGGTTTTACTGCAGAAATGAAGAAGGACTGCAGTCTTCCTCTTACTG  1570
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GCAGAATATTCCTTCTCAAACAGCCCCAGGTTTTACTGCAGAAATGAAGAAGGACTGCAGTCTTCCTCTTACTG  1924

Query 1571  TCCTTACCTGTGCTAAAGCATGTCCACACATGGCTACTTGTGGAAATGTTCTGTTTGAGGGAAGAACAGTTCAG  1644
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TCCTTACCTGTGCTAAAGCATGTCCACACATGGCTACTTGTGGAAATGTTCTGTTTGAGGGAAGAACAGTTCAG  1998

Query 1645  CTAGGGAAGCTTTGCTGCACTGGAGTTGAAACTGAAGATGATGAAGATACTGAGTCAAATTCATCGGTAGAACA  1718
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CTAGGGAAGCTTTGCTGCACTGGAGTTGAAACTGAAGATGATGAAGATACTGAGTCAAATTCATCGGTAGAACA  2072

Query 1719  AGCATCGGTTGAAGTACCTGATGGACCAACACTCCATGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAAAATACGA  1792
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AGCATCGGTTGAAGTACCTGATGGACCAACACTCCATGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAAAATACGA  2146

Query 1793  AGTCTGTCCCAGAATATTCAGAGGTGGCTTATCCCGATTATTTTGGTCACATTCCGCCTCCATTCAAAGAGCCT  1866
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AGTCTGTCCCAGAATATTCAGAGGTGGCTTATCCCGATTATTTTGGTCACATTCCGCCTCCATTCAAAGAGCCT  2220

Query 1867  ATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCTCAAGATATTGAAAGGCTAATACATCAGAGTGA  1940
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCTCAAGATATTGAAAGGCTAATACATCAGAGTGA  2294

Query 1941  TATCATAGATCGTGTGGTATATGACTTGGATAACCCAAATTACACCATTCCAGAAGAGGGAGATATTTTGAAAT  2014
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TATCATAGATCGTGTGGTATATGACTTGGATAACCCAAATTACACCATTCCAGAAGAGGGAGATATTTTGAAAT  2368

Query 2015  TTAACTCCAAATTTGAGTCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAATGAATATGATCTTATTCTG  2088
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TTAACTCCAAATTTGAGTCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAATGAATATGATCTTATTCTG  2442

Query 2089  AACTCAGACATAAACAGCAATCATTATCATCAGTGGTTTTACTTTGAAGTCAGTGGAATGCGACCAGGTGTTGC  2162
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  AACTCAGACATAAACAGCAATCATTATCATCAGTGGTTTTACTTTGAAGTCAGTGGAATGCGACCAGGTGTTGC  2516

Query 2163  TTACAGGTTTAACATCATTAACTGTGAAAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAACCACTCATGTATT  2236
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TTACAGGTTTAACATCATTAACTGTGAAAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAACCACTCATGTATT  2590

Query 2237  CGGTTCAGGAAGCATTAAATGCCAGACCATGGTGGATTCGTATGGGGACTGACATTTGTTACTATAAAAATCAT  2310
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CGGTTCAGGAAGCATTAAATGCCAGACCATGGTGGATTCGTATGGGGACTGACATTTGTTACTATAAAAATCAT  2664

Query 2311  TTCTCAAGAAGTTCAGTTGCTGCAGGTGGGCAAAAGGGAAAATCCTACTATACAATTACATTTACTGTCAATTT  2384
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TTCTCAAGAAGTTCAGTTGCTGCAGGTGGGCAAAAGGGAAAATCCTACTATACAATTACATTTACTGTCAATTT  2738

Query 2385  TCCACATAAAGATGATGTTTGCTACTTTGCTTATCACTATCCATATACGTATTCAACTTTACAGATGCATCTTC  2458
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TCCACATAAAGATGATGTTTGCTACTTTGCTTATCACTATCCATATACGTATTCAACTTTACAGATGCATCTTC  2812

Query 2459  AAAAATTGGAATCAGCACACAATCCTCAGCAAATCTATTTTCGGAAAGATGTGTTATGTGAAACCCTGTCTGGA  2532
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  AAAAATTGGAATCAGCACACAATCCTCAGCAAATCTATTTTCGGAAAGATGTGTTATGTGAAACCCTGTCTGGA  2886

Query 2533  AACAGCTGCCCCTTGGTGACTATAACAGCAATGCCAGAGTCTAATTATTATGAACATATCTGCCATTTCAGAAA  2606
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
Sbjct 2887  AACAGCTGCCCCTTGGTGACTATAACAGCAATGCCAGAGTCTAATTATTATGAACATATCTGCCATTTC-----  2955

Query 2607  TCGCCCTTACGTTTTCTTGTCTGCTCGGGTACATCCTGGAGAAACTAATGCAAGTTGGGTTATGAAAGGAACGT  2680
                                                                                      
Sbjct 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955

Query 2681  TGGAATATCTCATGAGCAATAACCCCACTGCTCAGAGCTTACGAGAATCTTATATTTTTAAAATTGTCCCTATG  2754
                                                                                      
Sbjct 2956  --------------------------------------------------------------------------  2955

Query 2755  TTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCATCGCTGTTCTTTAAGTGGAGAGGATTTGAATAGGCAGTGGCA  2828
                                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2956  ----------------------------ATCATCGCTGTTCTTTAAGTGGAGAGGATTTGAATAGGCAGTGGCA  3001

Query 2829  AAGTCCAAGTCCGGATTTACATCCTACAATTTACCATGCTAAGGGGCTGTTGCAATACTTGGCTGCAGTGAAGC  2902
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3002  AAGTCCAAGTCCGGATTTACATCCTACAATTTACCATGCTAAGGGGCTGTTGCAATACTTGGCTGCAGTGAAGC  3075

Query 2903  GTTTACCCTTGGTTTATTGTGATTATCATGGCCATTCCCGAAAGAAGAATGTATTTATGTATGGTTGCAGCATC  2976
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3076  GTTTACCCTTGGTTTATTGTGATTATCATGGCCATTCCCGAAAGAAGAATGTATTTATGTATGGTTGCAGCATC  3149

Query 2977  AAAGAGACAGTGTGGCATACCAATGATAATGCAACTTCATGTGATGTTGTGGAGGATACGGGATACAGGACATT  3050
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3150  AAAGAGACAGTGTGGCATACCAATGATAATGCAACTTCATGTGATGTTGTGGAGGATACGGGATACAGGACATT  3223

Query 3051  GCCTAAGATACTGAGCCATATCGCCCCAGCATTTTGCATGAGCAGCTGTAGCTTCGTAGTGGAAAAATCTAAAG  3124
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224  GCCTAAGATACTGAGCCATATCGCCCCAGCATTTTGCATGAGCAGCTGTAGCTTCGTAGTGGAAAAATCTAAAG  3297

Query 3125  AATCCACAGCACGTGTTGTAGTTTGGAGGGAAATAGGAGTACAAAGAAGTTATACCATGGAGAGTACTTTATGT  3198
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298  AATCCACAGCACGTGTTGTAGTTTGGAGGGAAATAGGAGTACAAAGAAGTTATACCATGGAGAGTACTTTATGT  3371

Query 3199  GGCTGTGATCAGGGAAAATACAAGGGTTTACAGATTGGTACCCGAGAACTGGAAGAGATGGGAGCAAAATTTTG  3272
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3372  GGCTGTGATCAGGGAAAATACAAGGGTTTACAGATTGGTACCCGAGAACTGGAAGAGATGGGAGCAAAATTTTG  3445

Query 3273  TGTTGGTCTTTTACGTTTGAAAAGACTGACCTCTCCATTGGAGTATAATCTGCCTTCCAGCCTGCTTGACTTTG  3346
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3446  TGTTGGTCTTTTACGTTTGAAAAGACTGACCTCTCCATTGGAGTATAATCTGCCTTCCAGCCTGCTTGACTTTG  3519

Query 3347  AAAATGATTTAATTGAATCAAGCTGCAAAGTAACTAGCCCTACCACTTATGTCTTGGATGAAGATGAACCTCGA  3420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3520  AAAATGATTTAATTGAATCAAGCTGCAAAGTAACTAGCCCTACCACTTATGTCTTGGATGAAGATGAACCTCGA  3593

Query 3421  TTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGTAATGATGAGTTAGATATTGAGTTGGCTGAAAATGTAGGAGA  3494
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3594  TTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGTAATGATGAGTTAGATATTGAGTTGGCTGAAAATGTAGGAGA  3667

Query 3495  TTATGAACCTTCTGCTCAAGAAGAAGTACTTTCTGACTCTGAATTATCAAGAACATACCTACCT----------  3558
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
Sbjct 3668  TTATGAACCTTCTGCTCAAGAAGAAGTACTTTCTGACTCTGAATTATCAAGAACATACCTACCTTGAGCCCGCT  3741

Query 3559  --------------------------------------------------------------------------  3558
                                                                                      
Sbjct 3742  GCCATCTCTTGTTAACTGCAAAGAATAAATGAAATATCTTGGTTTTTATTTCCCAGGAAGCTTGAGAGAAATGA  3815

Query 3559  --------------------------------------------------------------------------  3558
                                                                                      
Sbjct 3816  GTTTATACAGAGCTGACTCAAAAAGACAAAAAGTAACTTGGGCCAGTTTGGTTTCAAGATAATAAATGTGTTAT  3889

Query 3559  --------------------------------------------------------------------------  3558
                                                                                      
Sbjct 3890  TAATTAATGATAAAATTGGCGCTTGTTTTATTTTCGATATTCAATGCACTTTATGTAGCATTGAATGATCAAAT  3963

Query 3559  ----------------------------  3558
                                        
Sbjct 3964  ATTGGATTTACCTTTAAAAAAAAAACCT  3991