Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02765
• Subject: XR_001751184.1
• Aligned Length: 4292
• Identities: 3287
• Gaps: 1005

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AAAAAACAGGAAGTGCCTACGGAGGCCGGGCCGGCAGCGGCGGCCGGGCATGAAGCCGGGCGGCTACGGGATCG  74

Query    1  ---------------------------------ATGAGCGACATAGTGGAGAAGACGCTGACGGCGCTGCCGGG  41
                                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CGGGCGGCGGCGGCATCGCGGGCGGCGGCGGCGATGAGCGACATAGTGGAGAAGACGCTGACGGCGCTGCCGGG  148

Query   42  ACTCTTTCTGCAGAACCAGCCCGGTGGTGGGCCCGCGGCCGCCAAGGCGTCCTTCTCCTCGAGGCTGGGCAGCC  115
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ACTCTTTCTGCAGAACCAGCCCGGTGGTGGGCCCGCGGCCGCCAAGGCGTCCTTCTCCTCGAGGCTGGGCAGCC  222

Query  116  TTGTCCGCGGCATCACAGCCCTCACCTCCAAGCACGAAGAAGAAAAATTAATCCAGCAGGAACTGAGTAGTCTG  189
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTGTCCGCGGCATCACAGCCCTCACCTCCAAGCACGAAGAAGAAAAATTAATCCAGCAGGAACTGAGTAGTCTG  296

Query  190  AAAGCGACTGTTTCTGCTCCTACTACAACACTGAAAATGATGAAGGAATGTATGGTGAGACTTATATATTGTGA  263
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAAGCGACTGTTTCTGCTCCTACTACAACACTGAAAATGATGAAGGAATGTATGGTGAGACTTATATATTGTGA  370

Query  264  AATGCTTGGATATGATGCTTCCTTTGGCTATATTCATGCAATCAAGTTAGCCCAACAAGGAAACCTCTTAGAAA  337
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AATGCTTGGATATGATGCTTCCTTTGGCTATATTCATGCAATCAAGTTAGCCCAACAAGGAAACCTCTTAGAAA  444

Query  338  AAAGAGTAGGTTATTTGGCTGTTTCCTTATTTCTACATGAAAGTCATGAATTATTGCTTCTCCTTGTGAATACA  411
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAAGAGTAGGTTATTTGGCTGTTTCCTTATTTCTACATGAAAGTCATGAATTATTGCTTCTCCTTGTGAATACA  518

Query  412  GTTGTAAAGGATCTGCAGAGCACTAACCTAGTAGAAGTGTGTATGGCACTGACTGTTGTTAGCCAGATTTTCCC  485
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GTTGTAAAGGATCTGCAGAGCACTAACCTAGTAGAAGTGTGTATGGCACTGACTGTTGTTAGCCAGATTTTCCC  592

Query  486  CTGCGAAATGATTCCAGCTGTTCTTCCATTAATAGAAGATAAACTTCAACATTCTAAGGAGATTGTACGAAGAA  559
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTGCGAAATGATTCCAGCTGTTCTTCCATTAATAGAAGATAAACTTCAACATTCTAAGGAGATTGTACGAAGAA  666

Query  560  AAGCTGTTCTGGCATTATACAAATTCCATCTCATTGCTCCTAATCAAGTACAACATATTCATATTAAGTTTCGG  633
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAGCTGTTCTGGCATTATACAAATTCCATCTCATTGCTCCTAATCAAGTACAACATATTCATATTAAGTTTCGG  740

Query  634  AAAGCACTTTGTGACAGAGATGTTGGGGTCATGGCTGCCTCCTTGCATATATATCTTAGAATGATTAAGGAGAA  707
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAAGCACTTTGTGACAGAGATGTTGGGGTCATGGCTGCCTCCTTGCATATATATCTTAGAATGATTAAGGAGAA  814

Query  708  TTCATCTGGATATAAAGACTTGACTGGGAGTTTTGTAACCATTTTGAAGCAAGTAGTTGGAGGAAAGCTCCCAG  781
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTCATCTGGATATAAAGACTTGACTGGGAGTTTTGTAACCATTTTGAAGCAAGTAGTTGGAGGAAAGCTCCCAG  888

Query  782  TAGAATTCAATTACCACAGTGTGCCAGCACCATGGTTACAAATTCAGCTCTTGAGAATACTGGGACTTCTAGGA  855
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TAGAATTCAATTACCACAGTGTGCCAGCACCATGGTTACAAATTCAGCTCTTGAGAATACTGGGACTTCTAGGA  962

Query  856  AAAGATGATCAAAGGACAAGTGAATTAATGTATGATGTTCTTGATGAATCCTTACGAAGAGCTGAGTTAAATCA  929
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAAGATGATCAAAGGACAAGTGAATTAATGTATGATGTTCTTGATGAATCCTTACGAAGAGCTGAGTTAAATCA  1036

Query  930  CAATGTCACATATGCTATTTTGTTTGAATGTGTGCATACAGTCTATTCTATTTATCCTAAATCGGAATTACTTG  1003
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CAATGTCACATATGCTATTTTGTTTGAATGTGTGCATACAGTCTATTCTATTTATCCTAAATCGGAATTACTTG  1110

Query 1004  AGAAGGCTGCCAAGTGCATTGGAAAATTTGTTCTGTCACCTAAAATAAATCTAAAATATTTAGGACTGAAGGCT  1077
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGAAGGCTGCCAAGTGCATTGGAAAATTTGTTCTGTCACCTAAAATAAATCTAAAATATTTAGGACTGAAGGCT  1184

Query 1078  CTTACCTATGTTATCCAACAGGATCCTACTCTGGCTCTTCAACACCAGATGACAATAATTGAATGTTTAGATCA  1151
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CTTACCTATGTTATCCAACAGGATCCTACTCTGGCTCTTCAACACCAGATGACAATAATTGAATGTTTAGATCA  1258

Query 1152  TCCTGATCCCATTATTAAAAGAGAGACTCTGGAACTTCTTTACAGAATTACTAATGCACAGAATATAACAGTTA  1225
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCCTGATCCCATTATTAAAAGAGAGACTCTGGAACTTCTTTACAGAATTACTAATGCACAGAATATAACAGTTA  1332

Query 1226  TTGTCCAGAAAATGCTTGAATATTTACATCAGAGCAAAGAAGAGTATGTCATCGTCAATTTGGTCGGCAAAATA  1299
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TTGTCCAGAAAATGCTTGAATATTTACATCAGAGCAAAGAAGAGTATGTCATCGTCAATTTGGTCGGCAAAATA  1406

Query 1300  GCAGAGCTGGCTGAGAAATATGCTCCTGATAATGCATGGTTTATTCAGACAATGAATGCTGTGTTTTCAGTAGG  1373
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCAGAGCTGGCTGAGAAATATGCTCCTGATAATGCATGGTTTATTCAGACAATGAATGCTGTGTTTTCAGTAGG  1480

Query 1374  AGGAGATGTAATGCATCCTGATATTCCCAATAACTTTCTGAGACTACTAGCGGAAGGTTTTGATGATGAAACAG  1447
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGGAGATGTAATGCATCCTGATATTCCCAATAACTTTCTGAGACTACTAGCGGAAGGTTTTGATGATGAAACAG  1554

Query 1448  AAGATCAGCAATTAAGACTCTATGCAGTTCAGTCTTATCTCACTTTACTGGATATGGAAAATGTGTTCTATCCA  1521
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGATCAGCAATTAAGACTCTATGCAGTTCAGTCTTATCTCACTTTACTGGATATGGAAAATGTGTTCTATCCA  1628

Query 1522  CAGAGATTTCTTCAAGTTATGAGTTGGGTATTAGGGGAATATTCCTACCTCTTAGATAAGGAAACGCCAGAGGA  1595
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CAGAGATTTCTTCAAGTTATGAGTTGGGTATTAGGGGAATATTCCTACCTCTTAGATAAGGAAACGCCAGAGGA  1702

Query 1596  AGTTATAGCTAAGCTCTACAAGTTACTTATGAATGACTCTGTGTCTTCAGAAACAAAAGCCTGGTTAATTGCTG  1669
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGTTATAGCTAAGCTCTACAAGTTACTTATGAATGACTCTGTGTCTTCAGAAACAAAAGCCTGGTTAATTGCTG  1776

Query 1670  CTGTGACCAAATTGACATCTCAGGCGCACTCTTCTAATACAGTTGAGAGATTAATCCATGAATTTACCATATCT  1743
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CTGTGACCAAATTGACATCTCAGGCGCACTCTTCTAATACAGTTGAGAGATTAATCCATGAATTTACCATATCT  1850

Query 1744  TTGGATACTTGTATGAGACAACATGCATTTGAATTAAAACATTTGCATGAGAATGTGGAACTTATGAAGAGCTT  1817
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TTGGATACTTGTATGAGACAACATGCATTTGAATTAAAACATTTGCATGAGAATGTGGAACTTATGAAGAGCTT  1924

Query 1818  GCTTCCAGTTGACAGGAGTTGTGAAGACTTGGTGGTAGATGCTTCTTTATCTTTTCTGGATGGTTTTGTGGCTG  1891
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GCTTCCAGTTGACAGGAGTTGTGAAGACTTGGTGGTAGATGCTTCTTTATCTTTTCTGGATGGTTTTGTGGCTG  1998

Query 1892  AAGGACTCAGTCAGGGTGCAGCGCCTTACAAACCTCCCCATCAACGCCAGGAGGAAAAGCTTTCTCAGGAAAAA  1965
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AAGGACTCAGTCAGGGTGCAGCGCCTTACAAACCTCCCCATCAACGCCAGGAGGAAAAGCTTTCTCAGGAAAAA  2072

Query 1966  GTTCTCAATTTTGAACCATATGGACTCTCCTTTTCTTCATCTGGCTTCACTGGACGACAGTCTCCTGCTGGCAT  2039
            |                                                                         
Sbjct 2073  G-------------------------------------------------------------------------  2073

Query 2040  TTCTCTTGGTTCAGATGTATCTGGGAATAGTGCTGAGACAGGACTGAAAGAGACAAATAGCTTGAAGCTGGAAG  2113
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2074  ---------------------------------------------------GACAAATAGCTTGAAGCTGGAAG  2096

Query 2114  GTATAAAGAAATTGTGGGGGAAAGAAGGCTATCTTCCCAAGAAGGAAAGCAAAACTGGTGATGAAAGTGGAGCT  2187
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097  GTATAAAGAAATTGTGGGGGAAAGAAGGCTATCTTCCCAAGAAGGAAAGCAAAACTGGTGATGAAAGTGGAGCT  2170

Query 2188  CTGCCTGTTCCTCAAGAGAGTATAATGGAGAATGTAGATCAAGCTATAACTAAAAAGGATCAATCTCAAGTTCT  2261
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171  CTGCCTGTTCCTCAAGAGAGTATAATGGAGAATGTAGATCAAGCTATAACTAAAAAGGATCAATCTCAAGTTCT  2244

Query 2262  TACCCAATCTAAAGAGGAGAAAGAAAAGCAGCTGCTGGCATCATCATTATTTGTTGGTCTAGGATCAGAAAGTA  2335
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245  TACCCAATCTAAAGAGGAGAAAGAAAAGCAGCTGCTGGCATCATCATTATTTGTTGGTCTAGGATCAGAAAGTA  2318

Query 2336  CAATCAACCTGCTGGGAAAAGCAGATACTGTCTCTCACAAGTTCAGAAGGAAATCAAAAGTCAAAGAAGCTAAA  2409
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319  CAATCAACCTGCTGGGAAAAGCAGATACTGTCTCTCACAAGTTCAGAAGGAAATCAAAAGTCAAAGAAGCTAAA  2392

Query 2410  AGTGGCGAAACAACCAGTACTCATAATATGACCTGTTCTTCCTTTAGTTCTTTGTCAAATGTGGCATATGAAGA  2483
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393  AGTGGCGAAACAACCAGTACTCATAATATGACCTGTTCTTCCTTTAGTTCTTTGTCAAATGTGGCATATGAAGA  2466

Query 2484  TGATTATTATTCGAATACTTTGCACGATACAGGAGACAAGGAATTAAAGAAATTTTCTCTCACTTCAGAACTTT  2557
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2467  TGATTATTATTCGAATACTTTGCACGATACAGGAGACAAGGAATTAAAGAAATTTTCTCTCACTTCAGAACTTT  2540

Query 2558  TGGATTCTGAGTCACTCACAGAACTGCCCTTGGTTGAGAAATTCTCATATTGTAGTCTGTCTACACCTTCATTG  2631
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2541  TGGATTCTGAGTCACTCACAGAACTGCCCTTGGTTGAGAAATTCTCATATTGTAGTCTGTCTACACCTTCATTG  2614

Query 2632  TTTGCTAATAACAACATGGAAATTTTTCACCCTCCTCAATCTACTGCAGCCTCAGTTGCCAAGGAAAGCTCTTT  2705
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2615  TTTGCTAATAACAACATGGAAATTTTTCACCCTCCTCAATCTACTGCAGCCTCAGTTGCCAAGGAAAGCTCTTT  2688

Query 2706  AGCTTCATCTTTTTTGGAAGAAACTACTGAATACATACACTCAAATGCTATGGAAGTCTGTAATAATGAAACTA  2779
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689  AGCTTCATCTTTTTTGGAAGAAACTACTGAATACATACACTCAAATGCTATGGAAGTCTGTAATAATGAAACTA  2762

Query 2780  TATCAGTGTCTTCTTATAAAATTTGGAAAGATGATTGTTTATTGATGGTCTGGTCAGTCACTAATAAGAGTGGT  2853
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763  TATCAGTGTCTTCTTATAAAATTTGGAAAGATGATTGTTTATTGATGGTCTGGTCAGTCACTAATAAGAGTGGT  2836

Query 2854  TTGGAATTGAAAAGTGCTGACTTAGAAATTTTTCCTGCAGAAAATTTCAAGGTGACTGAGCAACCTGGATGCTG  2927
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2837  TTGGAATTGAAAAGTGCTGACTTAGAAATTTTTCCTGCAGAAAATTTCAAGGTGACTGAGCAACCTGGATGCTG  2910

Query 2928  TTTGCCTGTAATGGAAGCAGAAAGCACCAAAAGCTTTCAATATAGTGTGCAGATAGAAAAACCTTTTACAGAAG  3001
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2911  TTTGCCTGTAATGGAAGCAGAAAGCACCAAAAGCTTTCAATATAGTGTGCAGATAGAAAAACCTTTTACAGAAG  2984

Query 3002  GAAATCTTACTGGTTTTATTAGTTATCATATGATGGATACTCATTCTGCTCAGCTGGAATTTTCTGTAAACTTA  3075
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2985  GAAATCTTACTGGTTTTATTAGTTATCATATGATGGATACTCATTCTGCTCAGCTGGAATTTTCTGTAAACTTA  3058

Query 3076  TCACTATTAGATTTCATTAGACCATTAAAAATCTCAAGTGACGACTTTGGGAAACTCTGGTTATCCTTCGCAAA  3149
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059  TCACTATTAGATTTCATTAGACCATTAAAAATCTCAAGTGACGACTTTGGGAAACTCTGGTTATCCTTCGCAAA  3132

Query 3150  TGATGTGAAACAAAATGTAAAAATGTCAGAATCTCAAGCTGCACTTCCTTCTGCACTAAAGACTCTGCAACAGA  3223
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3133  TGATGTGAAACAAAATGTAAAAATGTCAGAATCTCAAGCTGCACTTCCTTCTGCACTAAAGACTCTGCAACAGA  3206

Query 3224  AACTAAGACTCCATATTATTGAGATTATAGGCAATGAAGGGCTATTGGCCTGTCAGCTGCTCCCATCCATCCCC  3297
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3207  AACTAAGACTCCATATTATTGAGATTATAGGCAATGAAGGGCTATTGGCCTGTCAGCTGCTCCCATCCATCCCC  3280

Query 3298  TGCTTACTGCATTGCCGAGTTCATGCAGATGTATTAGCCCTGTGGTTCAGATCCTCCTGTTCTACTCTTCCTGA  3371
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3281  TGCTTACTGCATTGCCGAGTTCATGCAGATGTATTAGCCCTGTGGTTCAGATCCTCCTGTTCTACTCTTCCTGA  3354

Query 3372  CTATTTACTGTATCAGTGTCAAAAGGTGATGGAGGGATCC----------------------------------  3411
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                  
Sbjct 3355  CTATTTACTGTATCAGTGTCAAAAGGTGATGGAGGGATCCTAGCAGAAGCCCTGCTAAATTTTACTCCATCAAG  3428

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 3429  ATCAATGGTTTACATAGATAAACTTATTTACCAAAGTAAAAAGAACTCATGGTACTTCTAATGAAAATGGGGAT  3502

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 3503  TATTACAAGTGTGGTTTATATGTTTTCTTTGTGATTCCTGGTCAAGAAAGATCCCCAAAACTGTATCCCTAACC  3576

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 3577  TTTAACTCAGGATTGTACAGTATGTTTAGGTCCCTCAAAAAGTGACCTAAGCTAATGTTATAAACTGCTAATGA  3650

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 3651  TTTATATATCACTTAGTGTGTAGAGGGACTGAAAATATTTATTTTGTTATAAATAATTTTATAGCACGTTTACT  3724

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 3725  CTAGTGCTAGCTAATTTGTAATAAAGCCAAGTCTCAGTTTTCTGCATTAAATGGAAGGGAGACATGAAATTGAT  3798

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 3799  AATCTCAAACTTAATTCATATTTGGCTTTGGAATGTAGTGTATGGTTTTTGGTAGGGAAGTCAATATTTTCGAT  3872

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 3873  TATGTTTTGCTTAGATCAGTGTTGAACTAAGTTGGCATAGCACACACTAACAGTTGTAGGAGATCCATGAGCAT  3946

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 3947  GCTGGATATTGAGGGGATCCAATCTGTGATCTATTTTTTATTATAGATAACTGTTACACATAATTTCAGATCGT  4020

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 4021  TTGGCTGTAAAATTTGTCTGTTTTCCACTTGGAGTTATTTTAAAATTCAAAGTAAATCACTCTATTCTTATTTT  4094

Query 3412  --------------------------------------------------------------------------  3411
                                                                                      
Sbjct 4095  GAAAACTCAGAGCCATTTTATATAGAAACAAAACCCATAAGAGCACACAGTAACAAAGCAAACAGATACAAAAA  4168