Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_02936
- Subject:
- NR_104379.1
- Aligned Length:
- 2676
- Identities:
- 1648
- Gaps:
- 813
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GGCCTCGGTCTTCCTTCCGGGTCGCGCTGGGCCGGGCCCGCCGCCGCGGCAGCAGCACGGGATACTGGGAGCCG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TCTCCTGCTGCCCACGCTGCGGGCTTGCGGCGAAGCTCTGTTCGCCCAGTTCCGGACCCTGCAGGGCTGTCTCA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 TCTCAGCATCTGTAGGTGAAAGCAGCATGCATGTTTCAGACACGTGGATGGGCACCAACTCCTGTGCTTCCCGT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 GTGTGTCAGGTGACCTGTCAAGCCAGGACCATCCTTCAGAGTTCATGCATCTCACCGAGGACACCTGACCTTTT 296
Query 1 -----------------------ATGTCACCGGTCTTTCCCATGTTAACAGTTCTGACCATGTTTTATTATATA 51
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 297 GAAGCTTCATAATTCACGACTAGATGTCACCAGTCTTTCCCATGTTAACAGTTCTGACCATGTTTTATTATATG 370
Query 52 TGCCTTCGGCGCCGAGCCAGGACAGCTACAAGAGGAGAAATGATGAACACCCATAGAGCTATAGAATCAAACAG 125
|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||..||||||..||||||||
Sbjct 371 TGCCTTCGGCGTCGAGCCAGGACAGCTACAAGAGGAGATATGATGAACAGCCATAGGACTATAGTGTCAAACAG 444
Query 126 CCAGACTTCCCCTCTCAATGCAGAGGTAGTCCAGTATGCCAAAGAAGTAGTGGATTTCAGTTCCCATTATGGAA 199
||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 445 CCGGACTTCCCCTCTCAATGCAGAGGTGGTCCAGTATGCTAAAGAAGTGGTGGATTTCAGTTCCCATTACGGCA 518
Query 200 GTGAGAATAGTATGTCCTATACTATGTGGAATTTGGCTGGTGTACCAAATGTATTCCCAAGTTCTGGTGACTTT 273
|||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 519 GTGAGAACAGTATGTCCTATACCATGTGGAATTTGGCAGGTGTACCAAATGTCTTCCCAAGTTCTGGTGACTTC 592
Query 274 ACTCAGACAGCTGTGTTTCGAACTTATGGGACATGGTGGGATCAGTGTCCTAGTGCTTCCTTGCCATTCAAGAG 347
||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||
Sbjct 593 ACGCAGACGGCTGTGTTTCGAACTTATGGGACGTGGTGGGATCAGTGTCCTAGTGCTTCCTTGCCATTCAGAAG 666
Query 348 GACGCCACCTAATTTTCAGAGCCAGGACTATGTGGAACTTACTTTTGAACAACAGGTGTATCCTACAGCTGTAC 421
|||.||..|.|.|||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||.|
Sbjct 667 GACACCGTCCAGTTTCCAGAGCCAGGACTATGTGGAACTGACTTTTGAGCAGCAAGTGTACCCCACGGCTGTCC 740
Query 422 ATGTTCTAGAAACCTATCATCCCGGAGCAGTCATTAGAATTCTCGCTTGTTCTGCAAATCCTTATTCCCCAAAT 495
||||.||.||.||.||.|||||.|||||||||||.||||||||.||.||.||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 741 ATGTGCTGGAGACTTACCATCCTGGAGCAGTCATCAGAATTCTGGCCTGCTCAGCAAATCCCTACTCCCCAAAT 814
Query 496 CCACCAGCTGAAGTAAGATGGGAGATTCTTTGGTCAGAGAGACCTACGAAGGTGAATGCTTCCCAAGCTCGCCA 569
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 815 CCTCCAGCTGAAGTAAGATGGGAGATTCTTTGGTCAGAGAGACCTATGAAGGTGAATGCTTCCCAGGCTCGTCA 888
Query 570 GTTTAAACCTTGTATTAAGCAGATAAATTTCCCCACAAATCTTATACGACTGGAAGTAAATAGTTCTCTTCTGG 643
|||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 889 GTTTAAACCTTGTATTAAGCAAATAAATTTCCCTACAAACCTCATACGACTGGAAGTCAATAGTTCTCTTCTGG 962
Query 644 AATATTACACTGAATTAGATGCAGTTGTGCTACATGGTGTGAAGGACAAGCCAGTGCTTTCTCTCAAGACTTCA 717
|.||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||..|||||||||||||.||||.||||||||||||.|.
Sbjct 963 ATTATTACACCGAACTAGATGCAGTTGTGCTGCATGGTACGAAGGACAAGCCACTGCTCTCTCTCAAGACTGCT 1036
Query 718 CTTATTGACATGAATGATATAGAAGATGATGCCTATGCAGAAAAGGATGGTTGTGGAATGGACAGTCTTAACAA 791
|||.|.||||||||||||.||||||||||.|.|||||.|||.||||||||.||||..|||||...|||||||||
Sbjct 1037 CTTGTAGACATGAATGATCTAGAAGATGACGACTATGAAGAGAAGGATGGCTGTGAGATGGATGCTCTTAACAA 1110
Query 792 AAAGTTTAGCAGTGCTGTCCTCGGGGAAGGGCCAAATAATGGGTATTTTGATAAACTACCTTATGAGCTTATTC 865
|||||||||||||||||.|||.|||||.||||||.||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1111 AAAGTTTAGCAGTGCTGCCCTTGGGGATGGGCCACATAATGGGTATTTTGACAAACTACCATATGAGCTCATTC 1184
Query 866 AGCTGATTCTGAATCATCTTACACTACCAGACCTGTGTAGATTAGCACAGACTTGCAAACTACTGAGCCAGCAT 939
|.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||..||.||...|||||||
Sbjct 1185 AACTGATTCTGAATCATCTTTCACTACCAGACCTGTGTAGATTAGCCCAGACTTGCAGGCTTCTCCACCAGCAT 1258
Query 940 TGCTGTGATCCTCTGCAATACATCCACCTCAATCTGCAACCATACTGGGCAAAACTAGATGACACTTCTCTGGA 1013
||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||....||.||.|||||.||.|||||
Sbjct 1259 TGCTGTGATCCTCTGCAATATATCCACCTCAACCTGCAGCCATACTGGGCCCGGCTGGACGACACGTCACTGGA 1332
Query 1014 ATTTCTACAGTCTCGCTGCACTCTTGTCCAGTGGCTTAATTTATCTTGGACTGGCAATAGAGGCTTCATCTCTG 1087
.||.||||||.|||||||....||||||||||||||||||.|.||||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 1333 GTTCCTACAGGCTCGCTGTGTGCTTGTCCAGTGGCTTAATCTGTCTTGGACTGGCAACAGAGGGTTCATCTCTG 1406
Query 1088 TTGCAGGATTTAGCAGGTTTCTGAAGGTTTGTGGATCCGAATTAGTACGCCTTGAATTGTCTTGCAGCCACTTT 1161
|..|||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||
Sbjct 1407 TATCAGGATTTAGCAGGTTTCTAAAGGTGTGTGGGTCTGAGTTAGTACGCCTTGAGTTATCCTGCAGCCACTTT 1480
Query 1162 CTTAATGAAACTTGCTTAGAAGTTATTTCTGAGATGTGTCCAAATCTACAGGCCTTAAATCTCTCCTCCTGTGA 1235
||||||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|.||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1481 CTTAATGACACTTGCTTGGAGGTTATTTCTGAAATGTGCCCAAATCTACAAGACTTAAATCTCTCATCCTGCGA 1554
Query 1236 TAAGCTACCACCTCAAGCTTTCAACCACATTGCCAAGTTATGCAGCCTTAAACGACTTGTTCTCTATCGAACAA 1309
|||.||.||||||||.|||||...|||.||||||||||||||||||||.||..|.||||||||||||||.||||
Sbjct 1555 TAAACTCCCACCTCAGGCTTTTGGCCATATTGCCAAGTTATGCAGCCTCAAGAGGCTTGTTCTCTATCGGACAA 1628
Query 1310 AAGTAGAGCAAACAGCACTGCTCAGCATTTTGAACTTCTGTTCAGAGCTTCAGCACCTCAGTTTAGGCAGTTGT 1383
|||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||..|.|||||.|||
Sbjct 1629 AAGTAGAGCAAACAGCACTACTGAGCATTTTGAACTTCTGTGCAGAGCTTCAGCACCTCAGCCTGGGCAGCTGT 1702
Query 1384 GTCATGATTGAAGACTATGATGTGATAGCTAGCATGATAGGAGCCAAGTGTAAAAAACTCCGGACCCTGGATCT 1457
||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||..|||||||
Sbjct 1703 GTGATGATTGAAGATTATGATGTGATAGCCAGCATGATAGGAGCCAAGTGTAAAAACCTGCGGACTTTGGATCT 1776
Query 1458 GTGGAGATGTAAGAATATTACTGAGAATGGAATAGCAGAACTGGCTTCTGGGTGTCCACTACTGGAGGAGCTTG 1531
|||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||..||||||||||.|||...||.||.|||||.||||
Sbjct 1777 GTGGAGATGCAAGAATATCACCGAGAATGGGATAGCAGAGTTGGCTTCTGGCTGTGTTCTTCTTGAGGAACTTG 1850
Query 1532 ACCTTGGCTGGTGCCCAACTCTGCAGAGCAGCACCGGGTGCTTCACCAGACTGGCACACCAGCTCCCAAACTTG 1605
||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||...|||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1851 ACCTTGGCTGGTGCCCCACCCTTCAGAGCAGCACTGGGTGCTTTGTCAGACTGGCACGCCAGCTCCCAAACTTG 1924
Query 1606 CAAAAACTCTTTCTTACAGCTAATAGATCTGTGTGTGACACAGACATTGATGAATTGGCATGTAATTGTACCAG 1679
||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||.||||||.||||||||||||
Sbjct 1925 CAGAAACTCTTTCTTACAGCTAACAGGTCTGTGTGTGACACAGACATAGAAGAACTGGCATCTAATTGTACCAG 1998
Query 1680 GTTACAGCAGCTGGACATATT----------------------------------------------------- 1700
.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1999 ATTACAGCAACTGGACATATTAGGCCTGAAACAGGTTTTCAAAACTGTTAGGATAGTTGCTCCGTTGTGATTGG 2072
Query 1701 ------------------------------------------------------------AGGAACAAGAATGG 1714
||||||||||||||
Sbjct 2073 AGGGTGAAATAGCAGCATCGCTGTCTAATGGGCACCACACGAGTTGCCGTGAGTTAAGTAAGGAACAAGAATGG 2146
Query 1715 TAAGTCCGGCATCCTTAAGAAAACTCCTGGAATCTTGTAAAGATCTTTCTTTACTTGATGTGTCCTTCTGTTCG 1788
|||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||..|||||||.||||||||||||||.
Sbjct 2147 TAAGTCCAGCATCCTTGAGAAAACTCCTGGAATCTTGCAAAGATCTTTCCCTACTTGACGTGTCCTTCTGTTCC 2220
Query 1789 CAGATTGATAACAGAGCTGTGCTAGAACTGAATGCAAGCTTTCCAAAAGTGTTCATAAAAAAGAGCTTTACTCA 1862
|||||||||||||..||||||.||||.||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2221 CAGATTGATAACAAGGCTGTGTTAGAGCTCAACGCGAGCTTTCCGAAAGTCTTCATAAAGAAGAGCTTTACTCA 2294
Query 1863 G------------------------------------------------------------------------- 1863
.
Sbjct 2295 ATGAGTTCATACTGCTCTGTCACTACAATCATGCTTTGGTGGCTTCTTGTGGGGGTGGCTCTTCTGTTTGTTTG 2368
Query 1864 -------------------------------------------------------------------------- 1863
Sbjct 2369 GTTTTTATAATGATGAGAATTAAGACATTTATAGAATTTAAAGGAAAATGTAAAATTGTCCACTGAATCAAGTA 2442
Query 1864 -------------------------------------------------------------------------- 1863
Sbjct 2443 AAAATGTAAAGAATGCTCTCTAAAATATTACAGCACTTTTCTTTAGGAATGTGTAATCTCTGATATTATTTCCC 2516
Query 1864 -------------------------------------------------------------------------- 1863
Sbjct 2517 ATTATGTTGATCAGTGGTATGCTTTAATCAGTAATTGTATGTTAAAGGAATAATATGGAAATATTCTAATTTAT 2590
Query 1864 -------------------------------------------------------------------------- 1863
Sbjct 2591 TTTAAAGGAATACTTTGAAAAATAAAGTGATCATAATATTTATGAAAAATAAAGTTGATTTTGCACATCAAAAA 2664
Query 1864 ------------ 1863
Sbjct 2665 AAAAAAAAAAAA 2676
